# TARGET T0275 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0275.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 806 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.004 0.001 0.001 0.149 0.811 2 F 0.180 0.012 0.006 0.002 0.136 0.663 3 K 0.441 0.020 0.012 0.003 0.128 0.396 4 T 0.649 0.010 0.025 0.004 0.106 0.205 5 I 0.888 0.007 0.006 0.003 0.035 0.061 6 L 0.918 0.007 0.002 0.002 0.021 0.050 7 L 0.849 0.008 0.002 0.002 0.046 0.095 8 A 0.684 0.012 0.004 0.003 0.139 0.158 9 Y 0.303 0.021 0.011 0.003 0.321 0.341 10 D 0.061 0.024 0.009 0.003 0.477 0.428 11 G 0.007 0.011 0.014 0.010 0.479 0.479 12 S 0.002 0.005 0.008 0.032 0.248 0.706 13 E 0.001 0.001 0.027 0.899 0.054 0.020 14 H 0.001 0.001 0.015 0.941 0.034 0.009 15 A 0.001 0.001 0.007 0.972 0.015 0.005 16 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.002 17 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 18 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 20 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 21 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 22 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.005 23 K 0.001 0.001 0.002 0.980 0.008 0.009 24 A 0.001 0.001 0.001 0.975 0.013 0.010 25 E 0.001 0.001 0.002 0.980 0.011 0.007 26 A 0.001 0.001 0.006 0.969 0.017 0.008 27 E 0.001 0.001 0.015 0.936 0.032 0.016 28 A 0.001 0.001 0.025 0.908 0.048 0.017 29 H 0.003 0.003 0.024 0.667 0.152 0.150 30 G 0.002 0.001 0.001 0.002 0.124 0.871 31 A 0.041 0.001 0.001 0.001 0.127 0.831 32 R 0.692 0.005 0.001 0.001 0.042 0.261 33 L 0.984 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 34 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 35 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 36 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 37 H 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 38 A 0.910 0.005 0.001 0.001 0.018 0.067 39 Y 0.801 0.013 0.001 0.001 0.041 0.144 40 E 0.507 0.009 0.003 0.004 0.130 0.347 41 P 0.165 0.016 0.016 0.014 0.288 0.502 42 V 0.062 0.010 0.054 0.036 0.416 0.423 43 P 0.032 0.011 0.138 0.058 0.500 0.262 44 D 0.029 0.013 0.150 0.102 0.445 0.261 45 Y 0.021 0.013 0.144 0.188 0.367 0.267 46 L 0.017 0.010 0.139 0.232 0.335 0.268 47 G 0.015 0.008 0.118 0.245 0.337 0.277 48 E 0.015 0.007 0.115 0.319 0.337 0.207 49 P 0.020 0.006 0.085 0.347 0.317 0.225 50 F 0.019 0.008 0.070 0.341 0.283 0.279 51 F 0.014 0.007 0.056 0.566 0.186 0.172 52 E 0.008 0.002 0.039 0.728 0.129 0.094 53 E 0.005 0.002 0.029 0.824 0.078 0.062 54 A 0.004 0.002 0.021 0.836 0.064 0.074 55 L 0.003 0.001 0.009 0.866 0.046 0.074 56 R 0.002 0.001 0.006 0.882 0.049 0.059 57 R 0.001 0.001 0.007 0.892 0.040 0.059 58 R 0.001 0.001 0.009 0.853 0.047 0.089 59 L 0.001 0.001 0.006 0.909 0.031 0.052 60 E 0.001 0.001 0.003 0.930 0.030 0.036 61 R 0.001 0.001 0.004 0.945 0.019 0.031 62 A 0.001 0.001 0.003 0.940 0.016 0.039 63 E 0.001 0.001 0.002 0.971 0.010 0.016 64 G 0.001 0.001 0.002 0.972 0.011 0.014 65 V 0.001 0.001 0.003 0.978 0.007 0.011 66 L 0.001 0.001 0.002 0.971 0.010 0.016 67 E 0.001 0.001 0.005 0.966 0.017 