# TARGET T0273 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0273.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.0381 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.087 0.082 0.056 0.099 0.090 0.108 0.138 0.113 0.102 0.077 0.048 2 P 0.187 0.203 0.097 0.206 0.137 0.078 0.048 0.020 0.012 0.007 0.004 3 L 0.021 0.014 0.012 0.022 0.033 0.050 0.120 0.158 0.209 0.205 0.156 4 V 0.073 0.155 0.095 0.238 0.182 0.100 0.081 0.036 0.021 0.012 0.007 5 L 0.035 0.038 0.039 0.084 0.098 0.098 0.151 0.121 0.130 0.107 0.098 6 D 0.243 0.199 0.150 0.210 0.099 0.050 0.028 0.010 0.006 0.003 0.002 7 L 0.181 0.119 0.089 0.126 0.114 0.093 0.123 0.060 0.050 0.029 0.016 8 A 0.204 0.122 0.063 0.115 0.093 0.073 0.104 0.068 0.068 0.054 0.035 9 R 0.175 0.159 0.073 0.155 0.123 0.098 0.114 0.044 0.031 0.019 0.009 10 P 0.449 0.127 0.105 0.131 0.070 0.047 0.040 0.015 0.010 0.005 0.002 11 V 0.013 0.022 0.016 0.037 0.065 0.098 0.173 0.173 0.159 0.143 0.101 12 S 0.016 0.526 0.091 0.136 0.067 0.046 0.042 0.026 0.023 0.016 0.009 13 E 0.237 0.083 0.053 0.184 0.223 0.142 0.057 0.014 0.006 0.002 0.001 14 E 0.918 0.054 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.002 0.007 0.023 0.170 0.174 0.215 0.255 0.095 0.041 0.013 0.004 16 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.010 0.062 0.136 0.237 0.294 0.248 17 R 0.001 0.003 0.294 0.207 0.203 0.179 0.080 0.022 0.008 0.003 0.001 18 R 0.001 0.016 0.505 0.200 0.131 0.089 0.039 0.011 0.005 0.003 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.043 0.205 0.207 0.212 0.193 0.124 20 S 0.005 0.005 0.011 0.014 0.021 0.040 0.206 0.233 0.243 0.156 0.066 21 E 0.058 0.120 0.372 0.185 0.113 0.060 0.046 0.020 0.012 0.008 0.005 22 L 0.037 0.082 0.095 0.142 0.128 0.136 0.151 0.087 0.068 0.048 0.026 23 N 0.162 0.148 0.065 0.098 0.090 0.084 0.112 0.083 0.076 0.050 0.032 24 P 0.389 0.122 0.058 0.118 0.088 0.075 0.073 0.035 0.023 0.013 0.006 25 G 0.573 0.193 0.054 0.086 0.042 0.021 0.016 0.007 0.005 0.003 0.001 26 Y 0.013 0.018 0.011 0.053 0.072 0.121 0.216 0.182 0.157 0.104 0.056 27 Q 0.045 0.116 0.093 0.228 0.185 0.143 0.097 0.042 0.026 0.015 0.010 28 W 0.014 0.030 0.037 0.068 0.082 0.101 0.175 0.164 0.165 0.104 0.060 29 E 0.018 0.013 0.010 0.035 0.051 0.079 0.172 0.184 0.182 0.154 0.102 30 R 0.016 0.033 0.020 0.082 0.110 0.120 0.185 0.145 0.136 0.090 0.063 31 S 0.048 0.070 0.048 0.106 0.113 0.124 0.160 0.114 0.100 0.069 0.049 32 P 0.349 0.197 0.081 0.161 0.089 0.052 0.037 0.016 0.009 0.005 0.003 33 E 0.580 0.158 0.049 0.090 0.050 0.032 0.022 0.009 0.006 0.003 0.002 34 G 0.115 0.136 0.056 0.151 0.124 0.108 0.119 0.075 0.055 0.037 0.024 35 R 0.023 0.044 0.029 0.099 0.126 0.149 0.206 0.125 0.097 0.062 0.038 36 L 0.020 0.032 0.028 0.070 0.087 0.108 0.182 0.156 0.144 0.102 0.070 37 W 0.036 0.043 0.040 0.115 0.123 0.119 0.168 