# TARGET T0273 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0273.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 118 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.440 0.275 0.156 0.092 0.030 0.007 0.001 2 P 0.348 0.330 0.180 0.095 0.037 0.010 0.001 3 L 0.089 0.100 0.140 0.268 0.280 0.113 0.009 4 V 0.272 0.373 0.210 0.105 0.032 0.008 0.001 5 L 0.074 0.103 0.173 0.313 0.263 0.069 0.005 6 D 0.324 0.350 0.189 0.095 0.033 0.008 0.001 7 L 0.470 0.303 0.139 0.065 0.020 0.004 0.001 8 A 0.260 0.273 0.203 0.163 0.078 0.022 0.001 9 R 0.094 0.178 0.207 0.267 0.187 0.066 0.002 10 P 0.141 0.288 0.285 0.192 0.075 0.018 0.001 11 V 0.053 0.084 0.124 0.246 0.307 0.169 0.017 12 S 0.079 0.219 0.253 0.245 0.154 0.046 0.003 13 E 0.035 0.121 0.241 0.325 0.210 0.063 0.005 14 E 0.202 0.433 0.221 0.098 0.034 0.011 0.001 15 E 0.050 0.162 0.269 0.279 0.175 0.060 0.006 16 L 0.020 0.041 0.088 0.241 0.403 0.196 0.011 17 R 0.076 0.260 0.294 0.246 0.100 0.022 0.001 18 R 0.233 0.379 0.231 0.110 0.037 0.009 0.001 19 L 0.036 0.083 0.159 0.297 0.299 0.119 0.007 20 S 0.134 0.198 0.238 0.257 0.134 0.037 0.002 21 E 0.438 0.305 0.149 0.076 0.026 0.005 0.001 22 L 0.408 0.327 0.163 0.074 0.023 0.005 0.001 23 N 0.427 0.314 0.168 0.070 0.018 0.003 0.001 24 P 0.563 0.264 0.106 0.049 0.014 0.003 0.001 25 G 0.570 0.288 0.094 0.036 0.010 0.002 0.001 26 Y 0.122 0.180 0.234 0.280 0.151 0.030 0.002 27 Q 0.116 0.202 0.220 0.225 0.164 0.067 0.006 28 W 0.107 0.140 0.167 0.235 0.207 0.128 0.014 29 E 0.102 0.128 0.155 0.238 0.242 0.122 0.014 30 R 0.115 0.184 0.226 0.225 0.158 0.078 0.013 31 S 0.172 0.173 0.178 0.229 0.163 0.071 0.014 32 P 0.356 0.303 0.171 0.097 0.046 0.021 0.005 33 E 0.223 0.201 0.181 0.192 0.131 0.060 0.012 34 G 0.157 0.244 0.231 0.187 0.117 0.055 0.009 35 R 0.060 0.083 0.130 0.219 0.272 0.203 0.032 36 L 0.087 0.138 0.196 0.246 0.204 0.110 0.018 37 W 0.159 0.165 0.152 0.193 0.186 0.123 0.021 38 V 0.148 0.182 0.209 0.228 0.153 0.067 0.013 39 S 0.215 0.185 0.190 0.189 0.138 0.072 0.011 40 P 0.262 0.203 0.170 0.171 0.123 0.060 0.011 41 T 0.496 0.219 0.121 0.092 0.048 0.020 0.004 42 G 0.545 0.231 0.113 0.067 0.031 0.012 0.002 43 G 0.410 0.217 0.150 0.124 0.069 0.026 0.005 44 E 0.484 0.261 0.130 0.078 0.033 0.011 0.002 45 S 0.359 0.213 0.150 0.131 0.087 0.049 0.011 46 G 0.315 0.247 0.175 0.147 0.080 0.029 0.006 47 R 0.255 0.313 0.213 0.132 0.060 0.022 0.005 48 R 0.088 0.110 0.156 0.259 0.250 0.120 0.017 49 S 0.078 0.114 0.120 0.180 0.226 0.229 0.053 50 L 0.155 0.223 0.211 0.207 0.137 0.058 0.009 51 Q 0.066 0.171 0.283 0.287 0.138 0.048 0.006 52 L 0.015 0.016 0.021 0.070 0.219 0.528 0.130 53 A 0.008 0.026 0.075 0.201 0.331 0.305 0.054 54 Y 0.052 0.221 0.274 0.236 0.138 0.071 0.008 55 Q 0.012 0.042 0.127 0.318 0.340 0.147 0.015 56 L 0.006 0.012 0.023 0.081 0.270 0.511 0.097 57 A 0.035 0.135 0.215 0.307 0.218 0.082 0.008 58 R 0.123 0.336 0.248 0.170 0.087 0.032 0.005 59 W 0.067 0.130 0.211 0.295 0.208 0.082 0.007 60 N 0.138 0.198 0.186 0.229 0.178 0.066 0.005 61 E 0.349 0.323 0.188 0.099 0.032 