# TARGET T0273 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0273.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 402 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.351 0.245 0.175 0.126 0.068 0.030 0.005 2 P 0.371 0.269 0.165 0.106 0.056 0.027 0.005 3 L 0.208 0.178 0.181 0.210 0.148 0.068 0.008 4 V 0.206 0.167 0.174 0.199 0.159 0.082 0.012 5 L 0.276 0.210 0.202 0.170 0.097 0.040 0.006 6 D 0.485 0.270 0.134 0.071 0.030 0.009 0.002 7 L 0.344 0.230 0.182 0.138 0.074 0.028 0.004 8 A 0.276 0.194 0.175 0.169 0.125 0.055 0.006 9 R 0.254 0.268 0.210 0.158 0.077 0.030 0.004 10 P 0.209 0.235 0.208 0.181 0.114 0.047 0.006 11 V 0.027 0.040 0.082 0.204 0.322 0.280 0.045 12 S 0.127 0.206 0.200 0.174 0.153 0.115 0.025 13 E 0.062 0.189 0.284 0.268 0.138 0.052 0.007 14 E 0.399 0.358 0.148 0.060 0.024 0.008 0.003 15 E 0.039 0.154 0.289 0.294 0.160 0.059 0.006 16 L 0.018 0.015 0.032 0.161 0.409 0.340 0.024 17 R 0.054 0.205 0.353 0.277 0.096 0.015 0.001 18 R 0.225 0.436 0.231 0.083 0.021 0.005 0.001 19 L 0.049 0.098 0.195 0.315 0.251 0.086 0.005 20 S 0.110 0.121 0.193 0.272 0.219 0.078 0.006 21 E 0.630 0.245 0.073 0.033 0.013 0.005 0.001 22 L 0.500 0.271 0.133 0.066 0.024 0.006 0.001 23 N 0.597 0.251 0.095 0.041 0.013 0.004 0.001 24 P 0.716 0.186 0.063 0.025 0.008 0.002 0.001 25 G 0.577 0.234 0.111 0.051 0.021 0.005 0.001 26 Y 0.262 0.247 0.220 0.178 0.071 0.019 0.002 27 Q 0.235 0.233 0.195 0.182 0.112 0.039 0.004 28 W 0.054 0.070 0.125 0.230 0.276 0.199 0.046 29 E 0.051 0.104 0.152 0.244 0.250 0.169 0.029 30 R 0.053 0.104 0.160 0.228 0.238 0.182 0.035 31 S 0.101 0.187 0.215 0.226 0.176 0.082 0.015 32 P 0.131 0.189 0.212 0.200 0.152 0.087 0.028 33 E 0.336 0.281 0.145 0.106 0.066 0.047 0.018 34 G 0.092 0.154 0.214 0.240 0.179 0.102 0.019 35 R 0.096 0.206 0.239 0.217 0.142 0.083 0.017 36 L 0.014 0.022 0.043 0.117 0.284 0.392 0.127 37 W 0.033 0.083 0.149 0.230 0.246 0.186 0.073 38 V 0.071 0.130 0.156 0.196 0.204 0.180 0.062 39 S 0.153 0.209 0.201 0.186 0.134 0.090 0.027 40 P 0.144 0.166 0.182 0.209 0.172 0.100 0.026 41 T 0.285 0.215 0.169 0.157 0.111 0.052 0.011 42 G 0.370 0.245 0.170 0.118 0.060 0.029 0.007 43 G 0.359 0.239 0.161 0.125 0.070 0.036 0.010 44 E 0.362 0.296 0.171 0.098 0.044 0.021 0.007 45 S 0.138 0.109 0.128 0.195 0.220 0.166 0.044 46 G 0.143 0.215 0.229 0.201 0.127 0.069 0.015 47 R 0.109 0.282 0.259 0.172 0.109 0.055 0.013 48 R 0.016 0.045 0.104 0.225 0.310 0.252 0.049 49 S 0.011 0.039 0.066 0.134 0.255 0.378 0.116 50 L 0.006 0.037 0.136 0.278 0.313 0.209 0.021 51 Q 0.004 0.024 0.107 0.274 0.380 0.190 0.021 52 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.053 0.484 0.453 53 A 0.001 0.006 0.018 0.092 0.268 0.510 0.106 54 Y 0.004 0.060 0.225 0.318 0.250 0.117 0.026 55 Q 0.001 0.007 0.043 0.197 0.406 0.308 0.037 56 L 0.001 0.001 0.001 0.008 0.086 0.625 0.278 57 A 0.007 0.058 0.182 0.369 0.287 0.091 0.005 58 R 0.044 0.341 0.354 0.185 0.061 0.014 0.002 59 W 0.006 0.038 0.130 0.339 0.340 0.137 0.011 60 N 0.029 0.076 0.140 0.297 0.319 0.131 0.008 61 E 0.358 0.408 0.163 0.055 0.014 0.002 0.001 62 E 0.521 