# TARGET T0275 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0275.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 806 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.278 0.124 0.194 0.167 0.085 0.023 0.063 0.029 0.023 0.014 0.001 2 F 0.267 0.180 0.298 0.111 0.053 0.039 0.026 0.010 0.011 0.004 0.001 3 K 0.241 0.295 0.198 0.174 0.034 0.028 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 4 T 0.019 0.674 0.210 0.009 0.057 0.012 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 5 I 0.011 0.665 0.257 0.002 0.006 0.030 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 6 L 0.010 0.653 0.247 0.001 0.005 0.045 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 7 L 0.013 0.653 0.160 0.004 0.011 0.069 0.002 0.001 0.088 0.001 0.001 8 A 0.042 0.169 0.601 0.014 0.014 0.123 0.005 0.001 0.027 0.001 0.004 9 Y 0.136 0.388 0.129 0.149 0.049 0.090 0.009 0.002 0.046 0.002 0.001 10 D 0.029 0.109 0.264 0.137 0.146 0.095 0.153 0.005 0.044 0.016 0.002 11 G 0.039 0.024 0.140 0.257 0.136 0.028 0.094 0.191 0.006 0.083 0.002 12 S 0.042 0.080 0.715 0.008 0.081 0.040 0.001 0.001 0.026 0.007 0.001 13 E 0.975 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 H 0.903 0.001 0.004 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 A 0.975 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.973 0.002 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 H 0.179 0.002 0.014 0.803 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 G 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.230 0.759 0.001 0.003 0.001 31 A 0.002 0.124 0.839 0.001 0.018 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 32 R 0.017 0.191 0.681 0.020 0.008 0.075 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 33 L 0.001 0.827 0.122 0.001 0.038 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 34 I 0.003 0.883 0.064 0.001 0.011 0.015 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 35 V 0.001 0.701 0.257 0.001 0.007 0.027 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 36 V 0.006 0.879 0.046 0.003 0.019 0.016 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 37 H 0.003 0.767 0.132 0.002 0.052 0.026 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 38 A 0.015 0.719 0.128 0.021 0.046 0.030 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 39 Y 0.025 0.463 0.284 0.022 0.086 0.053 0.009 0.001 0.053 0.005 0.001 40 E 0.017 0.200 0.627 0.002 0.014 0.050 0.010 0.001 0.074 0.001 0.003 41 P 0.081 0.013 0.723 0.014 0.001 0.072 0.001 0.001 0.004 0.001 0.091 42 V 0.035 0.204 0.520 0.003 0.038 0.028 0.017 0.002 0.145 0.003 0.003 43 P 0.334 0.008 0.560 0.013 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.057 44 D 0.386 0.058 0.199 0.234 0.032 0.033 0.025 0.014 0.015 0.003 0.001 45 Y 0.306 0.109 0.157 0.288 0.034 0.040 0.029 0.010 0.024 0.004 0.001 46 L 0.202 0.098 0.291 0.291 0.028 0.024 0.039 0.007 0.016 0.004 0.001 47 G 0.134 0.024 0.169 0.091 0.065 0.009 0.051 0.265 0.005 0.186 0.001 48 E 0.173 0.116 0.552 0.008 0.047 0.015 0.007 0.003 0.053 0.025 0.002 49 P 0.601 0.003 0.288 0.027 0.001 0.023 0.002 0.001 0.001 0.002 0.051 50 F 0.533 0.063 0.163 0.110 0.024 0.052 0.012 0.007 0.029 0.005 0.001 51 F 0.859 0.013 0.050 0.042 0.004 0.020 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 52 E 0.992 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 R 0.983 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.965 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.964 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.985 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 G 0.980 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 65 V 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.967 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.843 0.014 0.043 0.075 0.001 0.007 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 73 T 0.285 0.007 0.059 0.637 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 74 G 0.011 0.001 0.004 0.015 0.003 0.001 0.381 0.548 0.001 0.035 0.001 75 V 0.014 0.285 0.628 0.005 0.008 0.032 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 76 P 0.062 0.028 0.815 0.011 0.001 0.076 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 77 K 0.226 0.439 0.122 