# TARGET T0274 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0274.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 110.292 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.029 0.020 0.036 0.041 0.059 0.115 0.144 0.183 0.176 0.144 2 N 0.077 0.402 0.096 0.168 0.094 0.059 0.048 0.025 0.017 0.010 0.005 3 L 0.232 0.111 0.069 0.135 0.128 0.118 0.098 0.050 0.035 0.017 0.008 4 E 0.696 0.116 0.052 0.063 0.033 0.018 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 5 A 0.045 0.044 0.110 0.182 0.142 0.137 0.165 0.078 0.052 0.028 0.016 6 K 0.016 0.019 0.053 0.059 0.059 0.090 0.212 0.177 0.160 0.102 0.053 7 K 0.008 0.019 0.191 0.191 0.182 0.180 0.132 0.055 0.026 0.012 0.005 8 K 0.026 0.063 0.504 0.198 0.110 0.058 0.029 0.007 0.003 0.001 0.001 9 V 0.003 0.005 0.020 0.029 0.043 0.082 0.235 0.169 0.189 0.142 0.085 10 L 0.006 0.004 0.016 0.014 0.018 0.033 0.136 0.165 0.235 0.218 0.154 11 R 0.014 0.029 0.176 0.193 0.165 0.150 0.131 0.061 0.041 0.025 0.015 12 S 0.012 0.037 0.184 0.102 0.101 0.138 0.180 0.095 0.078 0.049 0.026 13 F 0.009 0.011 0.021 0.027 0.022 0.028 0.093 0.134 0.212 0.238 0.206 14 T 0.019 0.023 0.026 0.057 0.073 0.098 0.175 0.148 0.163 0.124 0.094 15 Y 0.024 0.037 0.079 0.112 0.117 0.125 0.186 0.124 0.107 0.063 0.027 16 G 0.024 0.027 0.037 0.094 0.108 0.111 0.191 0.154 0.128 0.081 0.045 17 L 0.001 0.002 0.003 0.009 0.012 0.024 0.093 0.174 0.251 0.264 0.169 18 Y 0.001 0.002 0.003 0.015 0.029 0.068 0.186 0.217 0.214 0.156 0.111 19 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.036 0.110 0.210 0.295 0.337 20 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.065 0.147 0.245 0.290 0.236 21 T 0.001 0.005 0.004 0.030 0.044 0.054 0.149 0.172 0.215 0.183 0.144 22 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.023 0.087 0.142 0.234 0.245 0.251 23 K 0.031 0.076 0.050 0.284 0.265 0.153 0.095 0.030 0.010 0.003 0.002 24 D 0.239 0.223 0.055 0.210 0.123 0.074 0.049 0.016 0.007 0.003 0.001 25 G 0.442 0.171 0.052 0.141 0.075 0.046 0.034 0.015 0.011 0.008 0.006 26 D 0.454 0.252 0.049 0.098 0.058 0.037 0.026 0.009 0.007 0.004 0.004 27 E 0.080 0.165 0.052 0.193 0.174 0.132 0.102 0.045 0.030 0.016 0.011 28 V 0.019 0.041 0.015 0.089 0.142 0.196 0.201 0.115 0.089 0.055 0.037 29 A 0.027 0.037 0.022 0.108 0.163 0.162 0.196 0.112 0.087 0.054 0.034 30 A 0.023 0.010 0.008 0.035 0.050 0.071 0.139 0.151 0.182 0.186 0.144 31 G 0.007 0.006 0.006 0.025 0.040 0.068 0.165 0.176 0.201 0.169 0.138 32 T 0.004 0.005 0.007 0.016 0.017 0.030 0.105 0.157 0.216 0.229 0.214 33 V 0.003 0.003 0.005 0.008 0.008 0.014 0.051 0.096 0.174 0.274 0.365 34 N 0.007 0.009 0.014 0.033 0.043 0.058 0.134 0.174 0.216 0.174 0.138 35 W 0.007 0.009 0.013 0.024 0.028 0.049 0.144 0.167 0.210 0.193 0.156 36 V 0.005 0.006 0.012 0.020 0.020 0.033 0.083 0.130 0.213 0.240 0.238 37 T 0.005 0.006 0.006 0.021 0.030 0.057 0.158 0.183 0.222 0.180 0.133 38 Q 0.008 0.013 0.014 0.033 0.039 0.066 0.141 0.167 0.201 0.175 0.141 39 A 0.005 0.006 