# TARGET T0274 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0274.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 375 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.331 0.095 0.051 0.079 0.066 0.069 0.086 0.077 0.065 0.051 0.029 2 N 0.233 0.405 0.079 0.132 0.065 0.033 0.025 0.013 0.009 0.005 0.002 3 L 0.183 0.098 0.045 0.102 0.110 0.124 0.126 0.088 0.068 0.038 0.018 4 E 0.613 0.164 0.053 0.079 0.043 0.020 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 5 A 0.136 0.103 0.182 0.192 0.116 0.081 0.083 0.041 0.034 0.020 0.012 6 K 0.058 0.048 0.055 0.098 0.087 0.116 0.202 0.137 0.110 0.060 0.030 7 K 0.037 0.042 0.150 0.192 0.162 0.163 0.130 0.063 0.036 0.018 0.008 8 K 0.045 0.091 0.461 0.188 0.098 0.060 0.036 0.011 0.006 0.003 0.001 9 V 0.009 0.015 0.046 0.062 0.070 0.108 0.209 0.152 0.158 0.108 0.063 10 L 0.013 0.009 0.021 0.026 0.032 0.055 0.151 0.161 0.208 0.189 0.136 11 R 0.027 0.049 0.185 0.201 0.153 0.138 0.116 0.055 0.041 0.022 0.013 12 S 0.021 0.048 0.134 0.124 0.118 0.151 0.167 0.088 0.076 0.047 0.026 13 F 0.012 0.013 0.014 0.030 0.029 0.043 0.114 0.142 0.203 0.211 0.189 14 T 0.042 0.043 0.034 0.086 0.096 0.113 0.162 0.124 0.133 0.094 0.074 15 Y 0.028 0.049 0.071 0.137 0.145 0.148 0.181 0.104 0.077 0.042 0.017 16 G 0.019 0.023 0.025 0.085 0.108 0.111 0.190 0.164 0.133 0.089 0.052 17 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.015 0.032 0.112 0.201 0.247 0.237 0.145 18 Y 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.050 0.167 0.220 0.227 0.178 0.131 19 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.105 0.202 0.303 0.353 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.043 0.118 0.221 0.317 0.294 21 T 0.001 0.003 0.002 0.021 0.032 0.041 0.124 0.162 0.225 0.210 0.181 22 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.019 0.079 0.136 0.225 0.255 0.272 23 K 0.021 0.062 0.044 0.269 0.276 0.165 0.110 0.036 0.012 0.004 0.002 24 D 0.221 0.213 0.055 0.211 0.130 0.080 0.056 0.019 0.008 0.004 0.002 25 G 0.483 0.174 0.053 0.139 0.065 0.037 0.025 0.009 0.007 0.005 0.003 26 D 0.504 0.235 0.047 0.090 0.052 0.032 0.020 0.007 0.005 0.003 0.003 27 E 0.063 0.163 0.053 0.196 0.178 0.135 0.106 0.047 0.031 0.017 0.011 28 V 0.013 0.032 0.013 0.079 0.137 0.206 0.213 0.121 0.093 0.056 0.037 29 A 0.017 0.027 0.016 0.085 0.142 0.157 0.211 0.129 0.105 0.068 0.045 30 A 0.016 0.007 0.005 0.027 0.039 0.058 0.125 0.154 0.187 0.211 0.172 31 G 0.004 0.004 0.003 0.017 0.029 0.052 0.147 0.176 0.219 0.190 0.158 32 T 0.003 0.004 0.005 0.014 0.015 0.028 0.103 0.159 0.222 0.233 0.213 33 V 0.002 0.001 0.002 0.005 0.006 0.010 0.043 0.092 0.172 0.281 0.386 34 N 0.004 0.006 0.008 0.023 0.031 0.044 0.119 0.178 0.232 0.193 0.163 35 W 0.004 0.004 0.006 0.013 0.017 0.034 0.123 0.169 0.230 0.219 0.181 36 V 0.003 0.003 0.006 0.011 0.012 0.022 0.069 0.126 0.221 0.257 0.270 37 T 0.003 0.003 0.004 0.014 0.020 0.043 0.138 0.185 0.239 0.202 0.150 38 Q 0.004 0.006 0.007 0.019 0.023 0.046 0.121 0.171 0.227 0.207 0.170 