# TARGET T0273 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0273.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 402 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.262 0.415 0.008 0.053 0.024 0.026 0.001 0.169 0.003 0.001 2 P 0.268 0.015 0.607 0.018 0.001 0.041 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 3 L 0.212 0.305 0.342 0.043 0.031 0.039 0.004 0.002 0.021 0.001 0.001 4 V 0.192 0.301 0.291 0.102 0.014 0.061 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 5 L 0.146 0.294 0.384 0.045 0.035 0.035 0.010 0.002 0.047 0.003 0.001 6 D 0.215 0.100 0.434 0.073 0.034 0.070 0.033 0.009 0.024 0.007 0.002 7 L 0.397 0.085 0.167 0.206 0.027 0.036 0.050 0.012 0.014 0.004 0.002 8 A 0.271 0.118 0.269 0.242 0.028 0.027 0.020 0.010 0.011 0.002 0.002 9 R 0.063 0.257 0.458 0.006 0.061 0.011 0.020 0.002 0.117 0.006 0.001 10 P 0.137 0.012 0.681 0.017 0.001 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.111 11 V 0.052 0.367 0.422 0.061 0.052 0.033 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 12 S 0.003 0.156 0.724 0.001 0.070 0.024 0.001 0.001 0.019 0.002 0.001 13 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 R 0.945 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.861 0.006 0.046 0.072 0.001 0.003 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 20 S 0.806 0.010 0.074 0.078 0.005 0.005 0.007 0.008 0.002 0.003 0.001 21 E 0.790 0.012 0.086 0.086 0.006 0.006 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 22 L 0.434 0.035 0.109 0.378 0.011 0.019 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 23 N 0.031 0.132 0.364 0.015 0.026 0.043 0.026 0.001 0.360 0.002 0.001 24 P 0.608 0.004 0.315 0.044 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 25 G 0.327 0.015 0.082 0.134 0.044 0.004 0.020 0.315 0.002 0.057 0.001 26 Y 0.175 0.183 0.407 0.128 0.043 0.035 0.007 0.002 0.018 0.001 0.001 27 Q 0.113 0.458 0.305 0.039 0.035 0.026 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 28 W 0.071 0.660 0.117 0.033 0.082 0.017 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 29 E 0.040 0.726 0.110 0.015 0.077 0.017 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 30 R 0.025 0.541 0.267 0.024 0.045 0.073 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 31 S 0.005 0.277 0.406 0.002 0.064 0.018 0.004 0.001 0.219 0.004 0.001 32 P 0.790 0.005 0.156 0.011 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 33 E 0.139 0.014 0.079 0.725 0.005 0.007 0.019 0.006 0.005 0.001 0.001 34 G 0.005 0.006 0.069 0.011 0.076 0.001 0.053 0.546 0.001 0.231 0.001 35 R 0.030 0.410 0.472 0.011 0.025 0.024 0.006 0.001 0.018 0.001 0.003 36 L 0.018 0.294 0.591 0.005 0.004 0.065 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 37 W 0.041 0.547 0.207 0.053 0.042 0.070 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 38 V 0.020 0.434 0.307 0.022 0.073 0.059 0.016 0.001 0.064 0.002 0.001 39 S 0.025 0.132 0.662 0.002 0.049 0.019 0.011 0.002 0.075 0.017 0.005 40 P 0.141 0.007 0.705 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 41 T 0.188 0.109 0.422 0.184 0.020 0.037 0.013 0.006 0.015 0.002 0.004 42 G 0.057 0.035 0.214 0.029 0.206 0.005 0.033 0.134 0.007 0.278 0.001 43 G 0.360 0.014 0.159 0.038 0.061 0.004 0.020 0.104 0.003 0.232 0.004 44 E 0.611 0.034 0.104 0.195 0.010 0.019 0.009 0.005 0.006 0.003 0.004 45 S 0.358 0.092 0.168 0.275 0.041 0.012 0.029 0.007 0.010 0.006 0.001 46 G 0.555 0.014 0.075 0.059 0.035 0.006 0.041 0.143 0.003 0.066 0.001 47 R 0.861 0.039 0.051 0.028 0.006 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 48 R 0.939 0.016 0.019 0.017 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 S 0.961 0.014 0.007 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.982 0.005 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 Q 0.991 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 R 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 W 0.983 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.972 0.001 0.003 0.018 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.986 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.963 0.003 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.180 0.005 0.009 0.802 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 64 G 0.013 0.001 0.006 0.006 0.004 0.002 0.510 0.436 0.003 0.020 0.001 65 L 0.162 0.170 0.273 0.344 0.019 0.017 0.007 0.001 0.005 0.002 0.001 66 G 0.048 0.064 0.231 0.068 0.278 0.016 0.057 0.144 0.005 0.089 0.001 67 V 0.036 0.628 0.222 0.019 0.066 0.016 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 68 V 0.031 0.636 0.225 0.013 0.022 0.038 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 69 F 0.041 0.544 0.254 