# TARGET T0273 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0273.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.0381 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.467 0.325 0.003 0.051 0.018 0.013 0.001 0.118 0.001 0.001 2 P 0.021 0.049 0.820 0.003 0.001 0.084 0.001 0.001 0.006 0.001 0.016 3 L 0.019 0.684 0.213 0.006 0.030 0.030 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 4 V 0.016 0.694 0.139 0.014 0.020 0.060 0.004 0.001 0.051 0.001 0.001 5 L 0.021 0.439 0.423 0.010 0.041 0.036 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 6 D 0.050 0.220 0.484 0.016 0.052 0.100 0.016 0.002 0.055 0.003 0.001 7 L 0.491 0.106 0.257 0.068 0.024 0.027 0.008 0.003 0.009 0.004 0.003 8 A 0.400 0.059 0.170 0.309 0.010 0.026 0.011 0.004 0.009 0.001 0.002 9 R 0.070 0.315 0.378 0.005 0.070 0.009 0.020 0.002 0.127 0.004 0.001 10 P 0.108 0.011 0.591 0.014 0.001 0.044 0.003 0.001 0.002 0.001 0.225 11 V 0.031 0.388 0.463 0.029 0.046 0.030 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 12 S 0.004 0.108 0.804 0.001 0.043 0.026 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 13 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 R 0.968 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.903 0.003 0.021 0.064 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 20 S 0.878 0.007 0.042 0.051 0.003 0.005 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 21 E 0.825 0.018 0.044 0.095 0.007 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 22 L 0.436 0.042 0.096 0.380 0.012 0.019 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 23 N 0.024 0.145 0.349 0.007 0.025 0.030 0.016 0.001 0.403 0.001 0.001 24 P 0.629 0.001 0.325 0.021 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 25 G 0.255 0.006 0.046 0.165 0.019 0.003 0.020 0.452 0.003 0.032 0.001 26 Y 0.120 0.109 0.589 0.080 0.025 0.046 0.010 0.002 0.017 0.001 0.001 27 Q 0.150 0.454 0.255 0.049 0.047 0.018 0.010 0.002 0.013 0.002 0.001 28 W 0.140 0.559 0.162 0.031 0.071 0.018 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 29 E 0.108 0.678 0.103 0.018 0.060 0.018 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 30 R 0.106 0.369 0.265 0.094 0.024 0.101 0.006 0.001 0.032 0.001 0.001 31 S 0.018 0.287 0.235 0.001 0.047 0.018 0.011 0.001 0.379 0.002 0.001 32 P 0.703 0.001 0.146 0.037 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 33 E 0.197 0.080 0.113 0.365 0.075 0.008 0.083 0.065 0.008 0.006 0.001 34 G 0.080 0.131 0.327 0.059 0.150 0.014 0.082 0.092 0.016 0.047 0.001 35 R 0.084 0.360 0.432 0.031 0.040 0.025 0.007 0.001 0.017 0.001 0.002 36 L 0.037 0.644 0.196 0.021 0.055 0.024 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 37 W 0.044 0.338 0.496 0.025 0.012 0.066 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 38 V 0.018 0.564 0.212 0.009 0.037 0.030 0.007 0.001 0.121 0.001 0.001 39 S 0.024 0.047 0.869 0.001 0.007 0.016 0.004 0.001 0.022 0.004 0.006 40 P 0.121 0.009 0.769 0.008 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.068 41 T 0.297 0.079 0.378 0.171 0.024 0.023 0.008 0.006 0.006 0.004 0.003 42 G 0.078 0.025 0.099 0.070 0.128 0.004 0.073 0.259 0.007 0.259 0.001 43 G 0.213 0.038 0.305 0.075 0.094 0.013 0.034 0.114 0.004 0.107 0.003 44 E 0.420 0.138 0.160 0.190 0.028 0.029 0.013 0.005 0.012 0.003 0.001 45 S 0.201 0.236 0.275 0.135 0.098 0.014 0.015 0.005 0.014 0.008 0.001 46 G 0.486 0.025 0.112 0.044 0.085 0.006 0.020 0.108 0.003 0.110 0.001 47 R 0.851 0.043 0.050 0.033 0.009 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 48 R 0.934 0.026 0.014 0.018 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 S 0.957 0.016 0.009 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.983 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 Q 0.991 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.970 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.987 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 R 0.944 0.002 0.003 0.044 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 59 W 0.955 0.007 0.012 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.898 0.013 0.017 0.041 0.003 0.012 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 61 E 0.975 0.007 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.968 0.004 0.007 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.232 0.009 0.013 0.739 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 64 G 0.014 0.001 0.011 0.007 0.009 0.001 0.424 0.502 0.002 0.027 0.001 65 L 0.180 0.206 0.261 0.285 0.028 0.027 0.005 0.001 0.005 0.002 0.001 66 G 0.032 0.203 0.224 0.043 0.405 0.013 0.013 0.022 0.010 0.035 