(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
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Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • T0274 1wgb, Thermus thermophilus
    • gi|20454957|sp|Q48441|HPAC_KLEOX_5:163 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase, reductase component (4-HPA 3-monooxygenase small component) (Flavin:NADH reductase) [Taxonomy]
    • gi|974147|gb|AAC37121.1| coupling protein [Taxonomy]
    • gi|3059199|dbj|BAA25616.1|_14:168 homologous to actI/ORF6 product which encodes dimerase for beta-ketoacyl synthase in actinorhodin biosynthesis of Streptomyces coelicolor [Rhodococcus erythropolis]
    • gi|45916058|ref|ZP_00194889.2|_5:162 COG1853: Conserved protein/domain typically associated with flavoprotein oxygenases, DIM6/NTAB family [Mesorhizobium sp. BNC1]
    • gi|23123589|ref|ZP_00105671.1|_414:573 COG1853: Conserved protein/domain typically associated with flavoprotein oxygenases, DIM6/NTAB family [Nostoc punctiforme]
    • gi|23123861|ref|ZP_00105896.1|_298:455 COG1853: Conserved protein/domain typically associated with flavoprotein oxygenases, DIM6/NTAB family [Nostoc punctiforme]
    • gi|45683514|ref|ZP_00194947.1|_12:166 COG1853: Conserved protein/domain typically associated with flavoprotein oxygenases, DIM6/NTAB family [Mesorhizobium sp. BNC1]
    • gi|48764267|ref|ZP_00268819.1|_3:157 COG1853: Conserved protein/domain typically associated with flavoprotein oxygenases, DIM6/NTAB family [Rhodospirillum rubrum]
    • gi|45682879|ref|ZP_00194313.1|_7:164 COG1853: Conserved protein/domain typically associated with flavoprotein oxygenases, DIM6/NTAB family [Mesorhizobium sp. BNC1]
    • gi|1073305|pir||C55349_5:163 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase (EC 1.14.13.3) small chain [validated] - Escherichia coli (ATCC 11105) [Taxonomy]
    • gi|23105198|ref|ZP_00091656.1|_1:164 COG1853: Conserved protein/domain typically associated with flavoprotein oxygenases, DIM6/NTAB family [Azotobacter vinelandii]
    • gi|23102301|ref|ZP_00088817.1|_23:182 COG1853: Conserved protein/domain typically associated with flavoprotein oxygenases, DIM6/NTAB family [Azotobacter vinelandii]
    • gi|48835956|ref|ZP_00292954.1|_16:172 COG1853: Conserved protein/domain typically associated with flavoprotein oxygenases, DIM6/NTAB family [Thermobifida fusca]
    • gi|11514649|pdb|1EJE|A_10:185 Chain A, Crystal Structure Of An Fmn-Binding Protein [Taxonomy]
    • gi|48765691|ref|ZP_00270241.1|_15:165 COG1853: Conserved protein/domain typically associated with flavoprotein oxygenases, DIM6/NTAB family [Rhodospirillum rubrum]
    • gi|45916539|ref|ZP_00195461.2|_1:148 COG1853: Conserved protein/domain typically associated with flavoprotein oxygenases, DIM6/NTAB family [Mesorhizobium sp. BNC1]
    • gi|48825377|ref|ZP_00286629.1|_10:176 COG1853: Conserved protein/domain typically associated with flavoprotein oxygenases, DIM6/NTAB family [Enterococcus faecium]
    • gi|48836343|ref|ZP_00293339.1|_2:163 COG1853: Conserved protein/domain typically associated with flavoprotein oxygenases, DIM6/NTAB family [Thermobifida fusca]
    • gi|48854736|ref|ZP_00308897.1|_11:177 COG1853: Conserved protein/domain typically associated with flavoprotein oxygenases, DIM6/NTAB family [Cytophaga hutchinsonii]
    • gi|48864741|ref|ZP_00318618.1|_1:186 COG1853: Conserved protein/domain typically associated with flavoprotein oxygenases, DIM6/NTAB family [Oenococcus oeni PSU-1]
    • gi|32405732|ref|XP_323479.1|_30:213 hypothetical protein ( (AL513463) conserved hypothetical protein [Neurospora crassa] ) [Taxonomy]
    • gi|16944414|emb|CAC28767.2| conserved hypothetical protein [Neurospora crassa]
    • gi|28922838|gb|EAA32059.1| hypothetical protein ( (AL513463) conserved hypothetical protein [Neurospora crassa] ) [Taxonomy]
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 181 .PFSF..FNV.VN.DEP..P.V..LMIS.VsnrddNT.....L....K.DTVKNV.....LD...
