# TARGET T0276 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0276.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 187.973 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.794 0.161 0.034 0.009 0.002 0.001 0.001 2 T 0.452 0.342 0.129 0.058 0.015 0.003 0.001 3 K 0.160 0.171 0.203 0.285 0.156 0.024 0.001 4 A 0.241 0.341 0.236 0.131 0.042 0.008 0.001 5 E 0.169 0.437 0.288 0.087 0.016 0.003 0.001 6 L 0.011 0.017 0.057 0.220 0.485 0.204 0.006 7 R 0.020 0.087 0.195 0.342 0.269 0.082 0.004 8 R 0.154 0.469 0.260 0.093 0.021 0.004 0.001 9 R 0.018 0.064 0.308 0.435 0.161 0.014 0.001 10 A 0.011 0.006 0.009 0.052 0.318 0.564 0.041 11 R 0.035 0.143 0.296 0.350 0.148 0.027 0.001 12 A 0.140 0.526 0.243 0.075 0.014 0.001 0.001 13 A 0.034 0.076 0.192 0.417 0.240 0.040 0.001 14 W 0.031 0.048 0.105 0.319 0.382 0.111 0.003 15 R 0.382 0.435 0.148 0.030 0.004 0.001 0.001 16 R 0.570 0.308 0.094 0.024 0.003 0.001 0.001 17 L 0.134 0.228 0.288 0.239 0.092 0.018 0.001 18 D 0.612 0.249 0.079 0.039 0.015 0.005 0.001 19 L 0.614 0.211 0.094 0.054 0.023 0.004 0.001 20 K 0.572 0.270 0.102 0.039 0.013 0.004 0.001 21 A 0.571 0.292 0.084 0.035 0.014 0.004 0.001 22 L 0.181 0.239 0.251 0.203 0.098 0.026 0.002 23 S 0.129 0.156 0.177 0.278 0.199 0.058 0.004 24 R 0.196 0.364 0.283 0.129 0.025 0.003 0.001 25 A 0.135 0.248 0.304 0.224 0.077 0.011 0.001 26 V 0.023 0.022 0.035 0.100 0.336 0.440 0.043 27 G 0.015 0.049 0.136 0.370 0.315 0.111 0.005 28 A 0.089 0.440 0.334 0.113 0.021 0.003 0.001 29 A 0.012 0.041 0.197 0.453 0.260 0.035 0.001 30 L 0.012 0.007 0.011 0.052 0.280 0.597 0.042 31 L 0.037 0.132 0.300 0.348 0.161 0.022 0.001 32 P 0.251 0.455 0.193 0.072 0.022 0.005 0.001 33 W 0.038 0.125 0.248 0.343 0.189 0.055 0.003 34 L 0.088 0.149 0.205 0.271 0.208 0.074 0.005 35 R 0.390 0.355 0.148 0.068 0.030 0.009 0.001 36 E 0.310 0.280 0.209 0.135 0.054 0.010 0.001 37 R 0.253 0.332 0.228 0.131 0.047 0.009 0.001 38 G 0.239 0.400 0.215 0.113 0.028 0.005 0.001 39 F 0.013 0.033 0.108 0.299 0.395 0.144 0.008 40 R 0.072 0.303 0.314 0.215 0.077 0.016 0.001 41 H 0.008 0.023 0.093 0.300 0.378 0.180 0.018 42 I 0.003 0.007 0.010 0.023 0.096 0.548 0.312 43 L 0.003 0.009 0.021 0.072 0.203 0.390 0.303 44 L 0.002 0.004 0.010 0.028 0.088 0.328 0.540 45 Y 0.004 0.017 0.031 0.087 0.194 0.364 0.302 46 H 0.007 0.028 0.059 0.145 0.244 0.360 0.157 47 P 0.049 0.125 0.175 0.214 0.202 0.166 0.070 48 L 0.075 0.105 0.161 0.234 0.236 0.152 0.037 49 P 0.194 0.266 0.235 0.155 0.089 0.043 0.018 50 H 0.119 0.238 0.209 0.187 0.135 0.089 0.024 51 E 0.031 0.102 0.164 0.233 0.242 0.180 0.047 52 L 0.041 0.077 0.125 0.216 0.271 0.216 0.055 53 N 0.054 0.166 0.242 0.245 0.151 0.108 0.034 54 L 0.020 0.028 0.046 0.124 0.267 0.378 0.138 55 L 0.067 0.156 0.244 0.269 0.168 0.082 0.015 56 P 0.250 0.354 0.206 0.112 0.050 0.023 0.005 57 L 0.040 0.065 0.123 0.237 0.293 0.214 0.029 58 M 0.043 0.058 0.106 0.219 0.337 0.217 0.020 59 E 0.181 0.402 0.262 0.116 0.031 0.007 0.001 60 A 0.281 0.336 0.222 0.119 0.037 0.006 