# TARGET T0273 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0273.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 402 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.187 0.095 0.051 0.090 0.074 0.085 0.100 0.089 0.095 0.079 0.055 2 P 0.196 0.152 0.060 0.133 0.105 0.084 0.087 0.061 0.051 0.042 0.028 3 L 0.093 0.072 0.038 0.087 0.097 0.096 0.142 0.126 0.117 0.084 0.048 4 V 0.096 0.066 0.040 0.100 0.093 0.091 0.139 0.120 0.108 0.087 0.060 5 L 0.046 0.044 0.050 0.117 0.123 0.119 0.149 0.107 0.104 0.078 0.063 6 D 0.252 0.169 0.145 0.185 0.089 0.057 0.044 0.024 0.018 0.010 0.005 7 L 0.196 0.100 0.085 0.118 0.104 0.097 0.127 0.070 0.056 0.032 0.016 8 A 0.185 0.095 0.045 0.078 0.078 0.071 0.120 0.095 0.107 0.079 0.047 9 R 0.216 0.188 0.071 0.171 0.112 0.081 0.078 0.036 0.025 0.015 0.007 10 P 0.269 0.089 0.065 0.134 0.114 0.100 0.115 0.053 0.038 0.017 0.008 11 V 0.013 0.018 0.011 0.031 0.053 0.083 0.159 0.193 0.179 0.163 0.098 12 S 0.021 0.630 0.065 0.122 0.060 0.035 0.027 0.016 0.013 0.009 0.004 13 E 0.142 0.051 0.036 0.173 0.245 0.209 0.094 0.030 0.014 0.004 0.001 14 E 0.928 0.051 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.002 0.007 0.032 0.210 0.188 0.204 0.226 0.083 0.036 0.010 0.003 16 L 0.002 0.001 0.007 0.005 0.006 0.013 0.068 0.147 0.237 0.298 0.216 17 R 0.001 0.003 0.345 0.192 0.184 0.163 0.078 0.021 0.009 0.003 0.001 18 R 0.002 0.017 0.637 0.179 0.089 0.047 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.004 0.008 0.019 0.083 0.298 0.210 0.170 0.136 0.070 20 S 0.021 0.023 0.043 0.040 0.048 0.069 0.244 0.212 0.174 0.095 0.031 21 E 0.102 0.138 0.461 0.139 0.075 0.036 0.027 0.011 0.006 0.004 0.002 22 L 0.105 0.129 0.156 0.161 0.120 0.100 0.099 0.051 0.038 0.027 0.013 23 N 0.201 0.169 0.067 0.087 0.076 0.073 0.099 0.071 0.073 0.054 0.031 24 P 0.472 0.134 0.048 0.097 0.073 0.058 0.054 0.027 0.019 0.011 0.005 25 G 0.512 0.144 0.049 0.090 0.056 0.038 0.043 0.025 0.020 0.014 0.007 26 Y 0.045 0.053 0.029 0.110 0.112 0.137 0.185 0.129 0.105 0.064 0.032 27 Q 0.046 0.087 0.064 0.188 0.160 0.146 0.123 0.076 0.057 0.035 0.020 28 W 0.014 0.025 0.028 0.063 0.078 0.094 0.168 0.175 0.174 0.112 0.067 29 E 0.029 0.025 0.030 0.077 0.085 0.102 0.181 0.164 0.150 0.104 0.053 30 R 0.020 0.040 0.028 0.126 0.145 0.144 0.183 0.126 0.101 0.055 0.032 31 S 0.024 0.042 0.031 0.106 0.109 0.128 0.166 0.149 0.124 0.078 0.042 32 P 0.346 0.150 0.066 0.140 0.102 0.071 0.059 0.030 0.019 0.012 0.006 33 E 0.400 0.216 0.059 0.152 0.076 0.040 0.031 0.013 0.007 0.004 0.002 34 G 0.046 0.026 0.010 0.038 0.050 0.075 0.149 0.179 0.198 0.148 0.082 35 R 0.026 0.117 0.071 0.265 0.224 0.144 0.092 0.032 0.017 0.007 0.005 36 L 0.003 0.004 0.003 0.010 0.013 0.023 0.081 0.160 0.235 0.265 0.204 37 W 0.009 0.018 0.016 0.092 0.140 0.178 0.230 0.147 0.095 