0.128 0.100 0.075 0.053 38 V 0.035 0.042 0.026 0.096 0.120 0.134 0.168 0.130 0.114 0.083 0.052 39 S 0.078 0.091 0.030 0.117 0.124 0.113 0.136 0.108 0.095 0.067 0.041 40 P 0.035 0.017 0.009 0.033 0.044 0.060 0.135 0.157 0.183 0.178 0.149 41 T 0.137 0.112 0.047 0.114 0.102 0.088 0.129 0.089 0.079 0.061 0.044 42 G 0.192 0.177 0.062 0.171 0.117 0.089 0.083 0.045 0.031 0.020 0.013 43 G 0.240 0.086 0.034 0.094 0.084 0.085 0.098 0.083 0.075 0.069 0.053 44 E 0.338 0.237 0.082 0.142 0.082 0.045 0.035 0.015 0.012 0.007 0.005 45 S 0.038 0.067 0.024 0.081 0.084 0.097 0.172 0.145 0.142 0.095 0.054 46 G 0.093 0.072 0.025 0.090 0.116 0.141 0.156 0.101 0.096 0.061 0.048 47 R 0.157 0.105 0.090 0.212 0.175 0.113 0.077 0.032 0.021 0.011 0.007 48 R 0.004 0.023 0.031 0.083 0.101 0.143 0.202 0.154 0.135 0.081 0.044 49 S 0.001 0.004 0.009 0.016 0.022 0.042 0.126 0.172 0.227 0.199 0.180 50 L 0.014 0.012 0.052 0.071 0.095 0.142 0.234 0.147 0.115 0.075 0.041 51 Q 0.005 0.023 0.148 0.252 0.216 0.166 0.119 0.042 0.019 0.007 0.004 52 L 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.006 0.042 0.097 0.213 0.301 0.329 53 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 0.106 0.138 0.211 0.252 0.264 54 Y 0.002 0.006 0.351 0.197 0.154 0.121 0.101 0.035 0.019 0.009 0.004 55 Q 0.001 0.001 0.007 0.027 0.081 0.237 0.405 0.145 0.060 0.027 0.009 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.055 0.185 0.345 0.393 57 A 0.001 0.001 0.015 0.044 0.084 0.152 0.321 0.182 0.121 0.056 0.023 58 R 0.009 0.032 0.541 0.221 0.107 0.058 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 59 W 0.001 0.002 0.005 0.010 0.024 0.099 0.333 0.201 0.159 0.112 0.054 60 N 0.011 0.012 0.015 0.026 0.030 0.054 0.181 0.205 0.224 0.151 0.091 61 E 0.093 0.133 0.359 0.192 0.112 0.058 0.034 0.011 0.005 0.002 0.002 62 E 0.175 0.166 0.248 0.191 0.101 0.062 0.035 0.011 0.006 0.003 0.002 63 R 0.045 0.052 0.036 0.116 0.123 0.142 0.196 0.123 0.082 0.053 0.030 64 G 0.466 0.192 0.084 0.102 0.067 0.045 0.027 0.009 0.005 0.003 0.002 65 L 0.009 0.021 0.026 0.062 0.079 0.101 0.191 0.155 0.154 0.120 0.082 66 G 0.019 0.029 0.020 0.058 0.075 0.103 0.165 0.148 0.146 0.128 0.108 67 V 0.011 0.026 0.021 0.076 0.102 0.129 0.203 0.152 0.136 0.082 0.064 68 V 0.011 0.008 0.009 0.021 0.024 0.037 0.100 0.146 0.196 0.220 0.228 69 F 0.009 0.009 0.007 0.033 0.046 0.068 0.139 0.167 0.209 0.176 0.136 70 D 0.033 0.062 0.041 0.127 0.118 0.118 0.154 0.121 0.112 0.071 0.044 71 S 0.014 0.012 0.009 0.026 0.028 0.043 0.100 0.138 0.185 0.223 0.222 72 S 0.097 0.075 0.037 0.111 0.100 0.102 0.137 0.105 0.099 0.076 0.061 73 T 0.080 0.083 0.038 0.113 0.108 0.113 0.165 0.109 0.092 0.062 0.037 74 G 0.082 0.056 0.030 0.088 0.087 0.091 0.130 0.113 0.120 0.106 0.097 75 F 0.021 0.034 0.024 0.091 0.118 0.123 0.174 0.129 0.123 0.097 0.066 76 