; SAM: /projects/compbio/bin/i686/prettyalign v3.5 (May 1, 2004) compiled 07/27/04_17:12:31 ; (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz ; ; Sequence Alignment and Modeling Software System ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- ; R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: ; Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. ; K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein ; structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. ; A. 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L.....G.....I.....F.....-..-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1ax0 L.....G.....I.....F.....-..-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1ax0 P.....P.....Q.....V.....P..H.....I.....G.....I.....D.....V.....N 1ax0 P.....P.....Q.....V.....P..H.....I.....G.....I.....D.....V.....N 1ax0 D.....N.....S.....Y.....Q..T.....L.....G.....V.....E.....Fdtf..S 1ax0 -.....-.....-.....-.....-..-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1ax0 -.....-.....-.....-.....-..-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1ax0 P.....P.....Q.....V.....P..H.....I.....G.....I.....D.....V.....N 1ax0 P.....P.....Q.....V.....P..H.....I.....G.....I.....D.....V.....N 1ax0 D.....N.....S.....Y.....Q..T.....L.....G.....V.....E.....Fdtf..S 1ax0 F.....Q.....L.....D.....N..G.....Q.....V.....A.....N.....V.....V 1ax0 P.....P.....Q.....V.....P..H.....I.....G.....I.....D.....V.....N 1ax0 P.....P.....Q.....V.....P..H.....I.....G.....I.....D.....V.....N 1ax0 Q.....-.....-.....-.....-..T.....L.....G.....V.....E.....Fdtf..S 1ax0 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