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 183 .TMTA..VAP.VT.DEP..P.T..VMLC.I.....NR.....S....A.RIIPIL.....SE...
 184 .TMTA..VAP.VT.DEP..P.T..VMLC.I.....NR.....S....A.RIIPIL.....SE...
 185 .TATS..LTS.VS.AEP..P.L..VSFG.I.....GV.....G....A.SSWPAI.....SE...
 186 .VASW..VSQ.AS.FSP..P.G..LTVA.V.....AK.....D....R.AIEALM.....QV...
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 122 .S.G..R...FCVNV..L..T.E..K.Q.K..D.V.SARF.G-..-.-....S..K.....E...
 123 .S.G..R...FCVNV..L..T.E..K.Q.K..D.V.SARF.G-..-.-....S..K.....E...
 124 .G.S..H...YAINI..L..A.A..D.Q.R..E.L.AERF.AS..K.T....A..-.....-...
 125 .N.G..-...FIVNF..V..D.D..E.-.-..K.I.FNTF.A-..-.F....K..P.....I...
 126 .G.D..R...FVLNV..L..E.E..GnY.Q..E.L.KKQF.LK..R.L....H..P.....G...
 127 .G.D..A...FVLNI..L..E.D..G.QhL..P.L.MKHF.LK..P.F....A..P.....G...
 128 .A.S..H...FAVNI..L..A.H..D.Q.I..A.L.SNRF.AC..R.T....A..-.....-...
 129 .G.D..R...FVLNV..L..E.E..GnY.Q..E.L.KKQF.LK..R.L....H..P.....G...
 130 .G.D..T...FVLNV..L..EaE..N.Y.Q..P.L.MRHF.LK..R.F....P..P.....G...
 131 .A.T..H...FAINI..L..A.H..D.Q.L..E.L.SRRF.A-..-.-....T..P.....R...
 132 .S.G..K...FAVNM..L..H.L..S.H.A..D.L.VPLF.SG..Q.L....-..K.....G...
 133 .A.G..V...FCVNV..L..G.A..H.Q.A..D.L.CRGF.AV..-.-....-..S.....G...
 134 .N.G..V...FALNT..L..A.A..G.H.E..D.L.ANAF.SG..L.T....Gl.S.....Q...
 135 .A.T..H...FAINI..L..A.H..D.Q.I..E.L.SRRF.AT..P.S....A..-.....-...
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 138 .N.G..K...VCINV..L..S.H..E.Q.E..E.M.AKHF.AC..M.Mc...S..S.....M...
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 141 .N.G..V...LCVNV..L..T.G..D.H.Q..S.T.SGAF.AN..R.Q....L..S.....M...
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 144 .S.G..V...FSLSF..L..E.D..G.Q.K..D.L.AAKF.FK..P.Q....S..R.....V...
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 148 .G.R..V...FSINV..L..G.E..Q.Q.Q..A.L.ARHF.GT..Q.S....G..R.....T...
 149 .N.G..N...FCVNS..L..A.G..K.H.R..P.L.ADVF.SR..R.C....N..S.....T...
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 152 .R.K..A...FTVSV..A..N.E..A.T.M..V.E.ADYV.GI..A.S....G..R.....D...
 153 .N.G..V...LCVNV..L..G.A..E.Q.E..H.V.SRLF.SG..Q.T....Ra.S.....V...
