# TARGET T0273 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0273.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 402 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.420 0.225 0.012 0.217 0.004 0.009 0.031 0.012 0.009 0.012 2 P 0.111 0.365 0.077 0.003 0.332 0.004 0.014 0.037 0.023 0.014 0.022 3 L 0.157 0.230 0.061 0.005 0.379 0.009 0.027 0.044 0.030 0.026 0.032 4 V 0.216 0.167 0.051 0.008 0.349 0.011 0.022 0.050 0.028 0.040 0.058 5 L 0.058 0.330 0.200 0.045 0.175 0.020 0.029 0.047 0.033 0.041 0.022 6 D 0.087 0.281 0.137 0.026 0.255 0.018 0.031 0.070 0.037 0.032 0.027 7 L 0.065 0.102 0.036 0.010 0.127 0.013 0.031 0.162 0.206 0.188 0.060 8 A 0.082 0.177 0.108 0.029 0.186 0.024 0.056 0.082 0.081 0.124 0.051 9 R 0.036 0.389 0.182 0.013 0.204 0.008 0.043 0.072 0.026 0.016 0.013 10 P 0.143 0.284 0.176 0.003 0.193 0.004 0.008 0.037 0.020 0.055 0.076 11 V 0.040 0.529 0.129 0.006 0.248 0.004 0.006 0.010 0.003 0.009 0.016 12 S 0.005 0.707 0.253 0.001 0.029 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.866 0.132 0.002 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.022 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.002 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.031 0.001 0.001 17 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.908 0.082 0.006 0.001 18 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.832 0.092 0.048 0.001 19 L 0.003 0.012 0.006 0.001 0.008 0.003 0.026 0.679 0.198 0.063 0.003 20 S 0.020 0.075 0.023 0.009 0.039 0.010 0.042 0.456 0.270 0.047 0.009 21 E 0.024 0.013 0.006 0.006 0.021 0.013 0.103 0.452 0.208 0.137 0.017 22 L 0.039 0.178 0.137 0.037 0.113 0.059 0.143 0.080 0.053 0.124 0.038 23 N 0.308 0.096 0.055 0.018 0.256 0.007 0.009 0.024 0.016 0.044 0.166 24 P 0.029 0.107 0.056 0.029 0.062 0.038 0.089 0.224 0.260 0.090 0.015 25 G 0.029 0.056 0.040 0.037 0.036 0.025 0.029 0.053 0.091 0.557 0.048 26 Y 0.154 0.206 0.044 0.005 0.377 0.005 0.014 0.039 0.050 0.066 0.039 27 Q 0.175 0.131 0.033 0.005 0.384 0.007 0.025 0.075 0.067 0.047 0.052 28 W 0.289 0.148 0.030 0.002 0.392 0.003 0.006 0.026 0.018 0.032 0.054 29 E 0.092 0.338 0.049 0.002 0.468 0.002 0.004 0.015 0.004 0.009 0.017 30 R 0.101 0.332 0.052 0.003 0.398 0.003 0.006 0.018 0.007 0.042 0.037 31 S 0.025 0.148 0.722 0.012 0.064 0.001 0.002 0.015 0.006 0.001 0.003 32 P 0.003 0.014 0.029 0.020 0.004 0.066 0.221 0.540 0.096 0.006 0.001 33 E 0.001 0.695 0.178 0.060 0.018 0.004 0.019 0.007 0.003 0.011 0.004 34 G 0.027 0.018 0.019 0.014 0.011 0.006 0.001 0.002 0.009 0.508 0.384 35 R 0.013 0.639 0.064 0.001 0.261 0.001 0.002 0.009 0.007 0.003 0.001 36 L 0.515 0.044 0.006 0.001 0.393 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.035 37 W 0.119 0.195 0.095 0.058 0.351 0.053 0.069 0.016 0.009 0.013 0.022 