0.048 0.028 38 V 0.009 0.014 0.009 0.028 0.037 0.051 0.124 0.164 0.207 0.198 0.158 39 S 0.039 0.065 0.027 0.138 0.144 0.132 0.150 0.110 0.089 0.064 0.042 40 P 0.062 0.044 0.020 0.080 0.099 0.101 0.168 0.146 0.125 0.097 0.059 41 T 0.172 0.124 0.038 0.128 0.123 0.097 0.122 0.074 0.055 0.041 0.025 42 G 0.163 0.177 0.064 0.171 0.109 0.083 0.087 0.053 0.042 0.030 0.022 43 G 0.334 0.110 0.041 0.120 0.100 0.086 0.078 0.045 0.037 0.029 0.019 44 E 0.348 0.232 0.064 0.124 0.079 0.055 0.044 0.021 0.017 0.010 0.006 45 S 0.036 0.057 0.018 0.071 0.077 0.089 0.166 0.155 0.157 0.108 0.065 46 G 0.119 0.059 0.026 0.086 0.111 0.139 0.158 0.095 0.097 0.062 0.048 47 R 0.115 0.097 0.108 0.222 0.173 0.113 0.086 0.039 0.026 0.014 0.008 48 R 0.003 0.015 0.028 0.074 0.089 0.138 0.201 0.161 0.148 0.093 0.049 49 S 0.001 0.003 0.008 0.013 0.021 0.039 0.136 0.186 0.238 0.195 0.160 50 L 0.007 0.009 0.042 0.068 0.100 0.149 0.222 0.156 0.126 0.080 0.041 51 Q 0.001 0.011 0.076 0.156 0.197 0.209 0.191 0.084 0.046 0.019 0.009 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.028 0.077 0.199 0.306 0.382 53 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.019 0.109 0.138 0.213 0.256 0.256 54 Y 0.001 0.005 0.219 0.193 0.173 0.149 0.135 0.058 0.038 0.019 0.010 55 Q 0.001 0.001 0.002 0.009 0.026 0.094 0.330 0.230 0.156 0.103 0.050 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.047 0.174 0.350 0.415 57 A 0.001 0.001 0.008 0.032 0.073 0.156 0.316 0.180 0.141 0.065 0.028 58 R 0.003 0.017 0.271 0.244 0.174 0.162 0.086 0.026 0.011 0.004 0.002 59 W 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.043 0.243 0.230 0.227 0.168 0.075 60 N 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.021 0.095 0.190 0.269 0.244 0.162 61 E 0.018 0.062 0.273 0.221 0.179 0.117 0.075 0.029 0.014 0.007 0.004 62 E 0.064 0.110 0.223 0.203 0.146 0.122 0.080 0.028 0.014 0.007 0.003 63 R 0.049 0.041 0.021 0.083 0.091 0.129 0.219 0.156 0.106 0.070 0.034 64 G 0.536 0.196 0.060 0.090 0.051 0.033 0.020 0.007 0.004 0.002 0.002 65 L 0.014 0.027 0.022 0.055 0.070 0.090 0.173 0.163 0.168 0.130 0.087 66 G 0.175 0.168 0.064 0.165 0.129 0.107 0.088 0.042 0.029 0.019 0.014 67 V 0.011 0.020 0.014 0.052 0.071 0.099 0.179 0.159 0.170 0.125 0.100 68 V 0.012 0.016 0.012 0.038 0.048 0.069 0.139 0.154 0.180 0.171 0.161 69 F 0.007 0.011 0.008 0.035 0.052 0.073 0.138 0.154 0.196 0.167 0.157 70 D 0.052 0.057 0.039 0.114 0.114 0.118 0.158 0.124 0.105 0.075 0.046 71 S 0.075 0.038 0.023 0.094 0.099 0.109 0.162 0.129 0.111 0.094 0.066 72 S 0.089 0.085 0.043 0.144 0.123 0.122 0.137 0.088 0.075 0.055 0.040 73 T 0.012 0.012 0.008 0.027 0.034 0.059 0.140 0.159 0.197 0.202 0.151 74 G 0.049 0.078 0.045 0.161 0.161 0.140 0.157 0.085 0.059 0.038 0.027 75 F 0.002 0.003 0.003 0.011 0.020 0.030 0.094 0.134 0.222 0.250 0.231 