# TARGET T0275 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0275.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 806 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.116 0.077 0.040 0.024 0.129 0.021 0.053 0.112 0.127 0.223 0.076 2 F 0.217 0.145 0.045 0.009 0.244 0.005 0.006 0.035 0.049 0.135 0.110 3 K 0.036 0.126 0.075 0.068 0.107 0.109 0.202 0.141 0.070 0.054 0.012 4 T 0.242 0.154 0.034 0.007 0.475 0.002 0.004 0.015 0.009 0.020 0.038 5 I 0.134 0.170 0.015 0.004 0.646 0.005 0.004 0.009 0.002 0.002 0.009 6 L 0.255 0.043 0.003 0.001 0.651 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.033 7 L 0.176 0.153 0.014 0.004 0.586 0.004 0.007 0.009 0.003 0.006 0.037 8 A 0.227 0.120 0.014 0.003 0.513 0.004 0.011 0.029 0.010 0.019 0.050 9 Y 0.152 0.100 0.051 0.032 0.229 0.040 0.035 0.037 0.036 0.160 0.126 10 D 0.045 0.294 0.185 0.111 0.176 0.034 0.043 0.037 0.026 0.030 0.021 11 G 0.020 0.069 0.064 0.059 0.028 0.039 0.043 0.079 0.132 0.412 0.055 12 S 0.031 0.403 0.202 0.017 0.166 0.015 0.017 0.069 0.048 0.022 0.011 13 E 0.013 0.026 0.009 0.005 0.028 0.010 0.019 0.480 0.315 0.078 0.018 14 H 0.007 0.027 0.010 0.001 0.014 0.002 0.021 0.638 0.170 0.100 0.009 15 A 0.002 0.016 0.007 0.001 0.004 0.002 0.004 0.808 0.117 0.037 0.003 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.907 0.081 0.002 0.001 17 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.943 0.045 0.003 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.928 0.056 0.010 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.050 0.003 0.001 20 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.950 0.039 0.002 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.966 0.026 0.004 0.001 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.060 0.007 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.923 0.067 0.002 0.001 24 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.923 0.061 0.004 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.863 0.114 0.009 0.001 26 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 0.820 0.131 0.019 0.003 27 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.060 0.616 0.279 0.031 0.002 28 A 0.014 0.046 0.013 0.008 0.028 0.012 0.087 0.548 0.139 0.099 0.008 29 H 0.006 0.597 0.224 0.006 0.084 0.010 0.022 0.019 0.021 0.010 0.001 30 G 0.114 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.002 0.002 0.009 0.341 0.519 31 A 0.029 0.607 0.113 0.004 0.232 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 32 R 0.137 0.106 0.007 0.002 0.722 0.004 0.009 0.001 0.001 0.002 0.009 33 L 0.554 0.012 0.001 0.001 0.417 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 34 I 0.076 0.091 0.002 0.005 0.798 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 35 V 0.457 0.005 0.001 0.001 0.521 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 36 V 0.307 0.049 0.003 0.007 0.582 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.036 37 H 0.229 0.065 0.006 0.001 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 38 A 0.404 0.061 0.011 0.003 0.351 0.003 0.005 0.006 0.005 0.023 0.129 39 Y 0.087 0.293 0.161 0.071 0.278 0.018 0.022 0.015 0.011 0.021 0.023 40 E 0.107 0.262 0.194 0.043 0.213 0.022 0.022 0.039 0.029 0.032 0.037 41 P 0.058 0.239 0.169 0.043 0.141 0.023 0.044 0.106 0.094 0.059 0.026 42 V 0.040 0.166 0.138 0.050 0.090 0.038 0.063 0.176 0.139 0.074 0.026 43 P 0.043 0.141 0.087 0.029 0.094 0.033 0.075 0.213 0.162 0.094 0.027 44 D 0.058 0.104 0.066 0.026 0.100 0.028 0.052 0.191 0.165 0.166 0.046 45 