0.008 0.001 62 E 0.397 0.278 0.153 0.106 0.049 0.015 0.002 63 R 0.170 0.239 0.251 0.201 0.103 0.031 0.004 64 G 0.312 0.294 0.182 0.121 0.062 0.024 0.004 65 L 0.081 0.101 0.146 0.230 0.242 0.169 0.031 66 G 0.076 0.076 0.102 0.184 0.247 0.247 0.067 67 V 0.061 0.088 0.117 0.177 0.221 0.241 0.096 68 V 0.042 0.043 0.063 0.117 0.198 0.348 0.188 69 F 0.031 0.044 0.062 0.135 0.230 0.313 0.185 70 D 0.060 0.111 0.159 0.199 0.199 0.178 0.096 71 S 0.074 0.095 0.123 0.185 0.225 0.213 0.084 72 S 0.151 0.178 0.166 0.187 0.154 0.122 0.043 73 T 0.148 0.185 0.190 0.191 0.154 0.105 0.027 74 G 0.100 0.136 0.166 0.205 0.215 0.152 0.026 75 F 0.065 0.114 0.153 0.228 0.247 0.168 0.025 76 K 0.094 0.191 0.240 0.243 0.160 0.067 0.006 77 F 0.072 0.116 0.194 0.306 0.235 0.073 0.005 78 P 0.295 0.311 0.208 0.135 0.042 0.008 0.001 79 D 0.637 0.243 0.078 0.031 0.009 0.002 0.001 80 G 0.606 0.260 0.087 0.034 0.010 0.002 0.001 81 S 0.257 0.315 0.221 0.146 0.050 0.011 0.001 82 I 0.069 0.151 0.206 0.271 0.219 0.077 0.006 83 L 0.041 0.150 0.204 0.281 0.223 0.093 0.008 84 S 0.005 0.031 0.097 0.250 0.331 0.248 0.038 85 P 0.001 0.003 0.010 0.045 0.184 0.474 0.282 86 D 0.002 0.010 0.026 0.077 0.171 0.381 0.333 87 A 0.001 0.001 0.004 0.018 0.071 0.384 0.520 88 A 0.001 0.001 0.004 0.015 0.062 0.325 0.593 89 F 0.001 0.002 0.005 0.017 0.060 0.327 0.588 90 V 0.002 0.004 0.010 0.037 0.157 0.505 0.286 91 E 0.006 0.037 0.112 0.249 0.316 0.238 0.043 92 R 0.025 0.091 0.192 0.306 0.253 0.116 0.017 93 G 0.091 0.217 0.244 0.219 0.162 0.061 0.007 94 A 0.143 0.225 0.237 0.218 0.124 0.049 0.004 95 W 0.130 0.136 0.174 0.252 0.212 0.090 0.006 96 E 0.452 0.313 0.140 0.062 0.024 0.008 0.001 97 A 0.345 0.249 0.187 0.134 0.064 0.020 0.002 98 L 0.391 0.213 0.153 0.122 0.082 0.036 0.003 99 S 0.528 0.241 0.127 0.072 0.025 0.007 0.001 100 E 0.637 0.227 0.080 0.038 0.014 0.004 0.001 101 A 0.558 0.242 0.116 0.060 0.019 0.004 0.001 102 E 0.566 0.256 0.108 0.051 0.016 0.003 0.001 103 R 0.452 0.258 0.144 0.102 0.037 0.007 0.001 104 E 0.437 0.289 0.155 0.084 0.030 0.006 0.001 105 G 0.336 0.333 0.176 0.106 0.038 0.009 0.001 106 F 0.088 0.187 0.219 0.260 0.181 0.060 0.006 107 P 0.060 0.111 0.177 0.281 0.260 0.100 0.010 108 P 0.129 0.272 0.239 0.200 0.111 0.044 0.006 109 L 0.043 0.101 0.141 0.248 0.278 0.166 0.022 110 A 0.010 0.045 0.079 0.201 0.312 0.307 0.047 111 P 0.006 0.031 0.077 0.179 0.298 0.320 0.088 112 K 0.002 0.017 0.058 0.154 0.279 0.350 0.141 113 A 0.001 0.001 0.004 0.021 0.095 0.438 0.442 114 V 0.001 0.002 0.008 0.036 0.112 0.317 0.525 115 F 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.283 0.682 116 E 0.001 0.005 0.021 0.099 0.237 0.426 0.211 117 V 0.003 0.010 0.021 0.052 0.209 0.501 0.204 118 R 0.011 0.061 0.183 0.327 0.253 0.149 0.015 119 S 0.039 0.106 0.172 0.290 0.312 0.078 0.003 120 A 0.194 0.320 0.257 0.170 0.049 0.010 0.001 121 S 0.569 0.276 0.096 0.043 0.013 0.003 0.001 122 Q 0.634 0.213 0.100 0.038 0.012 0.002 0.001 123 D 0.627 0.236 0.082 0.040 0.012 0.003 0.001 124 P 0.421 0.248 0.172 0.105 0.043 0.010 0.001 