# TARGET T0274 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0274.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 375 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.004 0.002 0.008 0.070 0.910 2 N 0.007 0.007 0.002 0.029 0.065 0.890 3 L 0.002 0.002 0.026 0.806 0.045 0.119 4 E 0.003 0.001 0.029 0.900 0.039 0.027 5 A 0.004 0.001 0.031 0.914 0.033 0.016 6 K 0.005 0.001 0.015 0.947 0.015 0.017 7 K 0.003 0.001 0.006 0.975 0.008 0.007 8 K 0.003 0.001 0.009 0.963 0.014 0.010 9 V 0.006 0.001 0.011 0.938 0.021 0.023 10 L 0.010 0.002 0.022 0.903 0.040 0.023 11 R 0.018 0.003 0.036 0.804 0.078 0.061 12 S 0.028 0.007 0.049 0.605 0.131 0.180 13 F 0.054 0.020 0.026 0.067 0.410 0.423 14 T 0.060 0.008 0.018 0.010 0.434 0.471 15 Y 0.186 0.008 0.014 0.002 0.453 0.337 16 G 0.537 0.005 0.005 0.001 0.237 0.215 17 L 0.918 0.002 0.001 0.001 0.023 0.056 18 Y 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 19 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 20 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 21 T 0.915 0.001 0.001 0.001 0.013 0.070 22 A 0.679 0.009 0.001 0.001 0.102 0.208 23 K 0.320 0.028 0.004 0.001 0.408 0.239 24 D 0.079 0.014 0.008 0.001 0.828 0.069 25 G 0.032 0.003 0.007 0.001 0.904 0.053 26 D 0.076 0.004 0.010 0.002 0.749 0.160 27 E 0.519 0.071 0.006 0.004 0.268 0.132 28 V 0.604 0.031 0.004 0.005 0.134 0.222 29 A 0.667 0.013 0.005 0.006 0.104 0.205 30 A 0.850 0.008 0.004 0.005 0.046 0.085 31 G 0.879 0.005 0.003 0.005 0.039 0.070 32 T 0.895 0.003 0.005 0.005 0.036 0.057 33 V 0.862 0.005 0.011 0.009 0.043 0.070 34 N 0.802 0.006 0.014 0.013 0.071 0.094 35 W 0.793 0.006 0.021 0.023 0.089 0.068 36 V 0.680 0.013 0.023 0.051 0.137 0.096 37 T 0.589 0.012 0.021 0.072 0.158 0.148 38 Q 0.444 0.014 0.025 0.048 0.200 0.269 39 A 0.296 0.036 0.040 0.051 0.212 0.366 40 S 0.166 0.052 0.038 0.046 0.388 0.310 41 F 0.069 0.021 0.037 0.035 0.490 0.347 42 Q 0.060 0.013 0.020 0.014 0.568 0.325 43 P 0.100 0.007 0.015 0.005 0.641 0.233 44 P 0.295 0.008 0.014 0.004 0.396 0.282 45 L 0.919 0.005 0.002 0.001 0.034 0.038 46 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 47 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 48 V 0.990 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 49 G 0.935 0.001 0.001 0.004 0.009 0.051 50 L 0.703 0.005 0.001 0.005 0.035 0.251 51 K 0.273 0.010 0.003 0.008 0.215 0.491 52 R 0.052 0.010 0.036 0.051 0.409 0.443 53 D 0.014 0.005 0.080 0.086 0.549 0.266 54 S 0.008 0.006 0.171 0.291 0.402 0.122 55 H 0.004 0.004 0.106 0.671 0.134 0.079 56 L 0.006 0.005 0.035 0.867 0.042 0.045 57 H 0.002 0.001 0.008 0.961 0.013 0.015 58 A 0.005 0.001 0.006 0.969 0.012 0.008 59 L 0.009 0.001 0.010 0.964 0.012 0.004 60 V 0.011 0.001 0.011 0.955 0.017 0.004 61 E 0.005 0.001 0.012 0.950 0.032 0.001 62 R 0.007 0.001 0.014 0.919 0.054 0.005 63 T 0.008 0.002 0.017 0.710 0.186 0.078 64 G 0.036 0.006 0.005 0.018 0.356 0.579 65 K 0.212 0.004 0.003 0.007 0.100 0.675 66 L 0.944 0.005 0.001 0.001 0.014 0.036 67 A 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 68 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 69 M 0.924 0.002 0.001 0.001 0.021 0.051 70 T 0.504 0.006 0.004 0.003 0.095 0.387 71 L 0.101 0.006 0.009 0.007 0.227 0.651 72 A 0.019 0.007 0.044 0.044 0.376 0.510 73 H 0.003 0.003 0.255 0.398 0.259 0.081 74 D 0.004 0.005 0.228 0.528 0.166 0.069 75 Q 0.001 0.001 0.072 0.882 0.031 0.012 76 K 0.003 0.001 0.024 0.937 0.023 0.013 77 A 0.003 0.001 0.020 0.933 0.033 0.010 78 I 0.003 0.001 