# TARGET T0273 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0273.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 402 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.005 0.004 0.005 0.089 0.863 2 P 0.174 0.017 0.014 0.012 0.125 0.658 3 L 0.278 0.035 0.020 0.010 0.153 0.504 4 V 0.360 0.090 0.028 0.013 0.134 0.374 5 L 0.297 0.049 0.018 0.013 0.215 0.408 6 D 0.109 0.008 0.024 0.013 0.457 0.388 7 L 0.030 0.008 0.033 0.027 0.554 0.349 8 A 0.031 0.018 0.026 0.010 0.606 0.308 9 R 0.042 0.009 0.017 0.006 0.527 0.399 10 P 0.123 0.037 0.018 0.008 0.241 0.573 11 V 0.136 0.093 0.003 0.005 0.127 0.636 12 S 0.080 0.023 0.001 0.006 0.036 0.855 13 E 0.001 0.001 0.010 0.973 0.006 0.010 14 E 0.001 0.001 0.007 0.990 0.002 0.001 15 E 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 16 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 17 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 18 R 0.001 0.001 0.006 0.980 0.006 0.007 19 L 0.001 0.001 0.018 0.909 0.028 0.043 20 S 0.004 0.004 0.098 0.618 0.154 0.121 21 E 0.008 0.010 0.112 0.375 0.333 0.161 22 L 0.007 0.013 0.042 0.327 0.323 0.289 23 N 0.002 0.004 0.006 0.010 0.828 0.151 24 P 0.001 0.001 0.056 0.014 0.867 0.061 25 G 0.006 0.002 0.064 0.008 0.873 0.047 26 Y 0.128 0.022 0.069 0.016 0.695 0.070 27 Q 0.419 0.019 0.033 0.033 0.170 0.326 28 W 0.726 0.027 0.022 0.015 0.053 0.158 29 E 0.847 0.010 0.011 0.009 0.029 0.095 30 R 0.758 0.036 0.005 0.006 0.024 0.172 31 S 0.209 0.024 0.002 0.001 0.716 0.048 32 P 0.011 0.002 0.010 0.001 0.970 0.007 33 E 0.002 0.001 0.006 0.001 0.988 0.004 34 G 0.050 0.005 0.006 0.001 0.934 0.005 35 R 0.760 0.016 0.001 0.001 0.088 0.135 36 L 0.930 0.046 0.001 0.001 0.007 0.016 37 W 0.931 0.009 0.001 0.001 0.018 0.040 38 V 0.769 0.005 0.002 0.001 0.060 0.164 39 S 0.372 0.010 0.006 0.001 0.227 0.384 40 P 0.129 0.034 0.013 0.001 0.375 0.448 41 T 0.074 0.042 0.019 0.003 0.453 0.408 42 G 0.029 0.019 0.019 0.006 0.638 0.289 43 G 0.015 0.013 0.068 0.028 0.750 0.126 44 E 0.022 0.015 0.081 0.092 0.680 0.110 45 S 0.013 0.010 0.045 0.230 0.557 0.145 46 G 0.015 0.008 0.015 0.451 0.248 0.263 47 R 0.006 0.003 0.005 0.929 0.018 0.038 48 R 0.007 0.002 0.003 0.965 0.007 0.016 49 S 0.003 0.001 0.001 0.989 0.002 0.004 50 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 51 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 52 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 54 Y 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 55 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 57 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 58 R 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.003 59 W 0.001 0.001 0.004 0.986 0.005 0.005 60 N 0.001 0.001 0.011 0.949 0.023 0.016 61 E 0.001 0.001 0.049 0.874 0.053 0.023 62 E 0.001 0.001 0.051 0.826 0.074 0.046 63 R 0.002 0.002 0.044 0.684 0.106 0.163 64 G 0.002 0.001 0.003 0.006 0.092 0.895 65 L 0.041 0.006 0.009 0.008 0.180 0.756 66 G 0.303 0.009 0.014 0.005 0.204 0.465 67 V 0.741 0.015 0.014 0.005 0.076 0.148 68 V 0.850 0.017 0.006 0.004 0.040 0.083 69 F 0.794 0.014 0.005 0.002 0.050 0.135 70 D 0.561 0.015 0.006 0.002 0.249 0.168 71 S 0.203 0.009 0.031 0.003 0.600 0.155 72 S 0.146 0.005 0.026 0.003 0.635 0.186 73 T 0.307 0.011 0.024 0.003 0.499 0.156 74 G 0.514 0.012 0.006 0.002 0.188 0.277 75 F 0.777 0.034 0.003 0.002 0.050 0.133 76 K 0.764 0.039 0.001 0.002 0.044 0.149 77 F 0.574 0.028 0.002 0.002 0.166 0.227 78 P 0.137 0.012 0.005 0.003 0.524 0.319 79 D 0.041 0.011 0.017 0.004 0.665 0.261 80 G 0.053 0.026 0.020 0.006 0.718 0.177 81 S 0.110 0.025 0.027 0.008 0.524 0.307 82 I 0.245 0.051 0.028 0.006 0.328 0.341 83 L 0.317 0.041 0.031 0.009 0.290 0.312 84 S 0.257 0.027 0.009 0.003 0.311 0.393 85 P 0.133 0.003 0.009 0.003 0.443 0.409 86 D 0.260 0.004 0.003 0.002 0.250 0.480 87 A 0.926 0.004 0.001 0.002 0.030 0.037 88 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 89 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 V 0.988 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 91 E 0.846 0.001 0.001 0.005 0.042 0.106 92 R 0.214 0.004 0.007 0.017 0.255 0.503 93 G 0.063 0.013 0.025 0.020 0.418 0.460 94 A 0.060 0.023 0.083 0.100 0.451 0.283 95 W 0.030 0.009 0.320 0.193 