# TARGET T0274 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0274.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 375 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.416 0.249 0.021 0.158 0.010 0.016 0.025 0.012 0.028 0.022 2 N 0.075 0.496 0.150 0.002 0.252 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.011 3 L 0.004 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.569 0.384 0.024 0.003 4 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.880 0.096 0.006 0.001 5 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.921 0.052 0.017 0.001 6 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.064 0.016 0.001 7 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.904 0.079 0.006 0.001 8 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.899 0.068 0.013 0.001 9 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.874 0.083 0.025 0.001 10 L 0.007 0.009 0.002 0.001 0.010 0.003 0.010 0.709 0.202 0.043 0.004 11 R 0.004 0.009 0.003 0.005 0.008 0.007 0.041 0.688 0.209 0.024 0.003 12 S 0.009 0.017 0.011 0.007 0.018 0.021 0.150 0.478 0.180 0.103 0.007 13 F 0.059 0.067 0.043 0.017 0.076 0.011 0.062 0.315 0.165 0.142 0.043 14 T 0.060 0.022 0.014 0.019 0.036 0.063 0.171 0.339 0.159 0.083 0.033 15 Y 0.009 0.255 0.200 0.090 0.046 0.039 0.099 0.111 0.072 0.070 0.009 16 G 0.141 0.101 0.064 0.069 0.140 0.028 0.013 0.022 0.028 0.252 0.141 17 L 0.258 0.110 0.008 0.002 0.588 0.002 0.003 0.002 0.002 0.005 0.020 18 Y 0.115 0.090 0.006 0.001 0.778 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 19 V 0.359 0.029 0.002 0.001 0.590 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 20 L 0.292 0.043 0.005 0.002 0.601 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.043 21 T 0.319 0.077 0.015 0.002 0.420 0.002 0.002 0.003 0.002 0.028 0.130 22 A 0.103 0.384 0.084 0.015 0.305 0.011 0.009 0.016 0.010 0.036 0.027 23 K 0.065 0.096 0.123 0.230 0.093 0.173 0.072 0.048 0.026 0.049 0.025 24 D 0.053 0.030 0.083 0.415 0.052 0.145 0.086 0.031 0.026 0.043 0.037 25 G 0.004 0.044 0.062 0.508 0.011 0.121 0.060 0.062 0.050 0.066 0.010 26 D 0.013 0.021 0.016 0.035 0.014 0.016 0.018 0.026 0.069 0.714 0.058 27 E 0.031 0.432 0.165 0.014 0.197 0.013 0.023 0.048 0.038 0.031 0.007 28 V 0.297 0.125 0.026 0.005 0.354 0.012 0.024 0.032 0.018 0.028 0.078 29 A 0.141 0.126 0.086 0.102 0.233 0.058 0.067 0.043 0.028 0.056 0.062 30 A 0.203 0.142 0.066 0.036 0.246 0.027 0.025 0.050 0.043 0.081 0.081 31 G 0.082 0.331 0.133 0.034 0.260 0.012 0.013 0.061 0.026 0.026 0.023 32 T 0.270 0.140 0.021 0.005 0.364 0.005 0.016 0.075 0.022 0.023 0.060 33 V 0.170 0.089 0.021 0.022 0.241 0.035 0.048 0.155 0.111 0.055 0.052 34 N 0.104 0.107 0.032 0.031 0.207 0.037 0.059 0.290 0.079 0.026 0.028 35 W 0.211 0.081 0.021 0.012 0.219 0.011 0.027 0.227 0.072 0.068 0.052 36 V 0.198 0.067 0.011 0.014 0.194 0.029 0.051 0.132 0.093 0.116 0.095 37 T 0.120 0.177 0.077 0.034 0.235 0.031 0.041 0.117 0.065 0.052 0.050 38 Q 0.168 0.099 0.033 0.017 0.202 0.028 0.061 0.140 0.086 