# TARGET T0274 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0274.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 250 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.633 0.220 0.097 0.040 0.008 0.001 0.001 2 N 0.588 0.267 0.093 0.041 0.010 0.001 0.001 3 L 0.574 0.253 0.119 0.042 0.010 0.001 0.001 4 E 0.810 0.156 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 5 A 0.336 0.358 0.204 0.080 0.019 0.003 0.001 6 K 0.142 0.140 0.179 0.269 0.209 0.056 0.005 7 K 0.139 0.390 0.299 0.138 0.030 0.003 0.001 8 K 0.252 0.457 0.208 0.070 0.012 0.001 0.001 9 V 0.141 0.150 0.161 0.272 0.206 0.065 0.005 10 L 0.148 0.146 0.148 0.212 0.210 0.117 0.019 11 R 0.240 0.340 0.229 0.135 0.042 0.011 0.003 12 S 0.219 0.290 0.201 0.152 0.094 0.036 0.008 13 F 0.071 0.109 0.113 0.192 0.238 0.205 0.072 14 T 0.063 0.114 0.126 0.182 0.199 0.190 0.126 15 Y 0.040 0.103 0.147 0.214 0.184 0.185 0.126 16 G 0.006 0.031 0.078 0.178 0.246 0.262 0.198 17 L 0.001 0.002 0.011 0.043 0.133 0.349 0.461 18 Y 0.001 0.002 0.005 0.017 0.073 0.266 0.638 19 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.139 0.846 20 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.192 0.786 21 T 0.001 0.001 0.005 0.022 0.088 0.363 0.521 22 A 0.001 0.003 0.011 0.056 0.248 0.531 0.150 23 K 0.005 0.053 0.163 0.361 0.328 0.079 0.011 24 D 0.162 0.372 0.292 0.131 0.035 0.007 0.001 25 G 0.397 0.353 0.143 0.071 0.029 0.006 0.001 26 D 0.308 0.274 0.204 0.144 0.056 0.014 0.001 27 E 0.068 0.214 0.298 0.251 0.127 0.040 0.002 28 V 0.011 0.052 0.129 0.278 0.335 0.178 0.017 29 A 0.003 0.014 0.040 0.135 0.329 0.382 0.096 30 A 0.001 0.002 0.006 0.022 0.086 0.357 0.524 31 G 0.001 0.001 0.002 0.009 0.034 0.221 0.732 32 T 0.001 0.001 0.004 0.016 0.046 0.221 0.711 33 V 0.001 0.001 0.004 0.012 0.042 0.222 0.719 34 N 0.001 0.002 0.005 0.019 0.077 0.276 0.621 35 W 0.001 0.003 0.009 0.025 0.076 0.262 0.624 36 V 0.004 0.012 0.027 0.064 0.128 0.317 0.447 37 T 0.011 0.024 0.043 0.090 0.179 0.364 0.289 38 Q 0.015 0.033 0.058 0.117 0.206 0.303 0.269 39 A 0.015 0.032 0.050 0.108 0.185 0.327 0.283 40 S 0.065 0.128 0.143 0.197 0.206 0.187 0.074 41 F 0.036 0.060 0.094 0.193 0.267 0.246 0.104 42 Q 0.053 0.132 0.173 0.203 0.210 0.169 0.062 43 P 0.026 0.066 0.111 0.222 0.233 0.237 0.106 44 P 0.014 0.045 0.136 0.217 0.255 0.249 0.084 45 L 0.004 0.015 0.054 0.140 0.268 0.355 0.164 46 V 0.002 0.005 0.013 0.037 0.124 0.437 0.382 47 A 0.002 0.003 0.010 0.030 0.080 0.331 0.545 48 V 0.004 0.004 0.010 0.023 0.058 0.323 0.578 49 G 0.009 0.017 0.028 0.086 0.197 0.403 0.259 50 L 0.009 0.020 0.035 0.088 0.241 0.452 0.156 51 K 