# TARGET T0275 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0275.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1062 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.154 0.145 0.264 0.115 0.109 0.016 0.077 0.063 0.014 0.043 0.001 2 F 0.111 0.214 0.378 0.084 0.093 0.034 0.040 0.021 0.012 0.011 0.002 3 K 0.108 0.375 0.252 0.130 0.064 0.031 0.013 0.002 0.022 0.002 0.001 4 T 0.009 0.663 0.242 0.006 0.049 0.013 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 5 I 0.003 0.726 0.212 0.001 0.007 0.022 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 6 L 0.004 0.650 0.260 0.001 0.004 0.046 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 7 L 0.005 0.693 0.142 0.002 0.012 0.067 0.001 0.001 0.077 0.001 0.001 8 A 0.022 0.223 0.566 0.010 0.018 0.123 0.004 0.001 0.029 0.001 0.003 9 Y 0.092 0.476 0.127 0.107 0.051 0.086 0.006 0.001 0.052 0.001 0.001 10 D 0.025 0.118 0.256 0.130 0.156 0.094 0.147 0.005 0.050 0.018 0.002 11 G 0.044 0.022 0.133 0.232 0.138 0.023 0.090 0.211 0.005 0.101 0.002 12 S 0.044 0.086 0.711 0.009 0.079 0.037 0.001 0.001 0.025 0.007 0.001 13 E 0.974 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 H 0.891 0.001 0.004 0.097 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 15 A 0.971 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.978 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 H 0.163 0.002 0.011 0.823 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.243 0.747 0.001 0.003 0.001 31 A 0.001 0.112 0.854 0.001 0.017 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 32 R 0.018 0.186 0.673 0.027 0.008 0.079 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 33 L 0.001 0.832 0.115 0.001 0.042 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 34 I 0.003 0.889 0.057 0.001 0.010 0.015 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 35 V 0.001 0.699 0.258 0.001 0.006 0.027 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 36 V 0.004 0.879 0.046 0.002 0.018 0.017 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 37 H 0.003 0.743 0.147 0.002 0.050 0.034 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 38 A 0.016 0.701 0.132 0.025 0.043 0.034 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 39 Y 0.031 0.424 0.300 0.025 0.091 0.057 0.009 0.001 0.055 0.006 0.001 40 E 0.018 0.183 0.626 0.003 0.015 0.054 0.012 0.001 0.082 0.001 0.005 41 P 0.089 0.014 0.701 0.017 0.001 0.064 0.001 0.001 0.004 0.001 0.110 42 V 0.034 0.206 0.473 0.004 0.048 0.030 0.022 0.003 0.174 0.004 0.002 43 P 0.327 0.009 0.538 0.021 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 44 D 0.306 0.083 0.192 0.272 0.035 0.039 0.033 0.016 0.020 0.003 0.001 45 Y 0.238 0.121 0.169 0.264 0.046 0.050 0.054 0.020 0.029 0.007 0.001 46 L 0.204 0.099 0.329 0.245 0.025 0.023 0.046 0.006 0.018 0.004 0.001 47 G 0.111 0.016 0.154 0.084 0.057 0.010 0.055 0.327 0.004 0.181 0.002 48 E 0.232 0.098 0.533 0.010 0.040 0.015 0.005 0.002 0.044 0.020 0.001 49 P 0.758 0.002 0.169 0.026 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.002 0.027 50 F 0.749 0.029 0.063 0.089 0.014 0.018 0.008 0.007 0.017 0.005 0.001 51 F 0.893 0.008 0.032 0.046 0.002 0.013 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 52 E 0.988 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 E 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 R 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 R 0.977 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.973 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.962 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.976 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 G 0.970 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 65 V 0.981 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.981 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 T 0.112 0.001 0.003 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 G 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.498 0.476 0.001 0.017 0.001 75 V 0.007 0.259 0.664 0.002 0.009 0.034 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 76 P 0.065 0.013 0.797 0.013 0.001 0.104 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 77 K 0.176 0.472 0.115 0.053 0.140 0.015 0.005 0.003 0.019 0.001 0.001 78 E 0.277 0.426 0.175 