38 V 0.132 0.269 0.148 0.020 0.318 0.007 0.008 0.011 0.006 0.025 0.055 39 S 0.059 0.405 0.293 0.015 0.196 0.003 0.003 0.006 0.002 0.004 0.014 40 P 0.058 0.305 0.168 0.029 0.148 0.029 0.040 0.085 0.059 0.050 0.030 41 T 0.052 0.257 0.171 0.050 0.149 0.041 0.088 0.082 0.044 0.040 0.026 42 G 0.031 0.165 0.155 0.117 0.069 0.063 0.062 0.086 0.071 0.146 0.035 43 G 0.026 0.060 0.153 0.161 0.031 0.074 0.038 0.129 0.084 0.194 0.049 44 E 0.060 0.089 0.044 0.023 0.085 0.032 0.062 0.286 0.127 0.141 0.050 45 S 0.043 0.210 0.098 0.035 0.102 0.020 0.019 0.285 0.074 0.083 0.030 46 G 0.018 0.030 0.017 0.017 0.029 0.024 0.024 0.563 0.137 0.117 0.023 47 R 0.022 0.043 0.016 0.004 0.042 0.007 0.018 0.720 0.075 0.043 0.011 48 R 0.011 0.009 0.003 0.001 0.011 0.001 0.004 0.861 0.067 0.026 0.007 49 S 0.002 0.005 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.945 0.029 0.004 0.001 50 L 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.944 0.027 0.005 0.001 51 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.969 0.017 0.004 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.031 0.008 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 54 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 55 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.020 0.002 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.047 0.005 0.001 57 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.933 0.060 0.001 0.001 58 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.945 0.028 0.011 0.001 59 W 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.926 0.041 0.009 0.001 60 N 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.875 0.083 0.021 0.002 61 E 0.002 0.010 0.005 0.001 0.002 0.002 0.031 0.816 0.123 0.005 0.001 62 E 0.005 0.015 0.011 0.005 0.010 0.014 0.157 0.680 0.068 0.031 0.005 63 R 0.004 0.689 0.237 0.004 0.058 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 64 G 0.106 0.007 0.010 0.025 0.013 0.014 0.007 0.023 0.015 0.360 0.419 65 L 0.101 0.382 0.068 0.030 0.223 0.015 0.022 0.034 0.031 0.059 0.036 66 G 0.082 0.114 0.064 0.133 0.176 0.089 0.023 0.060 0.068 0.123 0.068 67 V 0.216 0.182 0.028 0.004 0.488 0.004 0.011 0.022 0.013 0.011 0.021 68 V 0.321 0.111 0.025 0.005 0.419 0.006 0.011 0.019 0.007 0.019 0.056 69 F 0.152 0.260 0.093 0.028 0.312 0.018 0.015 0.021 0.011 0.035 0.055 70 D 0.149 0.163 0.099 0.065 0.250 0.027 0.017 0.042 0.036 0.080 0.072 71 S 0.043 0.108 0.098 0.047 0.060 0.036 0.059 0.179 0.204 0.134 0.032 72 S 0.081 0.136 0.071 0.020 0.142 0.017 0.067 0.118 0.124 0.182 0.041 73 T 0.112 0.308 0.086 0.010 0.283 0.005 0.014 0.028 0.042 0.067 0.046 74 G 0.161 0.165 0.105 0.017 0.240 0.017 0.019 0.034 0.038 0.100 0.105 75 F 0.192 0.230 0.048 0.002 0.456 0.002 0.005 0.010 0.008 0.013 0.035 76 K 0.151 0.262 