# TARGET T0273 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0273.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 402 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.985 2 P 0.099 0.023 0.004 0.022 0.006 0.008 0.837 3 L 0.267 0.031 0.030 0.047 0.093 0.019 0.514 4 V 0.339 0.020 0.094 0.058 0.055 0.034 0.400 5 L 0.189 0.044 0.092 0.065 0.111 0.027 0.472 6 D 0.078 0.016 0.113 0.041 0.152 0.078 0.523 7 L 0.028 0.009 0.066 0.038 0.166 0.255 0.438 8 A 0.020 0.037 0.045 0.021 0.395 0.146 0.337 9 R 0.032 0.006 0.004 0.002 0.670 0.026 0.260 10 P 0.039 0.017 0.003 0.002 0.077 0.044 0.818 11 V 0.047 0.098 0.001 0.001 0.120 0.004 0.730 12 S 0.011 0.025 0.001 0.002 0.049 0.001 0.914 13 E 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.015 0.984 0.001 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.011 0.982 0.001 0.004 0.001 17 R 0.001 0.001 0.022 0.895 0.002 0.077 0.002 18 R 0.001 0.001 0.023 0.699 0.003 0.269 0.006 19 L 0.005 0.003 0.055 0.611 0.037 0.127 0.163 20 S 0.011 0.010 0.168 0.379 0.084 0.138 0.210 21 E 0.008 0.008 0.158 0.306 0.061 0.326 0.133 22 L 0.009 0.012 0.060 0.271 0.249 0.202 0.196 23 N 0.010 0.003 0.010 0.018 0.273 0.034 0.652 24 P 0.005 0.003 0.043 0.034 0.095 0.745 0.076 25 G 0.027 0.004 0.050 0.010 0.116 0.717 0.076 26 Y 0.253 0.013 0.037 0.010 0.117 0.044 0.526 27 Q 0.684 0.019 0.007 0.010 0.036 0.012 0.232 28 W 0.862 0.012 0.004 0.012 0.016 0.005 0.088 29 E 0.902 0.009 0.001 0.006 0.011 0.004 0.066 30 R 0.761 0.024 0.001 0.005 0.022 0.006 0.181 31 S 0.201 0.009 0.001 0.001 0.038 0.005 0.746 32 P 0.091 0.005 0.018 0.002 0.094 0.622 0.169 33 E 0.016 0.001 0.010 0.001 0.276 0.644 0.052 34 G 0.335 0.002 0.013 0.002 0.312 0.113 0.222 35 R 0.906 0.014 0.001 0.001 0.004 0.002 0.073 36 L 0.966 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 37 W 0.874 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.116 38 V 0.303 0.005 0.001 0.001 0.041 0.006 0.645 39 S 0.143 0.017 0.001 0.001 0.107 0.012 0.721 40 P 0.052 0.018 0.006 0.001 0.251 0.109 0.563 41 T 0.044 0.020 0.010 0.003 0.213 0.208 0.503 42 G 0.040 0.035 0.020 0.015 0.285 0.113 0.492 43 G 0.022 0.010 0.052 0.091 0.235 0.181 0.408 44 E 0.026 0.021 0.093 0.236 0.150 0.247 0.227 45 S 0.029 0.022 0.064 0.398 0.095 0.212 0.181 46 G 0.028 0.007 0.014 0.565 0.108 0.127 0.151 47 R 0.023 0.003 0.006 0.849 0.026 0.024 0.070 48 R 0.023 0.004 0.003 0.930 0.009 0.009 0.022 49 S 0.011 0.001 0.001 0.965 0.003 0.007 0.012 50 L 0.011 0.001 0.001 0.971 0.006 0.004 0.007 51 Q 0.008 0.001 0.001 0.980 0.003 0.003 0.005 52 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 56 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.005 0.001 57 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 58 R 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.009 0.001 59 W 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.010 0.003 60 N 0.001 0.001 0.005 0.972 0.003 0.012 0.006 61 E 0.001 0.001 0.014 0.929 0.003 0.051 0.002 62 E 0.001 0.001 0.019 0.819 0.006 0.152 0.005 63 R 0.001 0.001 0.020 0.402 0.024 0.524 0.028 64 G 0.006 