# TARGET T0274 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0274.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 375 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002 0.986 2 N 0.003 0.008 0.002 0.020 0.004 0.005 0.959 3 L 0.003 0.004 0.081 0.623 0.033 0.088 0.167 4 E 0.002 0.001 0.100 0.717 0.013 0.091 0.076 5 A 0.002 0.004 0.120 0.723 0.014 0.052 0.085 6 K 0.001 0.002 0.036 0.806 0.014 0.048 0.093 7 K 0.001 0.001 0.026 0.931 0.006 0.019 0.017 8 K 0.001 0.001 0.025 0.953 0.003 0.012 0.007 9 V 0.001 0.001 0.022 0.948 0.003 0.021 0.005 10 L 0.005 0.003 0.048 0.874 0.012 0.050 0.009 11 R 0.007 0.004 0.077 0.651 0.028 0.218 0.015 12 S 0.008 0.002 0.077 0.476 0.057 0.345 0.033 13 F 0.034 0.013 0.027 0.108 0.374 0.069 0.374 14 T 0.060 0.025 0.050 0.035 0.096 0.155 0.579 15 Y 0.134 0.014 0.040 0.010 0.364 0.222 0.217 16 G 0.335 0.008 0.014 0.002 0.188 0.058 0.394 17 L 0.740 0.003 0.005 0.001 0.021 0.007 0.223 18 Y 0.968 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.022 19 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 20 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 21 T 0.978 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 22 A 0.822 0.010 0.001 0.001 0.014 0.007 0.145 23 K 0.317 0.009 0.016 0.001 0.153 0.171 0.333 24 D 0.057 0.006 0.029 0.001 0.225 0.588 0.095 25 G 0.008 0.001 0.019 0.001 0.234 0.708 0.030 26 D 0.036 0.002 0.020 0.001 0.435 0.397 0.110 27 E 0.483 0.071 0.006 0.001 0.106 0.013 0.320 28 V 0.837 0.034 0.001 0.001 0.019 0.002 0.105 29 A 0.940 0.002 0.001 0.001 0.012 0.004 0.040 30 A 0.958 0.003 0.001 0.001 0.008 0.004 0.026 31 G 0.940 0.002 0.001 0.001 0.016 0.003 0.037 32 T 0.910 0.004 0.003 0.002 0.018 0.004 0.059 33 V 0.845 0.005 0.011 0.006 0.022 0.014 0.097 34 N 0.768 0.009 0.023 0.012 0.053 0.021 0.114 35 W 0.598 0.011 0.070 0.047 0.062 0.070 0.142 36 V 0.552 0.020 0.071 0.037 0.087 0.093 0.139 37 T 0.448 0.022 0.076 0.044 0.136 0.095 0.179 38 Q 0.297 0.015 0.120 0.088 0.110 0.152 0.217 39 A 0.237 0.019 0.105 0.054 0.149 0.177 0.259 40 S 0.195 0.040 0.068 0.025 0.134 0.186 0.352 41 F 0.178 0.024 0.028 0.010 0.228 0.107 0.426 42 Q 0.089 0.009 0.006 0.002 0.372 0.022 0.499 43 P 0.100 0.008 0.030 0.004 0.265 0.078 0.514 44 P 0.238 0.006 0.016 0.001 0.190 0.058 0.490 45 L 0.741 0.005 0.007 0.001 0.111 0.016 0.119 46 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 47 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 48 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 49 G 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 50 L 0.728 0.002 0.002 0.002 0.027 0.017 0.222 51 K 0.273 0.017 0.008 0.004 0.275 0.059 0.363 52 R 0.075 0.013 0.028 0.023 0.434 0.080 0.347 53 D 0.029 0.007 0.104 0.111 0.198 0.257 0.295 54 S 0.008 0.005 0.143 0.314 0.160 0.287 0.083 55 H 0.017 0.015 0.099 0.508 0.064 0.184 0.113 56 L 0.008 0.002 0.037 0.872 0.006 0.036 0.039 57 H 0.004 0.001 0.015 0.954 0.005 0.009 0.012 58 A 0.003 0.001 0.012 0.974 0.002 0.004 0.004 59 L 0.008 0.001 0.013 0.972 0.001 0.004 0.002 60 V 0.025 0.004 0.016 0.940 0.003 0.011 0.002 61 E 0.008 0.001 0.021 0.920 0.002 0.048 0.001 62 R 0.006 0.001 0.025 0.703 0.005 0.257 0.003 63 T 0.003 0.001 0.011 0.027 0.028 0.902 0.028 64 G 0.014 0.001 0.004 0.001 0.253 0.596 0.131 65 K 0.548 0.006 0.002 0.001 0.080 0.016 0.347 66 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 67 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 68 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 69 M 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 70 T 0.777 0.004 0.004 0.002 0.030 0.004 0.179 71 L 0.159 0.009 0.010 0.004 0.227 0.019 0.573 72 A 0.025 0.008 0.024 0.023 0.289 0.023 0.608 73 H 0.002 0.002 0.179 0.574 0.073 0.139 0.032 74 D 0.001 0.003 0.146 0.684 0.015 0.112 0.039 75 Q 0.001 0.001 0.053 0.917 0.001 0.018 0.009 76 K 0.001 0.001 0.011 0.978 0.001 0.008 0.002 77 A 0.001 0.001 0.006 0.981 0.001 0.012 0.001 78 I 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.011 0.003 79 A 