0.095 0.005 0.409 0.004 0.007 0.012 0.007 0.017 0.031 77 F 0.056 0.405 0.349 0.009 0.146 0.002 0.004 0.010 0.004 0.004 0.011 78 P 0.029 0.162 0.217 0.135 0.074 0.114 0.063 0.124 0.051 0.017 0.013 79 D 0.007 0.092 0.107 0.156 0.026 0.142 0.247 0.116 0.069 0.030 0.010 80 G 0.026 0.030 0.033 0.046 0.027 0.014 0.007 0.023 0.054 0.563 0.177 81 S 0.081 0.270 0.059 0.004 0.348 0.003 0.014 0.051 0.076 0.070 0.024 82 I 0.124 0.274 0.058 0.003 0.370 0.004 0.012 0.038 0.040 0.051 0.027 83 L 0.247 0.172 0.077 0.008 0.396 0.003 0.008 0.010 0.009 0.017 0.054 84 S 0.085 0.177 0.186 0.047 0.194 0.048 0.105 0.089 0.025 0.017 0.028 85 P 0.153 0.277 0.123 0.009 0.297 0.005 0.005 0.012 0.013 0.036 0.070 86 D 0.182 0.046 0.014 0.032 0.232 0.083 0.145 0.101 0.053 0.052 0.059 87 A 0.214 0.113 0.024 0.006 0.546 0.006 0.007 0.018 0.015 0.021 0.030 88 A 0.191 0.104 0.005 0.002 0.666 0.002 0.003 0.004 0.002 0.003 0.018 89 F 0.290 0.075 0.009 0.001 0.523 0.001 0.002 0.007 0.003 0.020 0.068 90 V 0.196 0.226 0.067 0.019 0.315 0.017 0.016 0.026 0.009 0.030 0.080 91 E 0.101 0.151 0.087 0.097 0.182 0.095 0.110 0.067 0.023 0.046 0.039 92 R 0.032 0.099 0.119 0.156 0.057 0.084 0.073 0.090 0.080 0.156 0.055 93 G 0.023 0.076 0.191 0.207 0.037 0.058 0.031 0.067 0.063 0.208 0.039 94 A 0.023 0.275 0.182 0.035 0.074 0.014 0.024 0.170 0.093 0.097 0.013 95 W 0.028 0.147 0.047 0.009 0.077 0.010 0.026 0.402 0.193 0.042 0.018 96 E 0.016 0.046 0.021 0.008 0.034 0.020 0.048 0.551 0.208 0.037 0.012 97 A 0.029 0.029 0.016 0.005 0.035 0.011 0.050 0.482 0.136 0.185 0.021 98 L 0.099 0.142 0.048 0.011 0.139 0.011 0.021 0.260 0.077 0.139 0.053 99 S 0.021 0.159 0.110 0.044 0.061 0.025 0.031 0.322 0.108 0.104 0.016 100 E 0.017 0.033 0.023 0.007 0.032 0.007 0.026 0.486 0.252 0.102 0.015 101 A 0.027 0.078 0.029 0.007 0.065 0.008 0.034 0.486 0.179 0.070 0.016 102 E 0.057 0.064 0.021 0.009 0.077 0.012 0.052 0.340 0.154 0.170 0.044 103 R 0.051 0.175 0.139 0.029 0.142 0.017 0.033 0.218 0.109 0.064 0.023 104 E 0.019 0.121 0.079 0.037 0.053 0.098 0.202 0.246 0.089 0.045 0.011 105 G 0.042 0.060 0.078 0.041 0.059 0.019 0.031 0.090 0.085 0.427 0.066 106 F 0.092 0.257 0.174 0.042 0.160 0.024 0.027 0.084 0.042 0.059 0.038 107 P 0.017 0.285 0.295 0.111 0.104 0.028 0.034 0.075 0.028 0.016 0.008 108 P 0.066 0.164 0.177 0.052 0.103 0.038 0.040 0.133 0.088 0.101 0.038 109 L 0.039 0.285 0.388 0.024 0.119 0.009 0.028 0.039 0.025 0.029 0.015 110 A 0.052 0.437 0.226 0.016 0.167 0.014 0.023 0.025 0.008 0.012 0.019 111 P 0.128 0.288 0.112 0.008 0.363 0.007 0.010 0.013 0.016 0.024 0.031 112 K 0.084 0.039 0.011 0.017 0.173 0.155 0.350 0.084 0.039 0.026 0.021 113 A 0.239 0.108 0.013 0.003 0.603 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 114 V 0.257 0.030 0.001 0.001 0.691 