# TARGET T0275 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0275.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 806 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.169 0.145 0.090 0.168 0.094 0.078 0.083 0.055 0.050 0.040 0.029 2 F 0.027 0.024 0.022 0.058 0.085 0.087 0.167 0.151 0.160 0.124 0.096 3 K 0.040 0.088 0.140 0.235 0.189 0.113 0.108 0.049 0.024 0.009 0.005 4 T 0.011 0.022 0.026 0.115 0.176 0.187 0.206 0.134 0.072 0.036 0.015 5 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.021 0.089 0.178 0.248 0.248 0.198 6 L 0.001 0.001 0.003 0.008 0.013 0.033 0.116 0.188 0.265 0.213 0.161 7 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.012 0.072 0.154 0.252 0.267 0.230 8 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.012 0.062 0.145 0.219 0.283 0.263 9 Y 0.001 0.003 0.004 0.010 0.015 0.031 0.113 0.161 0.233 0.222 0.208 10 D 0.008 0.027 0.017 0.076 0.120 0.123 0.185 0.170 0.129 0.092 0.052 11 G 0.031 0.140 0.053 0.171 0.154 0.139 0.126 0.082 0.051 0.034 0.018 12 S 0.057 0.105 0.046 0.142 0.204 0.159 0.159 0.063 0.040 0.017 0.010 13 E 0.843 0.078 0.023 0.032 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 H 0.006 0.032 0.022 0.123 0.160 0.219 0.226 0.096 0.062 0.034 0.020 15 A 0.001 0.002 0.007 0.006 0.009 0.029 0.129 0.170 0.243 0.210 0.195 16 R 0.014 0.017 0.080 0.264 0.281 0.203 0.097 0.027 0.011 0.004 0.001 17 R 0.006 0.045 0.380 0.263 0.153 0.087 0.046 0.013 0.005 0.002 0.001 18 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.013 0.082 0.119 0.226 0.280 0.273 19 A 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.028 0.249 0.224 0.208 0.168 0.107 20 E 0.001 0.008 0.446 0.367 0.132 0.034 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.024 0.023 0.068 0.167 0.359 0.177 0.107 0.053 0.020 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.057 0.213 0.329 0.385 23 K 0.001 0.001 0.011 0.037 0.147 0.280 0.364 0.100 0.044 0.014 0.004 24 A 0.004 0.018 0.547 0.234 0.110 0.059 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.003 0.010 0.023 0.092 0.386 0.228 0.151 0.075 0.032 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.063 0.167 0.315 0.435 27 E 0.003 0.024 0.285 0.288 0.226 0.112 0.044 0.012 0.004 0.002 0.001 28 A 0.013 0.031 0.515 0.127 0.100 0.079 0.057 0.027 0.025 0.015 0.013 29 H 0.004 0.009 0.006 0.038 0.069 0.186 0.407 0.156 0.070 0.038 0.016 30 G 0.596 0.239 0.048 0.079 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.052 0.112 0.234 0.290 0.294 32 R 0.052 0.190 0.088 0.372 0.203 0.075 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.066 0.230 0.300 0.388 34 I 0.001 0.004 0.004 0.062 0.147 0.280 0.309 0.111 0.049 0.020 0.013 35 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.026 0.082 0.211 0.297 0.374 36 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.031 0.114 0.197 0.270 0.228 0.146 37 H 0.001 0.002 0.002 0.008 0.013 0.028 0.115 0.207 0.274 0.213 0.139 38 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.010 0.015 0.056 0.124 0.229 0.311 0.242 39 Y 0.001 0.006 0.005 0.045 0.081 0.124 0.234 0.215 0.163 0.083 0.044 40 E 0.022 0.043 0.023 0.111 0.153 0.146 0.183 0.152 0.095 0.053 0.020 41 P 0.102 0.117 0.050 0.203 0.169 0.122 0.102 0.066 0.039 0.021 0.009 42 V 0.066 0.085 0.031 0.120 0.126 0.118 0.164 0.115 0.087 0.058 0.030 43 P 0.269 0.164 0.050 0.131 0.101 0.076 0.076 0.050 0.041 0.026 0.013 44 D 0.305 0.159 0.059 0.149 0.095 0.069 0.066 0.039 0.031 0.019 0.011 45 Y 0.202 0.097 0.042 0.109 0.085 0.085 