# TARGET T0275 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0275.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1062 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.550 0.246 0.104 0.064 0.027 0.008 0.001 2 F 0.034 0.112 0.249 0.357 0.207 0.039 0.002 3 K 0.113 0.334 0.276 0.182 0.069 0.023 0.004 4 T 0.006 0.022 0.085 0.255 0.405 0.205 0.022 5 I 0.001 0.001 0.007 0.032 0.164 0.591 0.205 6 L 0.001 0.002 0.003 0.010 0.060 0.438 0.486 7 L 0.001 0.001 0.003 0.012 0.068 0.350 0.566 8 A 0.001 0.002 0.004 0.019 0.095 0.399 0.482 9 Y 0.001 0.006 0.020 0.091 0.263 0.472 0.147 10 D 0.008 0.060 0.139 0.245 0.265 0.216 0.067 11 G 0.031 0.143 0.222 0.272 0.220 0.096 0.016 12 S 0.153 0.295 0.258 0.168 0.087 0.035 0.005 13 E 0.425 0.331 0.142 0.059 0.030 0.011 0.003 14 H 0.037 0.168 0.270 0.271 0.169 0.076 0.010 15 A 0.009 0.021 0.044 0.193 0.391 0.306 0.035 16 R 0.015 0.155 0.359 0.310 0.129 0.031 0.001 17 R 0.011 0.062 0.234 0.386 0.256 0.049 0.002 18 A 0.001 0.001 0.003 0.009 0.080 0.659 0.248 19 A 0.001 0.002 0.010 0.084 0.359 0.495 0.050 20 E 0.003 0.092 0.398 0.362 0.122 0.022 0.002 21 V 0.001 0.004 0.040 0.225 0.513 0.209 0.008 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.658 0.307 23 K 0.001 0.008 0.083 0.418 0.391 0.097 0.003 24 A 0.007 0.323 0.443 0.186 0.037 0.004 0.001 25 E 0.001 0.013 0.090 0.425 0.363 0.104 0.004 26 A 0.001 0.004 0.020 0.181 0.523 0.259 0.012 27 E 0.095 0.522 0.304 0.069 0.010 0.001 0.001 28 A 0.402 0.425 0.132 0.035 0.006 0.001 0.001 29 H 0.054 0.271 0.409 0.222 0.040 0.003 0.001 30 G 0.180 0.513 0.231 0.064 0.010 0.001 0.001 31 A 0.005 0.033 0.110 0.323 0.423 0.103 0.003 32 R 0.004 0.068 0.240 0.374 0.231 0.074 0.009 33 L 0.001 0.001 0.002 0.019 0.141 0.618 0.219 34 I 0.001 0.001 0.003 0.030 0.187 0.514 0.266 35 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.273 0.700 36 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.189 0.790 37 H 0.001 0.001 0.002 0.012 0.069 0.364 0.552 38 A 0.001 0.001 0.001 0.014 0.124 0.484 0.376 39 Y 0.001 0.005 0.023 0.114 0.326 0.451 0.082 40 E 0.019 0.133 0.224 0.285 0.224 0.103 0.011 41 P 0.048 0.182 0.290 0.272 0.146 0.055 0.006 42 V 0.143 0.202 0.239 0.234 0.134 0.044 0.004 43 P 0.315 0.249 0.199 0.140 0.073 0.023 0.002 44 D 0.344 0.240 0.194 0.133 0.065 0.021 0.002 45 Y 0.228 0.230 0.200 0.171 0.118 0.049 0.005 46 L 0.099 0.106 0.163 0.268 0.247 0.107 0.010 47 G 0.288 0.290 0.212 0.127 0.058 0.022 0.003 48 E 0.362 0.288 0.188 0.110 0.041 0.010 0.001 49 P 0.605 0.235 0.085 0.047 0.020 0.006 0.001 50 F 0.115 0.191 0.258 0.253 0.141 0.038 0.002 51 F 0.071 0.134 0.236 0.309 0.195 0.053 0.002 52 E 0.493 0.350 0.118 0.032 0.007 0.001 0.001 53 E 0.575 0.291 0.097 0.029 0.006 0.001 0.001 54 A 0.108 0.176 0.218 0.287 0.166 0.044 0.001 55 L 0.044 0.116 0.250 0.344 0.204 0.041 0.001 56 R 0.432 0.360 0.154 0.044 0.008 0.001 0.001 57 R 0.434 0.386 0.133 0.037 0.008 0.001 0.001 58 R 0.070 0.155 0.237 0.311 0.185 0.042 0.001 59 L 0.031 0.117 0.267 0.346 0.195 0.043 0.001 60 E 0.594 0.311 0.075 0.017 0.003 0.001 0.001 61 R 0.247 0.397 0.230 0.100 0.023 0.004 0.001 62 A 0.017 0.041 0.104 0.307 0.396 0.132 0.003 63 E 0.053 0.211 0.334 0.284 0.099 0.017 0.001 64 G 0.358 0.506 0.116 0.018 0.002 0.001 0.001 65 V 0.015 0.099 0.304 0.387 0.169 0.025 0.001 66 L 0.004 0.008 0.026 0.162 0.466 0.324 0.010 67 E 0.065 0.322 0.388 0.186 0.035 0.003 0.001 68 E 