76 K 0.046 0.168 0.077 0.321 0.222 0.091 0.050 0.014 0.007 0.003 0.002 77 F 0.002 0.005 0.003 0.019 0.037 0.066 0.167 0.194 0.225 0.168 0.114 78 P 0.322 0.261 0.087 0.169 0.087 0.039 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 79 D 0.541 0.238 0.053 0.107 0.037 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 80 G 0.553 0.142 0.031 0.091 0.062 0.047 0.036 0.016 0.011 0.007 0.004 81 S 0.190 0.271 0.062 0.188 0.112 0.076 0.050 0.020 0.015 0.008 0.006 82 I 0.032 0.054 0.021 0.093 0.107 0.126 0.175 0.121 0.118 0.086 0.067 83 L 0.040 0.055 0.025 0.097 0.118 0.147 0.190 0.125 0.098 0.066 0.038 84 S 0.055 0.059 0.027 0.139 0.155 0.130 0.173 0.107 0.076 0.051 0.027 85 P 0.002 0.004 0.004 0.024 0.040 0.063 0.145 0.188 0.220 0.185 0.126 86 D 0.002 0.008 0.007 0.048 0.078 0.126 0.225 0.194 0.157 0.102 0.055 87 A 0.002 0.004 0.004 0.024 0.034 0.066 0.162 0.200 0.198 0.186 0.119 88 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.063 0.150 0.263 0.302 0.198 89 F 0.001 0.003 0.004 0.019 0.031 0.051 0.154 0.203 0.227 0.186 0.122 90 V 0.001 0.003 0.004 0.012 0.016 0.023 0.076 0.135 0.240 0.282 0.209 91 E 0.008 0.028 0.023 0.151 0.213 0.194 0.192 0.104 0.059 0.022 0.007 92 R 0.125 0.103 0.071 0.223 0.169 0.112 0.104 0.050 0.029 0.011 0.003 93 G 0.414 0.161 0.071 0.137 0.080 0.051 0.040 0.021 0.014 0.008 0.004 94 A 0.078 0.121 0.053 0.118 0.095 0.128 0.170 0.099 0.077 0.041 0.020 95 W 0.024 0.037 0.029 0.083 0.116 0.148 0.212 0.149 0.112 0.066 0.023 96 E 0.239 0.213 0.304 0.150 0.053 0.021 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 97 A 0.101 0.069 0.093 0.156 0.148 0.134 0.144 0.069 0.047 0.026 0.012 98 L 0.009 0.006 0.006 0.014 0.021 0.055 0.137 0.160 0.199 0.215 0.177 99 S 0.085 0.267 0.148 0.161 0.125 0.088 0.069 0.028 0.019 0.008 0.003 100 E 0.466 0.127 0.231 0.113 0.039 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 101 A 0.540 0.123 0.057 0.080 0.049 0.037 0.044 0.022 0.021 0.015 0.011 102 E 0.036 0.039 0.054 0.101 0.097 0.151 0.213 0.129 0.102 0.050 0.030 103 R 0.018 0.037 0.066 0.114 0.135 0.188 0.231 0.116 0.060 0.026 0.010 104 E 0.068 0.104 0.569 0.118 0.058 0.038 0.024 0.010 0.006 0.003 0.002 105 G 0.305 0.163 0.100 0.158 0.108 0.065 0.052 0.022 0.015 0.008 0.004 106 F 0.044 0.032 0.011 0.039 0.050 0.085 0.165 0.153 0.172 0.146 0.104 107 P 0.172 0.129 0.043 0.125 0.114 0.118 0.124 0.066 0.055 0.033 0.022 108 P 0.388 0.141 0.073 0.124 0.079 0.064 0.056 0.029 0.022 0.014 0.010 109 L 0.045 0.058 0.025 0.117 0.128 0.138 0.186 0.121 0.090 0.059 0.033 110 A 0.014 0.030 0.020 0.077 0.105 0.130 0.180 0.147 0.142 0.096 0.060 111 P 0.003 0.005 0.006 0.026 0.054 0.081 0.183 0.204 0.200 0.143 0.095 112 K 0.004 0.015 0.024 0.102 0.152 0.181 0.226 0.154 0.080 0.040 0.021 113 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.015 