(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html

Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • T0273 1wdj, Thermus thermophilus
                                              10                 20    
                                              |                  |    
   1 .....M...P...L..V...L...D.....L..A....R..PV...S..E..EELRR..LS...E
   2 .....M...T...A..LtlnL...D.....S..V....I..KL...T..R..EQFYQ..LC...V
   3 .....M...T...A..LilnL...S.....P..T....I..EL...T..D..EQFFQ..LC...Q
   4 .....MnafT...V..N...L...K.....P..V....L..EL...T..D..EQFFN..LC...Q
   5 .....M...T...A..LtlnL...D.....S..V....I..KL...T..R..EQFYK..LC...I
   6 .....M...I...N..P...L...Einc..D..S....L..QM...T..D..EQFFQ..LC...Q
   7 .....M...I...N..P...L...Einc..D..S....L..QM...T..D..EQFFQ..LC...Q
   8 .....M...T...T..V...L...Dlk...P..I....I..KL...T..S..EEFYQ..LC...Q
   9 .....M...I...N..P...L...Einc..D..S....L..QM...T..D..EQFFQ..LC...Q
  10 aiv..M...V...N..S...L...Eikf..E..S....F..KL...T..D..EQFYQ..LC...Q
  11 .....MnayT...I..N...F...D.....V..I....T..KI...N..D..EQFFQ..LC...R
  12 .....M...T...A..LtlqL...P.....P..H....L..KF...T..D..EEFEQ..IV...A
  13 .....MnalT...I..N...L...K.....P..A....L..EL...T..D..EQFFQ..IC...Q
  14 .....MetlT...L..N...V...P.....P..A....V..GL...T..D..EQFYQ..LC...I
  15 .....MetlT...L..N...V...P.....P..A....V..GL...T..D..EQFYQ..LC...I
  16 .....M...V...L..S...L...Hlk...P..V....L..ML...D..D..DQFFE..LC...G
  17 .....M...T...A..LtlqL...P.....P..H....L..KF...T..D..EEFEQ..IV...A
  18 g....R...T...I..M...S...PlkikmD..S....L..KL...S..D..EQFYK..LC...Q
  19 tvs..L...S...A..P...L...N.....L..D....I..DL...T..D..EQFFQ..LC...Q
  20 sss..L...V...I..Q...M...P.....P..S....M..QM...T..D..EQFFD..FC...Q
  21 .....M...T...A..ItinL...N.....N..V....V..RL...S..E..DQFYQ..LC...R
  22 ilg..M...V...L..K...M...Q.....P..N....I..II...S..D..EQLFD..FC...Q
  23 ssp..F...V...I..Q...M...P.....P..S....M..QM...T..D..EQFFD..FC...Q
  24 ilg..M...V...L..K...M...Q.....P..N....I..IV...S..D..EQLFD..FC...Q
  25 .....M...T...T..V...L...Dlk...P..I....I..KL...T..S..EEFYQ..LC...Q
  26 .....M...I...N..P...L...Einc..D..S....L..QM...T..D..EQFFQ..LC...Q
  27 .....MystI...L..K...L...R.....P..I....I..SL...T..D..QQFVA..LC...Q
  28 .....M...T...A..LtlqL...P.....P..N....L..KF...T..D..EEFEQ..IV...A
  29 .....M...Ta..L..I...L...Nl....D..T....V..NL...T..D..EQFYR..LC...Q
  30 t....L...S...L..Q...L...P.....HelA....L..RV...T..R..EQFAV..LA...A
  31 .....Mk..T...V..V...L...Nl....E..T....V..NL...T..D..EQFYH..LC...Q
  32 i....S...P...L..T...L...Nl....D..T....V..HL...T..D..EQFYQ..LC...Q
  33 s....L...P...L..N...I...P.....EelA....L..QV...T..P..AQFAI..LA...A
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  37 spt..L...A...V..N...I...P.....P..T....L..TL...T..VshEQFVQ..LA...L
  38 .....M...V...I..S...Q...S.....E..-....Y..YI...S..P..QEYLE..--...G
  39 s....L...T...L..Avn.I...P.....P..T....L..TL...T..VshEQFVQ..LA...L
  40 .....-...-...-..-...-...-.....-..S....V..DL...S..D..EQYFQ..LC...Q
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  42 .....M...T...Q..T...L...R.....-..-....K..VI...T..F..DEFAA..WY...P
