# TARGET T0274 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0274.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 250 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 2 N 0.010 0.014 0.001 0.006 0.002 0.002 0.965 3 L 0.001 0.001 0.084 0.798 0.025 0.053 0.039 4 E 0.001 0.001 0.083 0.845 0.012 0.051 0.008 5 A 0.001 0.001 0.128 0.814 0.007 0.040 0.010 6 K 0.001 0.003 0.027 0.925 0.006 0.028 0.010 7 K 0.001 0.001 0.030 0.935 0.006 0.021 0.006 8 K 0.002 0.001 0.038 0.918 0.006 0.030 0.006 9 V 0.001 0.001 0.049 0.890 0.004 0.049 0.007 10 L 0.002 0.010 0.134 0.718 0.009 0.108 0.018 11 R 0.006 0.001 0.175 0.405 0.032 0.359 0.021 12 S 0.009 0.001 0.150 0.280 0.048 0.471 0.041 13 F 0.020 0.053 0.054 0.073 0.260 0.117 0.422 14 T 0.044 0.022 0.018 0.009 0.225 0.091 0.592 15 Y 0.076 0.007 0.011 0.002 0.497 0.079 0.328 16 G 0.407 0.005 0.008 0.001 0.220 0.047 0.311 17 L 0.925 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.062 18 Y 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 19 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 20 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 21 T 0.947 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.047 22 A 0.736 0.006 0.001 0.001 0.020 0.004 0.232 23 K 0.418 0.013 0.007 0.001 0.136 0.072 0.353 24 D 0.116 0.007 0.027 0.001 0.252 0.258 0.338 25 G 0.007 0.001 0.016 0.001 0.163 0.789 0.023 26 D 0.023 0.002 0.010 0.001 0.243 0.656 0.065 27 E 0.350 0.021 0.003 0.001 0.113 0.015 0.496 28 V 0.706 0.037 0.001 0.001 0.019 0.005 0.230 29 A 0.827 0.005 0.003 0.002 0.046 0.008 0.109 30 A 0.930 0.003 0.002 0.002 0.012 0.005 0.046 31 G 0.965 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.026 32 T 0.965 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 33 V 0.950 0.002 0.003 0.003 0.005 0.002 0.035 34 N 0.917 0.002 0.007 0.006 0.021 0.008 0.039 35 W 0.875 0.005 0.014 0.015 0.023 0.013 0.054 36 V 0.833 0.012 0.012 0.017 0.028 0.013 0.086 37 T 0.762 0.012 0.016 0.027 0.049 0.013 0.121 38 Q 0.735 0.010 0.016 0.028 0.042 0.019 0.150 39 A 0.576 0.024 0.030 0.053 0.062 0.085 0.171 40 S 0.381 0.026 0.038 0.056 0.106 0.187 0.207 41 F 0.250 0.026 0.018 0.028 0.210 0.135 0.332 42 Q 0.126 0.015 0.006 0.007 0.411 0.054 0.381 43 P 0.095 0.009 0.011 0.005 0.387 0.098 0.395 44 P 0.240 0.004 0.008 0.002 0.224 0.076 0.445 45 L 0.892 0.004 0.002 0.001 0.043 0.005 0.054 46 V 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 47 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 48 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 49 G 0.946 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.046 50 L 0.777 0.009 0.001 0.002 0.038 0.006 0.167 51 K 0.424 0.013 0.006 0.007 0.106 0.032 0.411 52 R 0.045 0.008 0.061 0.042 0.199 0.448 0.197 53 D 0.022 0.005 0.082 0.081 0.255 0.450 0.106 54 S 0.029 0.009 0.110 0.221 0.219 0.248 0.163 55 H 0.041 0.026 0.054 0.348 0.132 0.187 0.212 56 L 0.056 0.017 0.042 0.480 0.077 0.125 0.203 57 H 0.023 0.003 0.053 0.735 0.045 0.063 0.077 58 A 0.046 0.001 0.056 0.812 0.020 0.032 0.033 59 L 0.045 0.002 0.060 0.816 0.014 0.029 0.033 60 V 0.067 0.007 0.030 0.833 0.012 0.026 0.026 61 E 0.078 0.005 0.036 0.749 0.017 0.072 0.043 62 R 0.051 0.003 0.034 0.547 0.048 0.270 0.048 63 T 0.013 0.002 0.019 0.098 0.089 0.742 0.036 64 G 0.012 0.001 0.008 0.008 0.194 0.681 0.096 65 K 0.279 0.006 0.005 0.004 0.172 0.053 0.480 66 L 0.819 0.014 0.002 0.002 0.017 0.006 0.140 67 A 0.941 0.003 0.002 0.002 0.006 0.004 0.042 68 L 0.947 0.003 0.003 0.002 0.007 0.003 0.036 69 M 0.868 0.004 0.004 0.002 0.015 0.005 0.103 70 T 0.508 0.015 0.011 0.002 0.054 0.024 0.384 71 L 0.132 0.016 0.008 0.003 0.247 0.023 0.572 72 A 0.040 0.005 0.018 0.024 0.249 0.032 0.632 73 H 0.004 0.003 0.198 0.561 0.076 0.105 0.053 74 D 0.002 0.003 0.130 0.695 0.031 0.100 0.039 75 Q 0.001 0.001 0.039 0.902 0.013 0.024 0.020 76 K 0.002 0.001 0.005 0.966 0.009 0.008 0.010 77 A 0.002 0.001 0.003 0.977 0.003 0.008 0.007 78 I 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.008 0.003 79 A 0.001 0.001 0.003 0.981 