0.027 0.085 0.145 0.300 0.283 0.140 0.020 52 R 0.073 0.202 0.273 0.248 0.148 0.047 0.009 53 D 0.108 0.210 0.202 0.210 0.162 0.092 0.017 54 S 0.132 0.250 0.264 0.202 0.108 0.040 0.004 55 H 0.094 0.191 0.242 0.250 0.157 0.060 0.007 56 L 0.028 0.048 0.058 0.130 0.280 0.376 0.080 57 H 0.018 0.059 0.139 0.285 0.325 0.159 0.015 58 A 0.093 0.351 0.297 0.169 0.067 0.020 0.003 59 L 0.016 0.076 0.202 0.363 0.244 0.091 0.008 60 V 0.006 0.015 0.034 0.142 0.401 0.371 0.030 61 E 0.067 0.275 0.305 0.240 0.090 0.022 0.002 62 R 0.242 0.462 0.196 0.076 0.019 0.004 0.001 63 T 0.032 0.183 0.365 0.315 0.093 0.010 0.001 64 G 0.062 0.308 0.295 0.216 0.098 0.020 0.001 65 K 0.005 0.051 0.169 0.342 0.318 0.110 0.006 66 L 0.001 0.004 0.014 0.076 0.267 0.528 0.111 67 A 0.001 0.002 0.006 0.024 0.115 0.509 0.343 68 L 0.001 0.001 0.004 0.013 0.048 0.338 0.595 69 M 0.004 0.015 0.036 0.092 0.172 0.400 0.281 70 T 0.002 0.008 0.029 0.081 0.211 0.447 0.223 71 L 0.009 0.036 0.070 0.212 0.360 0.268 0.045 72 A 0.049 0.235 0.338 0.248 0.105 0.022 0.003 73 H 0.333 0.395 0.181 0.065 0.021 0.005 0.001 74 D 0.161 0.315 0.258 0.167 0.074 0.022 0.003 75 Q 0.012 0.041 0.128 0.318 0.362 0.131 0.007 76 K 0.087 0.356 0.328 0.154 0.059 0.016 0.002 77 A 0.123 0.392 0.298 0.141 0.037 0.009 0.001 78 I 0.009 0.032 0.092 0.245 0.390 0.214 0.019 79 A 0.014 0.026 0.055 0.153 0.335 0.358 0.059 80 Q 0.067 0.225 0.297 0.261 0.109 0.038 0.004 81 D 0.034 0.120 0.230 0.294 0.227 0.089 0.005 82 F 0.007 0.014 0.030 0.111 0.305 0.457 0.076 83 F 0.025 0.050 0.105 0.233 0.331 0.227 0.029 84 K 0.153 0.314 0.261 0.170 0.076 0.024 0.003 85 P 0.184 0.263 0.244 0.195 0.088 0.023 0.003 86 T 0.207 0.250 0.236 0.187 0.090 0.029 0.002 87 V 0.496 0.270 0.134 0.069 0.024 0.006 0.001 88 R 0.596 0.266 0.093 0.034 0.008 0.001 0.001 89 E 0.485 0.274 0.139 0.070 0.025 0.006 0.001 90 G 0.275 0.275 0.216 0.163 0.059 0.011 0.001 91 D 0.427 0.337 0.142 0.064 0.024 0.006 0.001 92 R 0.113 0.264 0.302 0.226 0.078 0.016 0.001 93 L 0.044 0.067 0.128 0.293 0.337 0.123 0.008 94 N 0.174 0.352 0.282 0.140 0.043 0.009 0.001 95 G 0.268 0.375 0.212 0.104 0.034 0.008 0.001 96 H 0.044 0.103 0.187 0.336 0.249 0.075 0.005 97 P 0.192 0.321 0.245 0.149 0.069 0.022 0.002 98 F 0.058 0.073 0.122 0.246 0.307 0.176 0.018 99 E 0.109 0.185 0.201 0.258 0.174 0.067 0.006 100 P 0.192 0.239 0.213 0.175 0.114 0.058 0.009 101 S 0.139 0.161 0.163 0.212 0.204 0.105 0.017 102 P 0.166 0.308 0.262 0.165 0.069 0.025 0.004 103 T 0.206 0.232 0.204 0.185 0.122 0.045 0.007 104 F 0.078 0.117 0.154 0.235 0.237 0.149 0.030 105 G 0.081 0.151 0.174 0.238 0.208 0.129 0.019 106 