# TARGET T0275 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0275.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 806 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.525 0.327 0.112 0.030 0.005 0.001 0.001 2 F 0.171 0.328 0.225 0.188 0.076 0.012 0.001 3 K 0.004 0.033 0.123 0.305 0.372 0.157 0.006 4 T 0.002 0.015 0.055 0.182 0.334 0.371 0.042 5 I 0.001 0.001 0.002 0.013 0.088 0.474 0.423 6 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.242 0.737 7 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.215 0.761 8 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.031 0.271 0.690 9 Y 0.001 0.002 0.006 0.027 0.118 0.462 0.385 10 D 0.002 0.016 0.047 0.122 0.284 0.350 0.179 11 G 0.020 0.085 0.163 0.244 0.253 0.179 0.056 12 S 0.072 0.192 0.220 0.233 0.175 0.089 0.019 13 E 0.169 0.259 0.220 0.189 0.113 0.042 0.007 14 H 0.039 0.120 0.213 0.268 0.226 0.113 0.021 15 A 0.006 0.031 0.074 0.181 0.327 0.315 0.065 16 R 0.016 0.160 0.280 0.282 0.189 0.064 0.008 17 R 0.008 0.091 0.265 0.375 0.194 0.059 0.007 18 A 0.001 0.001 0.003 0.022 0.168 0.608 0.197 19 A 0.001 0.001 0.004 0.032 0.194 0.557 0.212 20 E 0.001 0.039 0.209 0.396 0.236 0.112 0.008 21 V 0.001 0.004 0.033 0.195 0.435 0.304 0.028 22 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.435 0.536 23 K 0.001 0.003 0.028 0.197 0.391 0.351 0.029 24 A 0.004 0.095 0.252 0.354 0.234 0.058 0.002 25 E 0.001 0.007 0.030 0.166 0.391 0.371 0.035 26 A 0.001 0.007 0.028 0.126 0.403 0.404 0.031 27 E 0.042 0.258 0.339 0.262 0.080 0.017 0.001 28 A 0.144 0.379 0.211 0.181 0.071 0.012 0.001 29 H 0.061 0.260 0.368 0.244 0.059 0.007 0.001 30 G 0.326 0.487 0.143 0.035 0.009 0.001 0.001 31 A 0.004 0.039 0.128 0.382 0.370 0.074 0.002 32 R 0.005 0.100 0.291 0.392 0.177 0.035 0.001 33 L 0.001 0.001 0.002 0.021 0.176 0.610 0.190 34 I 0.001 0.002 0.012 0.066 0.213 0.446 0.261 35 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.253 0.722 36 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.174 0.812 37 H 0.001 0.001 0.005 0.020 0.067 0.338 0.569 38 A 0.001 0.001 0.004 0.016 0.083 0.409 0.487 39 Y 0.001 0.006 0.022 0.083 0.265 0.435 0.189 40 E 0.010 0.058 0.147 0.244 0.280 0.203 0.059 41 P 0.043 0.132 0.190 0.235 0.230 0.139 0.031 42 V 0.098 0.147 0.187 0.229 0.199 0.121 0.019 43 P 0.204 0.219 0.189 0.177 0.122 0.077 0.013 44 D 0.292 0.208 0.173 0.149 0.106 0.061 0.010 45 Y 0.404 0.222 0.143 0.113 0.074 0.037 0.007 46 L 0.446 0.229 0.144 0.097 0.054 0.025 0.005 47 G 0.505 0.213 0.123 0.087 0.047 0.022 0.004 48 E 0.518 0.229 0.116 0.078 0.040 0.017 0.003 49 P 0.534 0.222 0.121 0.073 0.034 0.014 0.003 50 F 0.471 0.233 0.133 0.094 0.048 0.018 0.003 51 F 0.363 0.241 0.168 0.125 0.071 0.028 0.004 52 E 0.514 0.249 0.120 0.074 0.030 0.011 0.002 53 E 0.524 0.258 0.114 0.063 0.029 0.010 0.002 54 A 0.245 0.219 0.192 0.181 0.118 0.040 0.005 55 L 0.183 0.241 0.226 0.197 0.109 0.040 0.004 56 R 0.398 0.309 0.145 0.092 0.039 0.015 0.002 57 R 0.314 0.307 0.192 0.108 0.054 0.021 0.004 58 R 0.057 0.127 0.189 0.286 0.243 0.090 0.009 59 L 0.039 0.149 0.262 0.283 0.188 0.072 0.007 60 E 0.411 0.382 0.135 0.049 0.016 0.006 0.001 61 R 0.078 0.297 0.339 0.193 0.070 0.020 0.003 62 A 0.002 0.010 0.034 0.143 0.432 0.353 0.025 63 E 0.007 0.070 0.242 0.369 0.246 0.062 0.004 64 G 0.117 0.544 0.257 0.064 0.014 0.004 0.001 65 V 0.005 0.042 0.186 0.390 0.304 0.070 0.003 66 L 0.001 0.003 0.011 0.077 0.378 0.500 0.029 67 E 0.027 0.208 0.374 0.290 