# TARGET T0275 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0275.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1062 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.372 0.215 0.078 0.144 0.065 0.042 0.032 0.017 0.015 0.011 0.008 2 F 0.044 0.031 0.020 0.065 0.086 0.081 0.151 0.145 0.154 0.120 0.104 3 K 0.054 0.148 0.123 0.270 0.197 0.094 0.069 0.027 0.012 0.004 0.002 4 T 0.005 0.016 0.015 0.085 0.168 0.211 0.235 0.147 0.072 0.033 0.013 5 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.019 0.083 0.181 0.233 0.245 0.228 6 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.017 0.086 0.173 0.265 0.243 0.206 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.043 0.118 0.233 0.289 0.307 8 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.041 0.109 0.193 0.303 0.341 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.023 0.093 0.156 0.237 0.242 0.231 10 D 0.007 0.022 0.015 0.077 0.121 0.129 0.202 0.175 0.121 0.085 0.046 11 G 0.033 0.130 0.057 0.185 0.163 0.143 0.126 0.074 0.044 0.030 0.015 12 S 0.062 0.130 0.051 0.160 0.203 0.145 0.139 0.055 0.033 0.015 0.008 13 E 0.830 0.087 0.024 0.036 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 H 0.008 0.038 0.022 0.117 0.156 0.216 0.226 0.095 0.065 0.035 0.022 15 A 0.001 0.002 0.005 0.006 0.010 0.035 0.146 0.181 0.243 0.196 0.175 16 R 0.015 0.018 0.066 0.255 0.288 0.213 0.100 0.028 0.011 0.004 0.001 17 R 0.006 0.049 0.386 0.264 0.148 0.084 0.044 0.013 0.005 0.002 0.001 18 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.014 0.085 0.124 0.229 0.280 0.259 19 A 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.024 0.212 0.214 0.215 0.190 0.133 20 E 0.001 0.007 0.419 0.377 0.143 0.039 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.020 0.023 0.072 0.183 0.370 0.172 0.096 0.045 0.017 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.052 0.204 0.330 0.398 23 K 0.001 0.001 0.007 0.026 0.117 0.260 0.398 0.118 0.053 0.016 0.004 24 A 0.004 0.019 0.535 0.258 0.109 0.053 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.003 0.010 0.024 0.096 0.388 0.228 0.146 0.073 0.031 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.056 0.159 0.310 0.458 27 E 0.004 0.024 0.268 0.290 0.235 0.116 0.046 0.012 0.004 0.002 0.001 28 A 0.011 0.029 0.489 0.131 0.103 0.085 0.062 0.030 0.028 0.017 0.014 29 H 0.004 0.008 0.005 0.036 0.065 0.184 0.414 0.159 0.071 0.038 0.016 30 G 0.610 0.238 0.045 0.074 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.050 0.114 0.242 0.296 0.282 32 R 0.050 0.189 0.085 0.380 0.205 0.074 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.063 0.227 0.305 0.391 34 I 0.001 0.003 0.002 0.050 0.134 0.282 0.327 0.118 0.051 0.019 0.013 35 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.023 0.076 0.206 0.296 0.389 36 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.024 0.099 0.192 0.279 0.245 0.152 37 H 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.025 0.111 0.214 0.277 0.211 0.141 38 A 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.013 0.052 0.120 0.226 0.323 0.247 39 Y 0.001 0.004 0.004 0.044 0.087 0.137 0.246 0.220 0.153 0.070 0.035 40 E 0.020 0.043 0.020 0.117 0.167 0.154 0.183 0.150 0.085 0.046 0.016 41 P 0.097 0.116 0.049 0.210 0.170 0.122 0.103 0.067 0.038 0.021 0.008 42 V 0.079 0.097 0.035 0.133 0.130 0.115 0.162 0.102 0.075 0.048 0.026 43 P 0.327 0.165 0.044 0.127 0.094 0.069 0.065 0.042 0.034 0.022 0.011 44 D 0.286 0.199 0.055 0.152 0.095 0.064 0.061 0.035 0.028 0.017 0.009 45 Y 0.205 