# TARGET T0275 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0275.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 806 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.008 0.910 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.033 0.013 0.008 0.015 2 F 0.002 0.026 0.830 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.048 0.023 0.008 0.007 0.047 3 K 0.018 0.006 0.357 0.097 0.002 0.002 0.007 0.007 0.131 0.243 0.016 0.074 0.041 4 T 0.081 0.002 0.133 0.020 0.001 0.002 0.043 0.146 0.370 0.043 0.004 0.043 0.113 5 I 0.122 0.002 0.029 0.003 0.001 0.001 0.121 0.452 0.176 0.003 0.001 0.039 0.051 6 L 0.115 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.155 0.480 0.170 0.001 0.001 0.024 0.033 7 L 0.072 0.002 0.032 0.002 0.001 0.001 0.110 0.365 0.343 0.002 0.001 0.045 0.026 8 A 0.045 0.005 0.157 0.006 0.001 0.001 0.066 0.139 0.489 0.014 0.009 0.013 0.055 9 Y 0.016 0.021 0.337 0.011 0.004 0.001 0.013 0.022 0.291 0.168 0.064 0.024 0.030 10 D 0.002 0.022 0.382 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.024 0.388 0.138 0.014 0.015 11 G 0.001 0.030 0.414 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.493 0.043 0.001 0.007 12 S 0.001 0.017 0.612 0.001 0.007 0.026 0.001 0.001 0.001 0.304 0.027 0.001 0.006 13 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.054 0.755 0.001 0.001 0.001 0.031 0.149 0.001 0.001 14 H 0.001 0.001 0.011 0.001 0.048 0.819 0.001 0.001 0.001 0.018 0.103 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.023 0.001 0.026 0.922 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 17 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 24 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.014 0.902 0.001 0.001 0.001 0.005 0.062 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.030 0.001 0.035 0.724 0.001 0.001 0.001 0.024 0.185 0.001 0.001 29 H 0.001 0.001 0.017 0.001 0.022 0.171 0.001 0.001 0.001 0.037 0.752 0.001 0.001 30 G 0.001 0.001 0.042 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.047 0.897 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.076 0.003 0.003 0.002 32 R 0.001 0.004 0.287 0.013 0.001 0.001 0.004 0.004 0.452 0.205 0.006 0.006 0.017 33 L 0.001 0.002 0.022 0.002 0.001 0.001 0.052 0.149 0.758 0.003 0.001 0.002 0.010 34 I 0.001 0.001 0.005 0.023 0.001 0.001 0.108 0.518 0.339 0.001 0.001 0.004 0.001 35 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.074 0.713 0.208 0.001 0.001 0.001 0.002 36 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.059 0.853 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 37 H 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.142 0.671 0.165 0.001 0.001 0.003 0.002 38 A 0.005 0.001 0.069 0.003 0.001 0.001 0.108 0.338 0.432 0.011 0.001 0.004 0.026 39 Y 0.029 0.007 0.271 0.046 0.001 0.003 0.076 0.047 0.283 0.071 0.009 0.110 0.046 40 E 0.006 0.013 0.495 0.011 0.005 0.006 0.009 0.006 0.127 0.184 0.021 0.019 0.099 41 P 0.002 0.026 0.575 0.007 0.039 0.021 0.001 0.001 0.032 0.192 0.056 0.011 0.036 42 V 0.001 0.023 0.356 0.004 0.163 0.058 0.001 0.001 0.013 0.208 0.151 0.010 0.013 43 P 0.001 0.012 0.276 0.001 0.248 0.080 0.001 0.001 0.006 0.148 0.218 0.002 0.007 44 D 0.001 0.012 0.232 0.001 0.228 0.096 0.001 0.001 0.004 0.173 0.245 0.003 0.005 45 Y 0.001 0.010 0.272 0.001 0.153 0.121 0.001 0.001 0.003 0.197 0.232 0.004 0.006 46 L 0.001 0.018 0.376 0.001 