0.095 0.069 39 A 0.112 0.149 0.048 0.041 0.185 0.038 0.054 0.102 0.099 0.120 0.051 40 S 0.140 0.142 0.060 0.029 0.235 0.032 0.056 0.111 0.067 0.075 0.053 41 F 0.080 0.119 0.106 0.050 0.135 0.035 0.047 0.137 0.119 0.132 0.040 42 Q 0.062 0.164 0.300 0.086 0.105 0.035 0.085 0.078 0.032 0.029 0.022 43 P 0.025 0.463 0.297 0.024 0.124 0.008 0.013 0.025 0.008 0.006 0.007 44 P 0.127 0.280 0.043 0.006 0.411 0.009 0.025 0.030 0.019 0.023 0.027 45 L 0.229 0.111 0.010 0.003 0.605 0.007 0.012 0.005 0.002 0.004 0.013 46 V 0.170 0.050 0.002 0.002 0.761 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 47 A 0.308 0.026 0.001 0.002 0.642 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 48 V 0.264 0.075 0.006 0.003 0.575 0.002 0.003 0.002 0.001 0.006 0.064 49 G 0.322 0.094 0.016 0.004 0.388 0.003 0.003 0.004 0.002 0.033 0.133 50 L 0.144 0.278 0.052 0.016 0.264 0.018 0.019 0.023 0.021 0.069 0.094 51 K 0.088 0.303 0.154 0.027 0.224 0.020 0.022 0.030 0.025 0.061 0.046 52 R 0.098 0.190 0.092 0.026 0.146 0.025 0.039 0.109 0.105 0.106 0.065 53 D 0.074 0.127 0.062 0.018 0.143 0.014 0.026 0.233 0.183 0.078 0.043 54 S 0.009 0.055 0.019 0.005 0.027 0.020 0.051 0.551 0.205 0.048 0.009 55 H 0.024 0.035 0.015 0.003 0.030 0.002 0.016 0.467 0.125 0.253 0.028 56 L 0.011 0.014 0.006 0.002 0.010 0.002 0.004 0.766 0.107 0.071 0.008 57 H 0.002 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.877 0.091 0.006 0.002 58 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.950 0.033 0.003 0.001 59 L 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.943 0.035 0.010 0.001 60 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.910 0.061 0.014 0.001 61 E 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.018 0.837 0.123 0.009 0.002 62 R 0.002 0.003 0.004 0.003 0.002 0.015 0.172 0.697 0.080 0.021 0.001 63 T 0.007 0.698 0.187 0.012 0.082 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.003 64 G 0.019 0.006 0.008 0.093 0.006 0.071 0.023 0.045 0.043 0.556 0.129 65 K 0.075 0.411 0.060 0.007 0.381 0.006 0.010 0.023 0.009 0.011 0.008 66 L 0.184 0.071 0.003 0.001 0.726 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 67 A 0.206 0.045 0.002 0.002 0.724 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 68 L 0.238 0.069 0.005 0.002 0.642 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.036 69 M 0.284 0.034 0.006 0.004 0.301 0.004 0.022 0.016 0.009 0.090 0.230 70 T 0.124 0.384 0.124 0.004 0.215 0.004 0.009 0.025 0.016 0.044 0.050 71 L 0.062 0.404 0.141 0.018 0.157 0.006 0.015 0.044 0.039 0.064 0.051 72 A 0.013 0.543 0.241 0.019 0.055 0.005 0.004 0.074 0.028 0.013 0.005 73 H 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.019 0.018 0.639 0.303 0.008 0.001 74 D 0.006 0.014 0.007 0.003 0.006 0.001 0.007 0.766 0.078 0.102 0.011 75 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.805 0.104 0.084 0.001 76 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.041 0.001 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.018 0.001 0.001 78 