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 115 F 0.210 0.066 0.006 0.001 0.694 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 116 E 0.275 0.108 0.006 0.001 0.556 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.048 117 V 0.260 0.174 0.013 0.001 0.476 0.002 0.006 0.004 0.001 0.012 0.051 118 R 0.106 0.227 0.074 0.019 0.375 0.020 0.017 0.016 0.017 0.062 0.068 119 S 0.051 0.272 0.428 0.020 0.150 0.003 0.007 0.030 0.022 0.007 0.011 120 A 0.004 0.010 0.007 0.005 0.006 0.019 0.110 0.475 0.309 0.050 0.005 121 S 0.009 0.617 0.140 0.011 0.132 0.005 0.024 0.016 0.011 0.028 0.007 122 Q 0.055 0.055 0.059 0.022 0.049 0.020 0.024 0.015 0.019 0.357 0.325 123 D 0.124 0.319 0.199 0.004 0.256 0.001 0.003 0.016 0.005 0.016 0.057 124 P 0.011 0.042 0.009 0.001 0.029 0.001 0.001 0.597 0.287 0.018 0.005 125 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.872 0.108 0.006 0.001 126 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.938 0.038 0.014 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.031 0.008 0.001 128 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.042 0.005 0.001 129 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.947 0.032 0.004 0.001 130 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.944 0.028 0.013 0.001 131 M 0.005 0.026 0.005 0.001 0.012 0.001 0.004 0.891 0.044 0.009 0.001 132 G 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.912 0.052 0.016 0.002 133 I 0.002 0.010 0.005 0.001 0.005 0.002 0.006 0.931 0.033 0.004 0.001 134 Y 0.003 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.004 0.908 0.053 0.016 0.002 135 L 0.005 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.014 0.801 0.154 0.009 0.002 136 R 0.003 0.004 0.003 0.002 0.003 0.006 0.073 0.733 0.138 0.034 0.002 137 N 0.001 0.628 0.317 0.007 0.032 0.001 0.004 0.005 0.002 0.003 0.001 138 G 0.073 0.004 0.004 0.006 0.007 0.004 0.004 0.008 0.016 0.440 0.434 139 V 0.070 0.498 0.108 0.001 0.308 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 140 L 0.098 0.231 0.043 0.019 0.447 0.045 0.051 0.020 0.009 0.013 0.022 141 L 0.502 0.027 0.005 0.005 0.383 0.006 0.011 0.002 0.003 0.005 0.050 142 G 0.098 0.101 0.013 0.004 0.769 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 143 V 0.120 0.049 0.001 0.001 0.818 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 144 L 0.365 0.040 0.003 0.001 0.523 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.063 145 V 0.075 0.362 0.094 0.021 0.295 0.019 0.036 0.008 0.004 0.039 0.047 146 D 0.161 0.166 0.074 0.002 0.575 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 147 P 0.004 0.006 0.003 0.001 0.003 0.003 0.009 0.278 0.664 0.023 0.004 148 Y 0.006 0.018 0.013 0.011 0.010 0.029 0.315 0.227 0.185 0.177 0.008 149 A 0.061 0.532 0.071 0.007 0.251 0.002 0.006 0.006 0.006 0.043 