0.288 0.160 96 E 0.033 0.005 0.378 0.202 0.262 0.120 97 A 0.028 0.006 0.319 0.251 0.253 0.142 98 L 0.040 0.017 0.128 0.288 0.266 0.260 99 S 0.048 0.015 0.111 0.295 0.255 0.276 100 E 0.040 0.007 0.158 0.399 0.226 0.170 101 A 0.091 0.012 0.130 0.400 0.201 0.166 102 E 0.147 0.026 0.102 0.352 0.181 0.193 103 R 0.151 0.032 0.067 0.324 0.247 0.179 104 E 0.094 0.023 0.048 0.270 0.321 0.245 105 G 0.064 0.016 0.039 0.126 0.402 0.352 106 F 0.052 0.024 0.015 0.032 0.386 0.492 107 P 0.042 0.016 0.015 0.016 0.295 0.616 108 P 0.035 0.017 0.034 0.014 0.315 0.585 109 L 0.037 0.017 0.029 0.007 0.267 0.643 110 A 0.048 0.012 0.008 0.001 0.226 0.706 111 P 0.113 0.004 0.005 0.001 0.229 0.648 112 K 0.562 0.004 0.001 0.001 0.080 0.353 113 A 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 114 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 115 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 116 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 117 V 0.942 0.001 0.001 0.001 0.007 0.050 118 R 0.617 0.009 0.001 0.001 0.048 0.325 119 S 0.101 0.014 0.003 0.001 0.775 0.106 120 A 0.006 0.002 0.013 0.002 0.945 0.032 121 S 0.002 0.002 0.017 0.003 0.938 0.039 122 Q 0.007 0.034 0.005 0.004 0.866 0.084 123 D 0.005 0.013 0.002 0.022 0.148 0.810 124 P 0.001 0.001 0.036 0.935 0.017 0.011 125 E 0.001 0.001 0.039 0.941 0.015 0.004 126 E 0.001 0.001 0.037 0.946 0.012 0.003 127 L 0.001 0.001 0.010 0.978 0.006 0.004 128 R 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.003 129 A 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 130 K 0.001 0.001 0.003 0.985 0.003 0.008 131 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 132 G 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 133 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 134 Y 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.001 135 L 0.001 0.001 0.011 0.983 0.004 0.002 136 R 0.001 0.001 0.019 0.967 0.007 0.005 137 N 0.002 0.001 0.036 0.841 0.029 0.092 138 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.972 139 V 0.055 0.006 0.002 0.001 0.101 0.836 140 L 0.504 0.003 0.001 0.001 0.090 0.402 141 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 142 G 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 143 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 144 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 145 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 146 D 0.863 0.005 0.001 0.001 0.102 0.029 147 P 0.060 0.001 0.033 0.003 0.899 0.004 148 Y 0.012 0.001 0.033 0.002 0.951 0.003 149 A 0.016 0.002 0.023 0.001 0.955 0.003 150 R 0.360 0.014 0.003 0.001 0.501 0.120 151 A 0.870 0.012 0.001 0.001 0.023 0.093 152 V 0.979 0.002 0.001 0.001 0.006 0.012 153 E 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 154 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 155 F 0.948 0.002 0.001 0.001 0.008 0.040 156 R 0.731 0.006 0.001 0.001 0.148 0.112 157 P 0.164 0.005 0.003 0.002 0.559 0.267 158 G 0.027 0.005 0.010 0.002 0.701 0.255 159 K 0.069 0.019 0.005 0.001 0.661 0.246 160 P 0.086 0.009 0.004 0.002 0.280 0.619 161 P 0.223 0.014 0.006 0.002 0.195 0.560 162 L 0.732 0.014 0.004 0.003 0.074 0.173 163 R 0.908 0.010 0.002 0.003 0.021 0.057 164 L 0.933 0.006 0.001 0.002 0.032 0.026 165 E 0.787 0.007 0.002 0.005 0.112 0.088 166 G 0.388 0.006 0.006 0.005 0.411 0.184 167 V 0.231 0.010 0.018 0.005 0.582 0.155 168 E 0.362 0.014 0.033 0.007 0.322 0.262 169 R 0.665 0.023 0.047 0.009 0.150 0.107 170 V 0.758 0.025 0.018 0.007 0.075 0.117 171 S 0.775 0.023 0.013 0.005 0.051 0.133 172 L 0.461 0.042 0.017 0.009 0.135 0.336 173 D 0.090 0.026 0.016 0.006 0.684 0.178 174 P 0.014 0.005 0.149 0.010 0.750 0.072 175 E 0.015 0.009 0.115 0.012 0.773 0.076 176 L 0.011 0.014 0.049 0.004 0.914 0.008 177 P 0.012 0.013 0.035 0.006 0.866 0.067 178 G 0.015 0.008 0.046 0.009 0.856 0.066 179 F 0.256 0.029 0.020 0.006 0.592 0.097 180 A 0.759 0.034 0.003 0.006 0.053 0.145 181 L 0.801 0.058 0.002 0.004 0.039 0.096 182 S 0.498 0.020 0.006 0.012 0.158 0.304 183 L 0.203 0.007 0.071 0.060 0.271 0.387 184 P 0.132 0.004 0.270 0.076 0.294 0.224 185 P 0.129 0.017 0.311 0.098 0.276 0.169 186 L 0.140 0.043 0.133 0.109 0.250 0.325 187 W 0.135 0.034 0.037 0.097 0.277 0.420