PFRMAT RR TARGET T0273 AUTHOR 4204-4258-2837 REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of REMARK Kevin Karplus. REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus REMARK The value given is an approximation of the probability REMARK as provided by the neural network. REMARK The predictions are limited to a score >= .18 which REMARK is an approximation of the probability. REMARK METHOD The predictor is an artificial neural network METHOD using 280 inputs. METHOD Input includes separation and sequence length, corrected METHOD mutual information between columns (M. Cline) and METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) METHOD NN: /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp6/networks/NN280-240n300.net.28 METHOD Other inputs are from alignments and METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of METHOD University of California, Santa Cruz MODEL 1 MPLVLDLARPVSEEELRRLSELNPGYQWERSPEGRLWVSPTGGESGRRSL QLAYQLARWNEERGLGVVFDSSTGFKFPDGSILSPDAAFVERGAWEALSE AEREGFPPLAPKAVFEVRSASQDPEELRAKMGIYLRNGVLLGVLVDPYAR AVEVFRPGKPPLRLEGVERVSLDPELPGFALSLPPLW 143 154 0 8 0.7735 127 144 0 8 0.663 42 118 0 8 0.51425 16 36 0 8 0.5066 30 92 0 8 0.49725 40 72 0 8 0.4947 56 90 0 8 0.49215 135 157 0 8 0.48195 73 113 0 8 0.46665 141 176 0 8 0.459 59 106 0 8 0.45645 11 88 0 8 0.4539 49 117 0 8 0.44625 110 139 0 8 0.43945 56 88 0 8 0.4369 113 143 0 8 0.4318 114 139 0 8 0.42925 51 162 0 8 0.42925 139 162 0 8 0.4267 84 177 0 8 0.4267 46 157 0 8 0.4267 13 162 0 8 0.4267 90 145 0 8 0.4233 90 143 0 8 0.4233 73 88 0 8 0.4233 113 141 0 8 0.4131 71 106 0 8 0.41055 16 90 0 8 0.41055 13 51 0 8 0.40885 11 89 0 8 0.40885 122 142 0 8 0.4063 88 98 0 8 0.4063 88 176 0 8 0.40375 55 89 0 8 0.3961 131 141 0 8 0.39355 84 106 0 8 0.39355 133 147 0 8 0.391 23 135 0 8 0.391 75 142 0 8 0.38845 69 106 0 8 0.38845 51 74 0 8 0.38845 36 114 0 8 0.38335 75 88 0 8 0.3808 135 147 0 8 0.37825 90 134 0 8 0.37825 84 162 0 8 0.37825 13 157 0 8 0.37825 69 89 0 8 0.3757 1 29 0 8 0.3757 113 145 0 8 0.37315 68 89 0 8 0.3706 41 119 0 8 0.3706 75 143 0 8 0.36805 39 72 0 8 0.36805 88 127 0 8 0.3655 142 175 0 8 0.36295 127 145 0 8 0.36295 83 106 0 8 0.36295 71 105 0 8 0.36295 49 90 0 8 0.36295 122 143 0 8 0.3604 113 142 0 8 0.3604 73 82 0 8 0.3604 56 89 0 8 0.3553 