0.049 0.124 0.015 0.005 0.005 0.013 0.003 0.001 78 E 0.319 0.419 0.125 0.042 0.065 0.011 0.003 0.001 0.012 0.002 0.001 79 D 0.168 0.353 0.217 0.114 0.087 0.028 0.007 0.003 0.022 0.002 0.001 80 A 0.083 0.509 0.237 0.016 0.104 0.019 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 81 L 0.109 0.574 0.224 0.012 0.024 0.034 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 82 L 0.138 0.486 0.269 0.019 0.024 0.044 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 83 L 0.342 0.331 0.140 0.077 0.024 0.046 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 84 E 0.162 0.262 0.200 0.201 0.096 0.012 0.041 0.003 0.018 0.006 0.001 85 G 0.041 0.006 0.040 0.020 0.046 0.002 0.050 0.499 0.001 0.295 0.001 86 V 0.065 0.265 0.477 0.005 0.030 0.032 0.005 0.001 0.118 0.002 0.001 87 P 0.463 0.003 0.447 0.007 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 88 A 0.965 0.004 0.014 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.987 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 A 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 R 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.958 0.002 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.264 0.010 0.008 0.703 0.006 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 99 K 0.012 0.001 0.002 0.054 0.001 0.006 0.889 0.027 0.009 0.001 0.001 100 A 0.009 0.170 0.668 0.004 0.102 0.030 0.003 0.003 0.005 0.006 0.001 101 D 0.434 0.008 0.022 0.515 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.001 0.725 0.022 0.002 0.245 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 103 I 0.001 0.925 0.038 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 104 V 0.003 0.708 0.183 0.001 0.005 0.054 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 105 M 0.012 0.670 0.107 0.021 0.025 0.096 0.003 0.001 0.065 0.001 0.001 106 G 0.020 0.141 0.283 0.028 0.342 0.051 0.030 0.024 0.019 0.061 0.001 107 T 0.193 0.256 0.154 0.171 0.115 0.033 0.031 0.006 0.021 0.017 0.003 108 R 0.176 0.130 0.286 0.225 0.062 0.024 0.052 0.006 0.026 0.011 0.002 109 G 0.037 0.008 0.050 0.020 0.075 0.004 0.053 0.341 0.002 0.409 0.001 110 L 0.324 0.119 0.213 0.237 0.022 0.043 0.014 0.004 0.019 0.003 0.003 111 G 0.100 0.038 0.161 0.046 0.184 0.008 0.075 0.171 0.006 0.211 0.001 112 A 0.506 0.040 0.130 0.151 0.034 0.056 0.037 0.012 0.021 0.009 0.004 113 L 0.489 0.078 0.157 0.229 0.012 0.019 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 114 G 0.695 0.026 0.042 0.121 0.033 0.004 0.030 0.030 0.003 0.015 0.001 115 S 0.426 0.219 0.124 0.096 0.092 0.014 0.012 0.003 0.012 0.002 0.001 116 L 0.357 0.286 0.204 0.065 0.020 0.035 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 117 F 0.269 0.318 0.220 0.066 0.020 0.056 0.007 0.002 0.039 0.002 0.001 118 L 0.178 0.260 0.198 0.228 0.031 0.042 0.017 0.002 0.038 0.003 0.001 119 G 0.090 0.021 0.153 0.023 0.204 0.008 0.033 0.102 0.004 0.361 0.001 120 S 0.582 0.034 0.163 0.079 0.049 0.045 0.008 0.015 0.008 0.014 0.003 121 Q 0.910 0.012 0.009 0.056 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 122 S 0.985 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 R 0.989 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 V 0.989 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 V 0.941 0.011 0.003 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 A 0.924 0.018 0.028 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 E 0.132 0.009 0.011 0.821 0.003 0.003 0.012 0.004 0.006 0.001 0.001 129 A 0.012 0.093 0.790 0.001 0.037 0.009 0.009 0.002 0.041 0.007 0.001 130 P 0.449 0.006 0.239 0.259 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 131 C 0.002 0.615 0.262 0.001 0.064 0.007 0.003 0.001 0.047 0.001 0.001 132 P 0.013 0.035 0.857 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 133 V 0.003 0.834 0.096 0.004 0.022 0.012 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 134 L 0.002 0.720 0.210 0.001 0.011 0.036 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 135 L 0.003 0.532 0.363 0.001 0.003 0.072 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 136 V 0.010 0.636 0.208 0.007 0.015 0.073 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 137 R 0.043 0.308 0.452 0.014 0.076 0.061 0.005 0.002 0.030 0.009 0.001