39 A 0.003 0.004 0.003 0.010 0.011 0.022 0.074 0.131 0.226 0.256 0.260 40 S 0.016 0.019 0.009 0.051 0.062 0.093 0.169 0.163 0.175 0.129 0.112 41 F 0.023 0.034 0.017 0.078 0.092 0.109 0.163 0.141 0.143 0.114 0.085 42 Q 0.111 0.136 0.042 0.231 0.175 0.105 0.086 0.051 0.035 0.019 0.009 43 P 0.015 0.025 0.011 0.079 0.141 0.161 0.211 0.151 0.117 0.062 0.027 44 P 0.002 0.004 0.003 0.026 0.053 0.082 0.193 0.223 0.205 0.133 0.076 45 L 0.001 0.002 0.002 0.016 0.036 0.086 0.200 0.237 0.205 0.136 0.080 46 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.062 0.170 0.254 0.288 0.204 47 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.015 0.061 0.149 0.228 0.275 0.260 48 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.054 0.134 0.265 0.299 0.228 49 G 0.001 0.004 0.004 0.024 0.032 0.046 0.138 0.193 0.223 0.198 0.137 50 L 0.001 0.004 0.004 0.013 0.020 0.032 0.098 0.154 0.239 0.240 0.196 51 K 0.033 0.056 0.032 0.161 0.255 0.186 0.160 0.072 0.031 0.011 0.004 52 R 0.086 0.160 0.063 0.178 0.147 0.132 0.112 0.059 0.036 0.021 0.007 53 D 0.209 0.193 0.074 0.174 0.131 0.084 0.067 0.029 0.021 0.012 0.006 54 S 0.376 0.139 0.074 0.135 0.083 0.064 0.064 0.029 0.020 0.010 0.006 55 H 0.077 0.121 0.072 0.153 0.148 0.137 0.131 0.066 0.048 0.029 0.017 56 L 0.001 0.004 0.003 0.010 0.017 0.048 0.171 0.188 0.231 0.191 0.135 57 H 0.004 0.004 0.013 0.060 0.135 0.242 0.280 0.119 0.079 0.042 0.021 58 A 0.082 0.110 0.450 0.223 0.077 0.031 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 59 L 0.001 0.002 0.008 0.043 0.071 0.139 0.271 0.197 0.139 0.089 0.041 60 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.019 0.053 0.163 0.298 0.457 61 E 0.001 0.007 0.121 0.211 0.277 0.208 0.129 0.031 0.012 0.003 0.001 62 R 0.005 0.042 0.479 0.196 0.116 0.098 0.049 0.009 0.004 0.002 0.001 63 T 0.007 0.013 0.008 0.050 0.081 0.134 0.318 0.179 0.116 0.068 0.027 64 G 0.471 0.132 0.031 0.094 0.065 0.054 0.076 0.043 0.021 0.009 0.004 65 K 0.001 0.017 0.035 0.143 0.244 0.254 0.175 0.078 0.032 0.014 0.007 66 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.070 0.196 0.275 0.260 0.179 67 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.022 0.123 0.202 0.238 0.201 0.200 68 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.038 0.108 0.219 0.329 0.293 69 M 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.020 0.089 0.151 0.262 0.242 0.216 70 T 0.001 0.004 0.005 0.013 0.018 0.033 0.110 0.171 0.217 0.241 0.186 71 L 0.001 0.004 0.004 0.017 0.028 0.043 0.107 0.159 0.210 0.236 0.191 72 A 0.010 0.064 0.046 0.146 0.235 0.191 0.190 0.069 0.034 0.010 0.005 73 H 0.507 0.116 0.106 0.142 0.069 0.030 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 74 D 0.080 0.088 0.095 0.192 0.150 0.135 0.121 0.054 0.041 0.024 0.021 75 Q 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.029 0.146 0.190 0.259 0.213 0.148 76 K 0.005 0.010 0.061 0.150 0.243 0.273 0.182 0.049 0.019 0.007 0.002 77 A 0.071 0.079 0.635 0.136 0.045 0.022 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 