# TARGET T0274 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0274.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 250 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.364 0.170 0.030 0.146 0.037 0.029 0.051 0.036 0.071 0.036 2 N 0.197 0.215 0.079 0.002 0.444 0.001 0.001 0.011 0.005 0.008 0.037 3 L 0.002 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.566 0.392 0.022 0.002 4 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.872 0.088 0.007 0.001 5 A 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.878 0.071 0.032 0.001 6 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.901 0.072 0.021 0.002 7 K 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.896 0.085 0.003 0.001 8 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.887 0.078 0.005 0.001 9 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.031 0.757 0.160 0.041 0.001 10 L 0.008 0.010 0.001 0.001 0.012 0.001 0.015 0.608 0.298 0.042 0.004 11 R 0.002 0.009 0.002 0.003 0.004 0.007 0.042 0.616 0.292 0.022 0.002 12 S 0.008 0.010 0.008 0.008 0.014 0.025 0.140 0.325 0.203 0.249 0.011 13 F 0.171 0.088 0.033 0.007 0.180 0.008 0.026 0.099 0.106 0.192 0.091 14 T 0.066 0.082 0.047 0.026 0.109 0.042 0.073 0.240 0.165 0.115 0.036 15 Y 0.025 0.099 0.113 0.082 0.087 0.044 0.097 0.190 0.116 0.135 0.012 16 G 0.105 0.143 0.096 0.093 0.239 0.027 0.042 0.053 0.032 0.116 0.054 17 L 0.121 0.155 0.007 0.001 0.701 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.006 18 Y 0.119 0.073 0.003 0.001 0.795 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 19 V 0.395 0.016 0.001 0.001 0.564 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 20 L 0.259 0.066 0.005 0.003 0.556 0.012 0.008 0.004 0.001 0.008 0.077 21 T 0.213 0.170 0.035 0.003 0.492 0.001 0.002 0.004 0.002 0.013 0.065 22 A 0.166 0.224 0.057 0.017 0.358 0.019 0.023 0.036 0.020 0.039 0.043 23 K 0.144 0.128 0.084 0.113 0.108 0.057 0.063 0.080 0.055 0.077 0.090 24 D 0.021 0.080 0.219 0.348 0.033 0.107 0.045 0.062 0.036 0.036 0.014 25 G 0.008 0.097 0.082 0.280 0.018 0.139 0.147 0.111 0.062 0.047 0.009 26 D 0.017 0.027 0.038 0.076 0.018 0.072 0.050 0.052 0.083 0.470 0.099 27 E 0.082 0.309 0.175 0.035 0.221 0.021 0.019 0.029 0.034 0.043 0.030 28 V 0.277 0.112 0.035 0.018 0.279 0.033 0.038 0.047 0.044 0.053 0.064 29 A 0.132 0.149 0.096 0.055 0.206 0.034 0.076 0.075 0.053 0.073 0.052 30 A 0.187 0.179 0.106 0.032 0.275 0.007 0.006 0.026 0.023 0.069 0.090 31 G 0.150 0.261 0.044 0.004 0.488 0.004 0.006 0.018 0.006 0.005 0.015 32 T 0.239 0.194 0.025 0.005 0.435 0.008 0.012 0.034 0.009 0.012 0.028 33 V 0.355 0.036 0.004 0.006 0.388 0.007 0.012 0.081 0.039 0.016 0.055 34 N 0.090 0.225 0.070 0.040 0.268 0.035 0.038 0.157 0.043 0.014 0.019 35 W 0.200 0.069 0.014 0.003 0.360 0.008 0.043 0.167 0.031 0.046 0.059 36 V 0.293 0.038 0.007 0.013 0.231 0.018 0.026 0.088 0.049 0.091 0.146 37 T 0.059 0.237 0.115 0.068 0.208 0.058 0.047 0.102 0.049 0.040 0.018 38 Q 0.281 0.110 0.020 0.002 0.371 0.004 0.015 