# TARGET T0274 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0274.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 375 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.283 0.453 0.052 0.080 0.030 0.009 0.003 0.017 0.003 0.001 2 N 0.018 0.088 0.618 0.011 0.015 0.180 0.007 0.001 0.059 0.003 0.001 3 L 0.911 0.008 0.022 0.043 0.002 0.007 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 4 E 0.950 0.005 0.012 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 A 0.926 0.002 0.015 0.044 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 6 K 0.927 0.002 0.008 0.051 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.977 0.002 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.976 0.002 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.980 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.939 0.005 0.007 0.043 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 R 0.952 0.007 0.008 0.022 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 12 S 0.725 0.023 0.022 0.212 0.005 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 13 F 0.466 0.067 0.137 0.223 0.012 0.028 0.023 0.002 0.039 0.001 0.001 14 T 0.307 0.086 0.252 0.225 0.016 0.049 0.026 0.015 0.021 0.003 0.002 15 Y 0.096 0.202 0.280 0.118 0.171 0.010 0.054 0.026 0.014 0.029 0.001 16 G 0.056 0.123 0.355 0.030 0.280 0.012 0.018 0.054 0.004 0.064 0.004 17 L 0.017 0.697 0.183 0.018 0.054 0.015 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 18 Y 0.004 0.767 0.147 0.002 0.042 0.015 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 19 V 0.004 0.675 0.250 0.001 0.006 0.041 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 20 L 0.013 0.678 0.181 0.004 0.013 0.067 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 21 T 0.016 0.684 0.083 0.019 0.137 0.033 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 22 A 0.054 0.537 0.197 0.039 0.118 0.034 0.002 0.001 0.016 0.002 0.001 23 K 0.148 0.391 0.142 0.162 0.053 0.039 0.008 0.002 0.049 0.005 0.001 24 D 0.060 0.144 0.222 0.135 0.033 0.041 0.199 0.005 0.149 0.009 0.002 25 G 0.020 0.002 0.018 0.008 0.021 0.001 0.061 0.554 0.001 0.315 0.001 26 D 0.151 0.092 0.218 0.298 0.057 0.040 0.080 0.034 0.017 0.008 0.004 27 E 0.047 0.501 0.311 0.019 0.052 0.027 0.015 0.002 0.023 0.001 0.001 28 V 0.134 0.261 0.496 0.013 0.004 0.069 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 29 A 0.241 0.407 0.086 0.133 0.076 0.026 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 30 A 0.049 0.541 0.101 0.029 0.232 0.012 0.013 0.003 0.017 0.002 0.001 31 G 0.046 0.451 0.164 0.012 0.268 0.010 0.005 0.004 0.025 0.013 0.001 32 T 0.118 0.428 0.284 0.022 0.053 0.062 0.003 0.001 0.019 0.003 0.006 33 V 0.132 0.523 0.148 0.040 0.056 0.051 0.006 0.001 0.039 0.002 0.001 34 N 0.301 0.304 0.185 0.054 0.081 0.035 0.014 0.004 0.017 0.004 0.001 35 W 0.215 0.376 0.132 0.042 0.132 0.051 0.025 0.005 0.017 0.002 0.002 36 V 0.221 0.450 0.102 0.090 0.069 0.029 0.007 0.002 0.028 0.002 0.001 37 T 0.125 0.439 0.149 0.051 0.169 0.024 0.007 0.003 0.028 0.004 0.001 38 Q 0.289 0.256 0.194 0.098 0.055 0.043 0.024 0.006 0.033 0.003 0.001 39 A 0.240 0.266 0.149 0.218 0.072 0.017 0.014 0.004 0.017 0.003 0.001 40 S 0.156 0.331 0.139 0.106 0.187 0.026 0.017 0.016 0.010 0.012 0.001 41 F 0.116 0.278 0.158 0.276 0.069 0.034 0.029 0.005 0.027 0.007 0.001 42 Q 0.010 0.397 0.183 0.001 0.046 0.008 0.017 0.001 0.336 0.002 0.001 43 P 0.012 0.001 0.594 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.379 44 P 0.053 0.005 0.742 0.005 0.001 0.042 0.001 0.001 0.002 0.001 0.152 45 L 0.019 0.506 0.358 0.007 0.053 0.035 0.004 0.001 0.012 0.001 0.005 46 V 0.002 0.902 0.052 0.001 0.013 0.010 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 47 A 0.003 0.770 0.176 0.001 0.009 0.029 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 48 V 0.005 0.866 0.058 0.002 0.017 0.025 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 49 G 0.011 0.574 0.157 0.010 0.107 0.079 0.006 0.001 0.055 0.001 0.001 50 L 0.071 0.511 0.255 0.050 0.035 0.049 