# TARGET T0273 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0273.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 118 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.103 0.277 0.081 0.020 0.422 0.007 0.007 0.015 0.014 0.027 0.026 2 P 0.240 0.152 0.056 0.007 0.458 0.003 0.005 0.011 0.008 0.018 0.043 3 L 0.168 0.241 0.036 0.008 0.440 0.014 0.013 0.019 0.012 0.014 0.035 4 V 0.207 0.147 0.038 0.004 0.444 0.003 0.006 0.013 0.010 0.052 0.077 5 L 0.160 0.256 0.143 0.027 0.258 0.008 0.008 0.021 0.015 0.051 0.053 6 D 0.018 0.360 0.270 0.051 0.129 0.033 0.038 0.058 0.022 0.014 0.006 7 L 0.113 0.235 0.095 0.011 0.238 0.007 0.026 0.093 0.058 0.058 0.066 8 A 0.099 0.237 0.052 0.020 0.214 0.020 0.030 0.104 0.102 0.090 0.033 9 R 0.041 0.274 0.122 0.017 0.170 0.035 0.079 0.116 0.092 0.040 0.014 10 P 0.263 0.146 0.039 0.003 0.151 0.004 0.009 0.019 0.025 0.157 0.183 11 V 0.043 0.436 0.177 0.036 0.192 0.025 0.022 0.018 0.008 0.026 0.016 12 S 0.002 0.522 0.464 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.717 0.265 0.008 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.913 0.077 0.001 0.001 15 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.827 0.106 0.046 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.800 0.164 0.024 0.001 17 R 0.003 0.009 0.001 0.003 0.006 0.003 0.016 0.749 0.182 0.022 0.005 18 R 0.003 0.005 0.003 0.004 0.008 0.009 0.025 0.419 0.160 0.353 0.010 19 L 0.048 0.111 0.114 0.019 0.095 0.005 0.022 0.327 0.111 0.107 0.041 20 S 0.029 0.104 0.021 0.010 0.069 0.008 0.044 0.392 0.239 0.062 0.022 21 E 0.011 0.028 0.014 0.009 0.031 0.018 0.134 0.483 0.199 0.066 0.007 22 L 0.050 0.078 0.035 0.013 0.107 0.040 0.164 0.172 0.095 0.214 0.033 23 N 0.187 0.168 0.088 0.019 0.307 0.008 0.013 0.045 0.028 0.076 0.062 24 P 0.035 0.097 0.050 0.027 0.074 0.037 0.095 0.266 0.186 0.109 0.024 25 G 0.086 0.154 0.063 0.018 0.201 0.016 0.029 0.142 0.105 0.143 0.043 26 Y 0.187 0.130 0.024 0.008 0.270 0.011 0.019 0.098 0.060 0.128 0.063 27 Q 0.289 0.113 0.026 0.008 0.418 0.010 0.011 0.038 0.016 0.029 0.043 28 W 0.249 0.172 0.019 0.002 0.501 0.002 0.001 0.008 0.003 0.006 0.036 29 E 0.099 0.219 0.011 0.001 0.654 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.008 30 R 0.492 0.128 0.037 0.004 0.222 0.006 0.005 0.025 0.008 0.008 0.066 31 S 0.033 0.016 0.053 0.176 0.034 0.266 0.113 0.185 0.065 0.032 0.026 32 P 0.003 0.211 0.168 0.531 0.016 0.024 0.014 0.017 0.008 0.007 0.001 33 E 0.009 0.018 0.028 0.049 0.012 0.009 0.009 0.044 0.049 0.659 0.114 34 G 0.029 0.516 0.091 0.002 0.333 0.002 0.003 0.011 0.005 0.005 0.003 35 R 0.395 0.054 0.006 0.001 0.493 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.044 36 L 0.101 0.312 0.080 0.012 0.450 0.006 0.008 0.009 0.002 0.006 0.015 37 W 0.252 0.192 0.055 0.008 0.379 0.004 0.005 0.015 0.009 