0.086 0.014 0.001 68 E 0.175 0.493 0.239 0.073 0.018 0.003 0.001 69 A 0.021 0.085 0.186 0.341 0.282 0.083 0.002 70 R 0.037 0.086 0.219 0.380 0.233 0.043 0.001 71 A 0.562 0.335 0.079 0.019 0.004 0.001 0.001 72 L 0.475 0.337 0.131 0.046 0.009 0.001 0.001 73 T 0.284 0.256 0.241 0.162 0.050 0.007 0.001 74 G 0.561 0.309 0.092 0.028 0.009 0.002 0.001 75 V 0.127 0.157 0.217 0.330 0.147 0.021 0.001 76 P 0.512 0.331 0.112 0.036 0.008 0.001 0.001 77 K 0.161 0.202 0.216 0.245 0.142 0.031 0.002 78 E 0.239 0.252 0.215 0.182 0.089 0.022 0.002 79 D 0.283 0.301 0.200 0.136 0.061 0.017 0.002 80 A 0.187 0.206 0.202 0.216 0.130 0.053 0.005 81 L 0.137 0.203 0.193 0.216 0.162 0.081 0.008 82 L 0.075 0.104 0.144 0.214 0.260 0.175 0.028 83 L 0.209 0.224 0.199 0.199 0.118 0.045 0.006 84 E 0.286 0.253 0.192 0.155 0.078 0.031 0.005 85 G 0.337 0.278 0.166 0.123 0.067 0.025 0.004 86 V 0.199 0.312 0.237 0.151 0.072 0.025 0.004 87 P 0.033 0.079 0.128 0.232 0.288 0.213 0.028 88 A 0.020 0.072 0.144 0.260 0.295 0.187 0.023 89 E 0.111 0.361 0.321 0.149 0.045 0.012 0.001 90 A 0.016 0.088 0.216 0.354 0.253 0.069 0.005 91 I 0.005 0.006 0.009 0.042 0.228 0.606 0.104 92 L 0.004 0.035 0.144 0.402 0.325 0.086 0.004 93 Q 0.044 0.454 0.330 0.129 0.036 0.006 0.001 94 A 0.002 0.020 0.134 0.455 0.320 0.067 0.001 95 A 0.003 0.013 0.032 0.164 0.482 0.293 0.012 96 R 0.153 0.464 0.271 0.093 0.016 0.002 0.001 97 A 0.398 0.446 0.107 0.037 0.010 0.002 0.001 98 E 0.023 0.177 0.356 0.330 0.103 0.011 0.001 99 K 0.081 0.434 0.312 0.132 0.037 0.004 0.001 100 A 0.001 0.004 0.030 0.165 0.418 0.366 0.017 101 D 0.001 0.005 0.032 0.190 0.460 0.295 0.017 102 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.050 0.480 0.464 103 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.157 0.835 104 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.104 0.888 105 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.155 0.823 106 G 0.001 0.001 0.004 0.017 0.083 0.378 0.516 107 T 0.002 0.009 0.026 0.076 0.206 0.420 0.262 108 R 0.010 0.050 0.119 0.225 0.297 0.228 0.070 109 G 0.052 0.149 0.180 0.225 0.219 0.140 0.035 110 L 0.088 0.165 0.207 0.259 0.182 0.083 0.018 111 G 0.246 0.298 0.209 0.134 0.074 0.033 0.007 112 A 0.126 0.191 0.209 0.226 0.158 0.076 0.016 113 L 0.055 0.066 0.099 0.183 0.279 0.255 0.063 114 G 0.130 0.233 0.229 0.198 0.124 0.068 0.018 115 S 0.109 0.172 0.189 0.201 0.166 0.118 0.044 116 L 0.036 0.060 0.088 0.152 0.250 0.290 0.124 117 F 0.038 0.051 0.080 0.151 0.228 0.303 0.149 118 L 0.038 0.044 0.065 0.120 0.172 0.325 0.237 119 G 0.052 0.088 0.117 0.187 0.234 0.223 0.098 120 S 0.067 0.114 0.138 0.187 0.217 0.197 0.080 121 Q 0.042 0.074 0.096 0.184 0.239 0.240 0.126 122 S 0.042 0.069 0.079 0.145 0.213 0.289 0.163 123 Q 0.073 0.174 0.210 0.251 0.184 0.089 0.020 124 R 0.047 0.134 0.198 0.256 0.208 0.130 0.027 125 V 0.018 0.027 0.039 0.098 0.252 0.443 0.123 126 V 0.026 0.058 0.108 0.237 0.303 0.231 0.036 127 A 0.094 0.300 0.263 0.199 0.094 0.044 0.005 128 E 0.065 0.178 0.249 0.284 0.173 0.049 0.004 129 A 0.020 0.057 0.120 0.275 0.369 0.151 0.008 130 P 0.118 0.375 0.341 0.135 0.027 0.005 0.001 131 C 0.027 0.050 0.108 0.264 0.338 0.192 0.021 132 P 0.041 0.131 0.177 0.262 0.241 0.132 0.014 133 V 0.007 0.015 0.043 0.112 0.269 0.473 0.080 134 L 0.003 0.004 0.011 0.045 0.136 0.555 0.247 135 L 0.012 0.029 0.058 0.148 0.303 0.382 0.067 136 V 0.033 0.055 0.107 0.193 0.316 0.254 0.042 137 R 0.253 0.253 0.203 0.157 0.086 0.043 0.006