# TARGET T0274 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0274.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 250 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.042 0.876 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.005 0.043 0.004 0.004 0.010 2 N 0.001 0.027 0.861 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.005 0.049 0.002 0.001 0.014 3 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 4 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 5 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 6 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 7 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 9 V 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.925 0.001 0.001 0.001 0.007 0.046 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.016 0.001 0.030 0.829 0.001 0.001 0.001 0.020 0.101 0.001 0.001 11 R 0.001 0.001 0.052 0.001 0.060 0.528 0.001 0.001 0.001 0.039 0.315 0.001 0.002 12 S 0.001 0.008 0.109 0.001 0.091 0.374 0.001 0.001 0.002 0.148 0.253 0.002 0.011 13 F 0.001 0.014 0.369 0.002 0.048 0.102 0.001 0.001 0.007 0.223 0.210 0.014 0.011 14 T 0.001 0.010 0.455 0.006 0.035 0.011 0.001 0.001 0.008 0.247 0.191 0.005 0.030 15 Y 0.003 0.009 0.243 0.054 0.022 0.005 0.001 0.003 0.034 0.359 0.189 0.059 0.019 16 G 0.077 0.009 0.177 0.036 0.018 0.002 0.026 0.006 0.103 0.184 0.101 0.059 0.203 17 L 0.273 0.003 0.099 0.024 0.001 0.001 0.094 0.048 0.240 0.012 0.003 0.066 0.137 18 Y 0.409 0.001 0.030 0.061 0.001 0.001 0.134 0.070 0.068 0.006 0.001 0.123 0.098 19 V 0.454 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.172 0.128 0.058 0.001 0.001 0.072 0.094 20 L 0.576 0.001 0.016 0.004 0.001 0.002 0.146 0.103 0.041 0.001 0.001 0.043 0.065 21 T 0.648 0.003 0.030 0.009 0.001 0.003 0.087 0.014 0.023 0.002 0.002 0.058 0.120 22 A 0.389 0.004 0.105 0.006 0.001 0.003 0.033 0.004 0.026 0.017 0.006 0.172 0.234 23 K 0.091 0.015 0.201 0.012 0.013 0.008 0.010 0.001 0.014 0.178 0.217 0.027 0.212 24 D 0.017 0.019 0.163 0.004 0.015 0.005 0.002 0.001 0.004 0.278 0.366 0.082 0.045 25 G 0.001 0.002 0.046 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.701 0.007 0.006 26 D 0.001 0.003 0.118 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.528 0.002 0.009 27 E 0.007 0.022 0.419 0.007 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.243 0.024 0.196 0.071 28 V 0.021 0.028 0.309 0.020 0.005 0.004 0.007 0.001 0.005 0.064 0.019 0.025 0.493 29 A 0.053 0.026 0.184 0.082 0.013 0.009 0.024 0.003 0.010 0.091 0.042 0.366 0.097 30 A 0.125 0.012 0.133 0.022 0.014 0.011 0.051 0.003 0.014 0.039 0.026 0.064 0.486 31 G 0.118 0.008 0.113 0.023 0.009 0.015 0.042 0.003 0.014 0.042 0.013 0.481 0.120 32 T 0.191 0.015 0.134 0.038 0.009 0.019 0.018 0.002 0.021 0.029 0.015 0.082 0.426 33 V 0.265 0.013 0.104 0.055 0.027 0.040 0.038 0.010 0.044 0.031 0.017 0.145 0.211 34 N 0.295 0.006 0.102 0.095 0.029 0.039 0.015 0.008 0.030 0.053 0.026 0.166 0.136 35 W 0.245 0.014 0.076 0.017 0.058 0.042 0.018 0.004 0.026 0.068 0.050 0.152 0.229 36 V 0.293 0.006 0.101 0.043 0.025 0.042 0.015 0.003 0.019 0.032 0.021 0.058 0.342 37 T 0.234 0.005 0.095 0.182 0.019 0.037 0.016 0.001 0.009 0.048 0.017 0.256 0.080 38 Q 0.298 0.008 0.093 0.022 0.022 0.056 0.027 0.001 0.014 0.039 0.017 0.112 0.292 39 A 0.405 0.015 0.068 0.009 0.040 0.056 0.019 0.003 0.007 0.028 0.028 0.085 0.237 40 S 0.334 0.037 0.100 0.007 0.027 0.029 0.030 0.003 0.010 0.023 0.070 0.186 