0.020 0.941 0.027 0.009 79 A 0.003 0.001 0.019 0.946 0.021 0.010 80 Q 0.002 0.001 0.040 0.920 0.024 0.013 81 D 0.004 0.001 0.041 0.891 0.032 0.032 82 F 0.013 0.006 0.042 0.688 0.078 0.173 83 F 0.046 0.022 0.047 0.231 0.205 0.448 84 K 0.058 0.011 0.045 0.096 0.327 0.462 85 P 0.070 0.015 0.053 0.071 0.325 0.467 86 T 0.045 0.028 0.032 0.049 0.303 0.543 87 V 0.029 0.026 0.025 0.025 0.356 0.539 88 R 0.025 0.018 0.033 0.064 0.365 0.495 89 E 0.029 0.018 0.097 0.133 0.400 0.324 90 G 0.041 0.023 0.101 0.135 0.435 0.265 91 D 0.045 0.023 0.119 0.073 0.439 0.300 92 R 0.055 0.034 0.223 0.120 0.339 0.228 93 L 0.096 0.044 0.194 0.108 0.415 0.144 94 N 0.098 0.018 0.154 0.093 0.475 0.163 95 G 0.096 0.021 0.070 0.037 0.481 0.295 96 H 0.153 0.043 0.025 0.015 0.469 0.294 97 P 0.154 0.022 0.023 0.010 0.377 0.414 98 F 0.199 0.051 0.024 0.007 0.278 0.442 99 E 0.202 0.045 0.020 0.006 0.285 0.442 100 P 0.144 0.081 0.024 0.009 0.258 0.485 101 S 0.046 0.053 0.032 0.008 0.571 0.290 102 P 0.024 0.013 0.098 0.021 0.669 0.175 103 T 0.020 0.013 0.157 0.022 0.629 0.159 104 F 0.039 0.045 0.064 0.038 0.606 0.208 105 G 0.037 0.013 0.019 0.022 0.293 0.616 106 L 0.098 0.036 0.021 0.056 0.254 0.536 107 P 0.117 0.050 0.030 0.067 0.240 0.496 108 L 0.207 0.097 0.096 0.110 0.190 0.300 109 L 0.113 0.020 0.246 0.091 0.325 0.205 110 T 0.080 0.004 0.360 0.070 0.335 0.150 111 E 0.119 0.014 0.275 0.068 0.359 0.164 112 L 0.199 0.019 0.089 0.022 0.426 0.244 113 P 0.189 0.002 0.062 0.022 0.337 0.387 114 Y 0.785 0.009 0.030 0.024 0.081 0.072 115 W 0.947 0.003 0.004 0.013 0.018 0.015 116 L 0.975 0.001 0.002 0.007 0.005 0.009 117 E 0.943 0.001 0.002 0.013 0.011 0.029 118 A 0.891 0.001 0.002 0.008 0.025 0.072 119 E 0.854 0.001 0.002 0.008 0.035 0.099 120 V 0.821 0.004 0.006 0.013 0.040 0.116 121 R 0.858 0.005 0.010 0.029 0.039 0.059 122 H 0.928 0.002 0.006 0.011 0.024 0.029 123 L 0.894 0.004 0.005 0.010 0.036 0.052 124 Y 0.757 0.011 0.006 0.007 0.090 0.128 125 P 0.480 0.012 0.013 0.009 0.288 0.198 126 G 0.149 0.019 0.040 0.013 0.537 0.242 127 G 0.083 0.010 0.038 0.004 0.706 0.159 128 D 0.130 0.010 0.046 0.004 0.614 0.196 129 H 0.315 0.013 0.026 0.003 0.375 0.268 130 S 0.804 0.007 0.005 0.001 0.083 0.100 131 L 0.979 0.002 0.001 0.001 0.004 0.014 132 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 133 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 134 A 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 135 E 0.968 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 136 V 0.977 0.001 0.001 0.003 0.008 0.011 137 V 0.981 0.001 0.001 0.007 0.006 0.006 138 E 0.970 0.001 0.001 0.010 0.006 0.013 139 A 0.898 0.001 0.001 0.018 0.018 0.065 140 G 0.810 0.003 0.002 0.013 0.041 0.132 141 V 0.652 0.020 0.003 0.014 0.067 0.244 142 R 0.325 0.015 0.008 0.012 0.368 0.274 143 R 0.069 0.005 0.052 0.015 0.648 0.210 144 E 0.025 0.004 0.071 0.010 0.696 0.194 145 E 0.061 0.018 0.057 0.010 0.632 0.222 146 K 0.064 0.007 0.013 0.005 0.355 0.555 147 P 0.142 0.009 0.021 0.008 0.280 0.540 148 L 0.550 0.027 0.020 0.015 0.129 0.259 149 V 0.850 0.024 0.008 0.011 0.038 0.069 150 M 0.881 0.014 0.004 0.006 0.044 0.052 151 W 0.795 0.012 0.006 0.006 0.105 0.076 152 D 0.467 0.011 0.014 0.006 0.365 0.136 153 T 0.206 0.009 0.023 0.006 0.589 0.168 154 G 0.231 0.017 0.024 0.007 0.490 0.231 155 W 0.406 0.043 0.025 0.012 0.298 0.216 156 F 0.422 0.063 0.016 0.011 0.251 0.238 157 Y 0.242 0.046 0.014 0.016 0.233 0.450 158 G 0.100 0.026 0.006 0.015 0.191 0.663 159 G 0.023 0.005 0.001 0.002 0.075 0.894