0.100 0.041 0.110 0.089 0.089 0.124 0.080 0.075 0.053 0.033 46 L 0.175 0.087 0.032 0.079 0.089 0.095 0.135 0.108 0.097 0.069 0.034 47 G 0.229 0.246 0.067 0.132 0.095 0.066 0.061 0.038 0.033 0.021 0.010 48 E 0.282 0.123 0.054 0.141 0.113 0.088 0.084 0.049 0.035 0.021 0.009 49 P 0.570 0.136 0.051 0.086 0.054 0.032 0.033 0.017 0.013 0.007 0.003 50 F 0.050 0.086 0.050 0.114 0.122 0.136 0.170 0.118 0.079 0.050 0.024 51 F 0.027 0.052 0.035 0.059 0.065 0.112 0.178 0.158 0.146 0.108 0.061 52 E 0.184 0.172 0.240 0.215 0.101 0.049 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 53 E 0.443 0.133 0.303 0.094 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.041 0.024 0.143 0.104 0.088 0.133 0.222 0.110 0.075 0.039 0.021 55 L 0.002 0.002 0.059 0.023 0.030 0.108 0.335 0.207 0.133 0.075 0.026 56 R 0.001 0.006 0.749 0.139 0.059 0.030 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 57 R 0.009 0.020 0.798 0.100 0.043 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 58 R 0.005 0.008 0.156 0.037 0.042 0.109 0.297 0.140 0.117 0.064 0.024 59 L 0.001 0.003 0.279 0.030 0.039 0.082 0.305 0.130 0.080 0.039 0.012 60 E 0.002 0.006 0.914 0.054 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.005 0.023 0.695 0.132 0.094 0.037 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 62 A 0.001 0.003 0.042 0.005 0.008 0.032 0.204 0.174 0.261 0.181 0.089 63 E 0.001 0.003 0.087 0.092 0.179 0.243 0.290 0.069 0.026 0.008 0.002 64 G 0.018 0.028 0.907 0.035 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 V 0.001 0.008 0.072 0.106 0.166 0.241 0.254 0.085 0.043 0.019 0.006 66 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.043 0.093 0.254 0.316 0.282 67 E 0.001 0.004 0.213 0.249 0.271 0.172 0.068 0.014 0.005 0.002 0.001 68 E 0.005 0.020 0.791 0.110 0.048 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.005 0.006 0.014 0.061 0.289 0.209 0.202 0.135 0.078 70 R 0.001 0.001 0.007 0.008 0.014 0.038 0.194 0.240 0.243 0.174 0.081 71 A 0.004 0.030 0.715 0.150 0.069 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 72 L 0.013 0.049 0.389 0.136 0.137 0.122 0.099 0.029 0.016 0.007 0.004 73 T 0.040 0.031 0.016 0.045 0.066 0.106 0.270 0.164 0.133 0.088 0.042 74 G 0.695 0.180 0.030 0.052 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 75 V 0.005 0.007 0.006 0.015 0.022 0.036 0.106 0.145 0.231 0.228 0.198 76 P 0.327 0.399 0.080 0.117 0.042 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 77 K 0.162 0.118 0.039 0.128 0.140 0.149 0.137 0.063 0.038 0.017 0.008 78 E 0.247 0.133 0.059 0.129 0.105 0.100 0.088 0.052 0.042 0.027 0.019 79 D 0.112 0.107 0.092 0.222 0.177 0.119 0.085 0.038 0.026 0.013 0.009 80 A 0.076 0.068 0.057 0.131 0.122 0.124 0.168 0.108 0.075 0.046 0.024 81 L 0.032 0.051 0.065 0.124 0.136 0.154 0.185 0.109 0.072 0.046 0.027 82 L 0.003 0.007 0.011 0.031 0.045 0.062 0.146 0.161 0.195 0.184 0.155 83 L 0.029 0.066 0.081 0.143 0.166 0.144 0.165 0.082 0.065 0.036 0.024 84 E 0.173 0.106 0.076 0.166 0.120 0.098 0.128 0.062 0.039 0.021 0.010 85 G 0.290 0.091 0.037 0.113 0.104 0.097 0.106 0.062 0.051 0.031 0.017 86 V 0.087 0.330 0.085 0.186 0.120 0.073 0.057 0.029 0.018 0.010 0.005 87 P 0.006 0.034 0.011 0.038 0.057 0.105 0.181 0.158 0.166 0.143 0.099 88 A 0.019 0.020 0.013 0.051 0.124 0.203 0.273 0.136 0.092 0.044 0.026 89 E 0.301 0.253 0.114 0.216 0.077 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 90 A 0.002 0.013 0.026 0.147 0.160 0.162 0.189 0.136 0.095 0.045 0.024 91 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.024 