0.005 0.014 0.016 0.027 0.084 0.133 0.221 0.244 0.245 40 S 0.026 0.032 0.015 0.074 0.083 0.109 0.173 0.146 0.144 0.104 0.093 41 F 0.040 0.046 0.023 0.091 0.102 0.116 0.164 0.126 0.122 0.096 0.074 42 Q 0.148 0.157 0.047 0.230 0.160 0.094 0.076 0.040 0.027 0.014 0.007 43 P 0.015 0.023 0.010 0.063 0.106 0.130 0.200 0.163 0.151 0.093 0.046 44 P 0.004 0.008 0.006 0.039 0.070 0.095 0.202 0.206 0.183 0.116 0.070 45 L 0.002 0.005 0.006 0.032 0.063 0.128 0.235 0.214 0.162 0.098 0.056 46 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.013 0.066 0.171 0.249 0.286 0.200 47 A 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 0.022 0.076 0.161 0.230 0.257 0.235 48 V 0.001 0.002 0.003 0.005 0.006 0.012 0.064 0.140 0.266 0.285 0.217 49 G 0.001 0.005 0.005 0.026 0.032 0.046 0.133 0.189 0.221 0.200 0.141 50 L 0.002 0.004 0.005 0.015 0.022 0.033 0.101 0.153 0.235 0.237 0.194 51 K 0.036 0.061 0.039 0.169 0.256 0.181 0.154 0.063 0.027 0.009 0.003 52 R 0.097 0.157 0.074 0.184 0.143 0.126 0.106 0.055 0.033 0.019 0.007 53 D 0.234 0.215 0.085 0.173 0.117 0.071 0.054 0.023 0.016 0.009 0.004 54 S 0.358 0.124 0.074 0.126 0.079 0.071 0.078 0.038 0.028 0.015 0.009 55 H 0.108 0.128 0.087 0.156 0.140 0.122 0.118 0.059 0.042 0.025 0.015 56 L 0.002 0.007 0.006 0.016 0.024 0.064 0.197 0.192 0.214 0.167 0.111 57 H 0.005 0.006 0.019 0.074 0.150 0.240 0.256 0.112 0.076 0.041 0.021 58 A 0.092 0.109 0.418 0.210 0.086 0.042 0.025 0.008 0.005 0.003 0.002 59 L 0.001 0.003 0.014 0.062 0.091 0.148 0.259 0.178 0.127 0.080 0.037 60 V 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.004 0.024 0.059 0.170 0.294 0.437 61 E 0.002 0.009 0.125 0.212 0.263 0.203 0.131 0.034 0.014 0.004 0.002 62 R 0.005 0.041 0.482 0.175 0.114 0.101 0.059 0.012 0.007 0.003 0.001 63 T 0.010 0.016 0.011 0.059 0.090 0.138 0.309 0.168 0.108 0.065 0.026 64 G 0.541 0.137 0.036 0.089 0.057 0.041 0.050 0.027 0.013 0.006 0.003 65 K 0.001 0.015 0.031 0.125 0.225 0.250 0.196 0.093 0.040 0.017 0.008 66 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.079 0.193 0.265 0.249 0.188 67 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.020 0.114 0.192 0.239 0.213 0.209 68 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.046 0.119 0.225 0.321 0.274 69 M 0.001 0.001 0.002 0.008 0.010 0.021 0.088 0.143 0.255 0.243 0.229 70 T 0.001 0.005 0.006 0.017 0.023 0.039 0.121 0.174 0.215 0.226 0.173 71 L 0.001 0.005 0.005 0.021 0.035 0.054 0.130 0.171 0.203 0.210 0.166 72 A 0.021 0.094 0.070 0.181 0.253 0.174 0.142 0.041 0.018 0.005 0.002 73 H 0.555 0.111 0.103 0.126 0.057 0.024 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 74 D 0.077 0.083 0.106 0.185 0.138 0.127 0.123 0.057 0.047 0.030 0.028 75 Q 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.038 0.179 0.207 0.248 0.187 0.122 76 K 0.009 0.019 0.161 0.240 0.258 0.189 0.093 0.021 0.007 0.002 0.001 77 A 0.080 0.075 0.627 0.131 0.048 0.026 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 78 I 0.001 0.001 