K 0.041 0.112 0.051 0.193 0.188 0.138 0.133 0.063 0.043 0.024 0.014 77 F 0.006 0.009 0.006 0.028 0.046 0.071 0.146 0.178 0.206 0.164 0.140 78 P 0.291 0.191 0.073 0.157 0.112 0.071 0.053 0.023 0.014 0.008 0.007 79 D 0.376 0.243 0.073 0.157 0.073 0.035 0.025 0.009 0.005 0.003 0.001 80 G 0.571 0.128 0.030 0.084 0.058 0.047 0.038 0.018 0.013 0.009 0.005 81 S 0.127 0.164 0.065 0.184 0.133 0.101 0.094 0.047 0.037 0.026 0.022 82 I 0.026 0.048 0.022 0.084 0.094 0.115 0.165 0.126 0.131 0.107 0.084 83 L 0.053 0.065 0.028 0.108 0.127 0.138 0.175 0.114 0.092 0.060 0.039 84 S 0.054 0.044 0.019 0.093 0.114 0.110 0.172 0.132 0.111 0.087 0.064 85 P 0.006 0.008 0.008 0.035 0.057 0.083 0.158 0.177 0.206 0.158 0.104 86 D 0.004 0.013 0.011 0.065 0.094 0.132 0.213 0.168 0.143 0.097 0.060 87 A 0.002 0.003 0.004 0.012 0.015 0.030 0.091 0.152 0.206 0.261 0.224 88 A 0.003 0.003 0.003 0.010 0.014 0.027 0.112 0.186 0.264 0.235 0.142 89 F 0.002 0.006 0.008 0.023 0.027 0.046 0.138 0.184 0.211 0.201 0.154 90 V 0.001 0.003 0.005 0.010 0.012 0.017 0.056 0.106 0.211 0.300 0.280 91 E 0.011 0.042 0.035 0.168 0.203 0.171 0.178 0.097 0.059 0.025 0.011 92 R 0.101 0.088 0.084 0.217 0.177 0.118 0.107 0.052 0.035 0.015 0.005 93 G 0.239 0.121 0.087 0.145 0.112 0.094 0.091 0.048 0.033 0.019 0.012 94 A 0.040 0.067 0.054 0.101 0.088 0.135 0.202 0.121 0.103 0.060 0.029 95 W 0.028 0.035 0.040 0.079 0.108 0.138 0.214 0.150 0.115 0.069 0.024 96 E 0.214 0.181 0.345 0.163 0.056 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 97 A 0.131 0.075 0.136 0.135 0.122 0.118 0.135 0.062 0.044 0.028 0.014 98 L 0.018 0.013 0.014 0.024 0.030 0.068 0.138 0.141 0.177 0.203 0.173 99 S 0.080 0.261 0.157 0.133 0.113 0.093 0.083 0.037 0.026 0.012 0.004 100 E 0.490 0.125 0.236 0.098 0.034 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.520 0.112 0.076 0.074 0.053 0.043 0.054 0.023 0.020 0.013 0.010 102 E 0.023 0.028 0.059 0.102 0.094 0.139 0.209 0.134 0.108 0.061 0.043 103 R 0.041 0.064 0.151 0.146 0.148 0.171 0.166 0.065 0.032 0.012 0.005 104 E 0.062 0.086 0.623 0.104 0.050 0.034 0.023 0.009 0.005 0.003 0.002 105 G 0.518 0.190 0.093 0.103 0.052 0.023 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 106 F 0.025 0.037 0.014 0.049 0.072 0.116 0.206 0.153 0.152 0.108 0.069 107 P 0.057 0.057 0.024 0.079 0.103 0.133 0.188 0.118 0.110 0.073 0.058 108 P 0.356 0.128 0.079 0.132 0.087 0.073 0.064 0.031 0.024 0.015 0.012 109 L 0.032 0.048 0.024 0.107 0.125 0.141 0.201 0.131 0.097 0.061 0.034 110 A 0.018 0.025 0.016 0.050 0.060 0.083 0.136 0.152 0.179 0.149 0.132 111 P 0.007 0.008 0.008 0.033 0.061 0.095 0.197 0.192 0.182 0.130 0.086 112 K 0.012 0.031 0.044 0.140 0.166 0.167 0.190 0.123 0.070 0.037 0.020 113 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 0.022 0.107 0.197 0.239 0.246 0.168 114 