88 143 0 8 0.35275 75 90 0 8 0.35275 16 49 0 8 0.35275 142 176 0 8 0.3502 36 154 0 8 0.3502 73 89 0 8 0.34085 70 106 0 8 0.34085 60 89 0 8 0.34085 48 117 0 8 0.34085 13 84 0 8 0.34085 139 179 0 8 0.3383 114 143 0 8 0.3383 80 94 0 8 0.3383 36 90 0 8 0.3383 16 89 0 8 0.3383 56 68 0 8 0.33575 49 127 0 8 0.33575 28 139 0 8 0.33575 112 137 0 8 0.3332 28 75 0 8 0.3332 114 134 0 8 0.33065 88 113 0 8 0.3281 83 138 0 8 0.3281 73 83 0 8 0.3281 53 89 0 8 0.3281 16 88 0 8 0.3281 145 154 0 8 0.3264 59 68 0 8 0.3264 143 152 0 8 0.32385 56 145 0 8 0.32385 41 71 0 8 0.32385 11 36 0 8 0.32385 90 144 0 8 0.3213 59 176 0 8 0.3213 48 127 0 8 0.3213 29 93 0 8 0.3213 115 143 0 8 0.31875 89 114 0 8 0.31875 73 154 0 8 0.31875 68 88 0 8 0.31875 65 77 0 8 0.31875 87 145 0 8 0.3162 53 87 0 8 0.3162 51 147 0 8 0.3162 89 139 0 8 0.3145 73 91 0 8 0.3145 59 90 0 8 0.3145 36 89 0 8 0.3145 154 176 0 8 0.31195 135 162 0 8 0.31195 70 105 0 8 0.31195 113 152 0 8 0.3094 113 134 0 8 0.3094 84 173 0 8 0.30685 75 154 0 8 0.30685 113 139 0 8 0.3043 90 122 0 8 0.3043 84 176 0 8 0.3043 127 143 0 8 0.3026 114 145 0 8 0.3026 90 139 0 8 0.3026 89 113 0 8 0.3026 73 127 0 8 0.3026 73 106 0 8 0.3026 45 122 0 8 0.3026 28 157 0 8 0.3026 17 30 0 8 0.3026 122 133 0 8 0.30005 117 127 0 8 0.30005 89 176 0 8 0.30005 84 112 0 8 0.30005 39 73 0 8 0.30005 126 135 0 8 0.2975 75 113 0 8 0.2975 53 114 0 8 0.2975 48 113 0 8 0.2975 45 127 0 8 0.2975 143 176 0 8 0.29495 69 90 0 8 0.29495 16 114 0 8 0.29495 112 139 0 8 0.29325 60 113 0 8 0.29325 89 145 0 8 0.2907 84 138 0 8 0.2907 16 87 0 8 0.2907 88 114 0 8 0.28815 75 87 0 8 0.28815 30 74 0 8 0.28815 10 30 0 8 0.28815 113 127 0 8 0.28645 89 127 0 8 0.28645 88 152 0 8 0.28645 82 139 0 8 0.28645 75 106 0 8 0.28645 74 92 0 8 0.28645 60 90 0 8 0.28645 114 142 0 8 0.2839 84 107 0 8 0.2839 118 162 0 8 0.28135 112 162 0 8 0.28135 90 114 0 8 0.28135 90 127 0 8 0.27965 51 82 0 8 0.27965 48 118 0 8 0.27965 127 142 0 8 0.2771 71 172 0 8 0.2771 123 147 0 8 0.27455 122 134 0 8 0.27455 108 157 0 8 0.27455 90 117 0 8 0.27455 63 91 0 8 0.27455 60 176 0 8 0.27455 55 90 0 8 0.27455 49 89 0 8 0.27455 28 162 0 8 0.27455 139 176 0 8 0.27285 137 153 0 8 0.27285 73 90 0 8 0.27285 42 147 0 8 0.27285 87 113 0 8 0.2703 84 133 0 8 0.2703 83 176 0 8 0.2703 75 89 0 8 0.2703 40 67 0 