0.144 41 F 0.078 0.024 0.252 0.015 0.022 0.013 0.008 0.003 0.010 0.087 0.101 0.041 0.347 42 Q 0.004 0.014 0.298 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.495 0.086 0.036 0.032 43 P 0.001 0.007 0.342 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.420 0.168 0.021 0.016 44 P 0.011 0.005 0.479 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.278 0.104 0.015 0.087 45 L 0.267 0.008 0.203 0.005 0.001 0.001 0.030 0.024 0.051 0.054 0.012 0.224 0.121 46 V 0.629 0.003 0.038 0.004 0.001 0.001 0.067 0.042 0.033 0.006 0.001 0.040 0.136 47 A 0.732 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.099 0.055 0.015 0.001 0.001 0.051 0.032 48 V 0.658 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.136 0.081 0.028 0.001 0.001 0.028 0.054 49 G 0.501 0.002 0.057 0.002 0.001 0.001 0.071 0.058 0.077 0.007 0.001 0.131 0.092 50 L 0.195 0.013 0.265 0.006 0.003 0.007 0.020 0.026 0.108 0.060 0.021 0.052 0.224 51 K 0.019 0.019 0.507 0.007 0.013 0.015 0.002 0.002 0.050 0.212 0.068 0.028 0.059 52 R 0.003 0.012 0.187 0.002 0.067 0.047 0.001 0.001 0.006 0.288 0.368 0.006 0.015 53 D 0.001 0.006 0.165 0.001 0.107 0.109 0.001 0.001 0.002 0.181 0.420 0.003 0.005 54 S 0.001 0.008 0.182 0.001 0.127 0.271 0.001 0.001 0.002 0.192 0.201 0.004 0.009 55 H 0.001 0.018 0.166 0.001 0.052 0.466 0.001 0.001 0.002 0.120 0.159 0.005 0.011 56 L 0.002 0.025 0.163 0.001 0.039 0.559 0.001 0.001 0.001 0.088 0.105 0.002 0.015 57 H 0.002 0.003 0.036 0.001 0.014 0.894 0.001 0.001 0.001 0.021 0.021 0.003 0.004 58 A 0.002 0.001 0.013 0.001 0.016 0.942 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.002 0.003 59 L 0.005 0.001 0.008 0.001 0.013 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.004 60 V 0.006 0.002 0.009 0.001 0.011 0.943 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.005 0.007 61 E 0.003 0.001 0.007 0.001 0.013 0.902 0.001 0.001 0.001 0.004 0.056 0.001 0.010 62 R 0.004 0.002 0.015 0.001 0.006 0.783 0.001 0.001 0.001 0.011 0.166 0.007 0.004 63 T 0.001 0.003 0.083 0.001 0.006 0.051 0.001 0.001 0.001 0.080 0.772 0.001 0.003 64 G 0.001 0.001 0.125 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.227 0.629 0.004 0.002 65 K 0.059 0.008 0.360 0.004 0.004 0.008 0.033 0.015 0.063 0.139 0.040 0.053 0.215 66 L 0.259 0.017 0.072 0.005 0.001 0.004 0.091 0.051 0.137 0.011 0.002 0.248 0.102 67 A 0.426 0.004 0.019 0.015 0.001 0.002 0.229 0.078 0.074 0.003 0.001 0.029 0.120 68 L 0.598 0.001 0.018 0.005 0.001 0.001 0.199 0.068 0.034 0.001 0.001 0.041 0.033 69 M 0.396 0.002 0.064 0.005 0.002 0.002 0.136 0.091 0.135 0.010 0.003 0.043 0.112 70 T 0.185 0.014 0.251 0.008 0.015 0.007 0.038 0.024 0.168 0.075 0.026 0.088 0.101 71 L 0.041 0.021 0.458 0.003 0.011 0.010 0.006 0.002 0.073 0.205 0.033 0.038 0.099 72 A 0.002 0.018 0.569 0.001 0.027 0.068 0.001 0.001 0.017 0.171 0.078 0.003 0.045 73 H 0.001 0.001 0.020 0.001 0.077 0.587 0.001 0.001 0.001 0.052 0.261 0.001 0.001 74 D 0.001 0.001 0.024 0.001 0.058 0.648 0.001 0.001 0.001 0.042 0.226 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.051 0.001 0.027 0.873 0.001 0.001 0.001 0.021 0.024 0.001 0.001 76 K 0.001 0.002 0.025 0.001 0.006 0.951 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 77 A 0.001 0.003 0.007 0.001 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 78 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 81 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.930 0.001 0.001 0.001 0.005 0.050 