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 51 K 0.081 0.168 0.404 0.065 0.108 0.103 0.021 0.003 0.036 0.009 0.002 52 R 0.416 0.129 0.207 0.116 0.037 0.026 0.024 0.006 0.024 0.014 0.001 53 D 0.424 0.068 0.244 0.141 0.025 0.044 0.017 0.007 0.022 0.006 0.002 54 S 0.735 0.025 0.056 0.115 0.013 0.015 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 55 H 0.701 0.029 0.079 0.103 0.013 0.031 0.018 0.006 0.017 0.004 0.001 56 L 0.922 0.006 0.009 0.056 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 H 0.991 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.991 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 R 0.963 0.003 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 T 0.172 0.005 0.019 0.789 0.003 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 64 G 0.006 0.001 0.005 0.005 0.006 0.001 0.159 0.793 0.001 0.025 0.001 65 K 0.024 0.487 0.378 0.031 0.051 0.022 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 66 L 0.004 0.584 0.357 0.003 0.012 0.025 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 67 A 0.002 0.874 0.082 0.001 0.019 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 68 L 0.004 0.820 0.116 0.001 0.010 0.029 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 69 M 0.007 0.611 0.183 0.002 0.016 0.109 0.001 0.001 0.071 0.001 0.001 70 T 0.013 0.587 0.189 0.005 0.024 0.080 0.003 0.001 0.098 0.001 0.001 71 L 0.028 0.169 0.630 0.016 0.016 0.123 0.003 0.001 0.012 0.001 0.002 72 A 0.097 0.166 0.514 0.024 0.095 0.059 0.007 0.003 0.023 0.012 0.001 73 H 0.961 0.003 0.010 0.015 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 74 D 0.901 0.001 0.008 0.072 0.001 0.006 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 75 Q 0.965 0.001 0.001 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 I 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.944 0.001 0.002 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 F 0.749 0.003 0.007 0.236 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 F 0.422 0.036 0.104 0.314 0.011 0.019 0.045 0.026 0.017 0.005 0.001 84 K 0.125 0.209 0.471 0.006 0.037 0.020 0.030 0.001 0.093 0.007 0.001 85 P 0.470 0.004 0.439 0.022 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 86 T 0.330 0.128 0.199 0.225 0.040 0.030 0.012 0.007 0.026 0.002 0.001 87 V 0.277 0.120 0.418 0.054 0.048 0.027 0.014 0.009 0.018 0.012 0.002 88 R 0.350 0.110 0.362 0.100 0.020 0.023 0.008 0.007 0.012 0.007 0.001 89 E 0.307 0.077 0.164 0.220 0.039 0.022 0.098 0.033 0.026 0.012 0.001 90 G 0.265 0.039 0.200 0.053 0.103 0.010 0.034 0.131 0.006 0.157 0.002 91 D 0.196 0.112 0.332 0.119 0.038 0.135 0.019 0.003 0.041 0.002 0.003 92 R 0.691 0.086 0.083 0.096 0.013 0.014 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 93 L 0.604 0.133 0.081 0.127 0.009 0.020 0.005 0.002 0.018 0.001 0.001 94 N 0.277 0.115 0.138 0.359 0.030 0.009 0.053 0.003 0.011 0.004 0.001 95 G 0.060 0.008 0.055 0.087 0.026 0.006 0.229 0.475 0.004 0.049 0.001 96 H 0.008 0.392 0.501 0.001 0.015 0.007 0.002 0.001 0.074 0.001 0.001 97 P 0.069 0.004 0.756 0.007 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 98 F 0.081 0.357 0.412 0.053 0.046 0.031 0.005 0.002 0.012 0.001 0.001 99 E 0.022 0.465 0.337 0.001 0.027 0.018 0.006 0.001 0.123 0.001 0.001 100 P 0.098 0.007 0.834 0.010 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 101 S 0.082 0.187 0.458 0.002 0.106 0.015 0.007 0.004 0.126 0.012 0.001 102 P 0.587 0.003 0.315 0.015 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 103 T 0.369 0.133 0.105 0.234 0.076 0.015 0.021 0.022 0.022 0.003 0.001 104 F 0.173 0.173 0.306 0.289 0.031 0.013 0.004 0.002 0.007 0.001 0.001 105 G 0.085 0.026 0.087 0.046 0.063 0.007 0.125 0.404 0.011 0.147 0.001 106 L 0.049 0.205 0.565 0.008 0.041 0.034 0.008 0.001 0.083 0.004 0.001 107 P 0.165 0.023 0.728 0.006 0.001 0.038 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 108 L 0.223 0.309 0.318 0.031 0.014 0.068 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 109 L 0.310 0.259 0.287 0.042 0.010 0.063 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 