0.124 0.086 0.081 0.056 0.033 46 L 0.163 0.077 0.032 0.073 0.079 0.086 0.135 0.116 0.117 0.082 0.042 47 G 0.222 0.176 0.054 0.108 0.086 0.073 0.088 0.063 0.060 0.047 0.024 48 E 0.275 0.133 0.049 0.132 0.107 0.086 0.087 0.053 0.042 0.026 0.011 49 P 0.520 0.107 0.042 0.080 0.061 0.046 0.056 0.036 0.028 0.017 0.007 50 F 0.061 0.117 0.049 0.124 0.125 0.124 0.144 0.105 0.074 0.052 0.026 51 F 0.034 0.091 0.053 0.084 0.080 0.117 0.155 0.135 0.124 0.085 0.043 52 E 0.268 0.162 0.176 0.216 0.104 0.045 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 53 E 0.532 0.141 0.232 0.074 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.020 0.014 0.093 0.091 0.082 0.145 0.273 0.138 0.087 0.039 0.017 55 L 0.001 0.002 0.056 0.021 0.028 0.099 0.325 0.218 0.139 0.081 0.029 56 R 0.001 0.004 0.788 0.122 0.048 0.025 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 57 R 0.004 0.014 0.706 0.143 0.077 0.038 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 58 R 0.003 0.006 0.122 0.022 0.025 0.078 0.286 0.166 0.155 0.096 0.042 59 L 0.001 0.003 0.280 0.037 0.049 0.095 0.321 0.120 0.062 0.026 0.007 60 E 0.003 0.007 0.933 0.041 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.004 0.022 0.631 0.155 0.118 0.050 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 62 A 0.001 0.002 0.049 0.004 0.006 0.022 0.182 0.174 0.279 0.192 0.089 63 E 0.001 0.003 0.122 0.134 0.211 0.238 0.219 0.049 0.017 0.005 0.001 64 G 0.010 0.019 0.930 0.030 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 V 0.001 0.005 0.056 0.070 0.118 0.243 0.319 0.104 0.054 0.024 0.007 66 L 0.001 0.001 0.014 0.002 0.003 0.007 0.085 0.134 0.277 0.280 0.198 67 E 0.002 0.007 0.530 0.226 0.143 0.062 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 68 E 0.003 0.018 0.777 0.112 0.061 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.009 0.005 0.010 0.038 0.208 0.178 0.239 0.188 0.125 70 R 0.002 0.003 0.018 0.028 0.057 0.121 0.343 0.216 0.136 0.058 0.018 71 A 0.012 0.045 0.808 0.086 0.033 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.022 0.067 0.205 0.145 0.166 0.159 0.156 0.045 0.021 0.010 0.004 73 T 0.262 0.113 0.038 0.064 0.065 0.072 0.143 0.089 0.075 0.052 0.026 74 G 0.658 0.167 0.040 0.069 0.034 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 75 V 0.012 0.017 0.012 0.025 0.036 0.056 0.151 0.168 0.215 0.188 0.120 76 P 0.336 0.386 0.083 0.119 0.044 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 77 K 0.215 0.120 0.043 0.118 0.127 0.136 0.121 0.059 0.036 0.017 0.008 78 E 0.292 0.166 0.074 0.138 0.099 0.079 0.066 0.035 0.026 0.016 0.010 79 D 0.147 0.118 0.099 0.235 0.165 0.104 0.072 0.028 0.018 0.009 0.005 80 A 0.123 0.086 0.070 0.138 0.114 0.111 0.140 0.091 0.064 0.041 0.022 81 L 0.048 0.072 0.090 0.152 0.146 0.150 0.158 0.083 0.053 0.031 0.017 82 L 0.005 0.012 0.020 0.048 0.063 0.079 0.161 0.159 0.179 0.155 0.118 83 L 0.025 0.062 0.091 0.144 0.168 0.150 0.161 0.080 0.062 0.035 0.023 84 E 0.157 0.112 0.089 0.185 0.132 0.098 0.115 0.054 0.033 0.018 0.008 85 G 0.258 0.090 0.041 0.118 0.112 0.104 0.110 0.064 0.053 0.031 0.017 86 V 0.081 0.329 0.097 0.198 0.125 0.072 0.050 0.023 0.014 0.007 0.004 87 P 0.004 0.019 0.007 0.023 0.035 0.069 0.148 0.158 0.198 0.189 0.150 88 A 0.019 0.022 0.017 0.059 0.133 0.209 0.275 0.125 0.081 0.037 0.023 89 E 0.267 0.248 0.122 0.228 0.085 0.029 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 90 A 0.002 0.012 0.025 0.130 0.142 0.157 0.192 0.147 0.106 0.055 0.031 91 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.024 