# TARGET T0274 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0274.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 375 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.703 0.196 0.064 0.027 0.008 0.002 0.001 2 N 0.713 0.202 0.057 0.021 0.006 0.001 0.001 3 L 0.546 0.274 0.119 0.048 0.011 0.002 0.001 4 E 0.754 0.172 0.045 0.019 0.007 0.002 0.001 5 A 0.554 0.273 0.113 0.044 0.013 0.003 0.001 6 K 0.146 0.180 0.245 0.274 0.127 0.026 0.002 7 K 0.281 0.343 0.223 0.115 0.032 0.006 0.001 8 K 0.263 0.344 0.230 0.115 0.039 0.009 0.001 9 V 0.085 0.076 0.127 0.242 0.280 0.165 0.025 10 L 0.089 0.116 0.159 0.238 0.227 0.145 0.026 11 R 0.148 0.233 0.224 0.195 0.116 0.070 0.015 12 S 0.133 0.142 0.149 0.191 0.210 0.144 0.031 13 F 0.047 0.062 0.090 0.135 0.221 0.302 0.143 14 T 0.037 0.066 0.096 0.168 0.219 0.261 0.153 15 Y 0.014 0.049 0.093 0.182 0.247 0.241 0.174 16 G 0.002 0.008 0.024 0.076 0.165 0.316 0.410 17 L 0.001 0.001 0.002 0.012 0.055 0.292 0.638 18 Y 0.001 0.001 0.001 0.006 0.040 0.267 0.687 19 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.211 0.766 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.194 0.794 21 T 0.001 0.001 0.002 0.016 0.107 0.442 0.432 22 A 0.001 0.001 0.007 0.065 0.295 0.517 0.115 23 K 0.003 0.067 0.224 0.373 0.244 0.080 0.008 24 D 0.118 0.403 0.291 0.141 0.040 0.007 0.001 25 G 0.387 0.325 0.181 0.080 0.023 0.004 0.001 26 D 0.363 0.353 0.189 0.072 0.020 0.004 0.001 27 E 0.041 0.213 0.328 0.264 0.120 0.032 0.002 28 V 0.002 0.013 0.051 0.196 0.424 0.288 0.026 29 A 0.001 0.004 0.018 0.085 0.282 0.459 0.151 30 A 0.001 0.001 0.003 0.012 0.059 0.410 0.514 31 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.217 0.748 32 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.115 0.870 33 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.112 0.873 34 N 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.125 0.851 35 W 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.127 0.852 36 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.151 0.827 37 T 0.001 0.001 0.003 0.011 0.040 0.197 0.747 38 Q 0.001 0.003 0.005 0.012 0.042 0.219 0.718 39 A 0.001 0.002 0.005 0.016 0.070 0.308 0.598 40 S 0.001 0.006 0.023 0.085 0.223 0.411 0.251 41 F 0.002 0.014 0.037 0.117 0.291 0.403 0.135 42 Q 0.015 0.098 0.179 0.272 0.233 0.147 0.055 43 P 0.003 0.024 0.068 0.165 0.279 0.322 0.140 44 P 0.001 0.004 0.019 0.090 0.230 0.410 0.246 45 L 0.001 0.001 0.004 0.020 0.109 0.421 0.446 46 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.235 0.742 47 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.206 0.769 48 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.193 0.786 49 G 