125 E 0.488 0.298 0.129 0.058 0.021 0.006 0.001 126 E 0.195 0.398 0.230 0.126 0.040 0.009 0.001 127 L 0.027 0.083 0.202 0.318 0.283 0.082 0.005 128 R 0.145 0.314 0.270 0.180 0.071 0.019 0.001 129 A 0.167 0.414 0.276 0.110 0.028 0.006 0.001 130 K 0.010 0.031 0.080 0.211 0.399 0.251 0.019 131 M 0.006 0.017 0.050 0.196 0.392 0.303 0.035 132 G 0.107 0.357 0.280 0.174 0.061 0.018 0.002 133 I 0.038 0.144 0.264 0.317 0.194 0.042 0.002 134 Y 0.012 0.020 0.039 0.128 0.345 0.407 0.051 135 L 0.045 0.092 0.199 0.340 0.233 0.084 0.007 136 R 0.306 0.419 0.169 0.074 0.025 0.006 0.001 137 N 0.095 0.210 0.249 0.255 0.142 0.044 0.005 138 G 0.121 0.252 0.212 0.210 0.132 0.065 0.007 139 V 0.024 0.040 0.091 0.192 0.330 0.285 0.039 140 L 0.039 0.124 0.210 0.327 0.225 0.068 0.006 141 L 0.021 0.068 0.136 0.237 0.290 0.217 0.031 142 G 0.003 0.006 0.017 0.063 0.175 0.450 0.286 143 V 0.003 0.007 0.019 0.058 0.169 0.454 0.290 144 L 0.003 0.006 0.016 0.047 0.126 0.449 0.353 145 V 0.005 0.015 0.030 0.087 0.236 0.512 0.116 146 D 0.019 0.083 0.204 0.328 0.261 0.095 0.009 147 P 0.077 0.202 0.250 0.266 0.154 0.046 0.004 148 Y 0.307 0.417 0.187 0.071 0.015 0.002 0.001 149 A 0.139 0.344 0.276 0.176 0.055 0.009 0.001 150 R 0.093 0.237 0.271 0.230 0.135 0.033 0.001 151 A 0.037 0.219 0.305 0.280 0.126 0.030 0.002 152 V 0.003 0.009 0.032 0.135 0.394 0.403 0.024 153 E 0.007 0.062 0.237 0.374 0.248 0.070 0.003 154 V 0.005 0.018 0.035 0.097 0.286 0.492 0.068 155 F 0.004 0.026 0.110 0.257 0.366 0.226 0.011 156 R 0.022 0.099 0.210 0.365 0.246 0.057 0.002 157 P 0.286 0.352 0.213 0.110 0.032 0.006 0.001 158 G 0.669 0.217 0.077 0.028 0.007 0.002 0.001 159 K 0.702 0.195 0.067 0.027 0.007 0.002 0.001 160 P 0.551 0.259 0.113 0.054 0.019 0.004 0.001 161 P 0.441 0.264 0.167 0.091 0.030 0.006 0.001 162 L 0.340 0.305 0.184 0.119 0.043 0.009 0.001 163 R 0.185 0.288 0.256 0.180 0.075 0.015 0.001 164 L 0.131 0.165 0.234 0.282 0.151 0.034 0.001 165 E 0.418 0.306 0.158 0.083 0.028 0.006 0.001 166 G 0.522 0.239 0.123 0.077 0.031 0.007 0.001 167 V 0.569 0.236 0.109 0.059 0.021 0.005 0.001 168 E 0.548 0.259 0.108 0.058 0.022 0.006 0.001 169 R 0.294 0.317 0.208 0.124 0.044 0.011 0.001 170 V 0.215 0.193 0.201 0.212 0.138 0.040 0.002 171 S 0.311 0.347 0.200 0.102 0.034 0.006 0.001 172 L 0.245 0.241 0.204 0.197 0.092 0.020 0.001 173 D 0.397 0.335 0.158 0.081 0.024 0.005 0.001 174 P 0.376 0.361 0.157 0.072 0.025 0.008 0.001 175 E 0.095 0.198 0.244 0.276 0.147 0.037 0.002 176 L 0.074 0.113 0.192 0.285 0.245 0.087 0.005 177 P 0.255 0.372 0.219 0.113 0.034 0.007 0.001 178 G 0.281 0.380 0.220 0.092 0.022 0.004 0.001 179 F 0.026 0.080 0.153 0.329 0.311 0.097 0.004 180 A 0.066 0.328 0.352 0.193 0.051 0.009 0.001 181 L 0.016 0.037 0.080 0.222 0.418 0.217 0.011 182 S 0.049 0.232 0.374 0.261 0.073 0.011 0.001 183 L 0.056 0.078 0.134 0.282 0.306 0.135 0.008 184 P 0.325 0.426 0.170 0.060 0.015 0.003 0.001 185 P 0.351 0.329 0.171 0.103 0.036 0.009 0.001 186 L 0.244 0.220 0.231 0.194 0.086 0.023 0.001 187 W 0.332 0.200 0.152 0.161 0.116 0.036 0.002