0.105 0.128 0.001 0.001 0.004 0.191 0.164 0.005 0.009 47 G 0.001 0.013 0.457 0.001 0.069 0.138 0.001 0.001 0.003 0.182 0.119 0.006 0.009 48 E 0.001 0.012 0.389 0.001 0.084 0.206 0.001 0.001 0.004 0.136 0.152 0.005 0.009 49 P 0.001 0.011 0.374 0.001 0.068 0.234 0.001 0.001 0.004 0.168 0.122 0.010 0.008 50 F 0.001 0.010 0.400 0.001 0.047 0.325 0.001 0.001 0.005 0.107 0.094 0.003 0.007 51 F 0.001 0.002 0.178 0.001 0.038 0.642 0.001 0.001 0.002 0.055 0.080 0.001 0.001 52 E 0.001 0.001 0.037 0.001 0.032 0.844 0.001 0.001 0.001 0.024 0.061 0.001 0.001 53 E 0.001 0.001 0.027 0.001 0.025 0.891 0.001 0.001 0.001 0.014 0.041 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.029 0.001 0.015 0.924 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 0.001 0.001 55 L 0.001 0.001 0.029 0.001 0.008 0.935 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.001 0.001 56 R 0.001 0.001 0.011 0.001 0.008 0.953 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.001 0.001 57 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 58 R 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 60 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 64 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.017 0.001 0.007 0.928 0.001 0.001 0.001 0.009 0.037 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.018 0.869 0.001 0.001 0.001 0.009 0.083 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.049 0.001 0.039 0.734 0.001 0.001 0.001 0.047 0.127 0.001 0.001 73 T 0.001 0.001 0.051 0.001 0.033 0.241 0.001 0.001 0.001 0.076 0.598 0.001 0.001 74 G 0.001 0.001 0.106 0.002 0.017 0.017 0.001 0.001 0.002 0.118 0.736 0.001 0.001 75 V 0.001 0.007 0.823 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.026 0.105 0.010 0.006 0.011 76 P 0.001 0.018 0.663 0.006 0.003 0.005 0.002 0.001 0.194 0.039 0.011 0.022 0.035 77 K 0.003 0.026 0.257 0.009 0.004 0.006 0.015 0.015 0.516 0.029 0.013 0.019 0.088 78 E 0.006 0.008 0.174 0.123 0.002 0.004 0.019 0.051 0.460 0.035 0.011 0.066 0.041 79 D 0.007 0.003 0.201 0.038 0.002 0.004 0.025 0.094 0.434 0.041 0.005 0.045 0.102 80 A 0.010 0.005 0.160 0.010 0.001 0.006 0.038 0.066 0.545 0.014 0.001 0.048 0.095 81 L 0.022 0.012 0.100 0.016 0.002 0.007 0.084 0.086 0.480 0.009 0.002 0.080 0.100 82 L 0.027 0.012 0.187 0.054 0.010 0.015 0.056 0.034 0.334 0.032 0.017 0.061 0.161 83 L 0.043 0.020 0.287 0.023 0.009 0.013 0.045 0.006 0.145 0.073 0.049 0.114 0.172 84 E 0.006 0.017 0.372 0.008 0.011 0.012 0.004 0.001 0.029 0.257 0.180 0.038 0.065 85 G 0.001 0.009 0.265 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.004 0.571 0.113 0.009 0.011 86 V 0.001 0.011 0.653 0.001 0.005 0.037 0.001 0.001 0.002 0.250 0.033 0.001 0.009 87 P 0.001 0.004 0.103 0.001 0.022 0.708 0.001 0.001 0.001 0.055 0.106 0.001 0.002 88 A 0.001 0.001 0.016 0.001 0.013 0.935 0.001 0.001 0.001 0.009 0.026 0.001 0.001 89 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.013 0.962 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 91 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 92 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 96 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.011 0.931 0.001 0.001 0.001 0.003 0.046 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.020 0.735 0.001 0.001 0.001 0.016 0.216 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.023 0.001 0.010 0.341 