0.063 0.028 0.043 0.064 39 A 0.236 0.173 0.034 0.028 0.236 0.032 0.041 0.068 0.042 0.049 0.061 40 S 0.083 0.331 0.114 0.015 0.315 0.007 0.018 0.046 0.021 0.025 0.025 41 F 0.093 0.109 0.094 0.047 0.121 0.051 0.073 0.177 0.134 0.067 0.034 42 Q 0.028 0.205 0.277 0.071 0.095 0.048 0.125 0.076 0.039 0.028 0.008 43 P 0.076 0.379 0.195 0.019 0.192 0.011 0.028 0.032 0.027 0.019 0.023 44 P 0.122 0.288 0.061 0.009 0.416 0.009 0.019 0.022 0.018 0.014 0.023 45 L 0.224 0.094 0.009 0.003 0.606 0.006 0.009 0.007 0.004 0.010 0.029 46 V 0.269 0.047 0.003 0.002 0.652 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.017 47 A 0.301 0.040 0.003 0.001 0.624 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.023 48 V 0.216 0.107 0.011 0.003 0.597 0.004 0.002 0.003 0.001 0.006 0.051 49 G 0.284 0.100 0.012 0.001 0.547 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.046 50 L 0.162 0.148 0.035 0.017 0.273 0.029 0.031 0.043 0.037 0.112 0.113 51 K 0.115 0.278 0.196 0.045 0.281 0.008 0.006 0.013 0.010 0.013 0.036 52 R 0.021 0.056 0.023 0.018 0.043 0.025 0.049 0.318 0.355 0.081 0.012 53 D 0.038 0.086 0.035 0.012 0.070 0.021 0.085 0.208 0.203 0.207 0.035 54 S 0.057 0.091 0.016 0.010 0.127 0.020 0.041 0.253 0.216 0.136 0.034 55 H 0.032 0.026 0.010 0.006 0.050 0.013 0.074 0.449 0.187 0.121 0.031 56 L 0.050 0.101 0.040 0.007 0.059 0.009 0.015 0.325 0.171 0.194 0.029 57 H 0.024 0.024 0.010 0.006 0.043 0.004 0.011 0.572 0.239 0.055 0.013 58 A 0.013 0.024 0.011 0.004 0.017 0.005 0.026 0.728 0.158 0.009 0.005 59 L 0.010 0.013 0.005 0.001 0.020 0.005 0.033 0.711 0.136 0.061 0.005 60 V 0.036 0.030 0.002 0.001 0.096 0.002 0.009 0.631 0.136 0.047 0.010 61 E 0.019 0.013 0.011 0.010 0.011 0.017 0.052 0.642 0.199 0.018 0.007 62 R 0.008 0.006 0.014 0.022 0.009 0.056 0.119 0.493 0.198 0.065 0.009 63 T 0.007 0.672 0.158 0.067 0.055 0.005 0.004 0.012 0.008 0.009 0.003 64 G 0.005 0.003 0.002 0.021 0.004 0.026 0.087 0.131 0.108 0.552 0.061 65 K 0.069 0.313 0.043 0.007 0.398 0.005 0.010 0.048 0.035 0.053 0.018 66 L 0.212 0.049 0.005 0.002 0.687 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.037 67 A 0.188 0.106 0.011 0.002 0.651 0.003 0.007 0.008 0.002 0.005 0.016 68 L 0.230 0.086 0.005 0.002 0.591 0.002 0.006 0.013 0.006 0.008 0.051 69 M 0.273 0.055 0.015 0.005 0.451 0.013 0.021 0.016 0.011 0.023 0.118 70 T 0.147 0.269 0.083 0.007 0.303 0.006 0.009 0.023 0.021 0.065 0.068 71 L 0.125 0.313 0.131 0.013 0.231 0.010 0.015 0.028 0.017 0.059 0.058 72 A 0.025 0.464 0.240 0.034 0.102 0.013 0.008 0.046 0.029 0.027 0.012 73 H 0.001 0.004 0.003 0.009 0.004 0.026 0.030 0.657 0.253 0.010 0.002 74 D 0.003 0.009 0.005 0.001 0.004 0.001 0.010 0.763 0.141 0.059 0.006 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.777 0.139 0.074 0.003 76 K 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.911 0.074 0.002 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.921 0.062 0.003 0.001 78 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.906 0.070 0.011 