0.001 0.001 0.003 0.019 0.108 0.430 0.439 50 L 0.001 0.001 0.007 0.044 0.214 0.541 0.193 51 K 0.006 0.060 0.183 0.334 0.275 0.122 0.020 52 R 0.039 0.228 0.286 0.249 0.144 0.050 0.006 53 D 0.159 0.283 0.255 0.180 0.087 0.031 0.005 54 S 0.320 0.282 0.191 0.122 0.062 0.021 0.002 55 H 0.165 0.297 0.274 0.162 0.072 0.026 0.004 56 L 0.041 0.073 0.124 0.263 0.309 0.170 0.020 57 H 0.052 0.136 0.218 0.279 0.202 0.099 0.014 58 A 0.169 0.411 0.244 0.117 0.040 0.016 0.003 59 L 0.016 0.081 0.222 0.331 0.240 0.101 0.009 60 V 0.007 0.012 0.039 0.178 0.459 0.286 0.020 61 E 0.056 0.261 0.346 0.237 0.086 0.013 0.001 62 R 0.175 0.388 0.254 0.135 0.041 0.008 0.001 63 T 0.033 0.162 0.279 0.299 0.177 0.047 0.003 64 G 0.016 0.112 0.256 0.362 0.203 0.047 0.003 65 K 0.002 0.018 0.091 0.286 0.401 0.186 0.017 66 L 0.001 0.001 0.002 0.013 0.102 0.628 0.254 67 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.418 0.536 68 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.266 0.707 69 M 0.001 0.001 0.004 0.029 0.137 0.450 0.379 70 T 0.001 0.001 0.002 0.014 0.092 0.519 0.372 71 L 0.001 0.003 0.012 0.059 0.240 0.498 0.188 72 A 0.008 0.072 0.155 0.255 0.275 0.200 0.036 73 H 0.067 0.269 0.309 0.209 0.099 0.038 0.009 74 D 0.026 0.218 0.303 0.256 0.135 0.055 0.007 75 Q 0.001 0.005 0.015 0.099 0.389 0.443 0.048 76 K 0.016 0.131 0.304 0.333 0.163 0.049 0.004 77 A 0.043 0.315 0.377 0.195 0.058 0.012 0.001 78 I 0.002 0.011 0.051 0.162 0.360 0.363 0.051 79 A 0.001 0.002 0.007 0.042 0.218 0.559 0.171 80 Q 0.005 0.086 0.262 0.366 0.212 0.062 0.007 81 D 0.006 0.043 0.158 0.350 0.307 0.126 0.011 82 F 0.001 0.004 0.012 0.052 0.221 0.579 0.131 83 F 0.006 0.021 0.064 0.222 0.402 0.260 0.025 84 K 0.085 0.307 0.298 0.201 0.087 0.020 0.003 85 P 0.076 0.212 0.256 0.262 0.143 0.047 0.005 86 T 0.147 0.246 0.253 0.210 0.103 0.037 0.003 87 V 0.190 0.239 0.231 0.199 0.108 0.030 0.003 88 R 0.289 0.254 0.200 0.150 0.081 0.023 0.002 89 E 0.432 0.308 0.143 0.070 0.031 0.013 0.003 90 G 0.149 0.231 0.250 0.216 0.111 0.039 0.004 91 D 0.125 0.236 0.225 0.194 0.134 0.075 0.010 92 R 0.031 0.115 0.226 0.295 0.229 0.096 0.008 93 L 0.016 0.040 0.108 0.272 0.384 0.168 0.012 94 N 0.225 0.382 0.241 0.104 0.035 0.011 0.002 95 G 0.255 0.308 0.223 0.149 0.050 0.014 0.001 96 H 0.069 0.135 0.235 0.310 0.196 0.052 0.002 97 P 0.325 0.409 0.181 0.065 0.016 0.003 0.001 98 F 0.036 0.056 0.128 0.309 0.338 0.127 0.006 99 E 0.161 0.373 0.273 0.138 0.045 0.009 0.001 100 P 0.212 0.318 0.235 0.161 0.058 0.015 0.001 101 S 0.156 0.219 0.255 0.225 0.117 0.027 0.002 102 P 0.206 0.318 0.264 0.148 0.050 0.012 0.002 103 T 0.145 0.274 0.249 0.203 0.096 0.030 0.004 104 F 0.016 0.050 0.115 0.232 