0.018 0.048 0.052 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 70 D 0.109 0.237 0.357 0.070 0.073 0.086 0.019 0.005 0.039 0.004 0.002 71 S 0.210 0.208 0.164 0.100 0.236 0.014 0.016 0.016 0.011 0.024 0.001 72 S 0.207 0.173 0.182 0.246 0.101 0.029 0.020 0.010 0.025 0.005 0.002 73 T 0.066 0.367 0.218 0.168 0.152 0.008 0.006 0.003 0.009 0.003 0.001 74 G 0.028 0.276 0.168 0.052 0.365 0.014 0.025 0.026 0.015 0.031 0.001 75 F 0.005 0.745 0.124 0.007 0.101 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 76 K 0.007 0.673 0.239 0.005 0.012 0.038 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 77 F 0.005 0.353 0.528 0.001 0.015 0.025 0.002 0.001 0.070 0.001 0.001 78 P 0.165 0.040 0.673 0.009 0.002 0.058 0.002 0.001 0.011 0.001 0.038 79 D 0.122 0.035 0.236 0.315 0.013 0.043 0.189 0.009 0.030 0.005 0.002 80 G 0.016 0.004 0.026 0.015 0.031 0.001 0.074 0.726 0.001 0.107 0.001 81 S 0.119 0.245 0.340 0.218 0.031 0.019 0.010 0.004 0.010 0.002 0.001 82 I 0.033 0.380 0.417 0.015 0.060 0.048 0.018 0.004 0.022 0.003 0.001 83 L 0.117 0.345 0.394 0.062 0.017 0.044 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 84 S 0.021 0.331 0.323 0.002 0.117 0.012 0.010 0.001 0.176 0.005 0.001 85 P 0.100 0.009 0.713 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 86 D 0.312 0.167 0.096 0.328 0.036 0.031 0.007 0.002 0.020 0.001 0.001 87 A 0.011 0.728 0.066 0.009 0.173 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 88 A 0.008 0.845 0.085 0.003 0.031 0.011 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 89 F 0.008 0.855 0.058 0.004 0.044 0.016 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 90 V 0.009 0.764 0.101 0.006 0.031 0.045 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 91 E 0.027 0.421 0.389 0.013 0.029 0.070 0.005 0.001 0.044 0.002 0.001 92 R 0.237 0.054 0.149 0.106 0.056 0.035 0.307 0.016 0.025 0.010 0.003 93 G 0.249 0.031 0.186 0.050 0.117 0.009 0.052 0.153 0.006 0.144 0.002 94 A 0.647 0.060 0.137 0.100 0.011 0.019 0.007 0.002 0.010 0.004 0.003 95 W 0.643 0.048 0.166 0.076 0.012 0.018 0.017 0.004 0.008 0.006 0.002 96 E 0.827 0.014 0.079 0.048 0.005 0.009 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 97 A 0.720 0.019 0.059 0.169 0.006 0.009 0.008 0.003 0.006 0.001 0.001 98 L 0.528 0.074 0.166 0.177 0.009 0.026 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 99 S 0.394 0.085 0.285 0.101 0.046 0.032 0.020 0.007 0.015 0.014 0.001 100 E 0.690 0.033 0.082 0.144 0.014 0.009 0.011 0.007 0.006 0.002 0.001 101 A 0.617 0.048 0.108 0.158 0.021 0.009 0.016 0.013 0.007 0.003 0.001 102 E 0.539 0.098 0.183 0.115 0.016 0.026 0.008 0.002 0.011 0.001 0.001 103 R 0.224 0.332 0.239 0.067 0.036 0.029 0.013 0.001 0.056 0.002 0.001 104 E 0.303 0.058 0.542 0.065 0.005 0.016 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 105 G 0.133 0.030 0.095 0.200 0.064 0.011 0.071 0.346 0.005 0.042 0.001 106 F 0.026 0.291 0.473 0.008 0.019 0.020 0.010 0.001 0.150 0.002 0.001 107 P 0.033 0.015 0.913 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.004 0.003 0.016 108 P 0.143 0.007 0.657 0.022 0.001 0.094 0.001 0.001 0.004 0.001 0.071 109 L 0.078 0.319 0.448 0.031 0.045 0.030 0.008 0.002 0.035 0.001 0.003 110 A 0.045 0.065 0.797 0.004 0.008 0.027 0.007 0.002 0.038 0.005 0.003 111 P 0.088 0.017 0.832 0.010 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 112 K 0.157 0.218 0.329 0.163 0.049 0.047 0.009 0.002 0.022 0.001 0.003 113 A 0.004 0.669 0.247 0.004 0.056 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 114 V 0.003 0.899 0.055 0.003 0.015 0.011 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 115 F 0.001 0.845 0.088 0.001 0.034 0.012 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 116 E 0.001 0.683 0.206 0.001 0.008 0.072 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 117 V 0.002 0.515 0.339 0.001 0.010 0.091 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 118 R 0.172 0.270 0.209 0.235 0.034 0.066 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 119 S 0.001 0.228 0.163 0.001 0.571 0.008 0.001 0.001 0.024 0.002 0.001 120 A 0.800 0.006 0.016 0.164 0.002 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 121 S 0.496 0.071 0.077 0.288 0.046 0.009 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 122 Q 0.178 0.010 0.020 0.767 0.007 0.008 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 123 D 0.028 0.155 0.461 0.013 0.046 0.033 0.009 0.001 0.248 0.006 0.001 124 P 0.912 0.002 0.067 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 125 E 0.975 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 126 E 0.977 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.981 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 