0.004 0.012 0.039 0.060 0.691 0.187 65 L 0.060 0.012 0.015 0.017 0.139 0.074 0.684 66 G 0.311 0.018 0.026 0.010 0.153 0.064 0.419 67 V 0.661 0.022 0.009 0.007 0.049 0.011 0.242 68 V 0.828 0.015 0.004 0.002 0.019 0.004 0.127 69 F 0.843 0.027 0.004 0.002 0.014 0.004 0.105 70 D 0.568 0.011 0.010 0.002 0.054 0.031 0.324 71 S 0.248 0.007 0.031 0.002 0.237 0.306 0.169 72 S 0.284 0.008 0.038 0.002 0.179 0.244 0.246 73 T 0.478 0.010 0.023 0.002 0.092 0.048 0.347 74 G 0.830 0.017 0.004 0.001 0.014 0.012 0.122 75 F 0.941 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.048 76 K 0.908 0.040 0.001 0.001 0.005 0.001 0.046 77 F 0.430 0.028 0.001 0.001 0.018 0.003 0.521 78 P 0.080 0.006 0.007 0.001 0.157 0.311 0.438 79 D 0.004 0.002 0.010 0.001 0.092 0.851 0.040 80 G 0.007 0.002 0.028 0.001 0.463 0.357 0.142 81 S 0.018 0.024 0.023 0.001 0.235 0.063 0.636 82 I 0.161 0.126 0.016 0.001 0.182 0.059 0.456 83 L 0.274 0.035 0.008 0.001 0.142 0.019 0.520 84 S 0.361 0.026 0.004 0.001 0.117 0.014 0.477 85 P 0.338 0.008 0.004 0.001 0.039 0.010 0.602 86 D 0.451 0.006 0.005 0.001 0.331 0.011 0.197 87 A 0.950 0.001 0.003 0.001 0.007 0.004 0.035 88 A 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 89 F 0.993 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 90 V 0.959 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.033 91 E 0.789 0.002 0.001 0.003 0.025 0.018 0.161 92 R 0.189 0.006 0.014 0.028 0.440 0.112 0.211 93 G 0.099 0.023 0.056 0.066 0.319 0.107 0.331 94 A 0.058 0.013 0.135 0.085 0.156 0.129 0.423 95 W 0.016 0.008 0.408 0.286 0.035 0.086 0.162 96 E 0.008 0.002 0.365 0.424 0.035 0.105 0.061 97 A 0.006 0.002 0.223 0.590 0.012 0.115 0.053 98 L 0.018 0.012 0.099 0.613 0.035 0.105 0.118 99 S 0.017 0.004 0.071 0.552 0.040 0.127 0.188 100 E 0.009 0.002 0.084 0.656 0.054 0.134 0.062 101 A 0.013 0.005 0.092 0.600 0.046 0.166 0.077 102 E 0.027 0.012 0.089 0.564 0.059 0.143 0.106 103 R 0.056 0.026 0.071 0.440 0.104 0.097 0.207 104 E 0.026 0.010 0.065 0.256 0.084 0.466 0.093 105 G 0.015 0.008 0.042 0.074 0.124 0.590 0.147 106 F 0.026 0.021 0.030 0.035 0.198 0.068 0.622 107 P 0.033 0.019 0.042 0.015 0.122 0.064 0.705 108 P 0.042 0.017 0.065 0.013 0.139 0.149 0.575 109 L 0.069 0.036 0.063 0.015 0.180 0.095 0.542 110 A 0.057 0.013 0.008 0.002 0.104 0.008 0.809 111 P 0.113 0.005 0.017 0.001 0.070 0.030 0.764 112 K 0.450 0.009 0.014 0.001 0.272 0.032 0.223 113 A 0.957 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.036 114 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 115 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 117 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 118 R 0.721 0.017 0.001 0.001 0.064 0.002 0.195 119 S 0.163 0.022 0.001 0.001 0.056 0.004 0.754 120 A 0.010 0.001 0.022 0.002 0.117 0.793 0.055 121 S 0.002 0.004 0.024 0.003 0.125 0.776 0.066 122 Q 0.007 0.012 0.011 0.006 0.708 0.073 0.182 123 D 0.004 0.014 0.001 0.004 0.367 0.005 0.604 124 P 0.001 0.001 0.042 0.897 0.005 0.042 0.012 125 E 0.001 0.001 0.030 0.947 0.002 0.019 0.002 126 E 0.001 0.001 0.026 0.957 0.001 0.010 0.005 127 L 