0.001 61 Y 0.045 0.114 0.246 0.337 0.216 0.040 0.002 62 P 0.482 0.365 0.112 0.033 0.007 0.002 0.001 63 A 0.039 0.108 0.224 0.338 0.241 0.048 0.002 64 R 0.036 0.110 0.240 0.305 0.215 0.086 0.008 65 Y 0.001 0.005 0.014 0.045 0.176 0.591 0.167 66 Y 0.001 0.002 0.006 0.026 0.137 0.523 0.306 67 L 0.001 0.003 0.012 0.044 0.148 0.410 0.383 68 P 0.001 0.004 0.008 0.033 0.145 0.476 0.332 69 K 0.002 0.041 0.134 0.279 0.283 0.225 0.037 70 V 0.002 0.014 0.050 0.196 0.432 0.278 0.028 71 A 0.115 0.274 0.298 0.209 0.086 0.017 0.001 72 G 0.487 0.342 0.123 0.038 0.009 0.001 0.001 73 K 0.280 0.346 0.248 0.101 0.022 0.003 0.001 74 G 0.263 0.368 0.230 0.107 0.027 0.004 0.001 75 L 0.044 0.091 0.167 0.266 0.284 0.137 0.011 76 T 0.028 0.167 0.308 0.290 0.154 0.048 0.004 77 V 0.007 0.013 0.037 0.152 0.383 0.362 0.046 78 H 0.028 0.120 0.234 0.318 0.218 0.075 0.007 79 P 0.070 0.275 0.294 0.207 0.103 0.047 0.006 80 F 0.045 0.100 0.189 0.292 0.255 0.108 0.012 81 G 0.159 0.285 0.258 0.180 0.085 0.028 0.004 82 P 0.222 0.253 0.198 0.164 0.104 0.050 0.009 83 L 0.144 0.169 0.186 0.228 0.173 0.088 0.012 84 A 0.284 0.273 0.214 0.140 0.063 0.022 0.004 85 P 0.370 0.277 0.170 0.116 0.049 0.015 0.002 86 G 0.335 0.286 0.196 0.117 0.050 0.014 0.002 87 P 0.199 0.275 0.241 0.166 0.084 0.030 0.005 88 F 0.029 0.053 0.119 0.247 0.319 0.203 0.030 89 G 0.072 0.206 0.284 0.232 0.130 0.062 0.014 90 L 0.018 0.038 0.076 0.161 0.283 0.339 0.085 91 L 0.019 0.059 0.109 0.191 0.274 0.280 0.068 92 E 0.013 0.043 0.107 0.202 0.300 0.276 0.059 93 P 0.014 0.035 0.086 0.223 0.357 0.253 0.031 94 T 0.064 0.186 0.265 0.250 0.161 0.066 0.007 95 T 0.199 0.284 0.246 0.176 0.074 0.019 0.002 96 P 0.589 0.272 0.088 0.036 0.011 0.003 0.001 97 P 0.520 0.234 0.133 0.078 0.029 0.006 0.001 98 E 0.522 0.253 0.122 0.068 0.027 0.007 0.001 99 D 0.500 0.310 0.128 0.048 0.012 0.002 0.001 100 P 0.158 0.259 0.289 0.210 0.074 0.010 0.001 101 R 0.167 0.337 0.273 0.155 0.057 0.011 0.001 102 V 0.048 0.241 0.339 0.248 0.100 0.022 0.002 103 L 0.001 0.005 0.023 0.124 0.411 0.399 0.037 104 D 0.003 0.018 0.067 0.202 0.356 0.292 0.063 105 L 0.001 0.001 0.003 0.013 0.064 0.434 0.485 106 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.035 0.239 0.716 107 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.027 0.163 0.800 108 V 0.001 0.001 0.002 0.010 0.038 0.180 0.769 109 P 0.001 0.002 0.005 0.018 0.050 0.285 0.639 110 G 0.003 0.007 0.016 0.041 0.114 0.368 0.450 111 L 0.004 0.012 0.020 0.048 0.130 0.409 0.377 112 A 0.009 0.019 0.039 0.117 0.241 0.399 0.175 113 F 0.008 0.023 0.043 0.125 0.258 0.430 0.113 114 D 0.053 0.157 0.237 0.283 0.183 0.072 0.015 115 R 0.151 0.303 0.272 0.166 0.076 0.027 0.006 116 E 0.429 0.299 0.151 0.074 0.030 0.013 0.004 117 G 0.171 0.199 0.213 0.198 0.135 0.070 0.014 118 Y 0.119 0.132 0.153 0.197 0.201 0.164 0.034 119 R 0.108 0.141 0.171 0.212 0.201 0.131 0.036 120 L 0.076 0.063 0.075 0.127 0.192 0.300 0.166 121 G 0.135 0.155 0.156 0.174 0.149 0.147 0.084 122 H 0.117 0.152 0.167 0.184 0.173 