0.012 0.019 0.030 0.068 0.228 0.192 0.201 0.164 0.084 79 A 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.009 0.087 0.143 0.228 0.265 0.256 80 Q 0.001 0.006 0.459 0.277 0.164 0.067 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 81 D 0.002 0.019 0.257 0.094 0.160 0.204 0.173 0.050 0.024 0.012 0.004 82 F 0.001 0.002 0.005 0.008 0.011 0.024 0.127 0.155 0.248 0.235 0.184 83 F 0.010 0.008 0.009 0.014 0.026 0.062 0.244 0.192 0.191 0.153 0.091 84 K 0.090 0.179 0.222 0.269 0.127 0.060 0.030 0.013 0.007 0.003 0.001 85 P 0.107 0.092 0.086 0.105 0.123 0.123 0.158 0.087 0.062 0.040 0.017 86 T 0.236 0.158 0.067 0.132 0.091 0.066 0.092 0.057 0.045 0.035 0.021 87 V 0.126 0.081 0.032 0.091 0.102 0.115 0.153 0.103 0.092 0.065 0.041 88 R 0.255 0.211 0.077 0.159 0.096 0.073 0.055 0.031 0.023 0.014 0.006 89 E 0.464 0.161 0.072 0.114 0.067 0.043 0.038 0.019 0.013 0.008 0.004 90 G 0.433 0.130 0.059 0.120 0.081 0.053 0.052 0.029 0.022 0.013 0.008 91 D 0.095 0.126 0.062 0.127 0.119 0.131 0.123 0.081 0.068 0.043 0.024 92 R 0.017 0.060 0.056 0.185 0.195 0.158 0.149 0.087 0.050 0.028 0.017 93 L 0.029 0.018 0.024 0.031 0.043 0.058 0.132 0.146 0.185 0.173 0.160 94 N 0.058 0.101 0.101 0.238 0.192 0.112 0.107 0.047 0.027 0.012 0.005 95 G 0.412 0.177 0.066 0.144 0.081 0.048 0.034 0.016 0.010 0.006 0.004 96 H 0.016 0.032 0.018 0.053 0.065 0.088 0.184 0.167 0.160 0.133 0.084 97 P 0.390 0.238 0.075 0.141 0.072 0.035 0.027 0.010 0.007 0.004 0.002 98 F 0.026 0.016 0.007 0.028 0.038 0.059 0.142 0.157 0.199 0.168 0.160 99 E 0.144 0.224 0.080 0.171 0.113 0.077 0.073 0.043 0.035 0.022 0.018 100 P 0.285 0.147 0.062 0.145 0.116 0.089 0.072 0.035 0.024 0.014 0.010 101 S 0.160 0.095 0.025 0.074 0.077 0.081 0.123 0.109 0.105 0.088 0.062 102 P 0.346 0.150 0.069 0.152 0.102 0.066 0.051 0.029 0.018 0.010 0.007 103 T 0.175 0.118 0.047 0.142 0.129 0.110 0.126 0.062 0.044 0.027 0.020 104 F 0.025 0.032 0.023 0.076 0.084 0.100 0.169 0.166 0.143 0.111 0.072 105 G 0.215 0.140 0.047 0.150 0.132 0.104 0.093 0.048 0.034 0.022 0.014 106 L 0.008 0.019 0.015 0.054 0.069 0.091 0.152 0.163 0.178 0.140 0.112 107 P 0.019 0.017 0.009 0.032 0.048 0.077 0.144 0.161 0.174 0.168 0.150 108 L 0.007 0.023 0.014 0.076 0.112 0.125 0.201 0.158 0.131 0.084 0.069 109 L 0.013 0.009 0.007 0.016 0.019 0.028 0.079 0.126 0.191 0.228 0.286 110 T 0.145 0.098 0.096 0.228 0.160 0.102 0.080 0.039 0.026 0.015 0.012 111 E 0.220 0.185 0.098 0.197 0.111 0.085 0.061 0.020 0.011 0.006 0.003 112 L 0.007 0.012 0.007 0.027 0.032 0.037 0.095 0.140 0.195 0.226 0.221 113 P 0.079 0.113 0.041 0.118 0.135 0.135 0.152 0.080 0.069 0.043 0.034 114 Y 0.037 0.025 0.019 0.055 0.064 0.087 0.183 0.143 0.159 0.123 0.103 115 W 0.019 0.023 0.018 0.081 0.110 0.162 0.224 0.131 0.099 0.075 0.058 116 L 0.012 0.012 0.013 0.025 0.018 0.021 0.062 0.114 0.203 0.268 0.254 117 E 0.013 0.034 0.035 0.137 0.150 0.162 0.159 0.110 0.095 0.064 0.039 118 A 0.008 0.008 0.023 0.016 0.014 0.028 0.099 0.145 0.235 0.238 