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  44 .....-...M...I..A...S...P.....Q..Q....N..YL...T..A..EEYLQ..M-...E
  45 .....M...A...T..V...L...Dlq...P..I....I..SL...N..R..GQFYQ..LC...Q
  46 .....M...T...T..T...L...-.....-..-....K..KW...T..Y..KDYLK..LP...D
  47 .....-...M...I..A...L...S.....E..S....F..PV...T..P..EEYLE..W-...E
  48 gsl..L...L...N..V...S...H.....V..T....L..KV...S..P..EHFDQ..LC...L
  49 .....-...M...I..A...S...P.....E..P....E..YL...T..P..EEYLQ..L-...E
  50 .....M...T...Q..T...L...R.....-..-....K..VI...T..F..DEFAA..WY...P
  51 .....-...M...V..A...T...P.....N..S....S..YI...S..P..EDYLK..G-...E
  52 .....M...V...Q..A...T...N.....-..-....T..IF...T..L..EEFLK..LP...E
  53 .....M...T...Q..A...L...P.....-..-....K..LL...T..F..NEFIE..WY...P
  54 .....M...S...T..T...K...P.....V..E....R..LY...T..F..KEYLT..-Y...D
  55 .....M...V...Q..T...-...-.....P..S....K..PI...T..L..DEFLK..LP...A
  56 .....M...V...Q..I...S...N.....-..-....K..RL...T..L..EEFLA..LP...E
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  58 .....-...-...-..-...-...-.....-..-....M..SL...T..L..EDFEK..MQ...Q
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  61 .....M...V...A..A...K...E.....H..-....F..YM...T..P..EEYLE..W-...E
  62 .....M...T...S..S...L...Q.....-..-....K..LF...T..F..DEFLD..FL...V
  63 .....M...V...S..V...P...-.....-..-....R..RM...S..P..AEYIE..W-...E
  64 .....M...L...T..T...K...T.....-..-....R..FQ...T..F..EEYLE..-Y...D
  65 .....M...T...Q..A...I...P.....-..-....K..LI...T..F..EEFAD..WL...P
  66 .....M...I...A..V...K...G.....K..F....P..KL...T..P..EEYFI..W-...E
  67 .....-...-...-..-...-...-.....-..-....-..-M...S..P..QEYLE..W-...E
  68 .....MvsvT...L..T...L...D.....P..V....I..QL...G..R..EQFYQ..LC...R
  69 .....M...N...Q..P...T...T.....E..K....V..RW...N..T..TDLAL..FP...E
  70 .....M...T...I..A...S...E.....K..-....K..IY...T..P..EEYLQ..L-...E
  71 .....M...-...-..V...T...T.....P..V....K..TL...S..L..AEFMA..LP...E
  72 .....M...-...-..-...L...D.....L..A....R..PV...S..E..EELRR..LS...E
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  75 .....M...R...-..-...-...S.....P..I....N..LF...T..V..EEYLE..L-...E
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  77 .....M...T...Q..A...L...P.....K..T....K..LV...T..F..EEFVQ..WK...P
  78 .....M...L...K..I...K...P.....-..-....K..FE...T..F..EDYLA..-Y...D
  79 .....M...T...Q..A...I...P.....-..-....K..LV...T..F..EEFVD..RL...P
  80 .....M...T...Q..A...I...P.....-..-....K..LV...T..F..EEFVD..RL...P
  81 .....M...I...A..N...K...D.....-..-....F..YL...S..P..TEYLE..W-...E
  82 .....M...S...Q..T...K...D.....G..V....R..W-...T..I..QDVAA..L-...P
  83 .....M...V...Q..T...-...-.....P..S....K..PI...T..L..DEFLK..LP...A
  84 .....M...V...A..I...S...Q.....Q..P....P..KM...T..I..EEYLA..WE...P
  85 .....-...M...V..A...L...P.....D..R....I..LM...S..A..EEYLV..W-...E
  86 .....-...-...-..-...-...-.....-..-....-..--...-..-..-----..--...-
  87 .....M...V...A..I...L...Q.....Q..P....P..KM...T..I..EEYFA..W-...E
  88 .....M...NskpI..T...V...Q.....S..L....Y..AV...T..D..EELML..MS...S
  89 .....M...T...Q..A...L...T.....-..-....K..QV...T..F..DEFIA..RY...P
