# TARGET T0274 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0274.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 110.292 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.349 0.416 0.048 0.045 0.039 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 2 N 0.010 0.079 0.595 0.004 0.025 0.189 0.001 0.001 0.093 0.003 0.001 3 L 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 A 0.970 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 K 0.975 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.993 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.966 0.002 0.003 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 R 0.976 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 S 0.768 0.009 0.008 0.206 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 F 0.512 0.040 0.101 0.262 0.008 0.022 0.022 0.002 0.030 0.001 0.001 14 T 0.338 0.075 0.216 0.249 0.012 0.045 0.026 0.016 0.020 0.002 0.001 15 Y 0.097 0.188 0.313 0.125 0.151 0.010 0.057 0.022 0.011 0.026 0.001 16 G 0.059 0.101 0.279 0.037 0.302 0.010 0.024 0.094 0.004 0.087 0.003 17 L 0.011 0.703 0.196 0.011 0.050 0.015 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 18 Y 0.006 0.728 0.192 0.002 0.027 0.021 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 19 V 0.005 0.675 0.246 0.001 0.006 0.043 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 20 L 0.018 0.637 0.206 0.005 0.011 0.076 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 21 T 0.021 0.666 0.103 0.024 0.119 0.038 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 22 A 0.069 0.489 0.210 0.048 0.120 0.038 0.003 0.002 0.019 0.003 0.001 23 K 0.166 0.364 0.148 0.152 0.066 0.035 0.011 0.003 0.046 0.008 0.001 24 D 0.076 0.121 0.221 0.154 0.032 0.042 0.216 0.006 0.122 0.009 0.002 25 G 0.026 0.002 0.025 0.008 0.027 0.001 0.047 0.522 0.001 0.340 0.001 26 D 0.221 0.082 0.208 0.280 0.055 0.035 0.061 0.030 0.014 0.010 0.004 27 E 0.079 0.442 0.301 0.030 0.069 0.029 0.020 0.004 0.024 0.002 0.001 28 V 0.210 0.244 0.442 0.020 0.006 0.059 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 29 A 0.277 0.393 0.077 0.134 0.080 0.017 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 30 A 0.051 0.532 0.085 0.023 0.272 0.009 0.011 0.003 0.013 0.003 0.001 31 G 0.047 0.529 0.148 0.010 0.220 0.010 0.004 0.002 0.023 0.006 0.001 32 T 0.104 0.529 0.228 0.017 0.045 0.051 0.002 0.001 0.018 0.001 0.003 33 V 0.107 0.600 0.126 0.025 0.055 0.042 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 34 N 0.242 0.383 0.201 0.037 0.064 0.040 0.010 0.002 0.018 0.002 0.001 35 W 0.193 0.404 0.155 0.030 0.120 0.056 0.018 0.003 0.016 0.002 0.002 36 V 0.243 0.420 0.103 0.106 0.066 0.027 0.006 0.002 0.024 0.001 0.001 37 T 0.096 0.461 0.165 0.046 0.172 0.022 0.006 0.002 0.027 0.003 0.001 38 Q 0.285 0.236 0.217 0.104 0.053 0.044 0.022 0.007 0.030 0.003 0.001 39 A 0.189 0.309 0.154 0.215 0.076 0.018 0.012 0.004 0.020 0.002 0.001 40 S 0.121 0.347 0.165 0.090 0.205 0.024 0.013 0.013 0.009 0.013 0.001 41 F 0.132 0.243 0.156 0.304 0.064 0.032 0.030 0.006 0.025 0.008 0.001 42 Q 0.011 0.399 0.199 0.001 0.046 0.008 0.014 0.001 0.321 0.001 0.001 43 P 0.012 0.001 0.610 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.364 44 P 0.039 0.004 0.801 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 45 L 0.038 0.374 0.458 0.012 0.044 0.046 0.005 0.001 0.011 0.001 0.010 46 V 0.003 0.899 0.055 0.001 0.016 0.009 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 47 A 0.003 0.769 0.178 0.001 0.008 0.027 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 48 V 0.004 0.850 0.067 0.001 0.014 0.030 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 49 G 0.009 0.603 0.165 0.007 0.071 0.081 0.004 0.001 0.058 0.001 0.001 50 L 0.069 0.475 0.292 0.045 0.035 0.059 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 51 K 0.038 0.176 0.499 0.026 0.106 0.105 0.011 0.001 0.031 0.006 0.001 52 R 0.732 0.042 0.072 0.107 0.010 0.013 0.010 0.002 0.007 0.003 0.001 53 D 0.507 0.050 0.107 0.252 0.018 0.021 0.017 0.008 0.017 