0.016 150 R 0.216 0.099 0.044 0.011 0.170 0.012 0.016 0.025 0.028 0.160 0.220 151 A 0.193 0.206 0.051 0.007 0.474 0.007 0.012 0.010 0.007 0.009 0.024 152 V 0.279 0.079 0.007 0.002 0.609 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.016 153 E 0.192 0.112 0.012 0.002 0.643 0.002 0.005 0.004 0.002 0.003 0.024 154 V 0.359 0.095 0.018 0.002 0.448 0.003 0.005 0.005 0.002 0.009 0.054 155 F 0.123 0.291 0.097 0.039 0.317 0.019 0.022 0.012 0.007 0.026 0.047 156 R 0.056 0.272 0.392 0.062 0.159 0.010 0.004 0.007 0.006 0.012 0.021 157 P 0.010 0.068 0.037 0.082 0.030 0.192 0.241 0.209 0.108 0.019 0.006 158 G 0.025 0.026 0.049 0.084 0.026 0.042 0.039 0.036 0.092 0.518 0.063 159 K 0.068 0.272 0.286 0.048 0.157 0.014 0.033 0.019 0.017 0.055 0.029 160 P 0.073 0.349 0.172 0.020 0.266 0.008 0.013 0.030 0.020 0.019 0.030 161 P 0.172 0.187 0.047 0.007 0.330 0.015 0.036 0.046 0.071 0.041 0.048 162 L 0.246 0.168 0.026 0.002 0.485 0.002 0.006 0.009 0.008 0.016 0.032 163 R 0.181 0.204 0.033 0.002 0.539 0.002 0.004 0.008 0.003 0.006 0.017 164 L 0.390 0.097 0.026 0.008 0.350 0.012 0.013 0.009 0.005 0.018 0.071 165 E 0.059 0.115 0.080 0.198 0.111 0.154 0.108 0.061 0.034 0.042 0.037 166 G 0.097 0.149 0.152 0.121 0.148 0.035 0.018 0.038 0.042 0.126 0.074 167 V 0.084 0.140 0.049 0.045 0.160 0.033 0.033 0.084 0.134 0.182 0.057 168 E 0.084 0.153 0.083 0.037 0.193 0.032 0.066 0.124 0.107 0.081 0.039 169 R 0.171 0.134 0.033 0.009 0.275 0.013 0.041 0.069 0.074 0.110 0.071 170 V 0.145 0.231 0.056 0.007 0.396 0.006 0.011 0.028 0.032 0.047 0.042 171 S 0.219 0.154 0.043 0.002 0.437 0.004 0.014 0.036 0.021 0.028 0.041 172 L 0.048 0.367 0.214 0.026 0.181 0.010 0.019 0.037 0.029 0.044 0.025 173 D 0.189 0.185 0.044 0.002 0.507 0.001 0.004 0.018 0.009 0.003 0.037 174 P 0.010 0.017 0.004 0.001 0.017 0.002 0.006 0.238 0.672 0.031 0.004 175 E 0.021 0.025 0.009 0.003 0.027 0.007 0.068 0.184 0.242 0.385 0.027 176 L 0.166 0.277 0.132 0.012 0.256 0.004 0.006 0.029 0.023 0.049 0.046 177 P 0.003 0.020 0.020 0.035 0.009 0.154 0.487 0.176 0.080 0.013 0.004 178 G 0.061 0.034 0.027 0.010 0.055 0.009 0.010 0.032 0.128 0.502 0.133 179 F 0.136 0.268 0.053 0.003 0.485 0.002 0.002 0.006 0.007 0.009 0.030 180 A 0.252 0.064 0.011 0.002 0.506 0.003 0.017 0.016 0.010 0.024 0.096 181 L 0.180 0.220 0.029 0.002 0.481 0.002 0.004 0.009 0.012 0.018 0.043 182 S 0.250 0.149 0.051 0.004 0.392 0.003 0.012 0.016 0.014 0.044 0.066 183 L 0.047 0.383 0.242 0.026 0.136 0.005 0.009 0.051 0.041 0.038 0.022 184 P 0.019 0.425 0.170 0.021 0.113 0.012 0.025 0.129 0.068 0.009 0.007 185 P 0.045 0.076 0.026 0.006 0.069 0.015 0.059 0.382 0.250 0.046 0.027 186 L 0.036 0.057 0.019 0.014 0.058 0.025 0.080 0.322 0.185 0.176 0.029 187 W 0.111 0.120 0.038 0.019 0.134 0.023 0.045 0.191 0.116 0.144 0.060