0.198 0.534 0.210 0.051 0.006 0.001 0.001 69 A 0.010 0.047 0.143 0.373 0.335 0.091 0.002 70 R 0.017 0.073 0.220 0.377 0.262 0.050 0.001 71 A 0.420 0.397 0.137 0.038 0.007 0.001 0.001 72 L 0.272 0.314 0.244 0.127 0.036 0.006 0.001 73 T 0.164 0.227 0.256 0.217 0.105 0.029 0.001 74 G 0.446 0.313 0.133 0.068 0.030 0.010 0.001 75 V 0.080 0.094 0.191 0.318 0.250 0.064 0.003 76 P 0.393 0.339 0.158 0.074 0.027 0.008 0.001 77 K 0.289 0.257 0.211 0.157 0.069 0.016 0.001 78 E 0.544 0.239 0.118 0.065 0.027 0.007 0.001 79 D 0.317 0.281 0.209 0.131 0.049 0.012 0.001 80 A 0.112 0.197 0.249 0.239 0.144 0.054 0.005 81 L 0.059 0.137 0.208 0.260 0.213 0.111 0.012 82 L 0.036 0.059 0.104 0.204 0.300 0.252 0.045 83 L 0.063 0.130 0.187 0.241 0.206 0.140 0.032 84 E 0.112 0.194 0.205 0.207 0.157 0.103 0.023 85 G 0.156 0.228 0.234 0.192 0.116 0.062 0.012 86 V 0.126 0.275 0.248 0.181 0.118 0.046 0.007 87 P 0.019 0.060 0.118 0.232 0.327 0.220 0.025 88 A 0.010 0.045 0.107 0.259 0.343 0.213 0.023 89 E 0.070 0.344 0.357 0.167 0.050 0.012 0.001 90 A 0.006 0.069 0.295 0.385 0.210 0.034 0.001 91 I 0.001 0.001 0.002 0.019 0.176 0.682 0.120 92 L 0.001 0.020 0.110 0.373 0.366 0.123 0.006 93 Q 0.033 0.474 0.341 0.121 0.025 0.006 0.001 94 A 0.001 0.018 0.142 0.459 0.311 0.067 0.002 95 A 0.001 0.001 0.008 0.087 0.455 0.422 0.026 96 R 0.050 0.392 0.382 0.150 0.025 0.002 0.001 97 A 0.291 0.520 0.146 0.036 0.006 0.001 0.001 98 E 0.014 0.152 0.413 0.325 0.089 0.008 0.001 99 K 0.040 0.367 0.379 0.176 0.034 0.004 0.001 100 A 0.001 0.003 0.016 0.112 0.455 0.387 0.026 101 D 0.001 0.006 0.037 0.171 0.409 0.331 0.045 102 L 0.001 0.001 0.001 0.008 0.051 0.469 0.470 103 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.182 0.807 104 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.158 0.821 105 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.199 0.766 106 G 0.001 0.002 0.009 0.037 0.130 0.452 0.369 107 T 0.002 0.013 0.043 0.146 0.288 0.365 0.142 108 R 0.020 0.090 0.148 0.214 0.237 0.212 0.079 109 G 0.125 0.173 0.161 0.179 0.169 0.143 0.050 110 L 0.070 0.141 0.214 0.251 0.181 0.108 0.033 111 G 0.204 0.265 0.207 0.149 0.096 0.058 0.022 112 A 0.103 0.163 0.190 0.200 0.171 0.127 0.046 113 L 0.045 0.044 0.067 0.147 0.251 0.321 0.125 114 G 0.085 0.157 0.203 0.232 0.173 0.115 0.035 115 S 0.082 0.141 0.174 0.211 0.188 0.151 0.051 116 L 0.050 0.055 0.074 0.131 0.228 0.318 0.143 117 F 0.038 0.045 0.066 0.107 0.174 0.321 0.250 118 L 0.034 0.047 0.065 0.111 0.166 0.309 0.268 119 G 0.064 0.121 0.154 0.193 0.202 0.180 0.086 120 S 0.046 0.098 0.146 0.199 0.251 0.190 0.071 121 Q 0.013 0.035 0.078 0.165 0.257 0.315 0.137 122 S 0.007 0.011 0.018 0.058 0.186 0.473 0.246 123 Q 0.018 0.084 0.178 0.298 0.262 0.137 0.023 124 R 0.020 0.086 0.215 0.321 0.237 0.105 0.016 125 V 0.004 0.008 0.014 0.043 0.163 0.568 0.201 126 V 0.011 0.029 0.057 0.165 0.343 0.344 0.052 127 A 0.059 0.250 0.289 0.235 0.116 0.045 0.006 128 E 0.047 0.132 0.241 0.320 0.202 0.053 0.004 129 A 0.014 0.041 0.115 0.245 0.360 0.210 0.014 130 P 0.227 0.438 0.219 0.086 0.022 0.006 0.001 131 C 0.008 0.030 0.106 0.301 0.388 0.155 0.012 132 P 0.012 0.043 0.125 0.262 0.327 0.208 0.022 133 V 0.003 0.006 0.015 0.047 0.173 0.545 0.211 134 L 0.005 0.011 0.017 0.043 0.143 0.485 0.296 135 L 0.007 0.018 0.037 0.092 0.214 0.376 0.256 136 V 0.012 0.023 0.036 0.111 0.247 0.378 0.192 137 R 0.074 0.172 0.214 0.241 0.172 0.101 0.027