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.024 0.005 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.899 0.087 0.011 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.829 0.148 0.004 0.001 81 D 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.097 0.775 0.089 0.029 0.001 82 F 0.004 0.008 0.005 0.006 0.008 0.020 0.155 0.569 0.119 0.103 0.004 83 F 0.056 0.041 0.010 0.012 0.048 0.011 0.025 0.232 0.171 0.338 0.057 84 K 0.021 0.152 0.152 0.048 0.075 0.041 0.058 0.275 0.117 0.051 0.010 85 P 0.044 0.141 0.082 0.019 0.134 0.022 0.104 0.236 0.104 0.087 0.029 86 T 0.092 0.244 0.093 0.014 0.188 0.009 0.041 0.091 0.069 0.111 0.047 87 V 0.039 0.234 0.160 0.035 0.118 0.029 0.036 0.158 0.091 0.077 0.023 88 R 0.031 0.139 0.115 0.047 0.070 0.050 0.102 0.240 0.111 0.074 0.021 89 E 0.042 0.090 0.084 0.064 0.060 0.043 0.061 0.216 0.150 0.138 0.051 90 G 0.036 0.103 0.051 0.047 0.071 0.030 0.029 0.173 0.183 0.216 0.062 91 D 0.068 0.135 0.048 0.010 0.143 0.014 0.038 0.220 0.179 0.116 0.029 92 R 0.097 0.158 0.050 0.006 0.164 0.007 0.021 0.204 0.127 0.117 0.048 93 L 0.155 0.124 0.052 0.019 0.213 0.015 0.019 0.095 0.112 0.116 0.080 94 N 0.010 0.053 0.048 0.044 0.028 0.099 0.271 0.332 0.093 0.014 0.007 95 G 0.065 0.030 0.019 0.006 0.050 0.004 0.013 0.052 0.094 0.543 0.123 96 H 0.034 0.544 0.165 0.003 0.234 0.001 0.002 0.005 0.004 0.004 0.006 97 P 0.163 0.190 0.077 0.008 0.283 0.009 0.015 0.040 0.033 0.070 0.112 98 F 0.130 0.284 0.100 0.007 0.297 0.004 0.014 0.031 0.040 0.041 0.052 99 E 0.039 0.374 0.264 0.016 0.189 0.010 0.028 0.044 0.016 0.011 0.010 100 P 0.060 0.353 0.182 0.018 0.162 0.009 0.023 0.042 0.050 0.059 0.042 101 S 0.048 0.375 0.241 0.016 0.228 0.008 0.010 0.023 0.022 0.010 0.019 102 P 0.024 0.069 0.036 0.010 0.043 0.033 0.120 0.364 0.256 0.033 0.012 103 T 0.048 0.044 0.029 0.013 0.062 0.031 0.110 0.153 0.119 0.335 0.057 104 F 0.062 0.192 0.095 0.064 0.094 0.027 0.072 0.094 0.092 0.158 0.049 105 G 0.016 0.024 0.100 0.314 0.016 0.093 0.013 0.016 0.036 0.303 0.068 106 L 0.033 0.426 0.173 0.025 0.161 0.005 0.016 0.083 0.049 0.013 0.015 107 P 0.077 0.325 0.077 0.002 0.253 0.004 0.030 0.155 0.053 0.009 0.017 108 L 0.042 0.172 0.039 0.004 0.099 0.004 0.020 0.331 0.216 0.059 0.015 109 L 0.179 0.026 0.006 0.010 0.080 0.016 0.023 0.260 0.250 0.051 0.100 110 T 0.002 0.022 0.006 0.014 0.009 0.059 0.113 0.497 0.270 0.007 0.001 111 E 0.036 0.015 0.003 0.001 0.033 0.001 0.015 0.130 0.160 0.585 0.023 112 L 0.255 0.208 0.051 0.001 0.380 0.001 0.002 0.021 0.011 0.017 0.050 113 P 0.132 0.044 0.007 0.016 0.122 0.069 0.179 0.187 0.088 0.057 0.098 114 Y 0.134 0.251 0.042 0.007 0.470 0.005 0.009 0.023 0.016 0.018 0.026 115 W 0.288 0.076 0.010 0.002 0.537 0.003 0.007 0.034 0.013 0.009 0.021 116 L 0.310 0.078 0.013 0.005 0.467 0.011 0.009 0.034 0.009 0.011 0.053 117 E 0.410 0.041 0.005 0.004 0.273 0.003 0.017 0.012 0.008 0.061 0.167 118 A 0.227 0.240 0.028 0.004 0.413 0.004 0.005 0.009 0.007 0.022 0.042 119 E 0.068 0.405 0.056 0.002 0.427 0.002 