0.001 0.001 82 F 0.001 0.003 0.031 0.001 0.011 0.801 0.001 0.001 0.002 0.025 0.123 0.001 0.002 83 F 0.001 0.008 0.140 0.001 0.027 0.547 0.001 0.001 0.003 0.072 0.191 0.003 0.006 84 K 0.001 0.006 0.209 0.001 0.043 0.373 0.001 0.001 0.003 0.172 0.180 0.007 0.005 85 P 0.001 0.008 0.204 0.001 0.060 0.241 0.001 0.001 0.002 0.168 0.303 0.002 0.011 86 T 0.001 0.012 0.346 0.001 0.048 0.153 0.001 0.001 0.002 0.199 0.226 0.004 0.007 87 V 0.001 0.009 0.390 0.001 0.039 0.127 0.001 0.001 0.002 0.301 0.117 0.006 0.007 88 R 0.001 0.017 0.474 0.001 0.047 0.171 0.001 0.001 0.002 0.165 0.110 0.002 0.012 89 E 0.001 0.020 0.278 0.002 0.094 0.318 0.001 0.001 0.002 0.153 0.119 0.007 0.006 90 G 0.001 0.009 0.245 0.005 0.149 0.310 0.001 0.001 0.002 0.130 0.130 0.004 0.012 91 D 0.005 0.015 0.209 0.002 0.194 0.313 0.001 0.003 0.005 0.081 0.136 0.011 0.025 92 R 0.009 0.042 0.141 0.003 0.189 0.352 0.002 0.007 0.008 0.081 0.123 0.012 0.030 93 L 0.007 0.017 0.175 0.004 0.178 0.304 0.002 0.004 0.008 0.097 0.155 0.014 0.035 94 N 0.002 0.006 0.070 0.016 0.101 0.152 0.001 0.001 0.004 0.135 0.497 0.006 0.009 95 G 0.001 0.004 0.136 0.012 0.042 0.051 0.001 0.001 0.007 0.167 0.557 0.007 0.015 96 H 0.002 0.012 0.648 0.003 0.006 0.019 0.001 0.001 0.025 0.161 0.017 0.047 0.059 97 P 0.003 0.027 0.683 0.005 0.002 0.007 0.002 0.002 0.070 0.037 0.009 0.072 0.084 98 F 0.017 0.065 0.404 0.010 0.006 0.016 0.009 0.009 0.177 0.035 0.018 0.031 0.204 99 E 0.021 0.018 0.418 0.013 0.004 0.011 0.005 0.007 0.130 0.038 0.010 0.258 0.068 100 P 0.020 0.026 0.353 0.027 0.010 0.020 0.009 0.009 0.065 0.052 0.037 0.028 0.343 101 S 0.010 0.034 0.435 0.030 0.026 0.030 0.006 0.004 0.026 0.160 0.047 0.106 0.084 102 P 0.002 0.010 0.284 0.011 0.106 0.059 0.001 0.002 0.010 0.225 0.244 0.015 0.032 103 T 0.003 0.013 0.237 0.003 0.123 0.067 0.002 0.002 0.011 0.217 0.273 0.013 0.036 104 F 0.002 0.014 0.204 0.005 0.082 0.067 0.002 0.002 0.012 0.141 0.421 0.026 0.022 105 G 0.003 0.011 0.245 0.033 0.023 0.033 0.001 0.001 0.007 0.205 0.398 0.009 0.033 106 L 0.004 0.021 0.592 0.008 0.009 0.025 0.002 0.001 0.005 0.160 0.015 0.126 0.035 107 P 0.008 0.032 0.502 0.005 0.024 0.045 0.009 0.002 0.009 0.055 0.048 0.020 0.241 108 L 0.078 0.071 0.214 0.009 0.062 0.062 0.043 0.022 0.035 0.058 0.115 0.126 0.106 109 L 0.033 0.016 0.217 0.012 0.216 0.091 0.017 0.017 0.037 0.052 0.067 0.025 0.199 110 T 0.015 0.004 0.063 0.108 0.181 0.072 0.003 0.004 0.009 0.127 0.343 0.055 0.017 111 E 0.006 0.002 0.098 0.051 0.100 0.035 0.001 0.001 0.007 0.101 0.530 0.017 0.053 112 L 0.028 0.018 0.430 0.020 0.013 0.017 0.002 0.001 0.017 0.176 0.033 0.087 0.156 113 P 0.075 0.010 0.288 0.088 0.006 0.013 0.005 0.001 0.022 0.084 0.024 0.150 0.234 114 Y 0.406 0.012 0.066 0.008 0.005 0.012 0.041 0.004 0.027 0.028 0.009 0.230 0.153 115 W 0.575 0.002 0.016 0.004 0.001 0.004 0.076 0.002 0.016 0.002 0.002 0.019 0.280 116 L 0.713 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 0.043 0.002 0.005 0.001 0.001 0.186 0.024 117 E 0.733 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.044 0.002 0.009 0.001 0.001 0.029 0.169 118 A 0.776 0.001 0.013 0.007 0.001 0.001 0.029 0.001 0.005 0.003 0.002 0.081 0.081 119 E 0.672 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.007 0.003 0.001 0.215 0.072 120 V 0.213 0.002 0.020 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.014 0.736 121 R 0.041 0.001 0.008 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.047 0.008 122 