0.011 68 E 0.001 0.001 0.004 0.962 0.020 0.013 69 A 0.001 0.001 0.006 0.969 0.017 0.008 70 R 0.001 0.001 0.017 0.951 0.024 0.007 71 A 0.001 0.001 0.028 0.904 0.053 0.014 72 L 0.002 0.001 0.030 0.782 0.129 0.056 73 T 0.004 0.001 0.019 0.230 0.366 0.379 74 G 0.005 0.001 0.002 0.004 0.233 0.756 75 V 0.113 0.008 0.002 0.002 0.261 0.614 76 P 0.463 0.007 0.003 0.001 0.120 0.407 77 K 0.876 0.008 0.002 0.001 0.032 0.081 78 E 0.871 0.003 0.003 0.002 0.032 0.090 79 D 0.887 0.002 0.002 0.004 0.025 0.080 80 A 0.921 0.003 0.001 0.009 0.018 0.047 81 L 0.915 0.005 0.001 0.016 0.020 0.043 82 L 0.832 0.012 0.005 0.032 0.064 0.056 83 L 0.613 0.010 0.014 0.050 0.167 0.146 84 E 0.163 0.008 0.014 0.069 0.343 0.402 85 G 0.035 0.010 0.003 0.023 0.242 0.687 86 V 0.028 0.019 0.002 0.034 0.115 0.801 87 P 0.002 0.001 0.012 0.915 0.034 0.036 88 A 0.001 0.001 0.009 0.974 0.012 0.004 89 E 0.001 0.001 0.007 0.972 0.017 0.003 90 A 0.001 0.001 0.005 0.977 0.013 0.004 91 I 0.001 0.001 0.002 0.988 0.006 0.004 92 L 0.001 0.001 0.002 0.985 0.008 0.003 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.006 0.003 94 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 95 A 0.001 0.001 0.007 0.983 0.008 0.002 96 R 0.001 0.001 0.014 0.974 0.009 0.003 97 A 0.001 0.001 0.030 0.937 0.025 0.007 98 E 0.001 0.001 0.027 0.791 0.079 0.101 99 K 0.002 0.001 0.004 0.009 0.144 0.840 100 A 0.026 0.001 0.002 0.001 0.220 0.750 101 D 0.330 0.003 0.004 0.001 0.185 0.477 102 L 0.986 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 103 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 104 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 105 M 0.935 0.001 0.001 0.001 0.012 0.050 106 G 0.413 0.004 0.010 0.002 0.222 0.349 107 T 0.072 0.009 0.033 0.009 0.590 0.288 108 R 0.041 0.018 0.043 0.008 0.614 0.275 109 G 0.022 0.015 0.051 0.024 0.674 0.213 110 L 0.011 0.006 0.077 0.079 0.626 0.202 111 G 0.017 0.007 0.117 0.225 0.456 0.179 112 A 0.024 0.007 0.131 0.380 0.331 0.128 113 L 0.035 0.013 0.149 0.575 0.150 0.078 114 G 0.084 0.013 0.171 0.544 0.111 0.077 115 S 0.092 0.007 0.151 0.613 0.079 0.059 116 L 0.104 0.010 0.092 0.617 0.089 0.087 117 F 0.135 0.041 0.046 0.478 0.191 0.108 118 L 0.091 0.010 0.025 0.398 0.260 0.217 119 G 0.025 0.004 0.017 0.387 0.288 0.280 120 S 0.014 0.005 0.030 0.678 0.153 0.121 121 Q 0.005 0.002 0.020 0.936 0.025 0.012 122 S 0.002 0.001 0.022 0.949 0.021 0.005 123 Q 0.001 0.001 0.016 0.963 0.015 0.004 124 R 0.001 0.001 0.013 0.975 0.008 0.002 125 V 0.001 0.001 0.016 0.969 0.012 0.002 126 V 0.001 0.001 0.012 0.972 0.012 0.002 127 A 0.002 0.001 0.011 0.966 0.015 0.006 128 E 0.004 0.002 0.014 0.868 0.065 0.046 129 A 0.005 0.003 0.005 0.082 0.256 0.649 130 P 0.007 0.001 0.002 0.001 0.184 0.805 131 C 0.048 0.007 0.001 0.001 0.275 0.669 132 P 0.069 0.001 0.001 0.001 0.098 0.831 133 V 0.941 0.002 0.001 0.001 0.005 0.052 134 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 135 L 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 136 V 0.784 0.005 0.001 0.001 0.007 0.203 137 R 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.989