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 155 .T.Q..S...FCINI..L..S.A..S.H.Q..L.V.SNTC.AS..P.-....N..T.....D...
 156 .N.G..N...FCVNS..L..A.G..K.H.R..S.L.ADIF.SR..R.Y....N..Y.....T...
 157 .S.G..E...FGLNL..T..T.V..G.M.A..R.Q.TDWC.GV..R.S....G..K.....D...
 158 .A.E..H...VGVHV..L..G.E..H.Q.E..E.L.AATF.A-..-.-....R..S.....G...
 159 .S.G..E...FVWNL..A..S.V..A.L.A..E.P.MNLT.SA..P.V....G..P.....E...
 160 .G.D..R...FALNV..L..A.E..G.R.E..T.ApMKQF.LQ..P.F....A..P.....G...
 161 .S.G..E...FVVHI..T..D.E..A.I.V..N.D.VNET.AA..P.L....E..Y.....G...
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 163 .C.D..G...FCVNV..L..G.S..S.Q.E..A.L.CRQL.A-..-.-....S..K.....D...
 164 .T.K..H...FSLNV..L..R.A..D.Q.K..E.L.AAVF.FK..P.Q....S..A.....M...
 165 .T.G..K...LALMT..L..A.H..D.Q.K..A.I.AQDF.FK..P.T....V..R.....E...
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 171 .Q.P..L...WAVSV..L..S.E..S.Q.R..H.I.AGRF.AM..K.-....G..R.....V...
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 176 .T.K..R...FSLNM..L..K.A..D.Q.K..D.L.AAVF.FK..P.Q....K..G.....L...
 177 .S.R..K...FAIHL..L..S.A..D.Q.Q..T.E.AYAF.A-..-.-....S..K.....G...
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 194 .S.K..K...FAIHL..L..S.A..D.Q.Q..V.E.AYAF.A-..-.-....S..K.....G...
 195 .G.D..R...FLVNV..L..A.A..E.H.A..D.I.ASSF.A-..-.-....R..S.....G...
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 197 .S.A..L...FGVSV..L..S.E..A.Q.E..P.H.SRHF.AGe.P.Q....G..W.....L...
 198 .G.D..R...FVLNV..L..E.E..DnY.Q..G.L.MKHF.LK..R.F....A..P.....G...
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 204 .S.G..A...LCINV..L..S.G..G.Q.E..H.E.AKVF.AG..M.L....EgvH.....G...
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 209 .S.K..Y...FVVNF..-..-.T..D.N.E..E.L.FNIF.A-..-.L....K..P.....V...
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 216 .T.G..E...FVWNL..A..T.R..S.L.A..E.A.MNQS.CA..P.V....S..P.....D...
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 225 .A.T..H...FAIHV..L..S.A..D.Q.D..V.L.SARF.--..-.-....T..R.....N...
 226 .T.G..E...FVWNL..A..T.M..D.L.A..R.H.MNAT.AA..H.V....A..P.....E...
 227 .R.R..A...FTVCV..P..S.T..R.F.A..S.H.ADYA.GI..F.S....G..E.....E...
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 234 .T.K..E...YVIHI..V..S.E..E.I.V..E.A.VNET.AA..P.L....A..Y.....G...
 235 .S.G..E...YVINI..G..D.A..T.Q.L..E.A.IHLS.SV..E.H....P..P.....E...
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 237 .T.R..E...FTWNL..V..T.R..E.L.G..D.Q.MNQT.SS..P.L....P..H.....G...
 238 .K.G..E...FVVHI..S..D.E..S.Y.V..A.A.INET.AA..N.L....P..P.....N...
 239 .R.R..V...FALNV..L..S.S..R.Q.S..A.V.ADWF.AN..PeR....P..R.....G...
 240 .T.G..E...FTASL..V..S.D..H.L.K..T.H.MNAS.SV..D.A....P..R.....G...