78 I 0.001 0.001 0.009 0.021 0.036 0.079 0.237 0.196 0.191 0.153 0.076 79 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.042 0.097 0.209 0.297 0.346 80 Q 0.001 0.006 0.318 0.286 0.229 0.113 0.032 0.009 0.003 0.001 0.001 81 D 0.002 0.017 0.257 0.105 0.158 0.206 0.165 0.049 0.024 0.012 0.004 82 F 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.022 0.132 0.169 0.252 0.233 0.175 83 F 0.009 0.005 0.005 0.009 0.016 0.042 0.192 0.193 0.208 0.186 0.134 84 K 0.084 0.168 0.212 0.270 0.135 0.066 0.035 0.015 0.008 0.004 0.002 85 P 0.105 0.090 0.084 0.118 0.131 0.132 0.156 0.081 0.056 0.034 0.014 86 T 0.195 0.119 0.043 0.100 0.082 0.070 0.118 0.089 0.080 0.065 0.039 87 V 0.114 0.065 0.027 0.079 0.089 0.111 0.155 0.111 0.108 0.080 0.061 88 R 0.217 0.214 0.074 0.159 0.103 0.082 0.066 0.036 0.026 0.015 0.007 89 E 0.485 0.178 0.070 0.116 0.062 0.036 0.026 0.012 0.008 0.005 0.002 90 G 0.391 0.114 0.055 0.128 0.092 0.064 0.061 0.036 0.029 0.018 0.011 91 D 0.073 0.093 0.058 0.114 0.111 0.132 0.142 0.101 0.089 0.056 0.031 92 R 0.014 0.059 0.069 0.204 0.208 0.162 0.147 0.073 0.038 0.017 0.009 93 L 0.014 0.009 0.014 0.018 0.025 0.039 0.105 0.147 0.205 0.215 0.210 94 N 0.038 0.084 0.100 0.259 0.216 0.122 0.101 0.043 0.023 0.010 0.005 95 G 0.167 0.151 0.085 0.190 0.133 0.099 0.082 0.040 0.026 0.016 0.009 96 H 0.009 0.018 0.011 0.034 0.045 0.067 0.167 0.178 0.190 0.167 0.115 97 P 0.455 0.216 0.069 0.133 0.065 0.029 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 98 F 0.008 0.008 0.004 0.014 0.020 0.033 0.106 0.141 0.214 0.213 0.240 99 E 0.129 0.265 0.091 0.197 0.120 0.071 0.057 0.028 0.021 0.012 0.010 100 P 0.305 0.136 0.049 0.129 0.116 0.095 0.081 0.038 0.025 0.015 0.010 101 S 0.168 0.114 0.032 0.090 0.088 0.088 0.129 0.097 0.085 0.065 0.044 102 P 0.399 0.144 0.063 0.140 0.094 0.061 0.045 0.024 0.016 0.009 0.005 103 T 0.169 0.112 0.038 0.126 0.116 0.107 0.135 0.075 0.056 0.037 0.030 104 F 0.029 0.037 0.023 0.078 0.087 0.104 0.171 0.165 0.137 0.104 0.064 105 G 0.274 0.149 0.042 0.136 0.119 0.093 0.083 0.042 0.031 0.019 0.012 106 L 0.010 0.021 0.015 0.059 0.072 0.089 0.149 0.166 0.175 0.137 0.107 107 P 0.028 0.023 0.010 0.038 0.055 0.081 0.150 0.165 0.170 0.153 0.125 108 L 0.011 0.035 0.021 0.110 0.146 0.146 0.195 0.134 0.102 0.059 0.041 109 L 0.013 0.009 0.006 0.016 0.019 0.031 0.084 0.133 0.196 0.228 0.265 110 T 0.173 0.112 0.098 0.233 0.154 0.091 0.068 0.032 0.020 0.011 0.008 111 E 0.187 0.183 0.085 0.190 0.120 0.097 0.080 0.028 0.016 0.008 0.004 112 L 0.010 0.016 0.009 0.032 0.036 0.040 0.095 0.140 0.192 0.220 0.212 113 P 0.111 0.150 0.052 0.148 0.157 0.132 0.120 0.053 0.040 0.022 0.016 114 Y 0.036 0.025 0.020 0.059 0.068 0.089 0.191 0.150 0.158 0.118 0.087 115 W 0.020 0.026 0.019 0.091 0.120 0.168 0.219 0.127 0.093 0.068 0.048 116 L 0.011 0.011 0.012 0.023 0.017 0.021 0.069 0.121 0.212 0.267 0.236 117 E 0.011 0.031 0.035 0.136 0.151 0.170 0.165 0.114 0.093 0.061 0.034 118 A 0.007 0.007 0.020 0.014 0.013 0.025 