0.001 79 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.829 0.149 0.011 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.784 0.176 0.006 0.001 81 D 0.002 0.004 0.003 0.002 0.005 0.009 0.150 0.740 0.068 0.016 0.001 82 F 0.017 0.028 0.016 0.009 0.030 0.015 0.070 0.395 0.197 0.203 0.020 83 F 0.039 0.084 0.042 0.036 0.053 0.021 0.053 0.270 0.185 0.176 0.039 84 K 0.019 0.155 0.110 0.042 0.074 0.030 0.068 0.250 0.141 0.099 0.013 85 P 0.045 0.063 0.045 0.033 0.060 0.044 0.180 0.273 0.129 0.101 0.028 86 T 0.038 0.207 0.140 0.064 0.107 0.037 0.082 0.138 0.068 0.091 0.028 87 V 0.030 0.082 0.139 0.203 0.053 0.095 0.051 0.113 0.069 0.133 0.033 88 R 0.056 0.153 0.104 0.042 0.106 0.043 0.087 0.180 0.096 0.098 0.036 89 E 0.067 0.105 0.075 0.032 0.123 0.019 0.021 0.138 0.116 0.222 0.083 90 G 0.084 0.121 0.031 0.013 0.142 0.016 0.032 0.191 0.197 0.129 0.044 91 D 0.113 0.077 0.048 0.016 0.181 0.011 0.029 0.233 0.156 0.090 0.045 92 R 0.038 0.063 0.024 0.011 0.060 0.012 0.056 0.429 0.213 0.076 0.019 93 L 0.092 0.086 0.047 0.030 0.107 0.022 0.036 0.193 0.103 0.231 0.053 94 N 0.014 0.160 0.067 0.080 0.052 0.102 0.170 0.208 0.093 0.046 0.007 95 G 0.118 0.032 0.023 0.017 0.075 0.006 0.010 0.041 0.061 0.425 0.193 96 H 0.118 0.370 0.071 0.011 0.298 0.007 0.007 0.025 0.029 0.033 0.031 97 P 0.146 0.192 0.063 0.006 0.431 0.006 0.015 0.047 0.031 0.022 0.041 98 F 0.275 0.099 0.029 0.015 0.273 0.016 0.021 0.046 0.056 0.096 0.074 99 E 0.095 0.314 0.144 0.022 0.315 0.009 0.014 0.029 0.013 0.021 0.025 100 P 0.125 0.194 0.075 0.034 0.167 0.026 0.024 0.048 0.053 0.161 0.094 101 S 0.062 0.208 0.193 0.057 0.288 0.010 0.011 0.051 0.065 0.036 0.018 102 P 0.025 0.043 0.021 0.018 0.046 0.022 0.086 0.457 0.218 0.050 0.014 103 T 0.027 0.021 0.015 0.024 0.029 0.066 0.224 0.166 0.088 0.312 0.027 104 F 0.042 0.284 0.059 0.051 0.112 0.052 0.093 0.147 0.082 0.057 0.019 105 G 0.025 0.013 0.031 0.118 0.013 0.028 0.022 0.037 0.062 0.531 0.120 106 L 0.010 0.395 0.492 0.017 0.069 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.002 107 P 0.107 0.346 0.140 0.012 0.229 0.007 0.018 0.079 0.025 0.010 0.027 108 L 0.072 0.227 0.083 0.017 0.145 0.027 0.129 0.156 0.065 0.054 0.025 109 L 0.168 0.098 0.049 0.034 0.095 0.019 0.007 0.086 0.100 0.200 0.144 110 T 0.004 0.032 0.022 0.052 0.011 0.186 0.222 0.344 0.114 0.013 0.002 111 E 0.142 0.042 0.022 0.007 0.096 0.002 0.007 0.057 0.073 0.389 0.164 112 L 0.140 0.234 0.031 0.017 0.364 0.019 0.016 0.062 0.038 0.039 0.040 113 P 0.295 0.061 0.013 0.005 0.411 0.009 0.016 0.061 0.025 0.028 0.077 114 Y 0.203 0.138 0.016 0.010 0.474 0.008 0.015 0.046 0.024 0.028 0.039 115 W 0.393 0.034 0.003 0.002 0.481 0.003 0.006 0.017 0.006 0.010 0.047 116 L 0.169 0.112 0.016 0.008 0.639 0.009 0.004 0.012 0.004 0.010 0.017 117 E 0.425 0.024 0.003 0.002 0.394 0.002 0.007 0.007 0.003 0.018 0.116 118 A 0.312 0.144 0.021 0.009 0.451 0.005 0.002 0.003 0.001 0.006 0.045 119 E 0.035 0.508 0.063 0.004 0.365 0.007 0.006 0.005 0.001 0.002 0.003 120 V 