 241 .T.R..E...CVIAI..P..A.V..E.L.A..S.A.VVEI.GN..C.S....G..R.....E...
 242 .T.G..T...FSLNV..L..K.S..D.Q.K..D.L.AAVF.FK..P.Q....K..A.....L...
 243 .T.G..E...FVINM..V..D.M..A.L.S..D.Q.MLIC.GL..G.F....D..N.....E...
 244 .T.G..E...FVINM..V..D.M..A.L.S..D.Q.MLIC.GL..G.F....D..N.....E...
 245 .Y.R..H...FGVNS..L..G.P..Q.H.Q..A.V.AERF.SG..F.G....Gi.K.....G...
 246 .S.G..E...FAISM..V..D.M..A.L.S..Q.Q.MLIC.GL..G.F....D..S.....E...
 247 .K.G..E...FVVHI..S..D.E..S.Y.V..A.A.INET.AA..N.L....P..P.....N...
 248 .T.K..E...CVINT..V..S.E..N.M.I..E.A.VNAS.SI..D.A....P..Y.....G...
 249 .G.D..S...FALNI..L..S.Ek.D.F.R..E.P.LKRF.TK..P.F....S..P.....G...
 250 .G.E..G...FVVNI..L..R.E..DnY.Q..K.M.FRHF.LK..R.F....A..P.....G...
 251 .K.G..E...FVVHI..S..D.E..S.Y.V..A.A.INET.AA..N.L....P..P.....N...
 252 .G.D..T...FVLNV..L..E.E..DnY.Q..S.L.MRHF.LL..R.F....P..P.....G...
 253 .T.G..E...FVWNL..A..T.R..P.L.A..E.Q.MNLS.CA..P.V....A..A.....E...
 254 .K.G..E...FVVHI..S..D.E..S.Y.V..A.A.INET.AA..N.L....P..S.....N...
 255 .S.G..T...FAINV..P..C.R..T.Q.A..D.I.VVKV.GA..S.S....G..R.....Ell6
 256 .T.G..E...FVAHL..V..S.H..Q.M.A..E.A.MNAT.AV..D.A....P..A.....G...
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 260 .T.G..E...FTASL..V..S.D..H.L.K..T.H.MNAS.SV..D.A....P..R.....G...
 261 .T.G..T...YGISI..L..A.G..D.Q.E..P.V.LLHF.AG..A.-....A..H.....E...
 262 .T.D..S...FAVCI..L..G.K..D.A.K..E.I.AEYF.GT..V.S....G..R.....N...
 263 .N.G..E...FVVHV..S..D.E..A.I.I..E.D.INET.AA..S.L....R..P.....D...
 264 .A.G..G...YAVNV..L..D.E..S.Q.Q..H.L.SNCF.AK..A.N....G..-.....-...
 265 .S.G..V...FGLQL..P..S.R..G.F.A..A.Q.TLAV.GT..S.A....G..T.....E...
 266 .G.A..D...FCINL..L..A.A..D.H.R..D.I.AVDC.SG..R.L....-..K.....G...
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 279 .S.R..R...FSVAA..L..S.R..G.Q.E..E.I.ADVF.AG..K.-....G..N.....L...
 280 .T.K..E...FCVSI..I..S.E..P.F.L..E.A.ANFT.SI..D.A....P..Y.....N...
 281 .A.S..H...HVINI..L..S.A..E.Q.Q..D.L.SNRF.AT..W.P....A..-.....-...
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 285 .G.G..R...FGVSL..L..G.E..S.Q.K..V.F.SAFF.SK..R.A....M..D.....D...
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 288 .A.E..S...LVIHL..L..G.E..H.Q.Q..R.L.AQRF.A-..-.-....G..S.....A...
 289 .T.G..E...FTVHI..C..D.N..A.L.V..D.Q.MEIC.AI..K.F....G..P.....G...
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 124 A..AAV..FE.C.FN.....R.S.....Q.....Y.....E...E....G..D.H.....V..I.