0.005 0.013 0.008 0.009 0.006 120 V 0.640 0.014 0.003 0.002 0.173 0.003 0.006 0.006 0.008 0.018 0.129 121 R 0.027 0.119 0.049 0.120 0.116 0.270 0.159 0.068 0.047 0.016 0.009 122 H 0.267 0.136 0.026 0.002 0.448 0.001 0.005 0.012 0.009 0.031 0.062 123 L 0.283 0.127 0.027 0.011 0.378 0.012 0.013 0.021 0.018 0.042 0.067 124 Y 0.051 0.312 0.321 0.087 0.159 0.024 0.014 0.014 0.006 0.004 0.009 125 P 0.124 0.160 0.140 0.134 0.161 0.063 0.046 0.042 0.022 0.038 0.071 126 G 0.014 0.080 0.062 0.260 0.026 0.145 0.137 0.090 0.087 0.081 0.017 127 G 0.027 0.028 0.103 0.177 0.022 0.086 0.028 0.033 0.081 0.333 0.082 128 D 0.097 0.200 0.065 0.030 0.226 0.023 0.061 0.049 0.065 0.138 0.047 129 H 0.268 0.088 0.018 0.007 0.302 0.008 0.007 0.011 0.025 0.128 0.138 130 S 0.176 0.109 0.020 0.014 0.585 0.023 0.035 0.010 0.006 0.008 0.014 131 L 0.281 0.053 0.005 0.001 0.650 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 132 V 0.149 0.100 0.006 0.002 0.723 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 133 V 0.517 0.013 0.002 0.002 0.177 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.260 134 A 0.075 0.408 0.070 0.010 0.404 0.006 0.004 0.002 0.001 0.006 0.012 135 E 0.108 0.354 0.014 0.001 0.508 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.008 136 V 0.582 0.016 0.005 0.004 0.218 0.004 0.003 0.003 0.003 0.010 0.151 137 V 0.009 0.016 0.006 0.082 0.033 0.421 0.346 0.062 0.018 0.004 0.002 138 E 0.367 0.082 0.020 0.003 0.393 0.001 0.004 0.012 0.011 0.028 0.079 139 A 0.179 0.216 0.031 0.017 0.405 0.021 0.012 0.027 0.015 0.021 0.058 140 G 0.268 0.068 0.029 0.014 0.271 0.008 0.010 0.017 0.013 0.110 0.191 141 V 0.177 0.298 0.040 0.009 0.285 0.012 0.021 0.027 0.023 0.037 0.071 142 R 0.062 0.356 0.157 0.039 0.204 0.016 0.021 0.035 0.028 0.055 0.026 143 R 0.055 0.089 0.064 0.019 0.103 0.019 0.040 0.245 0.283 0.060 0.023 144 E 0.030 0.103 0.057 0.020 0.075 0.035 0.123 0.320 0.160 0.061 0.016 145 E 0.071 0.082 0.056 0.030 0.089 0.020 0.053 0.062 0.080 0.381 0.076 146 K 0.101 0.302 0.195 0.019 0.237 0.009 0.029 0.043 0.015 0.017 0.032 147 P 0.120 0.280 0.094 0.009 0.302 0.008 0.013 0.041 0.047 0.046 0.040 148 L 0.181 0.188 0.033 0.003 0.470 0.007 0.022 0.030 0.023 0.021 0.023 149 V 0.232 0.160 0.025 0.004 0.463 0.006 0.016 0.026 0.011 0.015 0.043 150 M 0.241 0.130 0.036 0.011 0.417 0.010 0.013 0.022 0.011 0.041 0.068 151 W 0.147 0.168 0.075 0.044 0.220 0.042 0.042 0.076 0.052 0.072 0.062 152 D 0.122 0.088 0.072 0.078 0.148 0.061 0.084 0.118 0.066 0.091 0.071 153 T 0.033 0.177 0.135 0.119 0.077 0.038 0.051 0.075 0.091 0.166 0.038 154 G 0.040 0.086 0.106 0.146 0.068 0.061 0.039 0.068 0.091 0.227 0.065 155 W 0.148 0.170 0.047 0.013 0.242 0.020 0.053 0.099 0.083 0.071 0.055 156 F 0.133 0.159 0.097 0.031 0.205 0.036 0.063 0.083 0.051 0.075 0.066 157 Y 0.091 0.119 0.118 0.132 0.112 0.089 0.075 0.068 0.047 0.100 0.049 158 G 0.027 0.080 0.148 0.300 0.038 0.110 0.062 0.047 0.042 0.109 0.036 159 G 0.026 0.100 0.181 0.222 0.048 0.064 0.022 0.050 0.053 0.188 0.046