R 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 A 0.983 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 K 0.948 0.001 0.002 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 M 0.991 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 133 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 Y 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 L 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.982 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 N 0.221 0.002 0.009 0.758 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 138 G 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.200 0.779 0.001 0.006 0.001 139 V 0.012 0.392 0.533 0.007 0.014 0.032 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 140 L 0.029 0.082 0.790 0.004 0.001 0.088 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 141 L 0.236 0.325 0.066 0.309 0.032 0.018 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 142 G 0.002 0.508 0.033 0.002 0.434 0.002 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 143 V 0.001 0.893 0.073 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 144 L 0.003 0.629 0.287 0.001 0.005 0.054 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 145 V 0.006 0.745 0.132 0.011 0.027 0.050 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 146 D 0.002 0.131 0.322 0.001 0.043 0.154 0.004 0.001 0.343 0.001 0.001 147 P 0.918 0.001 0.011 0.057 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 148 Y 0.565 0.034 0.040 0.311 0.013 0.010 0.015 0.004 0.006 0.001 0.001 149 A 0.230 0.148 0.147 0.322 0.041 0.019 0.053 0.011 0.026 0.002 0.002 150 R 0.094 0.158 0.320 0.103 0.058 0.038 0.178 0.009 0.039 0.003 0.001 151 A 0.027 0.478 0.362 0.025 0.058 0.033 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 152 V 0.006 0.786 0.140 0.007 0.023 0.015 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 153 E 0.004 0.782 0.148 0.001 0.037 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 154 V 0.005 0.878 0.071 0.003 0.018 0.014 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 155 F 0.008 0.670 0.197 0.006 0.052 0.030 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 156 R 0.002 0.536 0.230 0.001 0.014 0.011 0.001 0.001 0.205 0.001 0.001 157 P 0.069 0.003 0.872 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 158 G 0.051 0.048 0.114 0.118 0.079 0.024 0.105 0.413 0.008 0.040 0.001 159 K 0.010 0.311 0.338 0.004 0.024 0.023 0.021 0.001 0.266 0.002 0.001 160 P 0.024 0.010 0.888 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.063 161 P 0.110 0.011 0.760 0.012 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 162 L 0.042 0.440 0.321 0.032 0.087 0.039 0.008 0.003 0.025 0.001 0.001 163 R 0.073 0.596 0.188 0.027 0.023 0.049 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 164 L 0.059 0.377 0.393 0.025 0.019 0.094 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 165 E 0.089 0.331 0.197 0.166 0.050 0.052 0.033 0.002 0.078 0.001 0.001 166 G 0.039 0.045 0.171 0.021 0.210 0.007 0.047 0.184 0.005 0.270 0.001 167 V 0.251 0.213 0.263 0.118 0.083 0.017 0.012 0.016 0.013 0.012 0.002 168 E 0.172 0.267 0.301 0.088 0.070 0.040 0.026 0.006 0.022 0.008 0.001 169 R 0.141 0.347 0.281 0.090 0.049 0.046 0.014 0.003 0.027 0.001 0.002 170 V 0.069 0.536 0.186 0.046 0.085 0.025 0.006 0.001 0.046 0.001 0.001 171 S 0.078 0.297 0.452 0.048 0.052 0.049 0.005 0.002 0.012 0.002 0.003 172 L 0.029 0.566 0.214 0.026 0.095 0.025 0.005 0.001 0.036 0.001 0.001 173 D 0.006 0.101 0.758 0.001 0.041 0.030 0.002 0.001 0.054 0.005 0.001 174 P 0.889 0.004 0.073 0.022 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 175 E 0.481 0.028 0.080 0.379 0.005 0.013 0.004 0.004 0.006 0.001 0.001 176 L 0.024 0.153 0.371 0.003 0.010 0.009 0.010 0.001 0.420 0.001 0.001 177 P 0.174 0.001 0.708 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 178 G 0.091 0.018 0.059 0.126 0.051 0.007 0.043 0.568 0.008 0.029 0.001 179 F 0.032 0.349 0.500 0.030 0.041 0.026 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 180 A 0.026 0.444 0.369 0.028 0.014 0.072 0.009 0.001 0.038 0.001 0.001 181 L 0.033 0.566 0.301 0.012 0.044 0.023 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 182 S 0.051 0.177 0.509 0.023 0.020 0.164 0.008 0.001 0.040 0.002 0.004 183 L 0.073 0.271 0.411 0.012 0.024 0.038 0.008 0.001 0.160 0.001 0.002 184 P 0.156 0.007 0.793 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.003 0.007 0.021 185 P 0.525 0.005 0.350 0.015 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 186 L 0.547 0.065 0.109 0.227 0.013 0.020 0.007 0.004 0.007 0.001 0.001 187 W 0.302 0.144 0.240 0.151 0.047 0.054 0.026 0.006 0.023 0.007 0.001