H 0.158 0.001 0.028 0.022 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.022 0.001 0.443 0.314 123 L 0.110 0.003 0.049 0.012 0.003 0.002 0.008 0.001 0.003 0.013 0.002 0.030 0.765 124 Y 0.032 0.006 0.071 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.011 0.002 0.816 0.048 125 P 0.023 0.006 0.169 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.034 0.030 0.014 0.701 126 G 0.033 0.007 0.236 0.050 0.017 0.014 0.001 0.001 0.001 0.181 0.213 0.183 0.063 127 G 0.056 0.010 0.153 0.033 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.249 0.298 0.065 0.104 128 D 0.152 0.007 0.241 0.009 0.011 0.006 0.003 0.001 0.002 0.257 0.099 0.099 0.115 129 H 0.260 0.006 0.127 0.008 0.002 0.002 0.014 0.001 0.009 0.037 0.009 0.197 0.329 130 S 0.638 0.002 0.028 0.018 0.001 0.002 0.030 0.003 0.008 0.007 0.001 0.079 0.184 131 L 0.836 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.038 0.001 0.003 0.001 0.001 0.049 0.063 132 V 0.895 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.027 133 V 0.848 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.045 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.082 134 A 0.823 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.026 0.001 0.004 0.001 0.001 0.104 0.033 135 E 0.614 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.018 0.002 0.001 0.179 0.149 136 V 0.227 0.001 0.022 0.010 0.001 0.001 0.011 0.001 0.010 0.001 0.001 0.017 0.699 137 V 0.039 0.001 0.006 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.027 0.006 138 E 0.195 0.003 0.060 0.040 0.004 0.002 0.012 0.001 0.010 0.027 0.002 0.336 0.310 139 A 0.234 0.001 0.054 0.021 0.007 0.001 0.028 0.001 0.004 0.012 0.002 0.035 0.600 140 G 0.179 0.003 0.044 0.001 0.002 0.001 0.015 0.001 0.007 0.006 0.002 0.689 0.050 141 V 0.201 0.018 0.054 0.002 0.002 0.002 0.020 0.003 0.008 0.013 0.004 0.015 0.659 142 R 0.053 0.020 0.527 0.009 0.005 0.005 0.003 0.001 0.009 0.073 0.029 0.182 0.084 143 R 0.006 0.009 0.121 0.007 0.018 0.011 0.001 0.001 0.001 0.236 0.542 0.011 0.038 144 E 0.001 0.004 0.103 0.004 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 0.206 0.640 0.003 0.006 145 E 0.001 0.011 0.223 0.008 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 0.518 0.173 0.009 0.018 146 K 0.005 0.018 0.569 0.014 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.254 0.058 0.029 0.031 147 P 0.055 0.029 0.344 0.034 0.011 0.016 0.006 0.002 0.006 0.122 0.050 0.024 0.300 148 L 0.420 0.007 0.088 0.008 0.004 0.011 0.031 0.018 0.008 0.013 0.010 0.268 0.114 149 V 0.632 0.007 0.024 0.002 0.003 0.011 0.042 0.033 0.006 0.005 0.002 0.056 0.177 150 M 0.652 0.005 0.025 0.004 0.004 0.015 0.043 0.020 0.008 0.005 0.004 0.101 0.113 151 W 0.490 0.007 0.073 0.039 0.007 0.025 0.030 0.017 0.017 0.016 0.022 0.093 0.164 152 D 0.171 0.014 0.143 0.041 0.021 0.031 0.007 0.003 0.011 0.091 0.114 0.198 0.155 153 T 0.046 0.007 0.156 0.059 0.062 0.028 0.002 0.001 0.004 0.162 0.353 0.030 0.090 154 G 0.063 0.012 0.162 0.020 0.096 0.019 0.006 0.001 0.008 0.175 0.265 0.118 0.059 155 W 0.164 0.028 0.141 0.005 0.068 0.025 0.027 0.005 0.020 0.079 0.065 0.060 0.314 156 F 0.254 0.029 0.160 0.009 0.021 0.018 0.045 0.003 0.025 0.058 0.023 0.230 0.125 157 Y 0.129 0.039 0.280 0.004 0.014 0.019 0.032 0.001 0.030 0.069 0.035 0.097 0.251 158 G 0.019 0.026 0.681 0.002 0.014 0.019 0.006 0.001 0.013 0.028 0.041 0.021 0.131 159 G 0.001 0.004 0.894 0.001 0.009 0.019 0.001 0.001 0.001 0.041 0.016 0.003 0.012