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.015 0.056 0.114 0.199 0.262 0.339 115 F 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.012 0.067 0.141 0.261 0.291 0.217 116 E 0.001 0.001 0.003 0.011 0.017 0.034 0.127 0.194 0.222 0.207 0.182 117 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.052 0.118 0.233 0.310 0.264 118 R 0.004 0.011 0.009 0.075 0.158 0.182 0.248 0.157 0.097 0.042 0.019 119 S 0.005 0.016 0.010 0.041 0.077 0.093 0.201 0.188 0.188 0.120 0.063 120 A 0.256 0.141 0.090 0.220 0.148 0.071 0.045 0.016 0.007 0.004 0.002 121 S 0.317 0.117 0.041 0.143 0.098 0.077 0.117 0.043 0.028 0.013 0.007 122 Q 0.067 0.061 0.020 0.065 0.088 0.107 0.186 0.164 0.117 0.085 0.039 123 D 0.140 0.717 0.046 0.060 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 124 P 0.061 0.087 0.055 0.164 0.222 0.219 0.134 0.035 0.016 0.006 0.002 125 E 0.968 0.025 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.018 0.059 0.138 0.504 0.200 0.061 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 127 L 0.005 0.004 0.012 0.008 0.012 0.040 0.173 0.233 0.242 0.189 0.084 128 R 0.003 0.006 0.160 0.236 0.253 0.226 0.091 0.017 0.005 0.001 0.001 129 A 0.003 0.017 0.875 0.072 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 130 K 0.001 0.004 0.026 0.039 0.063 0.186 0.358 0.166 0.088 0.050 0.019 131 M 0.001 0.001 0.014 0.005 0.010 0.025 0.174 0.204 0.256 0.204 0.106 132 G 0.009 0.030 0.494 0.221 0.146 0.064 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 133 I 0.003 0.029 0.295 0.212 0.206 0.136 0.083 0.022 0.009 0.003 0.001 134 Y 0.002 0.003 0.017 0.009 0.009 0.014 0.062 0.110 0.231 0.283 0.260 135 L 0.001 0.002 0.010 0.029 0.061 0.132 0.309 0.194 0.131 0.078 0.052 136 R 0.018 0.050 0.590 0.185 0.088 0.037 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 137 N 0.015 0.020 0.024 0.060 0.078 0.182 0.350 0.135 0.075 0.044 0.018 138 G 0.330 0.159 0.076 0.111 0.059 0.047 0.067 0.044 0.047 0.036 0.025 139 V 0.004 0.008 0.008 0.023 0.026 0.034 0.091 0.118 0.184 0.225 0.277 140 L 0.011 0.061 0.108 0.212 0.220 0.166 0.123 0.050 0.029 0.013 0.008 141 L 0.002 0.003 0.004 0.013 0.025 0.052 0.202 0.231 0.226 0.153 0.090 142 G 0.002 0.003 0.003 0.019 0.034 0.073 0.169 0.196 0.192 0.168 0.141 143 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.012 0.059 0.130 0.262 0.284 0.240 144 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.015 0.062 0.124 0.224 0.282 0.277 145 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.012 0.055 0.113 0.230 0.288 0.287 146 D 0.003 0.011 0.008 0.059 0.091 0.110 0.211 0.204 0.167 0.087 0.050 147 P 0.089 0.120 0.052 0.167 0.148 0.138 0.132 0.074 0.047 0.024 0.010 148 Y 0.156 0.119 0.066 0.277 0.197 0.098 0.057 0.018 0.008 0.003 0.001 149 A 0.176 0.133 0.065 0.209 0.133 0.085 0.074 0.048 0.036 0.021 0.020 150 R 0.021 