0.093 0.204 0.257 0.249 0.172 114 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.028 0.085 0.173 0.285 0.420 115 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.043 0.119 0.254 0.319 0.255 116 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.064 0.144 0.224 0.266 0.282 117 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.039 0.105 0.211 0.336 0.298 118 R 0.001 0.003 0.004 0.035 0.083 0.124 0.248 0.223 0.159 0.078 0.042 119 S 0.004 0.014 0.011 0.043 0.071 0.098 0.205 0.200 0.178 0.117 0.059 120 A 0.158 0.103 0.078 0.246 0.183 0.102 0.071 0.031 0.016 0.009 0.004 121 S 0.156 0.103 0.038 0.133 0.108 0.093 0.162 0.085 0.065 0.037 0.019 122 Q 0.053 0.039 0.013 0.047 0.066 0.086 0.149 0.161 0.165 0.142 0.080 123 D 0.140 0.521 0.061 0.111 0.058 0.043 0.031 0.013 0.010 0.006 0.004 124 P 0.141 0.179 0.051 0.169 0.165 0.127 0.093 0.035 0.023 0.012 0.005 125 E 0.931 0.043 0.010 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.044 0.107 0.080 0.275 0.199 0.143 0.101 0.028 0.015 0.005 0.003 127 L 0.003 0.003 0.006 0.012 0.020 0.059 0.192 0.229 0.225 0.164 0.088 128 R 0.030 0.031 0.147 0.263 0.233 0.174 0.089 0.022 0.008 0.003 0.001 129 A 0.015 0.055 0.700 0.139 0.053 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 130 K 0.001 0.002 0.007 0.013 0.020 0.063 0.220 0.209 0.207 0.166 0.093 131 M 0.001 0.001 0.006 0.013 0.033 0.078 0.229 0.210 0.203 0.147 0.078 132 G 0.021 0.057 0.567 0.188 0.098 0.045 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 133 I 0.003 0.016 0.073 0.159 0.196 0.221 0.210 0.071 0.033 0.014 0.005 134 Y 0.002 0.001 0.004 0.003 0.003 0.005 0.031 0.084 0.206 0.318 0.342 135 L 0.002 0.004 0.022 0.069 0.125 0.223 0.278 0.136 0.077 0.039 0.024 136 R 0.012 0.040 0.543 0.179 0.099 0.059 0.036 0.016 0.010 0.005 0.003 137 N 0.009 0.010 0.012 0.035 0.052 0.135 0.323 0.171 0.119 0.086 0.048 138 G 0.347 0.188 0.071 0.115 0.061 0.049 0.065 0.035 0.033 0.022 0.014 139 V 0.005 0.009 0.007 0.020 0.020 0.025 0.065 0.095 0.176 0.243 0.334 140 L 0.031 0.113 0.111 0.244 0.209 0.136 0.088 0.033 0.019 0.009 0.006 141 L 0.005 0.009 0.007 0.033 0.054 0.085 0.240 0.217 0.188 0.110 0.053 142 G 0.002 0.005 0.005 0.036 0.068 0.135 0.217 0.186 0.152 0.109 0.084 143 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.014 0.065 0.148 0.274 0.283 0.200 144 L 0.001 0.002 0.003 0.021 0.030 0.053 0.143 0.192 0.230 0.194 0.130 145 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.011 0.049 0.109 0.243 0.301 0.273 146 D 0.004 0.015 0.008 0.088 0.144 0.152 0.237 0.181 0.114 0.041 0.017 147 P 0.072 0.103 0.036 0.129 0.112 0.126 0.158 0.115 0.082 0.048 0.019 148 Y 0.150 0.151 0.068 0.282 0.190 0.087 0.047 0.015 0.007 0.002 0.001 149 A 0.216 0.164 0.058 0.202 0.130 0.080 0.066 0.039 0.024 0.012 0.010 150 R 0.065 