Y 0.055 0.119 0.079 0.030 0.105 0.026 0.053 0.175 0.135 0.171 0.050 46 L 0.060 0.163 0.109 0.038 0.115 0.025 0.041 0.154 0.116 0.134 0.046 47 G 0.050 0.167 0.108 0.035 0.107 0.024 0.044 0.177 0.132 0.120 0.036 48 E 0.051 0.147 0.077 0.020 0.110 0.021 0.042 0.235 0.147 0.113 0.037 49 P 0.047 0.130 0.068 0.019 0.091 0.020 0.040 0.275 0.135 0.128 0.046 50 F 0.047 0.209 0.094 0.014 0.108 0.011 0.023 0.281 0.090 0.093 0.031 51 F 0.035 0.121 0.047 0.008 0.067 0.006 0.011 0.482 0.131 0.073 0.019 52 E 0.007 0.033 0.013 0.005 0.017 0.007 0.013 0.773 0.106 0.020 0.005 53 E 0.008 0.021 0.007 0.003 0.014 0.004 0.010 0.832 0.072 0.024 0.007 54 A 0.004 0.010 0.004 0.002 0.007 0.002 0.006 0.862 0.074 0.026 0.004 55 L 0.003 0.008 0.003 0.002 0.005 0.002 0.004 0.897 0.060 0.013 0.003 56 R 0.002 0.008 0.003 0.002 0.005 0.004 0.006 0.908 0.049 0.010 0.003 57 R 0.002 0.008 0.004 0.003 0.005 0.004 0.011 0.900 0.043 0.016 0.003 58 R 0.004 0.009 0.004 0.002 0.006 0.002 0.006 0.879 0.059 0.026 0.004 59 L 0.002 0.009 0.003 0.002 0.004 0.004 0.007 0.901 0.052 0.014 0.002 60 E 0.002 0.009 0.004 0.003 0.005 0.007 0.014 0.898 0.044 0.012 0.003 61 R 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.009 0.902 0.048 0.020 0.004 62 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.915 0.057 0.014 0.002 63 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.934 0.047 0.006 0.001 64 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.940 0.035 0.004 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.952 0.033 0.006 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.064 0.014 0.001 67 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.923 0.064 0.003 0.001 68 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.896 0.076 0.011 0.001 69 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.751 0.204 0.023 0.001 70 R 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.023 0.726 0.203 0.028 0.004 71 A 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.006 0.072 0.514 0.308 0.079 0.005 72 L 0.047 0.086 0.036 0.025 0.063 0.019 0.093 0.344 0.105 0.150 0.032 73 T 0.010 0.512 0.162 0.019 0.085 0.039 0.057 0.051 0.046 0.018 0.004 74 G 0.072 0.003 0.003 0.006 0.010 0.001 0.002 0.005 0.027 0.615 0.257 75 V 0.059 0.482 0.096 0.002 0.335 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.010 76 P 0.168 0.159 0.037 0.015 0.488 0.012 0.018 0.019 0.012 0.022 0.050 77 K 0.324 0.102 0.019 0.006 0.443 0.004 0.004 0.011 0.010 0.021 0.058 78 E 0.195 0.116 0.026 0.023 0.475 0.029 0.031 0.024 0.009 0.030 0.043 79 D 0.294 0.099 0.016 0.007 0.504 0.004 0.005 0.010 0.005 0.016 0.040 80 A 0.206 0.163 0.016 0.005 0.551 0.003 0.004 0.007 0.003 0.008 0.033 81 L 0.210 0.140 0.016 0.002 0.570 0.003 0.005 0.007 0.003 0.005 0.040 82 L 0.282 0.155 0.033 0.004 0.396 0.005 0.010 0.015 0.009 0.013 0.078 83 L 0.160 0.132 0.080 0.075 0.194 0.094 0.084 0.056 0.029 0.041 0.056 84 E 0.033 0.153 0.093 0.145 0.079 0.113 0.120 0.089 0.062 0.090 0.024 85 G 0.015 0.051 0.105 0.327 0.019 0.125 0.034 0.034 0.040 0.199 0.051 86 V 0.031 0.392 0.301 0.021 0.126 0.004 0.007 0.055 0.024 0.021 0.018 87 P 0.025 0.117 0.058 0.005 0.030 0.002 0.003 0.450 0.211 0.078 0.021 88 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.003 0.008 0.839 0.130 0.006 0.001 89 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.912 0.067 0.004 0.001 90 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.045 0.004 0.001 91 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.047 0.004 0.001 92 