8 0.2703 38 134 0 8 0.2703 28 67 0 8 0.2703 90 113 0 8 0.2686 84 139 0 8 0.2686 75 139 0 8 0.2686 75 117 0 8 0.26605 72 90 0 8 0.26605 68 90 0 8 0.26605 49 114 0 8 0.26605 74 84 0 8 0.2635 45 108 0 8 0.2635 39 84 0 8 0.2635 28 144 0 8 0.2635 16 56 0 8 0.2635 13 46 0 8 0.2635 42 119 0 8 0.2618 88 145 0 8 0.25925 88 144 0 8 0.25925 69 88 0 8 0.25925 51 118 0 8 0.25925 36 59 0 8 0.25925 144 153 0 8 0.25755 117 139 0 8 0.25755 30 124 0 8 0.25755 90 176 0 8 0.255 84 121 0 8 0.255 83 105 0 8 0.255 45 82 0 8 0.255 30 105 0 8 0.255 13 173 0 8 0.255 13 29 0 8 0.255 147 162 0 8 0.2533 112 122 0 8 0.2533 89 110 0 8 0.2533 84 147 0 8 0.2533 45 83 0 8 0.2533 30 147 0 8 0.2533 127 139 0 8 0.25075 90 131 0 8 0.25075 88 118 0 8 0.25075 82 106 0 8 0.25075 74 147 0 8 0.25075 28 90 0 8 0.25075 11 144 0 8 0.25075 110 137 0 8 0.24905 41 147 0 8 0.24905 36 143 0 8 0.24905 28 127 0 8 0.24905 24 41 0 8 0.24905 84 172 0 8 0.2465 84 135 0 8 0.2465 81 157 0 8 0.2465 73 118 0 8 0.2465 29 90 0 8 0.2465 29 69 0 8 0.2465 117 141 0 8 0.2448 88 110 0 8 0.2448 66 157 0 8 0.2448 65 90 0 8 0.2448 65 74 0 8 0.2448 16 53 0 8 0.2448 112 143 0 8 0.24225 59 113 0 8 0.24225 48 122 0 8 0.24225 21 30 0 8 0.24225 113 137 0 8 0.24055 88 142 0 8 0.24055 59 139 0 8 0.24055 59 89 0 8 0.24055 49 69 0 8 0.24055 36 88 0 8 0.24055 30 63 0 8 0.24055 16 139 0 8 0.24055 11 90 0 8 0.24055 141 172 0 8 0.238 49 113 0 8 0.238 135 164 0 8 0.2363 108 162 0 8 0.2363 67 87 0 8 0.2363 48 145 0 8 0.2363 127 162 0 8 0.2346 122 135 0 8 0.2346 118 139 0 8 0.2346 92 121 0 8 0.2346 90 106 0 8 0.2346 87 117 0 8 0.2346 77 112 0 8 0.2346 49 88 0 8 0.2346 40 74 0 8 0.2346 29 89 0 8 0.2346 13 63 0 8 0.2346 133 142 0 8 0.23205 127 147 0 8 0.23205 114 154 0 8 0.23205 113 154 0 8 0.23205 92 122 0 8 0.23205 69 118 0 8 0.23205 67 83 0 8 0.23205 49 134 0 8 0.23205 135 144 0 8 0.23035 98 145 0 8 0.23035 77 176 0 8 0.23035 72 112 0 8 0.23035 68 127 0 8 0.23035 51 84 0 8 0.23035 45 84 0 8 0.23035 131 147 0 8 0.2278 117 176 0 8 0.2278 83 122 0 8 0.2278 75 144 0 8 0.2278 75 91 0 8 0.2278 28 135 0 8 0.2278 1 51 0 8 0.2278 153 164 0 8 0.2261 108 133 0 8 0.2261 19 46 0 8 0.2261 123 142 0 8 0.2244 118 137 0 8 0.2244 89 144 0 8 0.2244 88 154 0 8 0.2244 74 83 0 8 0.2244 58 84 0 8 0.2244 49 68 0 8 0.2244 41 133 0 8 0.2244 112 141 