0.001 0.001 0.001 0.031 0.593 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.110 0.001 0.008 0.016 0.001 0.001 0.003 0.057 0.805 0.001 0.001 100 A 0.001 0.003 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.031 0.003 0.001 0.001 101 D 0.001 0.001 0.250 0.039 0.003 0.001 0.002 0.009 0.131 0.535 0.026 0.001 0.004 102 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.776 0.182 0.001 0.001 0.001 0.001 103 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.941 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.885 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 105 M 0.001 0.001 0.017 0.007 0.001 0.001 0.016 0.693 0.260 0.002 0.001 0.001 0.002 106 G 0.001 0.006 0.468 0.011 0.003 0.002 0.004 0.071 0.269 0.136 0.017 0.007 0.005 107 T 0.001 0.007 0.475 0.007 0.022 0.011 0.001 0.006 0.067 0.333 0.061 0.001 0.009 108 R 0.002 0.034 0.368 0.004 0.078 0.029 0.001 0.001 0.020 0.281 0.150 0.016 0.016 109 G 0.002 0.018 0.296 0.004 0.097 0.049 0.001 0.001 0.005 0.261 0.244 0.006 0.018 110 L 0.001 0.014 0.272 0.003 0.111 0.092 0.001 0.001 0.002 0.268 0.221 0.005 0.010 111 G 0.002 0.010 0.196 0.002 0.085 0.218 0.001 0.001 0.002 0.260 0.207 0.007 0.009 112 A 0.009 0.016 0.202 0.002 0.069 0.355 0.001 0.001 0.003 0.168 0.150 0.008 0.016 113 L 0.020 0.017 0.129 0.003 0.058 0.600 0.003 0.005 0.008 0.056 0.043 0.007 0.052 114 G 0.050 0.007 0.075 0.065 0.039 0.614 0.005 0.014 0.009 0.044 0.032 0.033 0.013 115 S 0.056 0.004 0.041 0.004 0.038 0.683 0.006 0.021 0.018 0.033 0.036 0.019 0.041 116 L 0.048 0.007 0.037 0.002 0.030 0.723 0.009 0.038 0.020 0.016 0.030 0.010 0.031 117 F 0.042 0.015 0.062 0.002 0.021 0.694 0.012 0.023 0.025 0.021 0.043 0.017 0.023 118 L 0.024 0.007 0.094 0.006 0.017 0.636 0.005 0.010 0.024 0.046 0.104 0.009 0.019 119 G 0.009 0.002 0.102 0.002 0.010 0.654 0.001 0.002 0.009 0.102 0.086 0.010 0.012 120 S 0.004 0.012 0.065 0.001 0.009 0.815 0.001 0.001 0.003 0.041 0.039 0.003 0.009 121 Q 0.001 0.004 0.018 0.001 0.005 0.937 0.001 0.001 0.001 0.013 0.016 0.002 0.002 122 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.002 123 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 124 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 125 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 126 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 127 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.916 0.001 0.001 0.001 0.004 0.068 0.001 0.001 128 E 0.001 0.002 0.049 0.001 0.011 0.624 0.001 0.001 0.001 0.041 0.265 0.001 0.005 129 A 0.001 0.005 0.577 0.001 0.010 0.047 0.001 0.001 0.002 0.181 0.164 0.007 0.007 130 P 0.001 0.004 0.559 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.311 0.106 0.002 0.007 131 C 0.001 0.004 0.412 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.486 0.039 0.032 0.004 132 P 0.004 0.004 0.448 0.013 0.002 0.001 0.010 0.013 0.219 0.182 0.016 0.009 0.079 133 V 0.026 0.002 0.048 0.007 0.001 0.001 0.132 0.348 0.406 0.005 0.001 0.013 0.013 134 L 0.035 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.254 0.446 0.229 0.001 0.001 0.006 0.015 135 L 0.023 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.217 0.280 0.405 0.002 0.001 0.025 0.011 136 V 0.003 0.004 0.329 0.001 0.001 0.001 0.049 0.075 0.496 0.003 0.002 0.006 0.032 137 R 0.001 0.002 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 0.006 0.001 0.001 0.013