0.001 67 V 0.022 0.632 0.227 0.009 0.077 0.017 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 68 V 0.034 0.546 0.311 0.010 0.013 0.058 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 69 F 0.052 0.622 0.118 0.023 0.095 0.040 0.004 0.001 0.044 0.002 0.001 70 D 0.086 0.284 0.268 0.065 0.093 0.105 0.035 0.006 0.052 0.004 0.001 71 S 0.111 0.196 0.319 0.051 0.240 0.026 0.012 0.011 0.015 0.018 0.001 72 S 0.591 0.071 0.107 0.147 0.047 0.011 0.005 0.008 0.004 0.009 0.001 73 T 0.176 0.236 0.106 0.351 0.099 0.004 0.011 0.003 0.011 0.004 0.001 74 G 0.054 0.024 0.077 0.055 0.137 0.005 0.113 0.375 0.006 0.156 0.001 75 F 0.042 0.503 0.278 0.039 0.094 0.022 0.005 0.002 0.011 0.002 0.001 76 K 0.023 0.521 0.348 0.020 0.013 0.045 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 77 F 0.007 0.226 0.615 0.001 0.011 0.024 0.003 0.001 0.113 0.001 0.001 78 P 0.266 0.011 0.619 0.009 0.001 0.036 0.001 0.001 0.003 0.001 0.055 79 D 0.128 0.027 0.250 0.345 0.013 0.057 0.140 0.012 0.022 0.004 0.002 80 G 0.027 0.006 0.036 0.022 0.048 0.001 0.051 0.700 0.001 0.108 0.001 81 S 0.147 0.175 0.357 0.224 0.042 0.020 0.014 0.008 0.008 0.005 0.001 82 I 0.046 0.426 0.395 0.013 0.045 0.042 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 83 L 0.203 0.259 0.370 0.086 0.013 0.052 0.002 0.001 0.014 0.001 0.002 84 S 0.034 0.269 0.333 0.004 0.136 0.012 0.016 0.002 0.186 0.010 0.001 85 P 0.135 0.009 0.637 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 86 D 0.406 0.158 0.083 0.268 0.030 0.026 0.008 0.002 0.016 0.001 0.001 87 A 0.018 0.747 0.063 0.012 0.148 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 88 A 0.022 0.812 0.090 0.007 0.038 0.013 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 89 F 0.016 0.780 0.068 0.008 0.083 0.023 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 90 V 0.023 0.714 0.120 0.018 0.038 0.045 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 91 E 0.030 0.391 0.412 0.015 0.057 0.054 0.007 0.001 0.029 0.004 0.001 92 R 0.320 0.076 0.132 0.108 0.056 0.027 0.229 0.022 0.022 0.008 0.002 93 G 0.322 0.039 0.181 0.054 0.111 0.007 0.040 0.135 0.005 0.104 0.001 94 A 0.609 0.082 0.146 0.101 0.016 0.019 0.007 0.002 0.011 0.003 0.002 95 W 0.575 0.060 0.205 0.079 0.017 0.026 0.014 0.003 0.012 0.007 0.002 96 E 0.844 0.015 0.073 0.046 0.004 0.009 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 97 A 0.684 0.034 0.083 0.160 0.009 0.012 0.008 0.003 0.007 0.001 0.001 98 L 0.413 0.080 0.220 0.208 0.011 0.039 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 99 S 0.366 0.104 0.342 0.053 0.062 0.025 0.010 0.008 0.014 0.016 0.001 100 E 0.894 0.007 0.034 0.050 0.004 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 101 A 0.910 0.006 0.022 0.046 0.004 0.002 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 102 E 0.923 0.007 0.025 0.033 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 103 R 0.840 0.025 0.041 0.072 0.003 0.006 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 104 E 0.507 0.038 0.169 0.262 0.007 0.005 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 105 G 0.082 0.007 0.031 0.128 0.019 0.004 0.180 0.520 0.003 0.025 0.001 106 F 0.039 0.219 0.536 0.010 0.018 0.027 0.021 0.001 0.125 0.003 0.001 107 P 0.033 0.016 0.920 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 108 P 0.260 0.009 0.519 0.048 0.001 0.120 0.001 0.001 0.004 0.001 0.038 109 L 0.090 0.406 0.294 0.048 0.086 0.022 0.010 0.002 0.041 0.001 0.001 110 A 0.077 0.063 0.764 0.004 0.011 0.019 0.006 0.003 0.036 0.015 0.003 111 P 0.111 0.013 0.800 0.011 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 112 K 0.225 0.150 0.243 0.262 0.048 0.036 0.013 0.004 0.015 0.002 0.002 113 A 0.004 0.665 0.219 0.005 0.090 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 114 V 0.004 0.903 0.052 0.004 0.015 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 115 F 0.001 0.841 0.091 0.001 0.034 0.012 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 116 E 0.002 0.620 0.266 0.001 0.007 0.077 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 117 V 0.002 0.507 0.347 0.001 0.010 0.085 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 118 R 0.204 0.195 0.322 0.180 0.017 0.073 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 119 S 0.001 0.227 0.141 0.001 0.598 0.007 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 120 A 0.834 0.007 0.018 0.129 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 S 0.484 0.055 0.073 0.315 0.046 0.011 0.003 0.002 0.009 0.002 0.001 122 Q 0.154 0.008 0.017 0.800 0.004 0.011 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 123 D 0.017 0.153 0.412 