  90 .....M...Q...-..-...T...T.....P..V....R..WT...T..D..D--LE..LF...A
  91 .....-...M...P..L...L...D.....L..L....R..PV...S..D..EELRV..LS...E
  92 .....M...S...-..-...T...Q.....P..S....P..QL...S..P..EDYLQ..W-...E
  93 .....-...M...I..A...Q...P.....E..T....K..HY...T..V..EEYLE..L-...E
  94 .....-...-...-..-...-...-.....-..Q....G..EY...T..Y..EDYVR..IP...E
  95 .....M...I...V..A...K...D.....N..T....P..HL...T..P..EEYFA..W-...E
  96 .....M...V...A..L...S...S.....N..-....G..YF...S..P..DDYLE..L-...E
  97 .....-...M...V..A...L...P.....D..S....I..FM...S..A..EEYLI..W-...E
  98 .....M...V...S..T...K...-.....-..-....R..RY...S..L..DEYRA..L-...E
  99 .....M...L...Q..V...N...H.....-..-....R..FQ...S..F..EEYLS..-Y...D
 100 .....M...I...A..H...S...Psa...P..F....P..KL...S..P..EEYLQ..W-...E
 101 .....-...M...V..A...L...P.....D..S....I..FM...S..A..EEYLI..W-...E
 102 .....-...M...V..A...V...P.....Q..A....H..PL...S..V..AEYLQ..F-...E
 103 .....M...T...V..I...T...-.....-..-....Q..KF...T..L..EDYLA..-Y...D
 104 .....M...P...S..Q...G...I.....Q..P....R..PF...T..V..DEYYR..MG...K
 105 gst..M...T...Q..T...L...P.....-..-....K..LV...T..F..EQFIE..WY...P
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 108 .....M...Q...L..E...T...Q.....K..-....L..YY...T..P..EEYLE..I-...E
 109 .....M...S...I..P...K...A.....N..-....K..KH...T..Y..ADYLT..WP...G
 110 .....MktvM...Q..T...A...T.....Q..K....R..YY...T..P..EEYLE..L-...E
 111 .....-...M...I..A...N...P.....K..R....Q..GL...T..P..QEYFE..W-...E
 112 .....M...T...Vq.L...L...R.....-..-....R..KF...T..V..EQFHK..MI...E
 113 .....M...A...Q..R...T...T.....D..T....M..RW...T..A..ADLDL..LP...D
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 118 .....M...T...T..A...V...-.....-..-....R..KF...T..L..NEYLS..-Y...D
 119 .....M...H...A..A...G...E.....R..V....R..WT...A..A..D--LE..LL...P
 120 .....M...Q...T..A...S...-.....-..-....K..LL...S..L..AEFLI..LP...E
 121 .....M...T...S..I...T...S.....-..-....Q..QL...T..L..EEYLK..-Y...D
 122 .....M...T...T..A...A...-.....-..-....G..KM...T..L..EQFLA..F-...D
 123 .....-...-...-..-...-...-.....G..R....E..RY...T..Y..EDYCR..LP...E
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 125 .....-...-...-..-...-...-.....R..G....G..RV...T..Y..EEFLE..LV...E
 126 .....M...I...L..Q...T...E.....K..-....R..YY...T..P..EEYLE..L-...E
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 128 .....M...V...-..-...-...P.....N..P....L..RW...T..T..RDLGA..MP...D
 129 .....M...Q...L..Q...T...N.....Pk.Q....R..YY...T..P..EEYLE..L-...E
 130 lhe..E...A...L..K...Y...K.....T..T....R..KI...S..Y..EEYRE..LV...E
 131 .....-...M...I..A...Q...P.....E..T....K..RY...T..I..DEYLE..L-...E
 132 .....M...-...-..-...-...-.....-..-....-..-F...T..I..SDLEQ..LQ...A
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 142 .....M...G...E..V...A...R.....P..L....E..LL...D..A..EAYLA..L-...E
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 147 .....-...-...-..-...-...-.....-..-....-..--...-..-..-----..--...-
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 149 .....-...-...-..-...-...-.....-..-....-..--...-..-..-----..--...-