0.021 0.061 38 V 0.054 0.349 0.293 0.027 0.192 0.010 0.015 0.020 0.010 0.014 0.017 39 S 0.034 0.443 0.330 0.018 0.118 0.008 0.015 0.012 0.005 0.007 0.009 40 P 0.081 0.320 0.236 0.023 0.157 0.014 0.025 0.066 0.031 0.018 0.028 41 T 0.041 0.135 0.094 0.056 0.090 0.110 0.152 0.153 0.084 0.063 0.022 42 G 0.057 0.101 0.105 0.130 0.085 0.082 0.066 0.096 0.073 0.143 0.063 43 G 0.072 0.090 0.084 0.070 0.086 0.050 0.043 0.171 0.091 0.163 0.080 44 E 0.060 0.082 0.064 0.037 0.081 0.044 0.055 0.201 0.113 0.205 0.057 45 S 0.056 0.137 0.079 0.048 0.091 0.026 0.027 0.262 0.127 0.117 0.030 46 G 0.013 0.031 0.039 0.049 0.018 0.025 0.031 0.533 0.138 0.102 0.022 47 R 0.018 0.025 0.009 0.003 0.027 0.005 0.016 0.731 0.120 0.031 0.016 48 R 0.007 0.014 0.004 0.001 0.013 0.001 0.006 0.861 0.077 0.012 0.003 49 S 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.899 0.080 0.007 0.001 50 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.932 0.055 0.001 0.001 51 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.962 0.030 0.001 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.041 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.049 0.001 0.001 54 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.045 0.001 0.001 55 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.960 0.030 0.002 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.850 0.128 0.013 0.001 57 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.843 0.124 0.010 0.001 58 R 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.003 0.039 0.824 0.092 0.028 0.002 59 W 0.005 0.012 0.006 0.003 0.015 0.014 0.079 0.700 0.118 0.044 0.004 60 N 0.054 0.036 0.010 0.006 0.056 0.008 0.041 0.486 0.136 0.121 0.046 61 E 0.014 0.060 0.039 0.016 0.030 0.023 0.062 0.547 0.162 0.040 0.008 62 E 0.015 0.030 0.014 0.018 0.023 0.032 0.157 0.492 0.138 0.070 0.011 63 R 0.016 0.458 0.242 0.027 0.088 0.019 0.031 0.057 0.031 0.025 0.006 64 G 0.088 0.040 0.033 0.040 0.058 0.024 0.032 0.096 0.070 0.359 0.161 65 L 0.099 0.289 0.118 0.034 0.213 0.016 0.022 0.053 0.040 0.069 0.047 66 G 0.089 0.205 0.120 0.085 0.213 0.042 0.023 0.044 0.035 0.077 0.066 67 V 0.216 0.191 0.037 0.004 0.436 0.004 0.009 0.035 0.022 0.017 0.030 68 V 0.293 0.115 0.028 0.010 0.346 0.012 0.023 0.048 0.025 0.035 0.065 69 F 0.092 0.271 0.096 0.037 0.299 0.031 0.038 0.070 0.021 0.021 0.024 70 D 0.121 0.156 0.073 0.040 0.207 0.023 0.019 0.050 0.053 0.166 0.090 71 S 0.038 0.243 0.353 0.089 0.101 0.015 0.020 0.056 0.044 0.027 0.014 72 S 0.027 0.041 0.034 0.023 0.036 0.046 0.116 0.338 0.226 0.089 0.025 73 T 0.046 0.344 0.118 0.030 0.175 0.018 0.037 0.084 0.074 0.053 0.020 74 G 0.106 0.079 0.056 0.066 0.153 0.031 0.024 0.058 0.067 0.193 0.169 75 F 0.149 0.218 0.047 0.006 0.359 0.008 0.020 0.054 0.040 0.058 0.041 76 K 0.173 0.217 0.060 0.010 0.346 0.007 