0 8 0.22185 112 138 0 8 0.22185 75 145 0 8 0.22185 74 91 0 8 0.22185 13 30 0 8 0.22185 147 157 0 8 0.22015 84 131 0 8 0.22015 83 133 0 8 0.22015 69 98 0 8 0.22015 67 112 0 8 0.22015 57 89 0 8 0.22015 53 67 0 8 0.22015 41 137 0 8 0.22015 29 68 0 8 0.22015 122 162 0 8 0.21845 91 137 0 8 0.21845 73 143 0 8 0.21845 65 143 0 8 0.21845 30 90 0 8 0.21845 29 145 0 8 0.21845 90 154 0 8 0.21675 84 175 0 8 0.21675 83 139 0 8 0.21675 81 147 0 8 0.21675 72 162 0 8 0.21675 55 84 0 8 0.21675 46 137 0 8 0.21675 29 106 0 8 0.21675 138 162 0 8 0.2142 98 113 0 8 0.2142 91 145 0 8 0.2142 84 137 0 8 0.2142 60 131 0 8 0.2142 51 63 0 8 0.2142 36 131 0 8 0.2142 36 77 0 8 0.2142 112 142 0 8 0.2125 91 157 0 8 0.2125 84 122 0 8 0.2125 84 109 0 8 0.2125 73 142 0 8 0.2125 40 84 0 8 0.2125 40 75 0 8 0.2125 29 71 0 8 0.2125 141 175 0 8 0.2108 98 152 0 8 0.2108 89 142 0 8 0.2108 77 88 0 8 0.2108 60 106 0 8 0.2108 59 114 0 8 0.2108 49 137 0 8 0.2108 30 75 0 8 0.2108 11 56 0 8 0.2108 1 50 0 8 0.2108 118 147 0 8 0.2091 117 131 0 8 0.2091 112 140 0 8 0.2091 90 137 0 8 0.2091 89 154 0 8 0.2091 89 137 0 8 0.2091 69 87 0 8 0.2091 48 89 0 8 0.2091 41 72 0 8 0.2091 28 69 0 8 0.2091 103 147 0 8 0.20655 77 90 0 8 0.20655 74 112 0 8 0.20655 73 131 0 8 0.20655 72 147 0 8 0.20655 67 82 0 8 0.20655 56 87 0 8 0.20655 28 91 0 8 0.20655 13 122 0 8 0.20655 117 142 0 8 0.20485 84 118 0 8 0.20485 65 117 0 8 0.20485 62 92 0 8 0.20485 30 71 0 8 0.20485 131 143 0 8 0.20315 112 127 0 8 0.20315 90 130 0 8 0.20315 87 142 0 8 0.20315 82 162 0 8 0.20315 35 46 0 8 0.20315 31 142 0 8 0.20315 29 105 0 8 0.20315 28 40 0 8 0.20315 11 145 0 8 0.20315 126 142 0 8 0.20145 118 131 0 8 0.20145 88 106 0 8 0.20145 85 162 0 8 0.20145 82 105 0 8 0.20145 77 139 0 8 0.20145 73 84 0 8 0.20145 72 137 0 8 0.20145 68 87 0 8 0.20145 68 84 0 8 0.20145 30 70 0 8 0.20145 29 51 0 8 0.20145 28 41 0 8 0.20145 10 137 0 8 0.20145 127 137 0 8 0.19975 87 143 0 8 0.19975 82 133 0 8 0.19975 76 147 0 8 0.19975 74 106 0 8 0.19975 69 113 0 8 0.19975 67 90 0 8 0.19975 51 157 0 8 0.19975 49 152 0 8 0.19975 31 122 0 8 0.19975 29 88 0 8 0.19975 13 131 0 8 0.19975 77 89 0 8 0.1972 73 98 0 8 0.1972 44 72 0 8 0.1972 40 112 0 8 0.1972 30 39 0 8 0.1972 13 137 0 8 0.1972 11 83 0 8 0.1972 84 144 0 8 0.1955 80 93 0 8 0.1955 73 139 0 8 0.1955 72 