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 156 .....M...L...Q..I...A...P.....P..S....-..-I...S..L..KDFLD..LP...E
 157 .....M...T...T..T...Q...T.....I..P....K..LL...S..F..DDYIN..NY...P
 158 .....M...T...-..-...G...P.....A..F....K..AM...S..V..EEYLR..S-...E
 159 kae..H...L...I..L...L...N.....P..V....S..WN...T..F..NQLLE..EL...G
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 161 l....-...-...-..-...-...-.....A..R....K..PL...S..L..ERYLE..E-...E
 162 .....M...R...I..Vtm.L...A.....S..S....P..IT...T..L..WEFLT..LS...H
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 164 nna..S...I...P..P...L...E.....S..G....D..RL...T..R..HEFER..RY...T
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 166 .....M...T...A..I...A...R.....-..-....Q..KL...T..F..DQFLD..KC...P
 167 ms...M...V...S..A...T...I.....N..T....N..TI...S..S..EAFVA..GY...L
 168 .....MhwrT...S..V...M...T.....T..A....K..RL...T..F..EQYLE..W-...D
 169 .....M...T...L..S...T...Q.....V..F....F..HP...S..L..DEFLK..LP...E
 170 dst..Q...R...V..V...L...H.....D..I....S..WN...T..F..EQMLA..EM...G
 171 .....M...T...-..-...T...T.....P..I....L..PL...S..L..DDFLR..KP...N
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 174 .....M...-...-..V...K...T.....P..S....K..PL...I..L..EEFLI..LP...E
 175 .....M...N...L..M...L...T.....N..I....R..LI...S..V..QEYHK..MA...E
 176 .....M...S...I..A...Q...A.....-..-....K..RF...T..L..DEYHR..LG...E
 177 .....M...G...E..P...A...R.....-..L....R..RL...T..A..EEYLR..E-...E
 178 .....M...I...L..Q...A...K.....-..-....N..QL...T..L..QEFLN..LS...P
 179 .....-...-...-..V...S...E.....-..-....F..LF...D..F..DAFEQ..MN...R
 180 .....M...S...S..A...Y...E.....S..S....P..HY...T..A..SDYQH..WK...G
 181 .....M...T...A..I...A...G.....-..-....K..HL...T..L..EEYLK..-Y...D
 182 k....E...S...S..V...V...Eqy...T..T....K..SF...T..Y..ADYLT..WP...E
 183 .....M...Q...Q..A...A...G.....E..R....V..RW...T..A..AD-LE..LL...P
 184 .....M...A...G..V...S...V.....G..P....R..PF...T..V..GEYHR..MA...E
 185 .....-...-...-..-...-...-.....-..-....-..--...-..-..-----..-M...E
 186 .....M...T...Q..L...K...-.....-..-....N..KL...T..L..EEFLA..LP...E
 187 .....-...-...-..-...-...-.....-..-....-..--...-..-..-TIAQ..EL...D
 188 .....M...V...L..A...S...A.....K..V....P..TL...S..L..ESFLA..LP...E
 189 .....M...K...T..Y...T...K.....-..-....Q..KL...T..F..DDFLE..EC...P
 190 .....-...-...-..-...-...-.....-..-....-..--...-..-..-----..--...-
 191 .....M...I...T..T...I...S.....-..-....Q..PI...T..L..DEFWD..WY...P
 192 .....M...T...Q..A...L...T.....-..-....K..QV...I..F..DEFID..WL...P
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 194 .....M...T...P..V...R...-.....-..-....R..RF...S..V..EEFHR..MA...Q
 195 .....M...V...I..A...P...-.....-..-....Q..IM...S..L..EDYFN..-Y...E
 196 sdq..K...I...L..P...L...E.....N..G....D..HL...N..R..VEFER..RY...A
 197 vge..Q...R...T..V...L...H.....N..I....S..WE...T..F..EALLR..DT...G
 198 ra...D...R...V..V...L...H.....N..I....S..WQ...Q..F..ENLLV..NL...G
 199 .....M...I...H..A...I...E.....T..T....S..SI...S..L..EEFLN..LP...E
 200 pvs..K...F...I..L...L...E.....P..V....S..WL...T..F..NQLLQ..DL...G
