# TARGET T0274 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0274.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 375 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.018 0.874 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.082 0.005 0.011 0.004 2 N 0.001 0.009 0.963 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.011 3 L 0.001 0.001 0.037 0.001 0.044 0.880 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 0.001 0.001 4 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.055 0.907 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.001 0.001 5 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.067 0.893 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 6 K 0.001 0.001 0.030 0.001 0.011 0.936 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.002 7 K 0.001 0.001 0.010 0.001 0.010 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.002 9 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.030 0.929 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.002 10 L 0.001 0.004 0.019 0.001 0.048 0.883 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.001 0.002 11 R 0.001 0.003 0.026 0.002 0.073 0.725 0.001 0.001 0.002 0.020 0.139 0.004 0.003 12 S 0.003 0.004 0.050 0.002 0.066 0.410 0.001 0.003 0.003 0.058 0.390 0.003 0.007 13 F 0.001 0.015 0.442 0.002 0.021 0.071 0.001 0.002 0.010 0.330 0.088 0.010 0.007 14 T 0.001 0.015 0.627 0.011 0.024 0.014 0.001 0.001 0.012 0.183 0.093 0.003 0.016 15 Y 0.002 0.013 0.211 0.039 0.034 0.006 0.002 0.006 0.042 0.504 0.102 0.029 0.010 16 G 0.013 0.005 0.429 0.100 0.032 0.002 0.009 0.011 0.074 0.200 0.077 0.010 0.038 17 L 0.088 0.005 0.179 0.017 0.004 0.001 0.108 0.161 0.266 0.044 0.003 0.060 0.064 18 Y 0.215 0.001 0.019 0.007 0.001 0.001 0.136 0.428 0.127 0.004 0.001 0.040 0.023 19 V 0.371 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.161 0.366 0.061 0.001 0.001 0.017 0.018 20 L 0.522 0.001 0.014 0.009 0.001 0.001 0.195 0.140 0.048 0.001 0.001 0.037 0.033 21 T 0.386 0.001 0.064 0.009 0.001 0.001 0.127 0.071 0.149 0.006 0.003 0.071 0.113 22 A 0.148 0.009 0.250 0.018 0.002 0.001 0.037 0.014 0.134 0.047 0.015 0.101 0.224 23 K 0.038 0.019 0.304 0.012 0.009 0.001 0.007 0.002 0.038 0.259 0.128 0.060 0.123 24 D 0.002 0.015 0.289 0.007 0.012 0.002 0.001 0.001 0.007 0.355 0.258 0.029 0.024 25 G 0.001 0.002 0.092 0.002 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.293 0.586 0.002 0.003 26 D 0.002 0.005 0.126 0.004 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.277 0.550 0.007 0.012 27 E 0.028 0.053 0.340 0.001 0.019 0.005 0.006 0.001 0.009 0.196 0.052 0.196 0.094 28 V 0.055 0.042 0.297 0.012 0.019 0.010 0.013 0.002 0.012 0.069 0.028 0.034 0.407 29 A 0.121 0.025 0.206 0.129 0.017 0.013 0.033 0.003 0.010 0.043 0.029 0.294 0.075 30 A 0.218 0.017 0.110 0.017 0.015 0.021 0.042 0.004 0.014 0.037 0.026 0.043 0.436 31 G 0.184 0.007 0.173 0.023 0.010 0.030 0.035 0.004 0.015 0.052 0.015 0.374 0.078 32 T 0.184 0.011 0.143 0.011 0.009 0.047 0.033 0.007 0.025 0.030 0.016 0.099 0.384 33 V 0.143 0.009 0.189 0.038 0.030 0.188 0.023 0.008 0.027 0.041 0.037 0.080 0.187 34 N 0.151 0.006 0.112 0.062 0.046 0.185 0.021 0.004 0.019 0.093 0.087 0.139 0.076 35 W 0.136 0.011 0.089 0.023 0.062 0.149 0.044 0.008 0.050 0.051 0.125 0.043 0.209 36 V 0.215 0.019 0.141 0.035 0.033 0.113 0.049 0.018 0.049 0.031 0.045 0.088 0.164 37 T 0.179 0.015 0.128 0.045 