0.020 0.035 0.020 0.050 0.061 77 F 0.067 0.293 0.254 0.057 0.166 0.018 0.023 0.041 0.021 0.034 0.025 78 P 0.030 0.151 0.192 0.105 0.067 0.079 0.088 0.167 0.068 0.036 0.016 79 D 0.033 0.128 0.114 0.083 0.073 0.048 0.064 0.154 0.113 0.156 0.033 80 G 0.034 0.092 0.061 0.057 0.065 0.037 0.052 0.145 0.153 0.248 0.055 81 S 0.095 0.157 0.052 0.014 0.149 0.012 0.028 0.077 0.095 0.230 0.091 82 I 0.093 0.333 0.101 0.009 0.310 0.007 0.017 0.030 0.042 0.038 0.020 83 L 0.209 0.224 0.102 0.010 0.346 0.005 0.011 0.021 0.016 0.017 0.041 84 S 0.073 0.388 0.157 0.017 0.264 0.019 0.035 0.014 0.008 0.010 0.014 85 P 0.267 0.194 0.025 0.003 0.446 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.053 86 D 0.165 0.080 0.017 0.039 0.359 0.105 0.115 0.029 0.015 0.038 0.038 87 A 0.316 0.074 0.007 0.003 0.550 0.001 0.002 0.004 0.002 0.008 0.033 88 A 0.176 0.101 0.005 0.001 0.695 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.014 89 F 0.324 0.053 0.006 0.001 0.548 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.057 90 V 0.244 0.165 0.039 0.011 0.416 0.012 0.010 0.008 0.005 0.014 0.076 91 E 0.147 0.246 0.111 0.056 0.254 0.024 0.022 0.028 0.020 0.034 0.058 92 R 0.055 0.102 0.067 0.061 0.087 0.038 0.042 0.117 0.184 0.183 0.065 93 G 0.052 0.213 0.176 0.049 0.141 0.021 0.039 0.144 0.096 0.046 0.021 94 A 0.069 0.178 0.098 0.028 0.122 0.023 0.056 0.152 0.101 0.129 0.045 95 W 0.058 0.231 0.124 0.039 0.124 0.022 0.032 0.162 0.115 0.062 0.030 96 E 0.031 0.111 0.094 0.031 0.067 0.029 0.049 0.284 0.191 0.086 0.027 97 A 0.062 0.129 0.067 0.012 0.105 0.016 0.052 0.268 0.122 0.129 0.040 98 L 0.081 0.171 0.081 0.025 0.133 0.020 0.035 0.167 0.085 0.152 0.049 99 S 0.037 0.308 0.166 0.037 0.124 0.015 0.022 0.163 0.067 0.045 0.017 100 E 0.033 0.045 0.028 0.011 0.054 0.012 0.029 0.509 0.183 0.074 0.022 101 A 0.021 0.061 0.038 0.013 0.039 0.016 0.036 0.510 0.145 0.100 0.023 102 E 0.053 0.077 0.035 0.010 0.075 0.007 0.022 0.491 0.128 0.067 0.035 103 R 0.020 0.042 0.026 0.014 0.036 0.014 0.035 0.565 0.180 0.058 0.010 104 E 0.019 0.116 0.040 0.019 0.062 0.023 0.057 0.438 0.161 0.056 0.009 105 G 0.036 0.052 0.041 0.026 0.052 0.015 0.041 0.292 0.150 0.250 0.047 106 F 0.073 0.113 0.092 0.032 0.090 0.019 0.044 0.230 0.119 0.135 0.052 107 P 0.056 0.321 0.114 0.020 0.171 0.012 0.023 0.151 0.076 0.033 0.023 108 P 0.050 0.088 0.046 0.020 0.092 0.039 0.134 0.279 0.169 0.062 0.020 109 L 0.037 0.186 0.282 0.069 0.082 0.020 0.027 0.095 0.071 0.109 0.023 110 A 0.093 0.322 0.118 0.012 0.236 0.008 0.022 0.069 0.044 0.044 0.032 111 P 0.126 0.225 0.059 0.012 0.296 0.011 0.023 0.083 0.077 0.052 0.036 112 K 0.115 0.074 0.023 0.019 0.224 0.042 0.127 0.153 0.070 0.111 0.043 113 A 0.204 0.121 0.011 0.004 0.562 0.006 0.009 0.021 0.007 0.031 0.024 114 V 0.339 0.041 0.006 0.003 0.572 