L 0.027 0.070 0.137 0.239 0.270 0.203 0.054 107 P 0.149 0.183 0.133 0.176 0.193 0.138 0.029 108 L 0.019 0.061 0.146 0.267 0.282 0.185 0.040 109 L 0.017 0.034 0.054 0.132 0.290 0.397 0.077 110 T 0.043 0.169 0.218 0.271 0.203 0.081 0.017 111 E 0.047 0.182 0.293 0.254 0.133 0.077 0.015 112 L 0.003 0.013 0.027 0.090 0.296 0.467 0.103 113 P 0.002 0.018 0.061 0.194 0.304 0.329 0.093 114 Y 0.008 0.042 0.067 0.112 0.185 0.346 0.242 115 W 0.003 0.016 0.063 0.167 0.252 0.297 0.203 116 L 0.001 0.001 0.002 0.014 0.072 0.447 0.463 117 E 0.003 0.022 0.063 0.180 0.311 0.299 0.124 118 A 0.004 0.017 0.033 0.083 0.212 0.454 0.197 119 E 0.007 0.053 0.172 0.333 0.269 0.138 0.028 120 V 0.022 0.082 0.131 0.250 0.322 0.173 0.020 121 R 0.070 0.217 0.263 0.261 0.141 0.043 0.004 122 H 0.216 0.323 0.209 0.155 0.071 0.023 0.002 123 L 0.168 0.239 0.249 0.200 0.101 0.037 0.005 124 Y 0.213 0.253 0.188 0.179 0.111 0.048 0.007 125 P 0.457 0.263 0.132 0.075 0.048 0.021 0.004 126 G 0.269 0.234 0.167 0.154 0.101 0.060 0.014 127 G 0.202 0.209 0.184 0.190 0.129 0.071 0.013 128 D 0.105 0.179 0.213 0.234 0.162 0.085 0.023 129 H 0.037 0.060 0.085 0.167 0.273 0.289 0.089 130 S 0.019 0.036 0.068 0.132 0.246 0.297 0.202 131 L 0.003 0.004 0.007 0.021 0.052 0.271 0.641 132 V 0.002 0.004 0.008 0.030 0.081 0.294 0.582 133 V 0.001 0.003 0.010 0.024 0.067 0.316 0.578 134 A 0.001 0.003 0.007 0.027 0.095 0.425 0.442 135 E 0.004 0.021 0.107 0.231 0.295 0.260 0.083 136 V 0.003 0.008 0.032 0.109 0.296 0.450 0.101 137 V 0.017 0.083 0.182 0.299 0.292 0.117 0.012 138 E 0.033 0.125 0.222 0.271 0.231 0.110 0.007 139 A 0.011 0.038 0.082 0.248 0.390 0.220 0.011 140 G 0.101 0.305 0.296 0.199 0.080 0.018 0.001 141 V 0.149 0.201 0.230 0.257 0.130 0.031 0.001 142 R 0.416 0.304 0.169 0.083 0.025 0.003 0.001 143 R 0.741 0.179 0.056 0.019 0.004 0.001 0.001 144 E 0.803 0.152 0.032 0.009 0.003 0.001 0.001 145 E 0.388 0.327 0.184 0.081 0.017 0.002 0.001 146 K 0.144 0.328 0.274 0.183 0.060 0.010 0.001 147 P 0.036 0.104 0.168 0.299 0.269 0.112 0.011 148 L 0.027 0.060 0.111 0.223 0.313 0.236 0.029 149 V 0.020 0.025 0.052 0.107 0.195 0.425 0.176 150 M 0.034 0.046 0.084 0.180 0.262 0.303 0.092 151 W 0.052 0.086 0.136 0.222 0.261 0.198 0.045 152 D 0.131 0.220 0.246 0.217 0.125 0.051 0.010 153 T 0.156 0.199 0.210 0.210 0.162 0.055 0.008 154 G 0.228 0.292 0.228 0.144 0.073 0.031 0.004 155 W 0.192 0.135 0.171 0.226 0.185 0.083 0.007 156 F 0.348 0.272 0.176 0.113 0.064 0.026 0.002 157 Y 0.472 0.236 0.126 0.104 0.047 0.014 0.001 158 G 0.544 0.207 0.119 0.082 0.038 0.010 0.001 159 G 0.719 0.170 0.063 0.031 0.013 0.004 0.001