0.330 0.222 0.035 105 G 0.020 0.074 0.161 0.260 0.258 0.179 0.047 106 L 0.003 0.009 0.021 0.062 0.176 0.503 0.226 107 P 0.007 0.024 0.047 0.118 0.257 0.376 0.170 108 L 0.005 0.023 0.067 0.156 0.239 0.329 0.181 109 L 0.003 0.006 0.014 0.059 0.203 0.449 0.265 110 T 0.055 0.192 0.234 0.241 0.161 0.088 0.029 111 E 0.062 0.207 0.242 0.218 0.140 0.094 0.037 112 L 0.011 0.028 0.062 0.157 0.287 0.342 0.112 113 P 0.027 0.064 0.127 0.210 0.271 0.227 0.074 114 Y 0.019 0.040 0.063 0.111 0.186 0.386 0.195 115 W 0.017 0.048 0.079 0.142 0.223 0.302 0.188 116 L 0.007 0.018 0.032 0.074 0.158 0.382 0.329 117 E 0.014 0.051 0.098 0.197 0.229 0.239 0.173 118 A 0.015 0.037 0.063 0.121 0.203 0.355 0.206 119 E 0.043 0.148 0.246 0.278 0.178 0.086 0.022 120 V 0.043 0.064 0.109 0.216 0.299 0.233 0.035 121 R 0.199 0.287 0.235 0.174 0.080 0.021 0.004 122 H 0.234 0.341 0.214 0.124 0.057 0.025 0.004 123 L 0.225 0.269 0.242 0.165 0.071 0.025 0.004 124 Y 0.303 0.241 0.181 0.151 0.087 0.032 0.005 125 P 0.581 0.260 0.095 0.042 0.016 0.005 0.001 126 G 0.327 0.210 0.180 0.164 0.093 0.024 0.002 127 G 0.305 0.316 0.225 0.108 0.036 0.009 0.001 128 D 0.203 0.318 0.244 0.155 0.059 0.017 0.003 129 H 0.023 0.034 0.075 0.179 0.387 0.268 0.035 130 S 0.019 0.045 0.126 0.275 0.315 0.179 0.041 131 L 0.012 0.019 0.031 0.054 0.115 0.407 0.361 132 V 0.007 0.014 0.023 0.056 0.136 0.360 0.405 133 V 0.003 0.008 0.020 0.052 0.105 0.302 0.511 134 A 0.002 0.008 0.016 0.048 0.120 0.347 0.460 135 E 0.004 0.031 0.094 0.218 0.253 0.307 0.093 136 V 0.002 0.009 0.026 0.094 0.273 0.454 0.141 137 V 0.023 0.112 0.187 0.260 0.229 0.166 0.024 138 E 0.083 0.252 0.271 0.218 0.122 0.048 0.006 139 A 0.048 0.104 0.195 0.291 0.245 0.106 0.011 140 G 0.101 0.308 0.294 0.194 0.079 0.023 0.002 141 V 0.049 0.090 0.153 0.293 0.293 0.117 0.006 142 R 0.294 0.354 0.219 0.100 0.028 0.005 0.001 143 R 0.565 0.292 0.099 0.034 0.008 0.001 0.001 144 E 0.624 0.242 0.091 0.033 0.008 0.001 0.001 145 E 0.334 0.339 0.207 0.091 0.025 0.004 0.001 146 K 0.165 0.282 0.262 0.190 0.080 0.020 0.002 147 P 0.033 0.065 0.126 0.242 0.306 0.202 0.025 148 L 0.016 0.030 0.059 0.134 0.268 0.392 0.102 149 V 0.017 0.028 0.043 0.092 0.185 0.393 0.242 150 M 0.021 0.032 0.047 0.100 0.193 0.360 0.247 151 W 0.024 0.037 0.063 0.135 0.247 0.324 0.171 152 D 0.106 0.154 0.176 0.200 0.176 0.138 0.050 153 T 0.203 0.219 0.191 0.173 0.125 0.071 0.019 154 G 0.247 0.222 0.181 0.169 0.115 0.058 0.010 155 W 0.189 0.175 0.174 0.187 0.157 0.102 0.016 156 F 0.202 0.167 0.169 0.197 0.165 0.088 0.012 157 Y 0.342 0.265 0.192 0.120 0.055 0.022 0.004 158 G 0.424 0.218 0.154 0.120 0.061 0.020 0.003 159 G 0.613 0.217 0.098 0.047 0.018 0.006 0.001