0.307 0.120 0.041 0.009 0.001 0.001 63 R 0.332 0.319 0.209 0.104 0.030 0.006 0.001 64 G 0.416 0.360 0.146 0.057 0.016 0.004 0.001 65 L 0.074 0.100 0.203 0.307 0.229 0.080 0.007 66 G 0.171 0.278 0.239 0.178 0.091 0.037 0.005 67 V 0.060 0.099 0.154 0.255 0.262 0.149 0.020 68 V 0.042 0.061 0.085 0.156 0.257 0.313 0.086 69 F 0.028 0.050 0.092 0.183 0.279 0.290 0.077 70 D 0.061 0.183 0.243 0.232 0.169 0.092 0.022 71 S 0.063 0.188 0.212 0.211 0.176 0.116 0.035 72 S 0.046 0.198 0.252 0.240 0.156 0.081 0.027 73 T 0.007 0.029 0.070 0.155 0.293 0.361 0.084 74 G 0.007 0.060 0.189 0.317 0.260 0.138 0.029 75 F 0.002 0.004 0.011 0.061 0.284 0.553 0.086 76 K 0.012 0.165 0.358 0.335 0.111 0.018 0.001 77 F 0.015 0.091 0.256 0.397 0.214 0.026 0.001 78 P 0.483 0.403 0.100 0.013 0.001 0.001 0.001 79 D 0.805 0.158 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 80 G 0.563 0.257 0.128 0.043 0.008 0.001 0.001 81 S 0.281 0.390 0.227 0.085 0.015 0.001 0.001 82 I 0.044 0.171 0.269 0.308 0.168 0.039 0.002 83 L 0.003 0.032 0.101 0.256 0.399 0.195 0.014 84 S 0.001 0.015 0.078 0.259 0.355 0.240 0.051 85 P 0.001 0.001 0.003 0.015 0.090 0.492 0.400 86 D 0.001 0.001 0.008 0.051 0.201 0.456 0.284 87 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.052 0.358 0.579 88 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.227 0.762 89 F 0.001 0.001 0.001 0.009 0.074 0.425 0.491 90 V 0.001 0.001 0.001 0.013 0.130 0.573 0.283 91 E 0.001 0.016 0.088 0.290 0.369 0.219 0.018 92 R 0.055 0.339 0.333 0.186 0.067 0.018 0.002 93 G 0.163 0.374 0.260 0.138 0.049 0.014 0.002 94 A 0.158 0.179 0.201 0.224 0.172 0.064 0.003 95 W 0.086 0.172 0.318 0.284 0.120 0.020 0.001 96 E 0.551 0.318 0.097 0.027 0.006 0.001 0.001 97 A 0.279 0.284 0.228 0.142 0.052 0.014 0.001 98 L 0.166 0.172 0.220 0.255 0.149 0.037 0.001 99 S 0.680 0.220 0.069 0.024 0.006 0.001 0.001 100 E 0.725 0.184 0.058 0.024 0.007 0.001 0.001 101 A 0.501 0.257 0.141 0.070 0.026 0.006 0.001 102 E 0.423 0.304 0.160 0.082 0.024 0.005 0.001 103 R 0.272 0.254 0.221 0.171 0.068 0.013 0.001 104 E 0.453 0.288 0.141 0.078 0.032 0.008 0.001 105 G 0.267 0.287 0.227 0.143 0.060 0.015 0.001 106 F 0.065 0.130 0.213 0.309 0.217 0.063 0.003 107 P 0.157 0.200 0.206 0.224 0.149 0.057 0.006 108 P 0.219 0.313 0.217 0.142 0.080 0.025 0.003 109 L 0.007 0.044 0.147 0.346 0.350 0.101 0.005 110 A 0.003 0.021 0.076 0.222 0.330 0.294 0.054 111 P 0.001 0.001 0.003 0.016 0.119 0.565 0.297 112 K 0.001 0.005 0.033 0.159 0.391 0.301 0.109 113 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 0.379 0.577 114 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.168 0.824 115 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.240 0.734 116 E 0.001 0.001 0.008 0.071 0.239 0.358 0.323 117 V 0.001 0.001 0.002 0.018 0.129 0.589 0.261 118 R 0.001 0.027 0.113 0.314 0.340 0.183 0.021 119 S 0.028 0.123 0.179 0.250 0.254 0.149 0.018 120 A 0.089 0.245 0.328 0.225 0.084 0.026 0.003 121 S 0.302 0.287 0.199 0.135 0.057 0.017 0.002 122 Q 0.377 0.288 0.165 0.105 0.046 0.017 0.002 123 D 0.385 0.299 0.180 0.093 0.034 0.008 0.001 124 P 0.478 0.294 