# TARGET T0275 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0275.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1062 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.104 0.189 0.079 0.017 0.221 0.020 0.062 0.095 0.091 0.087 0.035 2 F 0.292 0.133 0.032 0.004 0.376 0.004 0.006 0.008 0.010 0.034 0.101 3 K 0.133 0.153 0.039 0.029 0.392 0.051 0.090 0.034 0.018 0.029 0.031 4 T 0.352 0.051 0.007 0.004 0.529 0.006 0.008 0.003 0.002 0.007 0.031 5 I 0.104 0.076 0.004 0.001 0.809 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 6 L 0.304 0.016 0.001 0.001 0.643 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 7 L 0.206 0.131 0.012 0.002 0.583 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.054 8 A 0.241 0.169 0.020 0.001 0.422 0.001 0.005 0.004 0.003 0.047 0.088 9 Y 0.135 0.173 0.101 0.039 0.216 0.054 0.044 0.022 0.029 0.099 0.088 10 D 0.130 0.215 0.161 0.040 0.305 0.018 0.024 0.024 0.015 0.024 0.045 11 G 0.023 0.046 0.038 0.030 0.035 0.033 0.032 0.096 0.169 0.458 0.039 12 S 0.042 0.322 0.188 0.014 0.226 0.005 0.017 0.077 0.033 0.056 0.020 13 E 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.003 0.009 0.661 0.277 0.034 0.005 14 H 0.003 0.009 0.007 0.002 0.003 0.002 0.011 0.772 0.101 0.085 0.005 15 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.885 0.085 0.022 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.053 0.001 0.001 17 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.028 0.006 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.037 0.011 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.013 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.018 0.003 0.001 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.045 0.007 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.039 0.001 0.001 24 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.977 0.012 0.002 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.958 0.023 0.010 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.939 0.049 0.007 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.848 0.134 0.003 0.001 28 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.066 0.842 0.074 0.007 0.001 29 H 0.001 0.626 0.331 0.008 0.023 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 30 G 0.035 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.002 0.003 0.006 0.419 0.523 31 A 0.043 0.617 0.058 0.001 0.267 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 32 R 0.136 0.145 0.010 0.002 0.634 0.006 0.018 0.011 0.009 0.013 0.015 33 L 0.550 0.022 0.001 0.001 0.404 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 34 I 0.112 0.046 0.004 0.014 0.795 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 35 V 0.233 0.021 0.001 0.001 0.738 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 36 V 0.255 0.041 0.001 0.001 0.673 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 37 H 0.338 0.042 0.003 0.001 0.533 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.076 38 A 0.213 0.167 0.043 0.014 0.326 0.009 0.009 0.015 0.014 0.085 0.106 39 Y 0.041 0.301 0.247 0.126 0.121 0.039 0.036 0.024 0.023 0.031 0.012 40 E 0.053 0.276 0.282 0.053 0.168 0.019 0.035 0.049 0.022 0.020 0.023 41 P 0.044 0.293 0.170 0.030 0.133 0.022 0.048 0.073 0.090 0.069 0.026 42 V 0.043 0.350 0.272 0.028 0.154 0.017 0.034 0.039 0.029 0.016 0.018 43 P 0.036 0.182 0.096 0.027 0.094 0.038 0.075 0.158 0.196 0.075 0.023 44 D 0.047 0.104 0.058 0.031 0.088 0.053 0.165 0.146 0.147 0.121 0.041 45 Y 0.069 0.051 0.034 0.023 0.071 0.029 0.056 0.113 0.139 0.322 0.094 46 L 0.044 0.144 0.075 0.056 0.077 0.067 0.147 0.141 0.097 0.114 0.038 47 G 0.016 0.067 0.139 0.205 0.027 0.050 0.021 0.042 0.064 0.325 0.043 48 E 0.048 0.304 0.194 0.018 0.172 0.007 0.019 0.150 0.050 0.020 0.018 49 P 0.018 0.084 0.031 0.004 0.050 0.010 0.027 0.565 0.163 0.031 0.016 50 F 0.026 0.085 0.030 0.005 0.044 0.008 0.027 0.592 0.083 0.083 0.017 51 F 0.016 0.040 0.017 0.003 0.018 0.002 0.004 0.707 0.100 0.086 0.007 52 E 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.930 0.051 0.004 0.001 53 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.026 0.002 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.014 0.003 0.001 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.019 0.004 0.001 56 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.001 0.001 57 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.977 0.016 0.002 0.001 58 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.023 0.008 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.036 0.003 0.001 60 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.943 0.044 0.002 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.927 0.042 0.016 0.001 62 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.907 0.059 0.024 0.001 63 E 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.923 0.059 0.003 0.001 64 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.964 0.027 0.003 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.028 0.009 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.037 0.005 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.978 0.015 0.004 