0.071 0.182 0.290 0.425 92 L 0.001 0.001 0.021 0.043 0.099 0.239 0.359 0.122 0.069 0.033 0.015 93 Q 0.002 0.013 0.379 0.316 0.157 0.080 0.039 0.009 0.004 0.002 0.001 94 A 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.050 0.269 0.233 0.191 0.135 0.101 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.063 0.183 0.335 0.395 96 R 0.003 0.014 0.216 0.249 0.223 0.169 0.091 0.021 0.008 0.003 0.002 97 A 0.006 0.026 0.386 0.160 0.133 0.137 0.099 0.029 0.015 0.006 0.004 98 E 0.022 0.019 0.015 0.052 0.069 0.142 0.349 0.164 0.089 0.054 0.026 99 K 0.256 0.260 0.121 0.179 0.083 0.050 0.034 0.008 0.005 0.002 0.001 100 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.012 0.056 0.118 0.223 0.275 0.301 101 D 0.010 0.047 0.064 0.207 0.234 0.220 0.146 0.043 0.017 0.007 0.004 102 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.024 0.141 0.220 0.270 0.196 0.134 103 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.059 0.124 0.192 0.262 0.339 104 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.040 0.098 0.215 0.301 0.330 105 M 0.001 0.002 0.004 0.012 0.014 0.021 0.069 0.142 0.240 0.255 0.239 106 G 0.002 0.006 0.007 0.019 0.025 0.044 0.130 0.173 0.217 0.205 0.170 107 T 0.012 0.018 0.018 0.068 0.094 0.108 0.176 0.168 0.155 0.109 0.074 108 R 0.046 0.069 0.032 0.145 0.186 0.167 0.164 0.088 0.055 0.030 0.018 109 G 0.163 0.129 0.058 0.148 0.124 0.095 0.094 0.062 0.054 0.042 0.032 110 L 0.082 0.087 0.038 0.132 0.124 0.124 0.135 0.087 0.079 0.063 0.048 111 G 0.256 0.156 0.048 0.118 0.090 0.086 0.085 0.049 0.047 0.034 0.029 112 A 0.133 0.098 0.038 0.111 0.100 0.108 0.133 0.083 0.077 0.063 0.057 113 L 0.049 0.027 0.016 0.044 0.048 0.055 0.107 0.105 0.152 0.171 0.225 114 G 0.082 0.086 0.062 0.152 0.147 0.129 0.128 0.077 0.067 0.040 0.029 115 S 0.050 0.054 0.054 0.126 0.125 0.138 0.146 0.101 0.085 0.067 0.053 116 L 0.013 0.012 0.017 0.034 0.045 0.069 0.149 0.161 0.179 0.171 0.151 117 F 0.009 0.008 0.011 0.024 0.033 0.051 0.126 0.153 0.204 0.197 0.183 118 L 0.003 0.008 0.010 0.018 0.018 0.026 0.087 0.129 0.205 0.249 0.247 119 G 0.018 0.021 0.019 0.054 0.066 0.107 0.180 0.145 0.168 0.125 0.097 120 S 0.085 0.055 0.046 0.086 0.087 0.103 0.181 0.127 0.104 0.073 0.053 121 Q 0.004 0.021 0.016 0.063 0.075 0.107 0.204 0.164 0.152 0.118 0.075 122 S 0.002 0.003 0.005 0.010 0.016 0.027 0.093 0.129 0.214 0.232 0.270 123 Q 0.064 0.052 0.090 0.252 0.219 0.150 0.098 0.038 0.021 0.011 0.007 124 R 0.008 0.027 0.072 0.195 0.211 0.221 0.166 0.057 0.026 0.011 0.005 125 V 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.006 0.031 0.082 0.189 0.292 0.389 126 V 0.001 0.001 0.003 0.008 0.020 0.048 0.175 0.186 0.232 0.189 0.139 127 A 0.007 0.027 0.384 0.242 0.156 0.096 0.054 0.018 0.009 0.004 0.003 128 E 0.017 0.065 0.096 0.143 0.153 0.205 0.218 0.059 0.027 0.012 0.006 129 A 0.003 0.002 0.001 0.006 0.007 0.013 0.073 0.151 0.235 0.270 0.240 130 P 0.488 0.345 0.063 0.077 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 C 0.002 0.004 0.004 0.012 0.021 0.042 0.165 0.204 0.264 0.187 0.094 132 P 0.027 0.066 0.034 0.183 0.199 0.200 0.164 0.063 0.032 0.017 0.013 133 V 0.001 0.002 0.002 0.007 0.010 0.024 0.108 0.154 0.241 0.240 0.211 134 L 0.003 0.005 0.007 0.032 0.051 0.091 0.189 0.208 0.187 0.139 0.089 135 L 0.002 0.003 0.002 0.008 0.010 0.021 0.076 0.136 0.233 0.267 0.240 136 V 0.002 0.007 0.006 0.046 0.065 0.074 0.140 0.181 0.225 0.160 0.095 137 R 0.012 0.032 0.010 0.077 0.117 0.125 0.191 0.180 0.141 0.076 0.037