0.188 119 E 0.025 0.063 0.093 0.263 0.239 0.132 0.111 0.042 0.019 0.008 0.004 120 V 0.007 0.016 0.024 0.037 0.040 0.057 0.144 0.143 0.194 0.190 0.148 121 R 0.034 0.064 0.082 0.274 0.260 0.139 0.085 0.033 0.019 0.008 0.004 122 H 0.247 0.164 0.100 0.146 0.107 0.085 0.086 0.033 0.019 0.008 0.004 123 L 0.047 0.074 0.047 0.176 0.150 0.135 0.151 0.094 0.062 0.043 0.023 124 Y 0.039 0.049 0.019 0.069 0.093 0.119 0.167 0.141 0.134 0.103 0.067 125 P 0.437 0.229 0.079 0.120 0.051 0.031 0.023 0.011 0.009 0.006 0.005 126 G 0.244 0.114 0.063 0.134 0.099 0.090 0.118 0.057 0.040 0.026 0.014 127 G 0.309 0.155 0.048 0.140 0.097 0.079 0.072 0.037 0.031 0.019 0.013 128 D 0.030 0.123 0.068 0.255 0.210 0.135 0.094 0.039 0.026 0.013 0.007 129 H 0.008 0.011 0.009 0.036 0.059 0.084 0.174 0.171 0.202 0.155 0.090 130 S 0.018 0.028 0.022 0.141 0.189 0.199 0.222 0.096 0.049 0.024 0.012 131 L 0.001 0.003 0.004 0.018 0.025 0.043 0.134 0.201 0.226 0.219 0.126 132 V 0.001 0.002 0.003 0.012 0.014 0.024 0.093 0.167 0.243 0.252 0.188 133 V 0.001 0.005 0.010 0.034 0.036 0.048 0.112 0.162 0.203 0.215 0.175 134 A 0.001 0.001 0.003 0.008 0.012 0.021 0.091 0.179 0.307 0.246 0.132 135 E 0.014 0.050 0.050 0.254 0.230 0.145 0.151 0.062 0.031 0.010 0.003 136 V 0.001 0.002 0.003 0.008 0.008 0.011 0.047 0.106 0.242 0.320 0.252 137 V 0.006 0.024 0.030 0.208 0.260 0.213 0.160 0.060 0.028 0.008 0.003 138 E 0.061 0.120 0.068 0.203 0.168 0.142 0.136 0.059 0.029 0.011 0.003 139 A 0.013 0.018 0.014 0.056 0.065 0.090 0.156 0.170 0.188 0.155 0.076 140 G 0.173 0.263 0.063 0.205 0.129 0.072 0.054 0.021 0.012 0.006 0.003 141 V 0.019 0.024 0.012 0.038 0.044 0.057 0.138 0.162 0.196 0.169 0.139 142 R 0.081 0.194 0.086 0.229 0.154 0.106 0.079 0.034 0.021 0.011 0.007 143 R 0.327 0.236 0.058 0.151 0.095 0.059 0.040 0.015 0.010 0.005 0.003 144 E 0.601 0.135 0.053 0.092 0.048 0.030 0.021 0.009 0.006 0.003 0.002 145 E 0.464 0.175 0.053 0.126 0.079 0.046 0.033 0.012 0.007 0.004 0.002 146 K 0.031 0.121 0.053 0.212 0.199 0.152 0.127 0.055 0.030 0.014 0.006 147 P 0.003 0.007 0.005 0.025 0.047 0.087 0.175 0.190 0.191 0.159 0.112 148 L 0.005 0.010 0.009 0.049 0.083 0.130 0.223 0.179 0.149 0.100 0.063 149 V 0.003 0.003 0.003 0.015 0.021 0.035 0.117 0.186 0.238 0.233 0.146 150 M 0.004 0.007 0.007 0.042 0.054 0.074 0.157 0.190 0.208 0.148 0.108 151 W 0.008 0.013 0.010 0.039 0.049 0.073 0.156 0.190 0.206 0.157 0.099 152 D 0.039 0.080 0.042 0.196 0.176 0.138 0.131 0.085 0.059 0.036 0.018 153 T 0.029 0.038 0.022 0.074 0.084 0.101 0.170 0.157 0.154 0.111 0.061 154 G 0.113 0.133 0.062 0.188 0.165 0.111 0.107 0.055 0.036 0.020 0.010 155 W 0.021 0.030 0.018 0.056 0.064 0.075 0.148 0.160 0.183 0.146 0.098 156 F 0.027 0.060 0.046 0.151 0.149 0.146 0.158 0.106 0.080 0.049 0.029 157 Y 0.096 0.088 0.054 0.131 0.123 0.119 0.146 0.099 0.077 0.046 0.022 158 G 0.244 0.123 0.049 0.120 0.100 0.085 0.099 0.071 0.056 0.035 0.017 159 G 0.509 0.169 0.033 0.085 0.056 0.038 0.038 0.025 0.022 0.016 0.009