0.003 0.001 54 S 0.638 0.040 0.101 0.138 0.016 0.019 0.027 0.010 0.008 0.002 0.001 55 H 0.674 0.049 0.105 0.090 0.020 0.018 0.019 0.009 0.011 0.006 0.001 56 L 0.871 0.019 0.026 0.068 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 57 H 0.971 0.006 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.990 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.982 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.980 0.005 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 R 0.948 0.007 0.006 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 T 0.190 0.008 0.027 0.749 0.005 0.001 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 64 G 0.010 0.001 0.010 0.006 0.010 0.001 0.133 0.794 0.001 0.034 0.001 65 K 0.043 0.472 0.346 0.049 0.060 0.021 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 66 L 0.006 0.616 0.320 0.004 0.020 0.021 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 67 A 0.003 0.878 0.074 0.001 0.025 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 68 L 0.006 0.823 0.115 0.001 0.012 0.026 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 69 M 0.009 0.635 0.161 0.002 0.021 0.101 0.001 0.001 0.070 0.001 0.001 70 T 0.019 0.592 0.177 0.006 0.022 0.081 0.003 0.001 0.100 0.001 0.001 71 L 0.036 0.209 0.585 0.016 0.018 0.116 0.003 0.001 0.013 0.001 0.002 72 A 0.175 0.170 0.439 0.034 0.083 0.055 0.010 0.003 0.019 0.011 0.001 73 H 0.936 0.006 0.017 0.023 0.006 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 74 D 0.847 0.002 0.010 0.103 0.002 0.010 0.012 0.007 0.005 0.002 0.001 75 Q 0.956 0.001 0.002 0.035 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.992 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 I 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.932 0.001 0.002 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 F 0.694 0.003 0.008 0.287 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 83 F 0.329 0.055 0.162 0.326 0.015 0.026 0.041 0.020 0.021 0.005 0.001 84 K 0.077 0.197 0.514 0.006 0.041 0.024 0.033 0.001 0.099 0.009 0.001 85 P 0.395 0.005 0.518 0.021 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 86 T 0.309 0.124 0.197 0.236 0.046 0.037 0.015 0.011 0.023 0.003 0.001 87 V 0.258 0.145 0.361 0.079 0.068 0.029 0.016 0.011 0.021 0.012 0.002 88 R 0.305 0.131 0.371 0.102 0.028 0.023 0.008 0.008 0.014 0.009 0.001 89 E 0.313 0.096 0.217 0.187 0.039 0.024 0.062 0.021 0.028 0.011 0.001 90 G 0.280 0.027 0.148 0.048 0.088 0.007 0.035 0.152 0.004 0.209 0.002 91 D 0.255 0.093 0.309 0.127 0.029 0.120 0.021 0.003 0.037 0.002 0.003 92 R 0.696 0.075 0.087 0.102 0.012 0.013 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 93 L 0.552 0.122 0.091 0.171 0.010 0.024 0.007 0.002 0.020 0.001 0.001 94 N 0.226 0.093 0.188 0.369 0.030 0.008 0.065 0.004 0.011 0.005 0.001 95 G 0.031 0.004 0.032 0.044 0.020 0.003 0.171 0.628 0.002 0.066 0.001 96 H 0.008 0.345 0.568 0.001 0.011 0.010 0.002 0.001 0.055 0.001 0.001 97 P 0.046 0.009 0.859 0.005 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 98 F 0.116 0.335 0.399 0.055 0.046 0.027 0.006 0.003 0.011 0.001 0.001 99 E 0.030 0.494 0.289 0.001 0.037 0.014 0.006 0.001 0.127 0.001 0.001 100 P 0.200 0.005 0.722 0.013 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 101 S 0.162 0.125 0.461 0.003 0.099 0.017 0.006 0.005 0.104 0.018 0.001 102 P 0.839 0.002 0.102 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 103 T 0.551 0.107 0.054 0.209 0.038 0.009 0.011 0.006 0.016 0.001 0.001 104 F 0.195 0.106 0.186 0.479 0.020 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 105 G 0.045 0.007 0.033 0.027 0.024 0.004 0.167 0.595 0.005 0.093 0.001 106 L 0.032 0.244 0.548 0.008 0.039 0.034 0.006 0.001 0.084 0.003 0.001 107 P 0.097 0.022 0.809 0.004 0.001 0.040 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 108 L 0.199 0.311 0.344 0.025 0.011 0.072 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 109 L 0.253 0.264 0.330 0.045 0.008 0.068 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 110 T 0.495 0.105 0.216 