0.021 0.078 0.022 0.008 0.028 0.122 0.032 0.207 0.114 38 Q 0.132 0.014 0.135 0.027 0.042 0.117 0.023 0.012 0.034 0.078 0.081 0.049 0.257 39 A 0.158 0.017 0.143 0.014 0.057 0.083 0.034 0.015 0.032 0.039 0.124 0.165 0.120 40 S 0.121 0.026 0.182 0.014 0.030 0.031 0.032 0.008 0.025 0.091 0.191 0.051 0.198 41 F 0.041 0.030 0.363 0.015 0.024 0.017 0.010 0.004 0.012 0.177 0.123 0.078 0.105 42 Q 0.005 0.013 0.373 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.003 0.462 0.049 0.036 0.028 43 P 0.001 0.003 0.440 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.409 0.083 0.004 0.023 44 P 0.015 0.010 0.534 0.048 0.012 0.001 0.006 0.001 0.014 0.207 0.084 0.042 0.029 45 L 0.215 0.010 0.153 0.003 0.005 0.001 0.095 0.035 0.105 0.060 0.005 0.101 0.213 46 V 0.487 0.001 0.036 0.024 0.001 0.001 0.202 0.067 0.051 0.008 0.001 0.052 0.070 47 A 0.569 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.262 0.079 0.019 0.001 0.001 0.042 0.019 48 V 0.491 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.309 0.106 0.022 0.001 0.001 0.023 0.038 49 G 0.455 0.001 0.028 0.004 0.001 0.001 0.244 0.087 0.071 0.002 0.001 0.061 0.045 50 L 0.211 0.006 0.214 0.016 0.002 0.001 0.081 0.054 0.150 0.027 0.008 0.065 0.166 51 K 0.025 0.010 0.578 0.010 0.012 0.001 0.007 0.004 0.056 0.155 0.057 0.031 0.055 52 R 0.002 0.007 0.411 0.002 0.031 0.004 0.001 0.001 0.014 0.352 0.147 0.008 0.021 53 D 0.001 0.006 0.442 0.001 0.093 0.044 0.001 0.001 0.005 0.237 0.159 0.004 0.008 54 S 0.001 0.003 0.080 0.001 0.225 0.324 0.001 0.001 0.001 0.075 0.288 0.003 0.001 55 H 0.001 0.020 0.094 0.001 0.145 0.429 0.001 0.001 0.001 0.058 0.242 0.002 0.007 56 L 0.003 0.018 0.071 0.001 0.071 0.671 0.001 0.001 0.003 0.028 0.116 0.003 0.013 57 H 0.001 0.002 0.015 0.001 0.017 0.934 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.013 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.003 59 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 60 V 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.001 0.003 62 R 0.003 0.002 0.004 0.001 0.004 0.848 0.001 0.001 0.001 0.004 0.130 0.004 0.001 63 T 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.152 0.001 0.001 0.001 0.029 0.801 0.001 0.001 64 G 0.001 0.001 0.070 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.080 0.837 0.001 0.001 65 K 0.007 0.008 0.750 0.002 0.001 0.002 0.009 0.008 0.053 0.074 0.008 0.042 0.037 66 L 0.145 0.011 0.088 0.003 0.001 0.001 0.163 0.084 0.244 0.026 0.001 0.047 0.185 67 A 0.221 0.001 0.018 0.014 0.001 0.001 0.378 0.185 0.106 0.002 0.001 0.056 0.016 68 L 0.144 0.001 0.013 0.004 0.001 0.002 0.390 0.298 0.100 0.002 0.001 0.015 0.029 69 M 0.084 0.001 0.062 0.011 0.001 0.004 0.214 0.275 0.251 0.009 0.003 0.057 0.028 70 T 0.069 0.007 0.347 0.011 0.003 0.005 0.054 0.038 0.244 0.045 0.011 0.051 0.113 71 L 0.006 0.022 0.565 0.005 0.020 0.021 0.004 0.005 0.070 0.173 0.054 0.019 0.037 72 A 0.001 0.006 0.515 0.003 0.045 0.097 0.001 0.001 0.015 0.218 0.089 0.002 0.009 73 H 0.001 0.005 0.103 0.001 0.096 0.522 0.001 0.001 0.002 0.164 0.106 0.001 0.001 74 D 0.001 0.004 0.088 0.001 0.071 0.703 0.001 0.001 0.001 0.035 0.096 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.014 0.001 0.020 0.936 0.001 0.001 0.001 0.010 0.019 0.001 0.001 76 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 78 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 81 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.841 