0.030 0.057 0.015 0.003 0.002 0.012 0.002 0.001 79 D 0.221 0.321 0.209 0.116 0.074 0.029 0.007 0.003 0.018 0.001 0.001 80 A 0.104 0.514 0.214 0.020 0.098 0.021 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 81 L 0.127 0.543 0.242 0.012 0.018 0.035 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 82 L 0.188 0.488 0.217 0.024 0.027 0.037 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 83 L 0.350 0.326 0.156 0.067 0.025 0.042 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 84 E 0.184 0.223 0.198 0.238 0.083 0.010 0.038 0.003 0.017 0.005 0.001 85 G 0.035 0.005 0.033 0.017 0.035 0.002 0.052 0.524 0.001 0.295 0.001 86 V 0.056 0.254 0.514 0.004 0.028 0.032 0.005 0.001 0.105 0.002 0.001 87 P 0.402 0.003 0.497 0.008 0.001 0.054 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 88 A 0.963 0.004 0.015 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.986 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 A 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 I 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 A 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 R 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.956 0.002 0.002 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.279 0.009 0.009 0.687 0.006 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 99 K 0.010 0.001 0.002 0.055 0.001 0.005 0.889 0.030 0.007 0.001 0.001 100 A 0.008 0.165 0.698 0.003 0.081 0.032 0.003 0.002 0.005 0.004 0.001 101 D 0.455 0.006 0.016 0.508 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.001 0.710 0.017 0.002 0.265 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 103 I 0.001 0.927 0.036 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 104 V 0.003 0.714 0.180 0.001 0.006 0.051 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 105 M 0.012 0.672 0.110 0.023 0.025 0.093 0.003 0.001 0.061 0.001 0.001 106 G 0.020 0.138 0.280 0.032 0.338 0.049 0.030 0.027 0.019 0.066 0.001 107 T 0.171 0.283 0.152 0.169 0.114 0.032 0.032 0.005 0.024 0.016 0.002 108 R 0.170 0.117 0.305 0.213 0.062 0.023 0.060 0.008 0.024 0.015 0.002 109 G 0.035 0.009 0.052 0.022 0.077 0.004 0.063 0.394 0.002 0.341 0.001 110 L 0.251 0.154 0.254 0.227 0.028 0.038 0.016 0.004 0.021 0.004 0.003 111 G 0.078 0.036 0.193 0.035 0.182 0.007 0.063 0.159 0.005 0.241 0.001 112 A 0.536 0.041 0.145 0.125 0.034 0.047 0.028 0.011 0.018 0.010 0.004 113 L 0.553 0.054 0.123 0.230 0.009 0.016 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 114 G 0.709 0.021 0.044 0.095 0.031 0.004 0.031 0.039 0.003 0.022 0.001 115 S 0.586 0.114 0.112 0.102 0.045 0.014 0.013 0.003 0.009 0.002 0.001 116 L 0.499 0.148 0.187 0.090 0.015 0.033 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 117 F 0.344 0.240 0.191 0.118 0.022 0.043 0.008 0.002 0.028 0.002 0.001 118 L 0.202 0.214 0.212 0.252 0.029 0.033 0.021 0.002 0.030 0.004 0.001 119 G 0.088 0.017 0.136 0.023 0.165 0.006 0.034 0.142 0.003 0.386 0.001 120 S 0.517 0.043 0.226 0.076 0.049 0.046 0.007 0.013 0.008 0.012 0.002 121 Q 0.899 0.017 0.014 0.053 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 122 S 0.982 0.002 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 R 0.987 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 V 0.988 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 V 0.932 0.012 0.004 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 A 0.914 0.020 0.033 0.023 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 128 E 0.131 0.009 0.011 0.821 0.003 0.003 0.011 0.004 0.006 0.001 0.001 129 A 0.013 0.096 0.786 0.001 0.037 0.010 0.009 0.002 0.041 0.007 0.001 130 P 0.438 0.006 0.242 0.261 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 131 C 0.002 0.624 0.255 0.001 0.060 0.007 0.003 0.001 0.047 0.001 0.001 132 P 0.012 0.037 0.854 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 133 V 0.005 0.836 0.092 0.004 0.023 0.013 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 134 L 0.002 0.749 0.179 0.001 0.013 0.035 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 135 L 0.004 0.541 0.342 0.003 0.004 0.076 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 136 V 0.013 0.611 0.211 0.012 0.027 0.069 0.003 0.001 0.054 0.001 0.001 137 R 0.052 0.255 0.468 0.017 0.097 0.048 0.007 0.005 0.026 0.023 0.001