0.142 0.063 0.019 0.004 0.001 125 E 0.696 0.220 0.059 0.018 0.006 0.001 0.001 126 E 0.410 0.319 0.161 0.076 0.026 0.006 0.001 127 L 0.142 0.134 0.174 0.281 0.204 0.060 0.005 128 R 0.229 0.321 0.259 0.136 0.043 0.011 0.001 129 A 0.200 0.361 0.246 0.136 0.045 0.011 0.001 130 K 0.019 0.031 0.074 0.193 0.353 0.293 0.038 131 M 0.014 0.027 0.059 0.161 0.307 0.364 0.068 132 G 0.061 0.268 0.321 0.220 0.091 0.035 0.005 133 I 0.032 0.116 0.257 0.353 0.191 0.048 0.003 134 Y 0.011 0.015 0.025 0.082 0.267 0.486 0.115 135 L 0.031 0.100 0.206 0.296 0.230 0.122 0.015 136 R 0.203 0.362 0.230 0.123 0.058 0.020 0.004 137 N 0.056 0.121 0.225 0.295 0.212 0.077 0.014 138 G 0.074 0.203 0.213 0.211 0.156 0.116 0.027 139 V 0.023 0.031 0.051 0.147 0.359 0.314 0.075 140 L 0.029 0.110 0.227 0.283 0.193 0.113 0.045 141 L 0.011 0.028 0.062 0.118 0.201 0.406 0.175 142 G 0.006 0.018 0.055 0.155 0.318 0.342 0.106 143 V 0.004 0.005 0.012 0.040 0.151 0.529 0.260 144 L 0.004 0.011 0.022 0.073 0.208 0.478 0.204 145 V 0.004 0.014 0.027 0.090 0.242 0.503 0.120 146 D 0.014 0.081 0.207 0.324 0.256 0.105 0.013 147 P 0.049 0.176 0.266 0.279 0.173 0.053 0.004 148 Y 0.341 0.354 0.175 0.088 0.032 0.008 0.001 149 A 0.284 0.311 0.222 0.124 0.049 0.009 0.001 150 R 0.137 0.271 0.311 0.188 0.074 0.018 0.001 151 A 0.031 0.119 0.246 0.333 0.202 0.064 0.005 152 V 0.004 0.010 0.026 0.086 0.264 0.513 0.098 153 E 0.015 0.081 0.181 0.284 0.269 0.148 0.022 154 V 0.009 0.031 0.064 0.150 0.307 0.377 0.063 155 F 0.017 0.051 0.097 0.224 0.321 0.263 0.028 156 R 0.023 0.095 0.233 0.368 0.232 0.048 0.001 157 P 0.323 0.395 0.209 0.061 0.012 0.001 0.001 158 G 0.696 0.224 0.061 0.016 0.003 0.001 0.001 159 K 0.781 0.159 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 160 P 0.672 0.211 0.080 0.029 0.006 0.001 0.001 161 P 0.389 0.300 0.184 0.091 0.030 0.005 0.001 162 L 0.100 0.158 0.259 0.290 0.162 0.029 0.001 163 R 0.166 0.332 0.279 0.158 0.054 0.011 0.001 164 L 0.068 0.130 0.221 0.312 0.215 0.052 0.002 165 E 0.326 0.310 0.196 0.112 0.045 0.010 0.001 166 G 0.309 0.284 0.214 0.139 0.045 0.008 0.001 167 V 0.418 0.271 0.163 0.101 0.037 0.009 0.001 168 E 0.391 0.298 0.172 0.095 0.035 0.009 0.001 169 R 0.254 0.300 0.228 0.138 0.059 0.018 0.002 170 V 0.085 0.110 0.176 0.272 0.247 0.101 0.008 171 S 0.192 0.284 0.244 0.161 0.082 0.032 0.005 172 L 0.079 0.107 0.172 0.282 0.239 0.111 0.009 173 D 0.259 0.277 0.210 0.153 0.076 0.023 0.002 174 P 0.322 0.285 0.187 0.122 0.060 0.021 0.003 175 E 0.201 0.325 0.246 0.147 0.059 0.020 0.002 176 L 0.041 0.102 0.201 0.300 0.259 0.090 0.007 177 P 0.288 0.287 0.220 0.132 0.055 0.016 0.002 178 G 0.378 0.407 0.152 0.047 0.012 0.003 0.001 179 F 0.048 0.066 0.140 0.328 0.302 0.110 0.005 180 A 0.145 0.351 0.278 0.150 0.056 0.018 0.002 181 L 0.044 0.063 0.111 0.252 0.313 0.196 0.022 182 S 0.133 0.274 0.296 0.202 0.074 0.019 0.002 183 L 0.123 0.107 0.155 0.237 0.245 0.123 0.010 184 P 0.504 0.300 0.133 0.048 0.011 0.002 0.001 185 P 0.476 0.365 0.114 0.034 0.009 0.002 0.001 186 L 0.318 0.163 0.182 0.201 0.110 0.026 0.002 187 W 0.321 0.235 0.195 0.144 0.074 0.027 0.003