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.028 115 F 0.162 0.166 0.021 0.006 0.599 0.010 0.004 0.006 0.002 0.003 0.022 116 E 0.212 0.129 0.021 0.001 0.595 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.036 117 V 0.252 0.171 0.021 0.001 0.494 0.002 0.004 0.012 0.002 0.006 0.034 118 R 0.079 0.262 0.057 0.033 0.336 0.050 0.042 0.034 0.011 0.046 0.050 119 S 0.052 0.349 0.392 0.046 0.130 0.006 0.003 0.007 0.003 0.004 0.009 120 A 0.003 0.008 0.009 0.012 0.005 0.026 0.067 0.432 0.402 0.032 0.003 121 S 0.025 0.343 0.123 0.024 0.074 0.019 0.055 0.114 0.077 0.119 0.027 122 Q 0.056 0.136 0.032 0.010 0.125 0.014 0.018 0.049 0.054 0.354 0.152 123 D 0.065 0.497 0.152 0.004 0.146 0.002 0.005 0.052 0.018 0.032 0.027 124 P 0.037 0.032 0.012 0.003 0.046 0.005 0.006 0.625 0.189 0.032 0.013 125 E 0.002 0.013 0.007 0.004 0.004 0.007 0.010 0.878 0.070 0.003 0.002 126 E 0.004 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 0.907 0.054 0.014 0.003 127 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.068 0.009 0.001 128 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.950 0.039 0.001 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.024 0.001 0.001 130 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.051 0.017 0.001 131 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.065 0.003 0.001 132 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.037 0.001 0.001 133 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.966 0.022 0.002 0.001 134 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.951 0.032 0.007 0.001 135 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.812 0.168 0.006 0.001 136 R 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.009 0.061 0.830 0.086 0.005 0.001 137 N 0.001 0.495 0.480 0.007 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 138 G 0.029 0.006 0.003 0.003 0.006 0.001 0.003 0.005 0.007 0.400 0.538 139 V 0.047 0.557 0.023 0.001 0.327 0.007 0.007 0.012 0.007 0.005 0.006 140 L 0.243 0.067 0.005 0.008 0.539 0.024 0.025 0.021 0.011 0.019 0.037 141 L 0.486 0.031 0.007 0.020 0.346 0.018 0.015 0.007 0.005 0.011 0.053 142 G 0.096 0.171 0.022 0.004 0.683 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.010 143 V 0.257 0.047 0.006 0.001 0.649 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 144 L 0.293 0.079 0.009 0.001 0.590 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.021 145 V 0.118 0.330 0.036 0.012 0.374 0.024 0.012 0.004 0.002 0.029 0.059 146 D 0.246 0.078 0.034 0.002 0.616 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.019 147 P 0.004 0.007 0.008 0.012 0.007 0.010 0.018 0.361 0.529 0.040 0.003 148 Y 0.003 0.018 0.010 0.011 0.008 0.024 0.434 0.282 0.144 0.062 0.002 149 A 0.080 0.215 0.029 0.008 0.144 0.012 0.032 0.095 0.101 0.222 0.063 150 R 0.093 0.125 0.038 0.023 0.231 0.038 