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.052 0.002 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.954 0.036 0.002 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.046 0.002 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.862 0.122 0.007 0.001 96 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.766 0.207 0.004 0.001 97 A 0.002 0.017 0.001 0.002 0.006 0.003 0.055 0.627 0.237 0.047 0.001 98 E 0.007 0.490 0.287 0.005 0.085 0.004 0.004 0.013 0.037 0.061 0.007 99 K 0.303 0.008 0.003 0.001 0.042 0.002 0.006 0.013 0.043 0.218 0.362 100 A 0.320 0.131 0.004 0.001 0.434 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.092 101 D 0.003 0.001 0.001 0.037 0.009 0.223 0.637 0.064 0.013 0.010 0.002 102 L 0.201 0.053 0.004 0.001 0.728 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.005 103 I 0.151 0.029 0.001 0.001 0.813 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 104 V 0.393 0.011 0.001 0.001 0.480 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.111 105 M 0.136 0.129 0.030 0.042 0.267 0.019 0.076 0.024 0.014 0.088 0.175 106 G 0.107 0.178 0.135 0.075 0.229 0.051 0.031 0.028 0.024 0.084 0.057 107 T 0.129 0.072 0.065 0.053 0.125 0.068 0.063 0.113 0.104 0.115 0.092 108 R 0.033 0.164 0.105 0.126 0.077 0.075 0.147 0.112 0.069 0.077 0.016 109 G 0.051 0.066 0.109 0.171 0.062 0.099 0.058 0.096 0.058 0.163 0.067 110 L 0.075 0.103 0.066 0.081 0.100 0.102 0.062 0.121 0.102 0.141 0.047 111 G 0.053 0.106 0.165 0.127 0.088 0.043 0.042 0.104 0.063 0.141 0.068 112 A 0.039 0.118 0.082 0.027 0.061 0.012 0.030 0.249 0.156 0.198 0.029 113 L 0.140 0.050 0.015 0.007 0.098 0.008 0.016 0.305 0.192 0.106 0.064 114 G 0.013 0.035 0.019 0.026 0.025 0.046 0.113 0.477 0.194 0.045 0.007 115 S 0.071 0.065 0.022 0.010 0.120 0.010 0.054 0.384 0.162 0.080 0.022 116 L 0.097 0.116 0.030 0.021 0.156 0.031 0.066 0.295 0.115 0.048 0.027 117 F 0.125 0.067 0.024 0.013 0.188 0.021 0.051 0.212 0.084 0.121 0.093 118 L 0.042 0.126 0.083 0.080 0.095 0.052 0.084 0.212 0.087 0.108 0.030 119 G 0.019 0.111 0.141 0.201 0.043 0.059 0.041 0.175 0.091 0.098 0.022 120 S 0.042 0.091 0.070 0.019 0.094 0.013 0.034 0.453 0.106 0.048 0.031 121 Q 0.011 0.037 0.015 0.002 0.014 0.001 0.006 0.687 0.168 0.051 0.009 122 S 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.856 0.115 0.011 0.001 123 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.896 0.084 0.004 0.001 124 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.907 0.067 0.006 0.001 125 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.870 0.110 0.008 0.001 126 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 0.722 0.230 0.019 0.002 127 A 0.001 0.008 0.002 0.002 0.004 0.007 0.086 0.717 0.163 0.009 0.001 128 E 0.029 0.014 0.005 0.002 0.021 0.004 0.029 0.099 0.145 0.612 0.039 129 A 0.121 0.430 0.063 0.003 0.314 0.002 0.004 0.014 0.013 0.016 0.022 130 P 0.062 0.020 0.012 0.022 0.043 0.089 0.183 0.159 0.218 0.141 0.051 131 C 0.030 0.382 0.353 0.043 0.153 0.003 0.002 0.008 0.011 0.010 0.006 132 P 0.232 0.093 0.011 0.004 0.589 0.003 0.007 0.013 0.006 0.007 0.034 133 V 0.110 0.120 0.007 0.001 0.741 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.009 134 L 0.247 0.030 0.002 0.001 0.692 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 135 L 0.224 0.053 0.006 0.001 0.682 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.027 136 V 0.272 0.134 0.023 0.004 0.435 0.002 0.005 0.011 0.005 0.024 0.084 137 R 0.090 0.311 0.124 0.019 0.290 0.013 0.025 0.028 0.014 0.041 0.043