0.047 0.027 0.157 0.158 0.185 0.209 0.107 0.056 0.024 0.009 151 A 0.020 0.098 0.053 0.307 0.245 0.170 0.076 0.019 0.007 0.002 0.001 152 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.089 0.229 0.315 0.330 153 E 0.005 0.042 0.035 0.346 0.333 0.148 0.065 0.015 0.006 0.002 0.001 154 V 0.001 0.005 0.002 0.009 0.013 0.020 0.085 0.146 0.289 0.262 0.169 155 F 0.003 0.009 0.010 0.094 0.162 0.178 0.229 0.141 0.103 0.046 0.025 156 R 0.021 0.113 0.036 0.158 0.190 0.142 0.187 0.083 0.046 0.017 0.006 157 P 0.136 0.114 0.047 0.251 0.185 0.112 0.087 0.041 0.018 0.007 0.002 158 G 0.739 0.130 0.023 0.055 0.026 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 159 K 0.265 0.328 0.061 0.154 0.081 0.045 0.034 0.017 0.009 0.004 0.001 160 P 0.324 0.237 0.041 0.113 0.082 0.071 0.056 0.033 0.024 0.014 0.006 161 P 0.387 0.165 0.063 0.146 0.095 0.062 0.043 0.019 0.012 0.005 0.003 162 L 0.167 0.099 0.060 0.115 0.110 0.104 0.145 0.089 0.065 0.034 0.013 163 R 0.032 0.081 0.104 0.272 0.198 0.132 0.099 0.043 0.024 0.011 0.005 164 L 0.020 0.024 0.027 0.051 0.077 0.111 0.194 0.176 0.149 0.105 0.066 165 E 0.129 0.187 0.233 0.204 0.126 0.061 0.036 0.013 0.007 0.003 0.002 166 G 0.268 0.220 0.078 0.148 0.096 0.063 0.063 0.028 0.019 0.012 0.006 167 V 0.158 0.112 0.056 0.139 0.128 0.106 0.114 0.070 0.057 0.038 0.023 168 E 0.209 0.202 0.121 0.160 0.110 0.074 0.064 0.026 0.018 0.009 0.006 169 R 0.086 0.104 0.101 0.215 0.153 0.114 0.107 0.054 0.035 0.020 0.011 170 V 0.055 0.034 0.022 0.050 0.065 0.094 0.174 0.146 0.151 0.123 0.086 171 S 0.225 0.211 0.118 0.161 0.092 0.061 0.056 0.028 0.024 0.014 0.009 172 L 0.091 0.063 0.043 0.090 0.089 0.111 0.147 0.107 0.100 0.085 0.074 173 D 0.127 0.203 0.071 0.165 0.137 0.097 0.091 0.047 0.031 0.018 0.012 174 P 0.582 0.129 0.061 0.089 0.052 0.033 0.024 0.012 0.009 0.006 0.004 175 E 0.124 0.144 0.051 0.209 0.189 0.123 0.096 0.033 0.019 0.009 0.005 176 L 0.004 0.006 0.006 0.017 0.028 0.048 0.106 0.161 0.227 0.204 0.194 177 P 0.145 0.153 0.096 0.246 0.162 0.094 0.064 0.022 0.010 0.005 0.003 178 G 0.269 0.165 0.116 0.206 0.120 0.069 0.036 0.012 0.005 0.002 0.001 179 F 0.004 0.005 0.003 0.013 0.023 0.041 0.121 0.187 0.222 0.215 0.167 180 A 0.071 0.168 0.109 0.340 0.181 0.083 0.035 0.007 0.004 0.001 0.001 181 L 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.015 0.070 0.126 0.256 0.259 0.258 182 S 0.126 0.311 0.102 0.272 0.117 0.043 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 183 L 0.009 0.014 0.004 0.018 0.026 0.035 0.097 0.134 0.217 0.228 0.218 184 P 0.215 0.235 0.079 0.198 0.135 0.076 0.040 0.011 0.006 0.002 0.002 185 P 0.299 0.195 0.088 0.219 0.099 0.052 0.031 0.010 0.005 0.002 0.001 186 L 0.037 0.035 0.024 0.068 0.076 0.098 0.167 0.138 0.146 0.122 0.088 187 W 0.066 0.065 0.043 0.120 0.127 0.121 0.135 0.108 0.101 0.066 0.047