0.001 0.001 0.001 0.004 0.136 0.001 0.001 82 F 0.001 0.002 0.014 0.001 0.036 0.666 0.001 0.001 0.001 0.012 0.269 0.001 0.001 83 F 0.001 0.024 0.218 0.001 0.034 0.396 0.001 0.001 0.004 0.106 0.212 0.001 0.004 84 K 0.001 0.016 0.477 0.003 0.029 0.086 0.001 0.001 0.004 0.238 0.125 0.019 0.003 85 P 0.001 0.017 0.543 0.002 0.047 0.068 0.001 0.001 0.004 0.143 0.159 0.001 0.015 86 T 0.001 0.038 0.622 0.001 0.022 0.024 0.001 0.001 0.004 0.232 0.049 0.003 0.004 87 V 0.001 0.014 0.626 0.002 0.013 0.013 0.001 0.001 0.003 0.281 0.043 0.002 0.004 88 R 0.001 0.016 0.595 0.001 0.023 0.029 0.001 0.001 0.002 0.228 0.101 0.002 0.004 89 E 0.001 0.020 0.281 0.002 0.118 0.104 0.001 0.001 0.002 0.118 0.345 0.003 0.005 90 G 0.001 0.026 0.236 0.006 0.118 0.131 0.001 0.001 0.003 0.197 0.260 0.005 0.016 91 D 0.003 0.030 0.337 0.004 0.130 0.160 0.001 0.001 0.006 0.177 0.105 0.027 0.020 92 R 0.008 0.049 0.199 0.005 0.182 0.237 0.002 0.003 0.010 0.077 0.154 0.014 0.059 93 L 0.015 0.038 0.197 0.005 0.211 0.178 0.003 0.003 0.006 0.058 0.211 0.029 0.045 94 N 0.008 0.024 0.114 0.012 0.123 0.101 0.002 0.002 0.003 0.081 0.478 0.033 0.020 95 G 0.006 0.013 0.252 0.008 0.051 0.029 0.001 0.001 0.003 0.177 0.412 0.012 0.034 96 H 0.003 0.021 0.579 0.012 0.010 0.007 0.001 0.001 0.003 0.263 0.046 0.030 0.025 97 P 0.003 0.021 0.571 0.008 0.017 0.005 0.001 0.001 0.008 0.137 0.132 0.052 0.044 98 F 0.006 0.041 0.536 0.036 0.013 0.002 0.005 0.001 0.019 0.129 0.034 0.005 0.173 99 E 0.001 0.009 0.307 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.063 0.003 0.588 0.005 100 P 0.001 0.043 0.456 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.025 0.003 0.001 0.436 101 S 0.001 0.023 0.729 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.017 0.068 0.006 0.134 0.004 102 P 0.001 0.014 0.465 0.009 0.025 0.014 0.001 0.001 0.019 0.169 0.181 0.006 0.095 103 T 0.002 0.033 0.379 0.007 0.058 0.014 0.004 0.002 0.017 0.178 0.269 0.017 0.020 104 F 0.003 0.027 0.411 0.006 0.031 0.014 0.003 0.002 0.018 0.295 0.116 0.045 0.030 105 G 0.003 0.018 0.618 0.007 0.015 0.013 0.002 0.001 0.019 0.182 0.072 0.010 0.040 106 L 0.003 0.017 0.531 0.008 0.024 0.039 0.002 0.002 0.021 0.257 0.045 0.027 0.024 107 P 0.009 0.029 0.616 0.012 0.039 0.046 0.006 0.003 0.026 0.073 0.041 0.035 0.066 108 L 0.031 0.069 0.339 0.006 0.084 0.133 0.021 0.015 0.051 0.022 0.053 0.044 0.131 109 L 0.030 0.019 0.249 0.047 0.174 0.188 0.013 0.008 0.025 0.041 0.100 0.037 0.069 110 T 0.015 0.008 0.158 0.030 0.095 0.159 0.007 0.007 0.017 0.152 0.229 0.091 0.032 111 E 0.010 0.011 0.174 0.018 0.092 0.127 0.003 0.003 0.020 0.216 0.217 0.023 0.087 112 L 0.017 0.014 0.361 0.056 0.040 0.105 0.003 0.001 0.018 0.141 0.046 0.086 0.111 113 P 0.090 0.007 0.228 0.109 0.054 0.100 0.011 0.002 0.017 0.069 0.058 0.078 0.176 114 Y 0.333 0.003 0.069 0.037 0.020 0.049 0.040 0.004 0.027 0.065 0.017 0.151 0.186 115 W 0.555 0.002 0.028 0.006 0.006 0.029 0.073 0.011 0.020 0.009 0.009 0.099 0.152 116 L 0.602 0.002 0.021 0.007 0.003 0.026 0.060 0.011 0.013 0.006 0.009 0.112 0.127 117 E 0.587 0.001 0.018 0.056 0.003 0.016 0.038 0.002 0.009 0.006 0.013 0.067 0.183 118 A 0.519 0.001 0.048 0.014 0.003 0.006 0.025 0.001 0.008 0.015 0.024 0.160 0.177 119 E 0.519 0.004 0.035 0.002 0.003 0.004 0.026 0.001 0.010 0.013 0.018 0.224 0.140 120 V 0.198 0.006 0.076 0.005 0.005 0.005 0.016 0.001 0.020 0.012 0.006 0.088 0.563 121 R 0.085 