0.100 0.070 0.056 0.121 0.105 151 A 0.282 0.085 0.009 0.002 0.559 0.003 0.004 0.006 0.004 0.014 0.033 152 V 0.237 0.077 0.003 0.002 0.652 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.020 153 E 0.244 0.049 0.004 0.001 0.671 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.023 154 V 0.355 0.062 0.006 0.001 0.527 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.041 155 F 0.183 0.165 0.021 0.006 0.519 0.007 0.010 0.007 0.003 0.027 0.052 156 R 0.086 0.303 0.318 0.039 0.217 0.005 0.002 0.004 0.002 0.005 0.021 157 P 0.021 0.056 0.038 0.054 0.038 0.102 0.192 0.312 0.140 0.038 0.010 158 G 0.028 0.060 0.063 0.075 0.043 0.063 0.133 0.149 0.106 0.234 0.046 159 K 0.061 0.199 0.161 0.077 0.127 0.035 0.030 0.059 0.056 0.152 0.043 160 P 0.068 0.275 0.189 0.045 0.162 0.023 0.028 0.078 0.053 0.045 0.034 161 P 0.132 0.261 0.062 0.008 0.272 0.011 0.022 0.082 0.072 0.044 0.033 162 L 0.200 0.173 0.041 0.005 0.385 0.005 0.011 0.059 0.042 0.034 0.045 163 R 0.286 0.135 0.027 0.006 0.370 0.008 0.013 0.048 0.023 0.023 0.060 164 L 0.154 0.179 0.063 0.021 0.333 0.019 0.030 0.085 0.036 0.034 0.044 165 E 0.091 0.113 0.059 0.062 0.139 0.078 0.079 0.124 0.088 0.122 0.047 166 G 0.088 0.235 0.159 0.056 0.198 0.012 0.017 0.061 0.057 0.073 0.043 167 V 0.069 0.127 0.045 0.022 0.112 0.025 0.045 0.162 0.197 0.143 0.052 168 E 0.081 0.170 0.064 0.015 0.223 0.010 0.037 0.131 0.137 0.093 0.039 169 R 0.134 0.174 0.063 0.014 0.263 0.010 0.029 0.099 0.082 0.087 0.045 170 V 0.099 0.272 0.091 0.019 0.253 0.021 0.033 0.085 0.044 0.051 0.031 171 S 0.141 0.137 0.050 0.022 0.176 0.024 0.050 0.129 0.099 0.096 0.077 172 L 0.055 0.167 0.172 0.076 0.089 0.008 0.008 0.095 0.138 0.141 0.050 173 D 0.023 0.177 0.051 0.013 0.087 0.007 0.018 0.269 0.322 0.027 0.007 174 P 0.020 0.026 0.015 0.005 0.028 0.006 0.053 0.417 0.356 0.064 0.010 175 E 0.032 0.046 0.020 0.009 0.043 0.013 0.092 0.275 0.200 0.248 0.023 176 L 0.091 0.260 0.177 0.065 0.121 0.012 0.007 0.076 0.049 0.074 0.068 177 P 0.001 0.009 0.007 0.019 0.004 0.199 0.459 0.198 0.099 0.005 0.001 178 G 0.055 0.009 0.005 0.003 0.021 0.001 0.001 0.012 0.100 0.653 0.140 179 F 0.145 0.238 0.012 0.001 0.510 0.001 0.001 0.005 0.015 0.034 0.037 180 A 0.381 0.029 0.010 0.002 0.337 0.002 0.004 0.005 0.010 0.063 0.157 181 L 0.069 0.421 0.083 0.004 0.402 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 182 S 0.077 0.505 0.091 0.002 0.299 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 183 L 0.049 0.009 0.002 0.003 0.077 0.002 0.003 0.221 0.561 0.050 0.023 184 P 0.002 0.006 0.005 0.009 0.004 0.009 0.045 0.591 0.314 0.013 0.002 185 P 0.015 0.017 0.004 0.002 0.040 0.007 0.132 0.552 0.132 0.092 0.007 186 L 0.030 0.013 0.006 0.011 0.031 0.027 0.079 0.471 0.159 0.149 0.024 187 W 0.032 0.063 0.036 0.045 0.076 0.018 0.035 0.260 0.168 0.217 0.049