0.018 0.057 0.053 0.008 0.001 0.273 0.005 0.001 124 P 0.968 0.001 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.992 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 A 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 K 0.976 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 M 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 Y 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 N 0.210 0.001 0.006 0.778 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 138 G 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.192 0.794 0.001 0.003 0.001 139 V 0.012 0.398 0.526 0.009 0.011 0.033 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 140 L 0.011 0.075 0.822 0.001 0.001 0.085 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 141 L 0.317 0.227 0.058 0.352 0.015 0.020 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 142 G 0.002 0.477 0.031 0.001 0.464 0.002 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 143 V 0.002 0.855 0.110 0.001 0.008 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 144 L 0.005 0.570 0.324 0.001 0.005 0.068 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 145 V 0.008 0.751 0.110 0.018 0.044 0.041 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 146 D 0.002 0.111 0.389 0.001 0.049 0.181 0.004 0.001 0.264 0.001 0.001 147 P 0.914 0.001 0.006 0.070 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 148 Y 0.628 0.048 0.056 0.222 0.017 0.008 0.011 0.003 0.006 0.001 0.001 149 A 0.265 0.122 0.124 0.385 0.025 0.016 0.031 0.007 0.023 0.001 0.002 150 R 0.050 0.220 0.326 0.075 0.081 0.034 0.150 0.006 0.053 0.003 0.001 151 A 0.017 0.396 0.477 0.015 0.040 0.039 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 152 V 0.004 0.809 0.115 0.005 0.021 0.013 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 153 E 0.002 0.667 0.279 0.001 0.016 0.025 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 154 V 0.005 0.874 0.075 0.002 0.010 0.021 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 155 F 0.010 0.640 0.233 0.005 0.049 0.033 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 156 R 0.004 0.473 0.262 0.001 0.014 0.011 0.002 0.001 0.235 0.001 0.001 157 P 0.060 0.001 0.891 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 158 G 0.025 0.009 0.056 0.088 0.021 0.012 0.132 0.635 0.004 0.017 0.001 159 K 0.004 0.297 0.549 0.001 0.009 0.013 0.005 0.001 0.121 0.001 0.001 160 P 0.012 0.005 0.943 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 161 P 0.139 0.010 0.756 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 162 L 0.109 0.392 0.293 0.044 0.080 0.042 0.010 0.004 0.025 0.001 0.001 163 R 0.151 0.498 0.212 0.044 0.030 0.040 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 164 L 0.141 0.375 0.274 0.054 0.031 0.078 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 165 E 0.124 0.232 0.218 0.219 0.051 0.044 0.050 0.005 0.055 0.002 0.001 166 G 0.047 0.036 0.133 0.026 0.181 0.007 0.087 0.266 0.006 0.209 0.001 167 V 0.248 0.233 0.300 0.112 0.050 0.025 0.008 0.006 0.012 0.004 0.002 168 E 0.194 0.302 0.283 0.073 0.051 0.042 0.019 0.004 0.026 0.005 0.001 169 R 0.144 0.336 0.319 0.071 0.031 0.051 0.010 0.001 0.034 0.001 0.001 170 V 0.096 0.366 0.326 0.042 0.043 0.043 0.007 0.001 0.073 0.001 0.001 171 S 0.140 0.130 0.539 0.078 0.041 0.045 0.006 0.004 0.007 0.005 0.004 172 L 0.095 0.348 0.232 0.100 0.139 0.026 0.015 0.008 0.031 0.006 0.001 173 D 0.022 0.130 0.661 0.005 0.065 0.023 0.005 0.002 0.076 0.011 0.001 174 P 0.795 0.004 0.152 0.028 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 175 E 0.360 0.038 0.130 0.414 0.008 0.021 0.009 0.007 0.011 0.001 0.001 176 L 0.017 0.156 0.486 0.001 0.009 0.014 0.009 0.001 0.306 0.001 0.001 177 P 0.168 0.001 0.740 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 178 G 0.092 0.027 0.063 0.104 0.096 0.004 0.030 0.542 0.007 0.034 0.001 179 F 0.018 0.406 0.425 0.020 0.072 0.030 0.007 0.002 0.018 0.002 0.001 180 A 0.009 0.589 0.289 0.015 0.012 0.043 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 181 L 0.008 0.620 0.285 0.004 0.036 0.028 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 182 S 0.007 0.099 0.458 0.003 0.008 0.356 0.003 0.001 0.064 0.001 0.003 183 L 0.323 0.127 0.229 0.072 0.012 0.068 0.016 0.001 0.144 0.001 0.007 184 P 0.364 0.008 0.593 0.002 0.003 0.005 0.002 0.003 0.004 0.011 0.006 185 P 0.602 0.003 0.278 0.023 0.001 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.066 186 L 0.599 0.043 0.115 0.207 0.007 0.016 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 187 W 0.322 0.118 0.243 0.148 0.062 0.040 0.022 0.013 0.018 0.013 0.001