0.092 0.038 0.015 0.023 0.002 0.006 0.007 0.001 111 E 0.112 0.022 0.040 0.367 0.039 0.019 0.283 0.100 0.013 0.005 0.001 112 L 0.020 0.288 0.571 0.003 0.043 0.016 0.004 0.001 0.052 0.002 0.001 113 P 0.224 0.031 0.600 0.031 0.001 0.054 0.001 0.001 0.002 0.001 0.054 114 Y 0.040 0.571 0.145 0.030 0.182 0.009 0.006 0.003 0.010 0.002 0.001 115 W 0.025 0.734 0.136 0.009 0.069 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 116 L 0.021 0.828 0.070 0.007 0.046 0.014 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 117 E 0.020 0.714 0.138 0.012 0.044 0.048 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 118 A 0.023 0.481 0.129 0.006 0.332 0.009 0.006 0.003 0.009 0.002 0.001 119 E 0.021 0.798 0.095 0.009 0.040 0.016 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 120 V 0.013 0.200 0.682 0.001 0.003 0.089 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 121 R 0.669 0.019 0.004 0.302 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 122 H 0.012 0.397 0.036 0.021 0.497 0.004 0.025 0.001 0.007 0.001 0.001 123 L 0.028 0.705 0.150 0.032 0.031 0.016 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 124 Y 0.006 0.435 0.242 0.001 0.032 0.027 0.006 0.001 0.250 0.001 0.001 125 P 0.039 0.011 0.850 0.009 0.001 0.074 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 126 G 0.136 0.100 0.289 0.145 0.151 0.011 0.031 0.094 0.011 0.032 0.001 127 G 0.058 0.018 0.067 0.018 0.143 0.002 0.042 0.164 0.001 0.487 0.001 128 D 0.221 0.217 0.209 0.210 0.070 0.035 0.014 0.004 0.012 0.006 0.002 129 H 0.142 0.448 0.165 0.042 0.125 0.027 0.020 0.003 0.025 0.003 0.001 130 S 0.256 0.357 0.281 0.025 0.029 0.036 0.002 0.001 0.009 0.001 0.003 131 L 0.082 0.679 0.162 0.009 0.030 0.020 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 132 V 0.042 0.822 0.074 0.005 0.029 0.015 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 133 V 0.047 0.790 0.081 0.009 0.024 0.033 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 134 A 0.053 0.560 0.076 0.008 0.288 0.003 0.004 0.002 0.005 0.002 0.001 135 E 0.027 0.673 0.220 0.003 0.020 0.032 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 136 V 0.023 0.085 0.795 0.001 0.001 0.089 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 137 V 0.902 0.005 0.001 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 E 0.037 0.516 0.027 0.020 0.390 0.002 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 139 A 0.051 0.528 0.065 0.169 0.144 0.005 0.012 0.003 0.021 0.001 0.001 140 G 0.033 0.153 0.074 0.021 0.335 0.024 0.196 0.077 0.040 0.046 0.001 141 V 0.056 0.627 0.183 0.045 0.046 0.025 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 142 R 0.077 0.261 0.349 0.088 0.047 0.101 0.014 0.002 0.054 0.007 0.001 143 R 0.297 0.125 0.181 0.099 0.073 0.038 0.143 0.011 0.019 0.013 0.001 144 E 0.404 0.078 0.086 0.306 0.032 0.017 0.045 0.019 0.009 0.003 0.001 145 E 0.157 0.221 0.212 0.236 0.054 0.028 0.041 0.013 0.030 0.007 0.001 146 K 0.009 0.374 0.379 0.001 0.024 0.015 0.020 0.001 0.176 0.001 0.001 147 P 0.028 0.010 0.883 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 148 L 0.042 0.377 0.481 0.010 0.017 0.055 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 149 V 0.017 0.818 0.095 0.005 0.029 0.019 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 150 M 0.019 0.730 0.153 0.012 0.021 0.040 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 151 W 0.030 0.609 0.127 0.017 0.140 0.035 0.006 0.001 0.033 0.002 0.001 152 D 0.143 0.181 0.175 0.145 0.071 0.137 0.068 0.004 0.067 0.005 0.003 153 T 0.102 0.186 0.176 0.195 0.256 0.008 0.026 0.023 0.010 0.018 0.002 154 G 0.073 0.086 0.158 0.070 0.216 0.010 0.080 0.178 0.014 0.114 0.002 155 W 0.053 0.394 0.406 0.026 0.081 0.021 0.003 0.002 0.009 0.004 0.002 156 F 0.071 0.567 0.168 0.063 0.057 0.038 0.007 0.002 0.024 0.003 0.001 157 Y 0.080 0.432 0.217 0.103 0.075 0.029 0.015 0.003 0.040 0.005 0.001 158 G 0.041 0.048 0.168 0.077 0.143 0.012 0.294 0.109 0.017 0.090 0.001 159 G 0.033 0.015 0.113 0.016 0.100 0.003 0.041 0.314 0.001 0.363 0.001