0.095 0.146 0.240 0.245 0.186 119 E 0.016 0.050 0.078 0.263 0.251 0.137 0.118 0.049 0.023 0.009 0.004 120 V 0.007 0.016 0.027 0.040 0.043 0.061 0.151 0.149 0.200 0.182 0.123 121 R 0.025 0.054 0.076 0.281 0.271 0.145 0.086 0.033 0.018 0.007 0.003 122 H 0.162 0.146 0.100 0.155 0.124 0.104 0.115 0.048 0.028 0.012 0.005 123 L 0.044 0.073 0.048 0.177 0.151 0.133 0.155 0.097 0.062 0.041 0.020 124 Y 0.046 0.061 0.022 0.083 0.106 0.125 0.168 0.135 0.118 0.086 0.050 125 P 0.436 0.245 0.076 0.116 0.049 0.029 0.021 0.011 0.008 0.006 0.004 126 G 0.296 0.128 0.063 0.130 0.090 0.078 0.098 0.048 0.034 0.022 0.012 127 G 0.425 0.173 0.047 0.121 0.075 0.058 0.046 0.022 0.017 0.010 0.007 128 D 0.061 0.207 0.094 0.276 0.177 0.093 0.053 0.019 0.012 0.006 0.003 129 H 0.012 0.018 0.013 0.054 0.084 0.111 0.193 0.162 0.166 0.119 0.066 130 S 0.022 0.041 0.029 0.177 0.215 0.205 0.188 0.069 0.032 0.015 0.007 131 L 0.001 0.003 0.004 0.023 0.036 0.063 0.171 0.215 0.210 0.180 0.095 132 V 0.001 0.002 0.003 0.012 0.016 0.029 0.108 0.179 0.235 0.240 0.175 133 V 0.001 0.005 0.008 0.042 0.052 0.067 0.134 0.175 0.199 0.186 0.133 134 A 0.001 0.001 0.003 0.008 0.013 0.024 0.097 0.175 0.297 0.245 0.135 135 E 0.014 0.048 0.045 0.268 0.241 0.142 0.143 0.058 0.028 0.009 0.003 136 V 0.001 0.002 0.002 0.006 0.006 0.009 0.042 0.101 0.241 0.328 0.263 137 V 0.004 0.022 0.032 0.226 0.271 0.208 0.146 0.054 0.026 0.007 0.003 138 E 0.055 0.106 0.078 0.206 0.170 0.144 0.136 0.060 0.031 0.011 0.004 139 A 0.015 0.021 0.020 0.071 0.085 0.119 0.187 0.173 0.155 0.108 0.045 140 G 0.144 0.277 0.063 0.202 0.132 0.076 0.060 0.023 0.014 0.006 0.003 141 V 0.011 0.017 0.010 0.027 0.031 0.039 0.103 0.143 0.206 0.209 0.203 142 R 0.087 0.209 0.108 0.249 0.159 0.090 0.058 0.020 0.011 0.005 0.003 143 R 0.313 0.208 0.061 0.167 0.108 0.063 0.045 0.017 0.011 0.005 0.003 144 E 0.540 0.139 0.047 0.096 0.058 0.042 0.036 0.018 0.013 0.008 0.005 145 E 0.291 0.152 0.047 0.133 0.112 0.089 0.084 0.040 0.027 0.016 0.009 146 K 0.105 0.171 0.054 0.178 0.143 0.113 0.107 0.057 0.038 0.021 0.011 147 P 0.015 0.018 0.009 0.043 0.060 0.094 0.178 0.173 0.173 0.143 0.095 148 L 0.010 0.013 0.009 0.044 0.063 0.092 0.182 0.178 0.177 0.136 0.096 149 V 0.008 0.009 0.007 0.030 0.036 0.053 0.127 0.179 0.224 0.202 0.125 150 M 0.010 0.019 0.015 0.070 0.084 0.107 0.171 0.178 0.170 0.107 0.070 151 W 0.015 0.020 0.015 0.049 0.057 0.082 0.156 0.180 0.191 0.143 0.093 152 D 0.070 0.093 0.045 0.170 0.157 0.127 0.127 0.089 0.065 0.039 0.019 153 T 0.086 0.100 0.045 0.141 0.132 0.121 0.144 0.096 0.074 0.043 0.020 154 G 0.216 0.139 0.067 0.148 0.115 0.085 0.089 0.056 0.043 0.027 0.014 155 W 0.035 0.056 0.030 0.104 0.115 0.118 0.176 0.137 0.115 0.074 0.041 156 F 0.035 0.062 0.042 0.116 0.118 0.120 0.156 0.128 0.109 0.071 0.042 157 Y 0.153 0.117 0.058 0.140 0.121 0.109 0.119 0.077 0.057 0.034 0.016 158 G 0.307 0.115 0.038 0.093 0.082 0.073 0.093 0.074 0.062 0.042 0.021 159 G 0.438 0.156 0.029 0.086 0.065 0.049 0.053 0.041 0.038 0.028 0.017