0.143 0.065 123 G 0.121 0.105 0.122 0.165 0.191 0.189 0.107 124 Q 0.097 0.111 0.133 0.172 0.205 0.188 0.094 125 G 0.062 0.086 0.141 0.175 0.172 0.219 0.144 126 F 0.027 0.042 0.069 0.141 0.220 0.312 0.189 127 Y 0.005 0.010 0.018 0.047 0.131 0.387 0.402 128 D 0.014 0.046 0.084 0.182 0.250 0.300 0.123 129 R 0.031 0.136 0.192 0.228 0.204 0.163 0.046 130 F 0.007 0.046 0.125 0.252 0.306 0.224 0.040 131 L 0.005 0.012 0.038 0.143 0.362 0.383 0.056 132 K 0.119 0.382 0.279 0.159 0.048 0.011 0.001 133 E 0.126 0.361 0.294 0.163 0.046 0.009 0.001 134 V 0.018 0.052 0.154 0.327 0.341 0.104 0.004 135 R 0.242 0.422 0.227 0.087 0.019 0.003 0.001 136 A 0.132 0.287 0.258 0.201 0.093 0.026 0.003 137 A 0.007 0.044 0.148 0.301 0.333 0.156 0.010 138 T 0.003 0.013 0.052 0.167 0.354 0.350 0.060 139 V 0.001 0.002 0.004 0.011 0.058 0.411 0.513 140 G 0.001 0.002 0.006 0.024 0.106 0.366 0.495 141 V 0.001 0.001 0.004 0.016 0.057 0.263 0.657 142 V 0.001 0.003 0.006 0.017 0.056 0.288 0.630 143 P 0.006 0.013 0.028 0.075 0.165 0.391 0.322 144 Q 0.014 0.053 0.098 0.179 0.238 0.265 0.152 145 A 0.057 0.105 0.134 0.213 0.237 0.206 0.048 146 L 0.045 0.083 0.123 0.219 0.284 0.218 0.028 147 L 0.108 0.199 0.246 0.226 0.149 0.065 0.006 148 F 0.179 0.201 0.237 0.214 0.128 0.038 0.003 149 P 0.582 0.262 0.094 0.041 0.016 0.005 0.001 150 A 0.486 0.279 0.130 0.070 0.025 0.008 0.001 151 L 0.133 0.140 0.196 0.260 0.190 0.076 0.005 152 P 0.313 0.324 0.192 0.107 0.048 0.014 0.002 153 R 0.308 0.315 0.222 0.111 0.036 0.007 0.001 154 D 0.488 0.252 0.147 0.074 0.031 0.007 0.001 155 P 0.503 0.312 0.124 0.044 0.013 0.004 0.001 156 W 0.086 0.156 0.217 0.280 0.189 0.068 0.004 157 D 0.111 0.193 0.225 0.247 0.164 0.053 0.006 158 V 0.073 0.130 0.182 0.272 0.222 0.103 0.018 159 P 0.176 0.292 0.240 0.168 0.077 0.036 0.010 160 V 0.033 0.049 0.101 0.210 0.316 0.245 0.046 161 D 0.070 0.163 0.222 0.224 0.175 0.120 0.026 162 H 0.034 0.082 0.146 0.213 0.261 0.219 0.045 163 L 0.021 0.032 0.051 0.103 0.225 0.424 0.143 164 A 0.009 0.017 0.030 0.095 0.240 0.446 0.164 165 T 0.015 0.035 0.074 0.175 0.288 0.320 0.093 166 E 0.072 0.209 0.248 0.235 0.147 0.072 0.017 167 A 0.166 0.332 0.246 0.143 0.069 0.034 0.010 168 G 0.043 0.152 0.240 0.263 0.193 0.097 0.013 169 V 0.017 0.027 0.063 0.182 0.372 0.302 0.037 170 E 0.050 0.159 0.248 0.254 0.179 0.094 0.016 171 A 0.047 0.155 0.226 0.255 0.192 0.111 0.014 172 V 0.030 0.070 0.153 0.294 0.298 0.143 0.013 173 K 0.303 0.307 0.200 0.121 0.052 0.015 0.002 174 R 0.337 0.281 0.207 0.120 0.044 0.009 0.001 175 P 0.497 0.280 0.137 0.062 0.020 0.004 0.001 176 A 0.518 0.227 0.138 0.082 0.029 0.005 0.001 177 P 0.705 0.196 0.061 0.027 0.009 0.002 0.001 178 G 0.469 0.210 0.151 0.115 0.046 0.009 0.001 179 P 0.555 0.249 0.116 0.058 0.018 0.004 0.001 180 G 0.520 0.245 0.132 0.074 0.026 0.004 0.001 181 G 0.543 0.263 0.120 0.052 0.018 0.004 0.001 182 L 0.309 0.240 0.206 0.158 0.071 0.015 0.001 183 L 0.312 0.236 0.202 0.157 0.072 0.020 0.002 184 D 0.556 0.243 0.106 0.061 0.025 0.008 0.001