 125 S..YAY..ME.V.KK.....Y.K.....T.....I.....D...I....G..D.H.....T..I.
 126 A..LAY..ME.C.EI.....Q.S.....S.....L.....E...C....S..D.H.....Y..I.
 127 A..LAY..LE.C.RV.....E.G.....R.....M.....D...C....G..D.H.....W..L.
 128 T..CAS..IQ.C.LR.....E.T.....I.....L.....D...G....G..D.H.....W..I.
 129 A..LAY..ME.C.EV.....Q.S.....S.....L.....E...C....S..D.H.....Y..I.
 130 A..LAY..ME.C.TV.....V.S.....R.....L.....D...A....H..D.H.....W..I.
 131 S..SAR..FV.C.RN.....V.G.....H.....Y.....E...G....G..D.H.....L..L.
 132 A..QAA..FV.C.KL.....K.D.....V.....V.....H...V....G..T.H.....D..V.
 133 S..LAW..ID.C.AV.....H.A.....V.....H.....L...G....G..D.H.....L..I.
 134 A..IAV..FD.C.QL.....V.D.....A.....K.....E...L....A..T.H.....R..V.
 135 A..SAR..FV.C.RN.....V.G.....H.....Y.....E...G....G..D.H.....L..L.
 136 A..LAY..LT.C.RV.....V.D.....D.....L.....E...G....G..T.H.....R..I.
 137 A..ISA..LQ.G.DI.....I.D.....T.....H.....S...V....G..T.H.....T..I.
 138 S..ISA..LQ.G.DI.....V.D.....T.....H.....S...V....G..T.H.....T..I.
 139 F..PVV..LE.C.KL.....L.H.....S.....L.....E...V....G..L.H.....T..M.
 140 S..LAS..LE.G.EI.....R.D.....V.....Q.....A...I....G..T.H.....L..V.
 141 A..LVS..LD.C.RV.....S.K.....V.....D.....E...V....G..T.H.....S..I.
 142 A..LAY..LE.C.SV.....Q.N.....R.....M.....E...S....G..D.H.....W..L.
 143 A..IAS..LE.G.EI.....V.D.....I.....K.....K...V....G..S.H.....S..V.
 144 S..LGY..VE.C.QV.....V.G.....A.....V.....E...K....G..D.H.....T..V.
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 337 A..NIV..LT.A.KL.....E.Q.....I.....I.....P...I....K..N.Dag6vsD..L.
 338 A..VAV..IE.A.KV.....V.K.....E.....C.....D...V....G..T.H.....T..L.
 339 C..LAW..ME.C.RL.....L.P.....A.....T.....S...A....Qe.E.Y.....D..T.
 340 C..LAW..ME.C.RL.....L.P.....A.....T.....S...A....Qe.E.Y.....D..T.
 341 A..PAA..LE.C.RV.....T.E.....V.....F.....R...P....KalD.GtltsaV..I.
 342 A..FAA..LE.C.RM.....T.E.....I.....F.....R...P....K..G.Idg7dsY..V.
 343 C..PVN..LE.C.RL.....V.D.....T.....L.....D...F....Gg.G.S.....E..V.
 344 A..PAA..IE.C.RR.....T.V.....G.....L.....S...F....Sa.E.R.....E..I.
 345 A..LAN..IE.C.RV.....I.D.....A.....R.....S...Y....G..D.H.....T..F.
 346 A..NIV..LT.A.KL.....E.Q.....I.....I.....P...I....K..N.Dad6vsD..L.
 347 A..AAW..FI.G.RT.....A.S.....R.....S.....D...V....G..D.Y.....V..A.
 348 A..AAW..FI.G.RT.....A.S.....R.....S.....D...V....G..D.Y.....V..A.
 349 A..SAV..IE.C.SL.....K.T.....V.....L.....D...V....Gg.D.H.....D..I.
 350 C..SAW..LI.C.KI.....I.P.....Ep....H.....N...Q....Q..T.Y.....D..L.
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