0.003 0.009 0.003 80 Q 0.001 0.001 0.005 0.969 0.002 0.019 0.003 81 D 0.001 0.001 0.006 0.939 0.003 0.048 0.003 82 F 0.001 0.002 0.011 0.850 0.012 0.109 0.015 83 F 0.005 0.006 0.025 0.672 0.048 0.178 0.066 84 K 0.014 0.009 0.059 0.492 0.101 0.188 0.137 85 P 0.014 0.009 0.051 0.358 0.192 0.190 0.186 86 T 0.021 0.016 0.026 0.179 0.251 0.201 0.306 87 V 0.009 0.007 0.026 0.090 0.278 0.168 0.422 88 R 0.015 0.015 0.059 0.091 0.195 0.209 0.416 89 E 0.026 0.013 0.157 0.141 0.150 0.196 0.317 90 G 0.033 0.009 0.223 0.149 0.137 0.172 0.277 91 D 0.106 0.021 0.204 0.121 0.091 0.138 0.319 92 R 0.161 0.043 0.147 0.106 0.135 0.137 0.272 93 L 0.204 0.045 0.086 0.093 0.104 0.156 0.313 94 N 0.138 0.011 0.050 0.069 0.142 0.393 0.196 95 G 0.144 0.012 0.024 0.024 0.169 0.382 0.246 96 H 0.244 0.023 0.004 0.010 0.134 0.016 0.568 97 P 0.506 0.026 0.003 0.007 0.053 0.013 0.392 98 F 0.636 0.036 0.009 0.013 0.029 0.018 0.260 99 E 0.551 0.018 0.021 0.020 0.070 0.037 0.283 100 P 0.443 0.026 0.026 0.037 0.144 0.044 0.279 101 S 0.266 0.037 0.044 0.033 0.111 0.037 0.472 102 P 0.111 0.028 0.086 0.031 0.198 0.269 0.277 103 T 0.059 0.012 0.058 0.027 0.149 0.488 0.207 104 F 0.046 0.025 0.026 0.034 0.268 0.271 0.330 105 G 0.028 0.010 0.009 0.009 0.310 0.235 0.400 106 L 0.043 0.009 0.005 0.011 0.419 0.025 0.488 107 P 0.186 0.079 0.008 0.022 0.078 0.016 0.611 108 L 0.316 0.065 0.031 0.037 0.041 0.033 0.477 109 L 0.196 0.027 0.105 0.030 0.045 0.060 0.537 110 T 0.071 0.009 0.227 0.036 0.107 0.383 0.168 111 E 0.107 0.012 0.124 0.016 0.221 0.311 0.210 112 L 0.126 0.009 0.007 0.002 0.053 0.007 0.797 113 P 0.515 0.001 0.001 0.001 0.146 0.005 0.331 114 Y 0.940 0.002 0.001 0.001 0.034 0.001 0.022 115 W 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 116 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 117 E 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 118 A 0.921 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.065 119 E 0.882 0.003 0.002 0.002 0.028 0.008 0.076 120 V 0.797 0.007 0.006 0.003 0.025 0.018 0.143 121 R 0.711 0.016 0.013 0.006 0.065 0.033 0.155 122 H 0.740 0.006 0.008 0.006 0.069 0.019 0.152 123 L 0.719 0.011 0.010 0.005 0.073 0.031 0.151 124 Y 0.685 0.037 0.004 0.005 0.055 0.018 0.195 125 P 0.541 0.021 0.005 0.003 0.072 0.042 0.316 126 G 0.303 0.013 0.015 0.006 0.228 0.210 0.226 127 G 0.165 0.015 0.014 0.003 0.379 0.267 0.158 128 D 0.155 0.003 0.015 0.003 0.399 0.145 0.281 129 H 0.583 0.011 0.006 0.002 0.157 0.036 0.206 130 S 0.842 0.007 0.002 0.001 0.022 0.007 0.119 131 L 0.954 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.029 132 V 0.975 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 133 V 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 134 A 0.950 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.039 135 E 0.941 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.044 136 V 0.912 0.002 0.002 0.001 0.014 0.006 0.062 137 V 0.919 0.005 0.004 0.002 0.024 0.008 0.038 138 E 0.878 0.008 0.005 0.003 0.015 0.006 0.086 139 A 0.840 0.006 0.006 0.004 0.029 0.016 0.099 140 G 0.868 0.017 0.003 0.004 0.024 0.013 0.069 141 V 0.664 0.024 0.006 0.006 0.051 0.025 0.224 142 R 0.285 0.014 0.012 0.006 0.125 0.089 0.469 143 R 0.058 0.007 0.042 0.007 0.212 0.554 0.118 144 E 0.027 0.003 0.031 0.005 0.208 0.642 0.085 145 E 0.124 0.011 0.011 0.004 0.468 0.094 0.287 146 K 0.210 0.012 0.004 0.003 0.285 0.025 0.461 147 P 0.574 0.017 0.003 0.002 0.053 0.009 0.342 148 L 0.919 0.005 0.002 0.001 0.018 0.002 0.053 149 V 0.972 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 150 M 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 151 W 0.935 0.003 0.002 0.001 0.008 0.011 0.039 152 D 0.468 0.004 0.018 0.005 0.095 0.322 0.088 153 T 0.082 0.002 0.022 0.003 0.164 0.676 0.052 154 G 0.453 0.014 0.025 0.007 0.121 0.151 0.231 155 W 0.782 0.046 0.005 0.004 0.018 0.016 0.129 156 F 0.827 0.023 0.005 0.009 0.024 0.014 0.099 157 Y 0.699 0.016 0.007 0.020 0.056 0.042 0.160 158 G 0.356 0.013 0.006 0.028 0.079 0.117 0.399 159 G 0.021 0.002 0.002 0.006 0.019 0.020 0.931