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.033 0.004 0.001 70 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.904 0.082 0.006 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.802 0.152 0.011 0.001 72 L 0.001 0.005 0.006 0.002 0.002 0.013 0.215 0.641 0.096 0.019 0.001 73 T 0.002 0.809 0.128 0.002 0.053 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 74 G 0.073 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.002 0.003 0.009 0.429 0.471 75 V 0.012 0.648 0.220 0.003 0.108 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 76 P 0.024 0.582 0.155 0.007 0.172 0.003 0.005 0.028 0.009 0.006 0.008 77 K 0.094 0.077 0.028 0.004 0.113 0.009 0.028 0.266 0.310 0.042 0.030 78 E 0.044 0.096 0.054 0.015 0.103 0.025 0.041 0.403 0.121 0.065 0.033 79 D 0.102 0.125 0.036 0.011 0.189 0.006 0.023 0.153 0.067 0.252 0.036 80 A 0.132 0.244 0.050 0.004 0.398 0.005 0.010 0.088 0.025 0.024 0.020 81 L 0.131 0.233 0.032 0.002 0.475 0.005 0.012 0.062 0.015 0.013 0.021 82 L 0.218 0.125 0.032 0.009 0.327 0.013 0.036 0.125 0.025 0.031 0.058 83 L 0.098 0.132 0.086 0.064 0.166 0.047 0.055 0.163 0.059 0.088 0.041 84 E 0.013 0.146 0.099 0.145 0.058 0.114 0.222 0.127 0.037 0.029 0.009 85 G 0.015 0.024 0.064 0.109 0.014 0.034 0.016 0.028 0.043 0.569 0.085 86 V 0.016 0.568 0.262 0.003 0.122 0.001 0.004 0.016 0.003 0.002 0.003 87 P 0.020 0.554 0.098 0.001 0.064 0.001 0.001 0.192 0.043 0.018 0.008 88 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.856 0.130 0.003 0.001 89 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.027 0.002 0.001 90 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.026 0.006 0.001 91 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.026 0.003 0.001 92 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.006 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.011 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.040 0.003 0.001 96 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.807 0.174 0.004 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.079 0.848 0.059 0.007 0.001 98 E 0.002 0.657 0.250 0.003 0.066 0.001 0.005 0.007 0.003 0.004 0.001 99 K 0.278 0.002 0.001 0.001 0.021 0.001 0.003 0.003 0.005 0.158 0.527 100 A 0.210 0.193 0.025 0.002 0.509 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.046 101 D 0.012 0.004 0.001 0.028 0.033 0.209 0.569 0.095 0.029 0.013 0.006 102 L 0.213 0.086 0.005 0.001 0.687 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 103 I 0.118 0.022 0.001 0.001 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 104 V 0.324 0.016 0.002 0.001 0.572 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.079 105 M 0.173 0.076 0.016 0.021 0.195 0.016 0.034 0.018 0.010 0.154 0.287 106 G 0.066 0.150 0.129 0.159 0.098 0.052 0.025 0.022 0.021 0.208 0.068 107 T 0.073 0.165 0.107 0.043 0.169 0.031 0.031 0.090 0.099 0.130 0.062 108 R 0.024 0.134 0.113 0.083 0.055 0.103 0.203 0.123 0.092 0.053 0.017 109 G 0.054 0.038 0.068 0.124 0.042 0.068 0.044 0.070 0.069 0.301 0.122 110 L 0.066 0.135 0.045 0.034 0.115 0.043 0.073 0.175 0.132 0.132 0.050 111 G 0.026 0.131 0.148 0.102 0.054 0.065 0.044 0.180 0.096 0.118 0.036 112 A 0.024 0.104 0.071 0.039 0.052 0.018 0.037 0.392 0.131 0.117 0.014 113 L 0.056 0.031 0.008 0.007 0.047 0.014 0.033 0.515 0.183 0.074 0.032 114 G 0.015 0.023 0.008 0.027 0.031 0.040 0.054 0.546 0.191 0.049 0.016 115 S 0.061 0.072 0.019 0.009 0.171 0.013 0.056 0.433 0.110 0.042 0.013 116 L 0.071 0.074 0.024 0.008 0.124 0.020 0.079 0.425 0.099 0.053 0.024 117 F 0.110 0.047 0.018 0.009 0.094 0.015 0.055 0.321 0.077 0.167 0.086 118 L 0.051 0.107 0.029 0.041 0.068 0.068 0.109 0.216 0.075 0.171 0.065 119 G 0.023 0.105 0.125 0.202 0.055 0.108 0.027 0.109 0.052 0.146 0.047 120 S 0.066 0.100 0.083 0.019 0.140 0.023 0.042 0.358 0.083 0.059 0.029 121 Q 0.009 0.028 0.015 0.002 0.011 0.001 0.004 0.728 0.116 0.081 0.006 122 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.904 0.081 0.007 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.961 0.033 0.001 0.001 124 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.967 0.026 0.002 0.001 125 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.048 0.007 0.001 126 V 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.727 0.232 0.023 0.001 127 A 0.001 0.009 0.003 0.001 0.004 0.005 0.094 0.776 0.097 0.007 0.001 128 E 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.032 0.097 0.131 0.706 0.017 129 A 0.051 0.449 0.228 0.002 0.253 0.001 0.003 0.005 0.002 0.002 0.006 130 P 0.086 0.071 0.049 0.024 0.096 0.112 0.188 0.115 0.095 0.104 0.060 131 C 0.023 0.421 0.345 0.005 0.180 0.002 0.004 0.007 0.004 0.003 0.006 132 P 0.226 0.087 0.016 0.005 0.499 0.013 0.030 0.021 0.014 0.019 0.069 133 V 0.085 0.130 0.010 0.001 0.762 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 134 L 0.100 0.080 0.002 0.001 0.806 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 135 L 0.393 0.040 0.005 0.001 0.465 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.082 136 V 0.094 0.366 0.125 0.019 0.283 0.009 0.020 0.011 0.006 0.026 0.042 137 R 0.060 0.418 0.169 0.024 0.194 0.015 0.021 0.028 0.018 0.025 0.028