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.007 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.012 0.961 0.001 0.025 0.001 81 D 0.001 0.001 0.025 0.865 0.002 0.104 0.003 82 F 0.001 0.005 0.044 0.680 0.017 0.226 0.027 83 F 0.005 0.011 0.060 0.318 0.167 0.286 0.153 84 K 0.012 0.011 0.036 0.036 0.467 0.060 0.378 85 P 0.018 0.010 0.065 0.037 0.209 0.183 0.478 86 T 0.038 0.073 0.037 0.018 0.110 0.093 0.631 87 V 0.037 0.031 0.044 0.016 0.158 0.099 0.615 88 R 0.027 0.009 0.074 0.032 0.142 0.271 0.446 89 E 0.028 0.013 0.136 0.086 0.163 0.432 0.142 90 G 0.038 0.011 0.156 0.055 0.189 0.286 0.265 91 D 0.066 0.013 0.224 0.028 0.213 0.133 0.323 92 R 0.167 0.037 0.344 0.079 0.088 0.183 0.102 93 L 0.297 0.055 0.267 0.080 0.051 0.107 0.143 94 N 0.216 0.019 0.145 0.065 0.074 0.350 0.130 95 G 0.151 0.009 0.092 0.020 0.163 0.382 0.182 96 H 0.198 0.020 0.012 0.004 0.272 0.033 0.461 97 P 0.265 0.024 0.013 0.002 0.099 0.047 0.551 98 F 0.255 0.033 0.004 0.001 0.094 0.011 0.601 99 E 0.336 0.025 0.002 0.001 0.068 0.008 0.560 100 P 0.230 0.102 0.004 0.002 0.129 0.007 0.526 101 S 0.062 0.030 0.006 0.001 0.178 0.012 0.711 102 P 0.020 0.011 0.040 0.005 0.163 0.568 0.192 103 T 0.017 0.031 0.038 0.004 0.126 0.462 0.322 104 F 0.024 0.032 0.017 0.006 0.277 0.216 0.428 105 G 0.027 0.015 0.010 0.012 0.305 0.190 0.441 106 L 0.099 0.037 0.010 0.028 0.374 0.012 0.440 107 P 0.161 0.056 0.055 0.091 0.097 0.035 0.506 108 L 0.248 0.110 0.169 0.207 0.091 0.048 0.126 109 L 0.129 0.019 0.422 0.209 0.039 0.063 0.119 110 T 0.035 0.005 0.367 0.189 0.051 0.327 0.027 111 E 0.056 0.009 0.156 0.079 0.187 0.446 0.067 112 L 0.128 0.011 0.023 0.016 0.325 0.025 0.471 113 P 0.135 0.004 0.044 0.050 0.291 0.065 0.411 114 Y 0.722 0.007 0.032 0.052 0.077 0.032 0.079 115 W 0.911 0.008 0.005 0.042 0.006 0.005 0.024 116 L 0.955 0.002 0.001 0.030 0.002 0.002 0.008 117 E 0.896 0.001 0.001 0.039 0.006 0.006 0.051 118 A 0.791 0.001 0.002 0.024 0.037 0.015 0.131 119 E 0.888 0.005 0.002 0.025 0.023 0.011 0.046 120 V 0.893 0.008 0.003 0.024 0.011 0.013 0.049 121 R 0.841 0.005 0.005 0.028 0.027 0.024 0.071 122 H 0.852 0.003 0.003 0.020 0.027 0.028 0.066 123 L 0.737 0.021 0.008 0.027 0.061 0.039 0.108 124 Y 0.503 0.034 0.007 0.009 0.154 0.025 0.267 125 P 0.289 0.012 0.015 0.006 0.123 0.226 0.330 126 G 0.069 0.008 0.037 0.008 0.198 0.452 0.230 127 G 0.097 0.006 0.035 0.007 0.355 0.237 0.262 128 D 0.112 0.008 0.033 0.006 0.229 0.178 0.433 129 H 0.531 0.010 0.011 0.004 0.140 0.042 0.263 130 S 0.872 0.004 0.001 0.001 0.032 0.007 0.082 131 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 132 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 133 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 134 A 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 135 E 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 136 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 137 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 138 E 0.968 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.020 139 A 0.814 0.003 0.003 0.008 0.025 0.031 0.116 140 G 0.744 0.010 0.004 0.011 0.044 0.037 0.152 141 V 0.502 0.032 0.009 0.012 0.060 0.040 0.345 142 R 0.363 0.028 0.018 0.018 0.098 0.073 0.404 143 R 0.102 0.005 0.127 0.045 0.221 0.342 0.158 144 E 0.061 0.008 0.111 0.024 0.160 0.499 0.138 145 E 0.068 0.017 0.080 0.008 0.360 0.236 0.230 146 K 0.116 0.008 0.007 0.001 0.384 0.021 0.462 147 P 0.277 0.009 0.011 0.002 0.076 0.018 0.607 148 L 0.832 0.016 0.008 0.002 0.036 0.007 0.099 149 V 0.956 0.011 0.002 0.002 0.005 0.002 0.020 150 M 0.945 0.013 0.003 0.002 0.002 0.003 0.033 151 W 0.814 0.015 0.009 0.007 0.012 0.064 0.079 152 D 0.228 0.005 0.015 0.003 0.081 0.588 0.081 153 T 0.056 0.002 0.016 0.001 0.154 0.732 0.038 154 G 0.147 0.009 0.027 0.003 0.278 0.416 0.121 155 W 0.533 0.075 0.018 0.005 0.103 0.053 0.212 156 F 0.592 0.063 0.014 0.003 0.074 0.032 0.222 157 Y 0.372 0.031 0.021 0.004 0.152 0.082 0.337 158 G 0.152 0.019 0.014 0.006 0.138 0.103 0.569 159 G 0.023 0.003 0.006 0.003 0.036 0.020 0.908