0.001 0.001 0.009 0.978 0.001 0.009 0.002 128 R 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.012 0.001 129 A 0.001 0.001 0.006 0.968 0.001 0.023 0.002 130 K 0.001 0.001 0.005 0.970 0.001 0.017 0.007 131 M 0.001 0.001 0.003 0.985 0.002 0.007 0.003 132 G 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 133 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 134 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 135 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.006 0.001 136 R 0.001 0.001 0.007 0.929 0.001 0.062 0.001 137 N 0.001 0.001 0.008 0.095 0.004 0.891 0.001 138 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.986 0.004 139 V 0.026 0.002 0.001 0.001 0.021 0.002 0.949 140 L 0.435 0.008 0.001 0.001 0.073 0.001 0.483 141 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 142 G 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 143 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 145 V 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 146 D 0.300 0.003 0.001 0.001 0.037 0.003 0.656 147 P 0.017 0.001 0.053 0.006 0.103 0.795 0.025 148 Y 0.019 0.002 0.063 0.004 0.066 0.828 0.019 149 A 0.056 0.009 0.142 0.004 0.266 0.192 0.333 150 R 0.263 0.009 0.016 0.003 0.271 0.063 0.374 151 A 0.873 0.011 0.004 0.001 0.020 0.007 0.084 152 V 0.962 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 153 E 0.980 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.014 154 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 155 F 0.946 0.008 0.001 0.001 0.008 0.003 0.033 156 R 0.744 0.017 0.001 0.001 0.033 0.004 0.200 157 P 0.161 0.008 0.007 0.001 0.199 0.308 0.316 158 G 0.043 0.006 0.008 0.001 0.311 0.440 0.191 159 K 0.034 0.006 0.007 0.001 0.541 0.050 0.361 160 P 0.055 0.008 0.012 0.001 0.163 0.045 0.715 161 P 0.234 0.026 0.032 0.004 0.193 0.060 0.451 162 L 0.720 0.018 0.014 0.004 0.043 0.014 0.186 163 R 0.915 0.011 0.002 0.005 0.005 0.003 0.059 164 L 0.914 0.009 0.002 0.005 0.006 0.003 0.062 165 E 0.742 0.007 0.003 0.007 0.024 0.035 0.182 166 G 0.313 0.005 0.005 0.008 0.118 0.119 0.432 167 V 0.158 0.006 0.030 0.012 0.174 0.190 0.428 168 E 0.202 0.011 0.075 0.020 0.184 0.181 0.327 169 R 0.468 0.022 0.055 0.017 0.073 0.074 0.291 170 V 0.542 0.022 0.010 0.015 0.071 0.016 0.324 171 S 0.568 0.022 0.009 0.031 0.074 0.039 0.256 172 L 0.337 0.080 0.014 0.025 0.162 0.043 0.340 173 D 0.069 0.026 0.013 0.004 0.083 0.011 0.794 174 P 0.004 0.001 0.119 0.006 0.036 0.820 0.014 175 E 0.005 0.009 0.109 0.017 0.042 0.790 0.028 176 L 0.021 0.008 0.100 0.009 0.400 0.037 0.425 177 P 0.012 0.007 0.028 0.019 0.183 0.627 0.124 178 G 0.064 0.008 0.050 0.005 0.111 0.704 0.059 179 F 0.382 0.036 0.008 0.008 0.035 0.008 0.523 180 A 0.816 0.012 0.002 0.002 0.008 0.003 0.157 181 L 0.831 0.019 0.001 0.001 0.007 0.001 0.142 182 S 0.577 0.010 0.001 0.001 0.018 0.001 0.393 183 L 0.147 0.005 0.143 0.033 0.047 0.011 0.613 184 P 0.028 0.004 0.473 0.021 0.063 0.028 0.384 185 P 0.014 0.004 0.624 0.034 0.046 0.070 0.207 186 L 0.031 0.025 0.303 0.065 0.046 0.101 0.429 187 W 0.022 0.008 0.061 0.060 0.079 0.052 0.718