0.001 0.055 0.674 0.004 0.001 0.007 0.001 0.006 0.015 0.007 0.064 0.079 122 H 0.121 0.002 0.064 0.006 0.005 0.001 0.016 0.001 0.015 0.042 0.010 0.539 0.178 123 L 0.062 0.017 0.033 0.004 0.002 0.001 0.019 0.001 0.009 0.011 0.002 0.015 0.825 124 Y 0.007 0.005 0.090 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.014 0.001 0.855 0.009 125 P 0.004 0.007 0.305 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.017 0.041 0.047 0.004 0.564 126 G 0.009 0.012 0.278 0.034 0.019 0.003 0.003 0.001 0.007 0.171 0.324 0.102 0.038 127 G 0.014 0.013 0.190 0.010 0.027 0.002 0.002 0.001 0.003 0.366 0.225 0.059 0.089 128 D 0.012 0.016 0.432 0.018 0.015 0.002 0.002 0.001 0.003 0.292 0.068 0.022 0.119 129 H 0.051 0.010 0.268 0.019 0.014 0.006 0.005 0.001 0.006 0.204 0.055 0.259 0.102 130 S 0.204 0.009 0.130 0.038 0.006 0.005 0.041 0.002 0.016 0.066 0.026 0.045 0.412 131 L 0.643 0.003 0.013 0.006 0.002 0.003 0.079 0.010 0.009 0.005 0.003 0.152 0.072 132 V 0.753 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.057 0.007 0.005 0.002 0.001 0.079 0.084 133 V 0.716 0.001 0.011 0.014 0.001 0.006 0.057 0.003 0.005 0.002 0.003 0.054 0.126 134 A 0.691 0.001 0.023 0.045 0.001 0.003 0.055 0.003 0.004 0.003 0.004 0.053 0.116 135 E 0.620 0.001 0.023 0.005 0.001 0.001 0.056 0.002 0.007 0.005 0.002 0.232 0.045 136 V 0.310 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.006 0.001 0.001 0.022 0.608 137 V 0.088 0.001 0.043 0.784 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.007 0.003 0.048 0.016 138 E 0.428 0.002 0.022 0.012 0.008 0.003 0.021 0.002 0.012 0.034 0.006 0.128 0.323 139 A 0.422 0.003 0.032 0.011 0.007 0.006 0.049 0.003 0.008 0.016 0.016 0.147 0.281 140 G 0.413 0.005 0.052 0.004 0.005 0.012 0.049 0.008 0.014 0.009 0.015 0.328 0.085 141 V 0.252 0.017 0.096 0.009 0.005 0.012 0.030 0.006 0.008 0.023 0.016 0.070 0.456 142 R 0.081 0.007 0.347 0.027 0.017 0.012 0.006 0.001 0.006 0.070 0.071 0.245 0.111 143 R 0.021 0.008 0.247 0.015 0.059 0.013 0.002 0.001 0.003 0.214 0.257 0.024 0.137 144 E 0.003 0.007 0.237 0.008 0.076 0.016 0.001 0.001 0.002 0.195 0.409 0.022 0.025 145 E 0.001 0.011 0.387 0.009 0.037 0.006 0.001 0.001 0.001 0.397 0.117 0.018 0.015 146 K 0.002 0.006 0.546 0.006 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.330 0.044 0.032 0.021 147 P 0.011 0.019 0.540 0.015 0.013 0.004 0.002 0.001 0.009 0.104 0.056 0.023 0.201 148 L 0.163 0.035 0.179 0.033 0.013 0.005 0.026 0.006 0.031 0.047 0.013 0.227 0.221 149 V 0.331 0.021 0.076 0.015 0.007 0.005 0.050 0.018 0.053 0.012 0.006 0.204 0.201 150 M 0.387 0.014 0.051 0.006 0.005 0.006 0.059 0.032 0.054 0.008 0.009 0.131 0.239 151 W 0.224 0.020 0.116 0.025 0.009 0.010 0.033 0.014 0.043 0.029 0.051 0.236 0.191 152 D 0.038 0.011 0.180 0.021 0.017 0.011 0.005 0.004 0.020 0.119 0.374 0.101 0.099 153 T 0.009 0.005 0.093 0.015 0.017 0.006 0.001 0.001 0.004 0.201 0.596 0.022 0.031 154 G 0.030 0.019 0.190 0.011 0.037 0.010 0.004 0.001 0.006 0.232 0.286 0.099 0.075 155 W 0.076 0.054 0.201 0.009 0.053 0.011 0.012 0.005 0.010 0.133 0.096 0.092 0.247 156 F 0.110 0.055 0.224 0.026 0.038 0.013 0.021 0.005 0.009 0.106 0.072 0.161 0.159 157 Y 0.043 0.058 0.322 0.017 0.033 0.016 0.011 0.003 0.010 0.131 0.107 0.082 0.167 158 G 0.010 0.026 0.563 0.019 0.017 0.012 0.003 0.001 0.005 0.155 0.094 0.033 0.063 159 G 0.002 0.014 0.735 0.004 0.012 0.007 0.001 0.001 0.003 0.125 0.045 0.026 0.026