0.699 0.005 0.001 0.001 0.243 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.048 121 R 0.022 0.071 0.019 0.206 0.070 0.474 0.098 0.022 0.006 0.006 0.005 122 H 0.217 0.144 0.036 0.005 0.443 0.002 0.003 0.012 0.006 0.034 0.097 123 L 0.324 0.115 0.024 0.012 0.285 0.018 0.023 0.035 0.026 0.047 0.091 124 Y 0.060 0.464 0.146 0.013 0.270 0.006 0.008 0.008 0.005 0.007 0.012 125 P 0.340 0.084 0.052 0.024 0.220 0.041 0.046 0.060 0.030 0.023 0.080 126 G 0.041 0.194 0.181 0.188 0.108 0.049 0.050 0.049 0.041 0.076 0.024 127 G 0.020 0.077 0.136 0.346 0.041 0.116 0.065 0.046 0.039 0.077 0.038 128 D 0.189 0.151 0.046 0.012 0.246 0.034 0.068 0.074 0.067 0.061 0.051 129 H 0.168 0.207 0.034 0.013 0.414 0.010 0.010 0.021 0.020 0.049 0.055 130 S 0.266 0.040 0.002 0.001 0.637 0.002 0.011 0.013 0.005 0.005 0.018 131 L 0.237 0.049 0.003 0.002 0.683 0.004 0.002 0.004 0.001 0.002 0.014 132 V 0.195 0.040 0.005 0.001 0.732 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.018 133 V 0.505 0.006 0.001 0.002 0.152 0.003 0.006 0.005 0.003 0.059 0.258 134 A 0.038 0.400 0.212 0.122 0.201 0.005 0.003 0.002 0.001 0.007 0.009 135 E 0.019 0.544 0.075 0.001 0.359 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 V 0.790 0.004 0.001 0.001 0.170 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 137 V 0.001 0.012 0.002 0.055 0.008 0.815 0.102 0.002 0.001 0.001 0.001 138 E 0.474 0.034 0.004 0.001 0.358 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.122 139 A 0.277 0.129 0.018 0.021 0.411 0.031 0.007 0.014 0.009 0.020 0.064 140 G 0.197 0.195 0.034 0.003 0.471 0.003 0.010 0.009 0.003 0.018 0.057 141 V 0.282 0.175 0.056 0.033 0.247 0.023 0.018 0.023 0.016 0.034 0.093 142 R 0.057 0.142 0.220 0.304 0.088 0.041 0.021 0.030 0.029 0.037 0.031 143 R 0.027 0.077 0.075 0.102 0.040 0.125 0.109 0.172 0.174 0.077 0.021 144 E 0.030 0.110 0.070 0.064 0.064 0.038 0.096 0.139 0.135 0.215 0.039 145 E 0.087 0.132 0.087 0.042 0.123 0.030 0.034 0.049 0.070 0.254 0.093 146 K 0.068 0.314 0.223 0.038 0.206 0.017 0.025 0.037 0.028 0.025 0.019 147 P 0.231 0.195 0.044 0.008 0.406 0.005 0.007 0.028 0.018 0.017 0.043 148 L 0.197 0.131 0.024 0.010 0.489 0.014 0.022 0.037 0.018 0.021 0.036 149 V 0.281 0.101 0.009 0.001 0.553 0.002 0.003 0.013 0.004 0.006 0.027 150 M 0.377 0.099 0.026 0.007 0.368 0.008 0.008 0.019 0.006 0.011 0.072 151 W 0.171 0.146 0.093 0.076 0.234 0.069 0.031 0.068 0.030 0.035 0.048 152 D 0.058 0.137 0.102 0.225 0.092 0.057 0.058 0.090 0.058 0.082 0.042 153 T 0.029 0.081 0.076 0.170 0.047 0.065 0.059 0.092 0.084 0.231 0.065 154 G 0.094 0.154 0.067 0.048 0.174 0.037 0.056 0.111 0.097 0.104 0.059 155 W 0.267 0.118 0.034 0.015 0.311 0.013 0.021 0.039 0.038 0.056 0.088 156 F 0.145 0.186 0.065 0.035 0.279 0.027 0.047 0.065 0.045 0.052 0.054 157 Y 0.167 0.121 0.078 0.039 0.188 0.028 0.037 0.081 0.061 0.120 0.079 158 G 0.047 0.124 0.099 0.108 0.092 0.072 0.088 0.115 0.083 0.129 0.043 159 G 0.052 0.125 0.163 0.128 0.098 0.043 0.027 0.072 0.061 0.173 0.058