110 T 0.631 0.085 0.112 0.110 0.027 0.011 0.014 0.002 0.005 0.003 0.001 111 E 0.138 0.036 0.050 0.396 0.062 0.017 0.212 0.070 0.014 0.005 0.001 112 L 0.023 0.314 0.522 0.003 0.046 0.015 0.005 0.001 0.069 0.002 0.001 113 P 0.241 0.024 0.582 0.029 0.001 0.056 0.001 0.001 0.002 0.001 0.063 114 Y 0.041 0.566 0.145 0.034 0.183 0.010 0.007 0.003 0.010 0.002 0.001 115 W 0.023 0.752 0.127 0.008 0.066 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 116 L 0.016 0.841 0.062 0.006 0.049 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 117 E 0.014 0.751 0.116 0.010 0.043 0.042 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 118 A 0.016 0.509 0.129 0.004 0.316 0.008 0.004 0.002 0.009 0.002 0.001 119 E 0.015 0.813 0.097 0.006 0.036 0.015 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 120 V 0.009 0.211 0.686 0.001 0.002 0.081 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 121 R 0.669 0.026 0.004 0.294 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 122 H 0.008 0.451 0.035 0.017 0.457 0.004 0.021 0.001 0.007 0.001 0.001 123 L 0.021 0.733 0.145 0.024 0.029 0.014 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 124 Y 0.005 0.477 0.228 0.001 0.034 0.026 0.005 0.001 0.224 0.001 0.001 125 P 0.031 0.011 0.866 0.008 0.001 0.069 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 126 G 0.100 0.098 0.331 0.145 0.144 0.013 0.034 0.094 0.012 0.030 0.001 127 G 0.032 0.011 0.045 0.010 0.119 0.001 0.037 0.167 0.001 0.576 0.001 128 D 0.165 0.174 0.249 0.257 0.076 0.037 0.017 0.005 0.011 0.006 0.004 129 H 0.073 0.468 0.169 0.053 0.154 0.025 0.027 0.004 0.023 0.004 0.001 130 S 0.098 0.526 0.265 0.023 0.048 0.025 0.002 0.001 0.010 0.001 0.002 131 L 0.027 0.729 0.178 0.005 0.030 0.016 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 132 V 0.016 0.846 0.080 0.002 0.026 0.016 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 133 V 0.020 0.822 0.084 0.005 0.022 0.032 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 134 A 0.028 0.566 0.075 0.005 0.312 0.003 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 135 E 0.016 0.695 0.212 0.002 0.022 0.031 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 136 V 0.018 0.118 0.775 0.001 0.001 0.082 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 137 V 0.901 0.008 0.001 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 E 0.037 0.564 0.023 0.017 0.352 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 139 A 0.059 0.571 0.054 0.139 0.135 0.005 0.011 0.002 0.022 0.001 0.001 140 G 0.040 0.176 0.080 0.028 0.271 0.036 0.224 0.059 0.056 0.030 0.001 141 V 0.068 0.641 0.152 0.047 0.047 0.023 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 142 R 0.107 0.241 0.348 0.091 0.044 0.102 0.015 0.002 0.042 0.007 0.001 143 R 0.286 0.137 0.183 0.090 0.073 0.040 0.146 0.011 0.021 0.010 0.001 144 E 0.405 0.130 0.106 0.229 0.049 0.018 0.035 0.016 0.008 0.004 0.001 145 E 0.220 0.216 0.166 0.248 0.040 0.033 0.034 0.007 0.032 0.004 0.001 146 K 0.010 0.362 0.326 0.001 0.032 0.013 0.020 0.001 0.235 0.001 0.001 147 P 0.058 0.006 0.806 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 148 L 0.054 0.384 0.428 0.013 0.022 0.070 0.002 0.001 0.023 0.001 0.002 149 V 0.034 0.759 0.122 0.011 0.017 0.030 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 150 M 0.029 0.563 0.255 0.023 0.019 0.066 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 151 W 0.067 0.529 0.176 0.034 0.107 0.039 0.008 0.002 0.035 0.004 0.001 152 D 0.138 0.119 0.130 0.171 0.051 0.173 0.117 0.006 0.085 0.007 0.003 153 T 0.129 0.115 0.184 0.320 0.131 0.012 0.048 0.031 0.013 0.015 0.003 154 G 0.070 0.055 0.172 0.054 0.157 0.008 0.078 0.257 0.008 0.139 0.002 155 W 0.113 0.312 0.408 0.061 0.056 0.024 0.006 0.003 0.012 0.004 0.002 156 F 0.099 0.397 0.221 0.102 0.072 0.046 0.018 0.004 0.034 0.006 0.001 157 Y 0.106 0.319 0.268 0.128 0.086 0.025 0.020 0.006 0.032 0.011 0.001 158 G 0.064 0.053 0.210 0.107 0.132 0.015 0.178 0.153 0.013 0.072 0.003 159 G 0.063 0.051 0.200 0.027 0.146 0.004 0.027 0.199 0.003 0.279 0.001