88 0 8 0.1955 68 82 0 8 0.1955 49 118 0 8 0.1955 46 84 0 8 0.1955 40 65 0 8 0.1955 36 91 0 8 0.1955 17 147 0 8 0.1955 16 30 0 8 0.1955 11 30 0 8 0.1955 89 162 0 8 0.1938 89 98 0 8 0.1938 84 127 0 8 0.1938 83 142 0 8 0.1938 72 106 0 8 0.1938 69 139 0 8 0.1938 42 122 0 8 0.1938 41 157 0 8 0.1938 36 73 0 8 0.1938 36 46 0 8 0.1938 31 127 0 8 0.1938 29 142 0 8 0.1938 26 46 0 8 0.1938 16 145 0 8 0.1938 107 147 0 8 0.1921 91 144 0 8 0.1921 87 114 0 8 0.1921 73 114 0 8 0.1921 71 91 0 8 0.1921 65 139 0 8 0.1921 59 162 0 8 0.1921 51 73 0 8 0.1921 49 115 0 8 0.1921 39 63 0 8 0.1921 31 88 0 8 0.1921 29 70 0 8 0.1921 28 74 0 8 0.1921 13 133 0 8 0.1921 143 153 0 8 0.1904 135 179 0 8 0.1904 127 141 0 8 0.1904 88 137 0 8 0.1904 82 176 0 8 0.1904 75 127 0 8 0.1904 69 137 0 8 0.1904 67 84 0 8 0.1904 59 131 0 8 0.1904 51 137 0 8 0.1904 131 142 0 8 0.1887 92 133 0 8 0.1887 77 114 0 8 0.1887 66 84 0 8 0.1887 41 67 0 8 0.1887 40 139 0 8 0.1887 28 49 0 8 0.1887 26 84 0 8 0.1887 16 77 0 8 0.1887 11 87 0 8 0.1887 141 162 0 8 0.187 139 154 0 8 0.187 113 176 0 8 0.187 90 110 0 8 0.187 84 157 0 8 0.187 83 108 0 8 0.187 82 121 0 8 0.187 77 142 0 8 0.187 73 122 0 8 0.187 60 73 0 8 0.187 41 142 0 8 0.187 28 145 0 8 0.187 2 30 0 8 0.187 144 176 0 8 0.1853 87 106 0 8 0.1853 77 153 0 8 0.1853 74 157 0 8 0.1853 73 117 0 8 0.1853 67 89 0 8 0.1853 65 89 0 8 0.1853 48 137 0 8 0.1853 48 95 0 8 0.1853 46 138 0 8 0.1853 39 74 0 8 0.1853 36 49 0 8 0.1853 31 137 0 8 0.1853 30 93 0 8 0.1853 30 91 0 8 0.1853 19 145 0 8 0.1853 11 106 0 8 0.1853 137 157 0 8 0.1836 83 121 0 8 0.1836 74 143 0 8 0.1836 73 112 0 8 0.1836 56 127 0 8 0.1836 50 68 0 8 0.1836 46 135 0 8 0.1836 31 90 0 8 0.1836 30 84 0 8 0.1836 30 83 0 8 0.1836 13 31 0 8 0.1836 11 29 0 8 0.1836 138 147 0 8 0.1819 113 131 0 8 0.1819 102 147 0 8 0.1819 89 122 0 8 0.1819 74 122 0 8 0.1819 46 147 0 8 0.1819 40 147 0 8 0.1819 40 138 0 8 0.1819 39 147 0 8 0.1819 31 69 0 8 0.1819 30 137 0 8 0.1819 28 122 0 8 0.1819 28 92 0 8 0.1819 27 84 0 8 0.1819 22 92 0 8 0.1819 17 137 0 8 0.1819 131 176 0 8 0.1802 131 162 0 8 0.1802 112 144 0 8 0.1802 95 133 0 8 0.1802 90 170 0 8 0.1802 84 110 0 8 0.1802 83 109 0 8 0.1802 77 137 0 8 0.1802 77 127 0 8 0.1802 75 155 0 8 0.1802 65 91 0 8 0.1802 59 145 0 8 0.1802 49 59 0 8 0.1802 30 123 0 8 0.1802 END