0.100 0.045 0.207 0.176 0.148 0.141 0.068 0.032 0.014 0.004 151 A 0.024 0.093 0.043 0.264 0.228 0.192 0.108 0.030 0.012 0.004 0.001 152 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.039 0.105 0.237 0.310 0.298 153 E 0.008 0.049 0.041 0.317 0.297 0.160 0.085 0.025 0.011 0.004 0.002 154 V 0.002 0.010 0.007 0.026 0.037 0.049 0.140 0.176 0.242 0.197 0.114 155 F 0.003 0.008 0.008 0.059 0.106 0.137 0.227 0.174 0.156 0.082 0.040 156 R 0.015 0.066 0.025 0.158 0.204 0.161 0.202 0.093 0.050 0.020 0.006 157 P 0.083 0.092 0.040 0.203 0.184 0.132 0.129 0.073 0.041 0.018 0.004 158 G 0.514 0.171 0.039 0.114 0.066 0.041 0.031 0.013 0.007 0.003 0.001 159 K 0.450 0.296 0.051 0.113 0.045 0.021 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 160 P 0.312 0.202 0.034 0.111 0.086 0.082 0.070 0.045 0.032 0.018 0.007 161 P 0.317 0.227 0.074 0.186 0.101 0.049 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 162 L 0.040 0.044 0.028 0.077 0.100 0.117 0.216 0.152 0.128 0.069 0.028 163 R 0.027 0.076 0.096 0.288 0.211 0.129 0.094 0.041 0.023 0.010 0.004 164 L 0.010 0.013 0.013 0.044 0.069 0.098 0.194 0.188 0.172 0.121 0.076 165 E 0.076 0.154 0.176 0.222 0.160 0.096 0.067 0.027 0.014 0.006 0.003 166 G 0.203 0.196 0.055 0.146 0.107 0.087 0.097 0.049 0.031 0.020 0.009 167 V 0.253 0.135 0.051 0.140 0.113 0.087 0.086 0.053 0.040 0.027 0.015 168 E 0.257 0.203 0.093 0.141 0.097 0.067 0.065 0.031 0.024 0.014 0.009 169 R 0.081 0.115 0.091 0.241 0.165 0.109 0.095 0.047 0.030 0.017 0.008 170 V 0.065 0.042 0.025 0.063 0.074 0.098 0.168 0.149 0.143 0.107 0.066 171 S 0.205 0.178 0.128 0.187 0.105 0.069 0.062 0.028 0.020 0.011 0.007 172 L 0.041 0.034 0.030 0.062 0.071 0.104 0.159 0.138 0.141 0.120 0.100 173 D 0.083 0.197 0.061 0.162 0.134 0.099 0.105 0.064 0.048 0.029 0.019 174 P 0.608 0.109 0.056 0.076 0.048 0.034 0.027 0.015 0.013 0.009 0.006 175 E 0.132 0.134 0.046 0.192 0.177 0.122 0.111 0.042 0.025 0.013 0.007 176 L 0.008 0.011 0.010 0.027 0.036 0.053 0.101 0.146 0.211 0.198 0.201 177 P 0.075 0.090 0.068 0.195 0.180 0.148 0.125 0.057 0.034 0.018 0.011 178 G 0.283 0.172 0.139 0.176 0.103 0.064 0.037 0.014 0.007 0.003 0.002 179 F 0.005 0.006 0.005 0.018 0.032 0.055 0.152 0.208 0.211 0.182 0.127 180 A 0.133 0.192 0.100 0.271 0.153 0.078 0.044 0.013 0.008 0.004 0.004 181 L 0.003 0.003 0.003 0.008 0.013 0.024 0.087 0.135 0.242 0.243 0.239 182 S 0.173 0.260 0.083 0.211 0.120 0.065 0.051 0.018 0.010 0.006 0.004 183 L 0.012 0.018 0.007 0.028 0.038 0.052 0.121 0.145 0.198 0.196 0.184 184 P 0.228 0.224 0.070 0.169 0.123 0.082 0.056 0.022 0.014 0.007 0.005 185 P 0.393 0.172 0.075 0.172 0.088 0.047 0.030 0.012 0.007 0.004 0.002 186 L 0.053 0.040 0.021 0.063 0.071 0.088 0.160 0.135 0.147 0.125 0.098 187 W 0.073 0.076 0.043 0.123 0.124 0.118 0.133 0.102 0.095 0.065 0.048