0.074 0.184 0.292 0.419 92 L 0.001 0.001 0.017 0.041 0.102 0.254 0.360 0.118 0.064 0.030 0.013 93 Q 0.002 0.013 0.405 0.310 0.145 0.074 0.036 0.009 0.004 0.002 0.001 94 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 0.055 0.291 0.240 0.183 0.124 0.087 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.058 0.175 0.339 0.409 96 R 0.003 0.014 0.185 0.252 0.238 0.178 0.093 0.023 0.009 0.004 0.002 97 A 0.008 0.030 0.395 0.168 0.130 0.129 0.089 0.027 0.014 0.006 0.004 98 E 0.024 0.020 0.014 0.051 0.069 0.144 0.353 0.163 0.086 0.052 0.025 99 K 0.223 0.251 0.108 0.190 0.095 0.062 0.047 0.012 0.007 0.003 0.002 100 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.010 0.046 0.101 0.209 0.278 0.342 101 D 0.012 0.052 0.066 0.213 0.229 0.210 0.144 0.045 0.018 0.007 0.004 102 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.033 0.166 0.234 0.257 0.176 0.113 103 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.053 0.119 0.191 0.269 0.348 104 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.045 0.104 0.221 0.300 0.313 105 M 0.001 0.002 0.004 0.012 0.013 0.020 0.067 0.138 0.241 0.258 0.243 106 G 0.003 0.006 0.007 0.021 0.028 0.048 0.137 0.177 0.216 0.198 0.159 107 T 0.012 0.019 0.019 0.073 0.100 0.115 0.184 0.170 0.147 0.098 0.062 108 R 0.058 0.078 0.036 0.153 0.186 0.160 0.154 0.082 0.050 0.028 0.015 109 G 0.171 0.135 0.058 0.148 0.123 0.095 0.092 0.060 0.052 0.039 0.028 110 L 0.077 0.089 0.038 0.133 0.127 0.125 0.138 0.089 0.079 0.061 0.044 111 G 0.253 0.161 0.050 0.118 0.091 0.085 0.083 0.049 0.047 0.034 0.028 112 A 0.132 0.096 0.037 0.112 0.102 0.109 0.133 0.085 0.077 0.062 0.054 113 L 0.053 0.029 0.017 0.046 0.049 0.057 0.110 0.109 0.153 0.167 0.210 114 G 0.084 0.082 0.062 0.150 0.144 0.131 0.129 0.078 0.069 0.041 0.030 115 S 0.069 0.069 0.076 0.150 0.131 0.131 0.126 0.083 0.069 0.054 0.043 116 L 0.016 0.017 0.023 0.044 0.058 0.084 0.160 0.154 0.163 0.150 0.130 117 F 0.013 0.012 0.014 0.030 0.040 0.057 0.127 0.146 0.195 0.192 0.173 118 L 0.007 0.018 0.019 0.039 0.040 0.053 0.134 0.145 0.187 0.192 0.165 119 G 0.039 0.039 0.032 0.083 0.091 0.123 0.172 0.123 0.132 0.094 0.072 120 S 0.114 0.075 0.050 0.100 0.098 0.107 0.161 0.107 0.086 0.061 0.043 121 Q 0.007 0.036 0.022 0.081 0.091 0.123 0.205 0.145 0.132 0.098 0.060 122 S 0.002 0.003 0.004 0.008 0.014 0.026 0.088 0.125 0.215 0.234 0.283 123 Q 0.074 0.064 0.092 0.264 0.209 0.139 0.089 0.033 0.019 0.010 0.007 124 R 0.006 0.026 0.058 0.189 0.209 0.224 0.175 0.064 0.031 0.013 0.006 125 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.006 0.028 0.080 0.185 0.288 0.401 126 V 0.001 0.001 0.003 0.008 0.020 0.048 0.170 0.187 0.228 0.191 0.144 127 A 0.005 0.025 0.357 0.253 0.163 0.101 0.058 0.020 0.010 0.005 0.003 128 E 0.014 0.055 0.077 0.135 0.150 0.215 0.237 0.066 0.030 0.013 0.007 129 A 0.003 0.002 0.001 0.005 0.007 0.014 0.073 0.155 0.235 0.270 0.235 130 P 0.461 0.354 0.060 0.089 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 131 C 0.003 0.004 0.004 0.013 0.023 0.045 0.160 0.203 0.261 0.185 0.099 132 P 0.034 0.070 0.032 0.172 0.190 0.194 0.166 0.069 0.036 0.020 0.016 133 V 0.001 0.002 0.002 0.007 0.011 0.026 0.105 0.155 0.242 0.239 0.210 134 L 0.003 0.005 0.006 0.028 0.044 0.081 0.177 0.200 0.196 0.153 0.107 135 L 0.003 0.003 0.003 0.009 0.011 0.022 0.076 0.133 0.226 0.264 0.251 136 V 0.003 0.008 0.006 0.043 0.062 0.074 0.139 0.178 0.218 0.163 0.106 137 R 0.022 0.050 0.015 0.101 0.135 0.129 0.172 0.154 0.119 0.067 0.036