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 204 ra...D...R...V..V...L...H.....N..I....S..WQ...Q..F..ENLLV..NL...G
 205 .....M...T...-..-...G...P.....A..F....K..RV...S..V..EDYLR..SE...R
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 207 .....M...E...A..I...I...-.....-..-....A..KF...S..V..EDYHK..MI...E
 208 .....-...-...-..-...-...-.....-..-....-..--...K..D..LEILQdtLN...Q
 209 .....M...S...I..A...Q...A.....-..-....K..RF...T..L..DEYQK..LT...E
 210 .....M...S...I..A...Q...A.....-..-....K..RF...T..L..DEYQK..LT...E
 211 .....-...-...-..Y...Q...Y.....G..G....K..KV...S..Y..EEFME..IY...E
 212 .....M...T...V..T...T...-.....-..-....Y..KW...T..I..ERYHR..AI...E
 213 .....M...T...Q..T...-...-.....K..V....R..LW...N..V..EEYHR..ML...A
 214 .....M...S...A..D...T...R.....R..P....R..LF...T..A..NEYHR..MA...E
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 133 .GL...E.L.E....Vh..G.....E.P.....K.N...R....F...PDL.TI.....I..RE.
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 135 .AT...K.V.H....I...E.....L.L.....DiY...Y....Y...PDV.TV.....T..CD.
 136 lRC...T.F.-....-...-.....D.G.....R.S...V....V...PDI.AV.....F..AW.
 137 lRC...S.F.D....I...-.....-.-.....R.S...I....V...PDV.AV.....F..NW.
 138 .NA...T.V.R....L...D.....L.D.....N.E...P....Q...PDA.LL.....R..LE.
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 146 .DI...K.VnI....F...G.....S.N.....N.Y...T....Y...PDA.SV.....T..CD.
 147 .ST...G.F.R....L...P.....N.G.....A.I...R....S...PDA.AW.....V..TP.
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 149 .SG...G.F.K....L...P.....N.G.....A.D...R....S...PDA.AW.....L..KR.
 150 .TC...L.I.K....P...Paa...E.A.....T.A...L....R...PDV.IV.....L..DK.
 151 .AV...G.V.R....T...E.....E.D.....T.S...R....I...PDV.VV.....C..SR.
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 153 .DM...R.L.W....L...P.....DvA.....S.Y...L....Y...PDV.MM.....I..EG.
 154 .TA...V.F.R....T...Ktad..GiE.....Q.G...R....K...PDV.SV.....I..DR.
 155 .GT...G.F.C....P...P.....N.T.....D.L...T....A...PDV.SF.....V..SR.
 156 lRC...T.F.-....-...-.....G.G.....R.S...I....V...PDL.SV.....F..AW.
 157 .TA...A.I.K....A...K.....KaN.....T.G...Y....V...PDL.IV.....L..DR.
 158 .DM...R.L.R....I...E.....ErN.....T.F...Y....Y...PDV.ML.....V..CD.
 159 .SL...T.L.R....I...D.....RtK.....Q.G...V....E...PDS.CY.....Y..IA.
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 161 .DM...K.L.R....I...R.....D.E.....A.V...Y....Y...PDV.MV.....V..CG.
 162 lRC...T.F.-....-...-.....A.D.....R.S...L....V...PDI.SV.....F..RW.
 163 .ES...I.V.K....P...K.....G.E.....S.G...Y....E...PDI.IV.....L..DQ.
 164 .NA...T.V.R....L...D.....L.D.....N.E...P....Q...PDV.LL.....L..ID.
 165 .SL...T.L.R....R...E.....DlA.....R.G...V....E...PDE.CY.....Y..IQ.
 166 .TA...V.F.R....TttaD.....GiE.....Q.G...R....K...PDV.SV.....I..DR.
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      40                     150                                       
      |                       |                                       
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   9 .KLGWLIN.....P.....KA....K....Q....V..E....IY....R..Q.....G....K.
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