# TARGET T0272 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.001 0.001 0.001 0.081 0.847 2 W 0.526 0.017 0.001 0.001 0.067 0.387 3 L 0.677 0.016 0.002 0.001 0.062 0.242 4 T 0.767 0.005 0.006 0.002 0.065 0.155 5 K 0.834 0.006 0.005 0.002 0.045 0.109 6 L 0.815 0.007 0.004 0.002 0.057 0.115 7 V 0.789 0.029 0.004 0.002 0.062 0.113 8 L 0.474 0.026 0.005 0.003 0.131 0.360 9 N 0.123 0.028 0.010 0.004 0.505 0.330 10 P 0.014 0.004 0.220 0.027 0.650 0.085 11 A 0.014 0.006 0.214 0.053 0.639 0.074 12 S 0.020 0.014 0.235 0.172 0.463 0.096 13 R 0.026 0.013 0.073 0.311 0.256 0.321 14 A 0.033 0.010 0.048 0.393 0.215 0.301 15 A 0.032 0.008 0.121 0.589 0.158 0.092 16 R 0.039 0.007 0.161 0.513 0.179 0.101 17 R 0.033 0.006 0.280 0.403 0.190 0.087 18 D 0.028 0.007 0.181 0.480 0.167 0.136 19 L 0.026 0.019 0.069 0.410 0.256 0.221 20 A 0.012 0.005 0.017 0.461 0.212 0.293 21 N 0.009 0.004 0.007 0.234 0.224 0.521 22 P 0.003 0.002 0.005 0.830 0.068 0.091 23 Y 0.002 0.001 0.002 0.950 0.016 0.029 24 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 25 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 26 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 27 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 28 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 29 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 30 S 0.001 0.001 0.009 0.982 0.005 0.003 31 K 0.002 0.001 0.013 0.962 0.012 0.010 32 A 0.002 0.001 0.014 0.905 0.027 0.050 33 V 0.009 0.020 0.009 0.217 0.293 0.453 34 S 0.017 0.011 0.010 0.061 0.486 0.415 35 R 0.009 0.008 0.012 0.027 0.603 0.341 36 A 0.007 0.009 0.082 0.042 0.686 0.174 37 L 0.006 0.006 0.310 0.110 0.406 0.163 38 E 0.008 0.006 0.309 0.100 0.439 0.138 39 E 0.010 0.018 0.243 0.088 0.507 0.133 40 G 0.014 0.014 0.074 0.084 0.460 0.354 41 R 0.026 0.024 0.074 0.044 0.464 0.368 42 E 0.040 0.041 0.051 0.029 0.426 0.413 43 R 0.064 0.003 0.024 0.011 0.299 0.600 44 L 0.451 0.012 0.021 0.023 0.138 0.354 45 L 0.763 0.016 0.005 0.014 0.041 0.161 46 W 0.853 0.009 0.002 0.016 0.022 0.098 47 R 0.804 0.007 0.004 0.023 0.035 0.126 48 L 0.527 0.011 0.011 0.035 0.089 0.327 49 E 0.302 0.008 0.023 0.053 0.219 0.395 50 P 0.110 0.009 0.037 0.045 0.362 0.438 51 A 0.052 0.017 0.080 0.052 0.506 0.295 52 R 0.032 0.011 0.114 0.035 0.584 0.224 53 G 0.038 0.009 0.110 0.033 0.593 0.217 54 L 0.042 0.027 0.085 0.045 0.565 0.236 55 E 0.061 0.025 0.030 0.017 0.500 0.368 56 P 0.087 0.004 0.009 0.004 0.369 0.527 57 P 0.365 0.006 0.005 0.002 0.181 0.442 58 V 0.919 0.007 0.001 0.001 0.018 0.055 59 V 0.980 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 60 L 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 61 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 62 Q 0.944 0.003 0.001 0.001 0.007 0.046 63 T 0.734 0.004 0.001 0.001 0.082 0.177 64 L 0.245 0.010 0.020 0.008 0.257 0.461 65 T 0.065 0.013 0.025 0.014 0.323 0.559 66 E 0.037 0.005 0.041 0.024 0.364 0.529 67 P 0.027 0.006 0.016 0.026 0.267 0.658 68 D 0.022 0.021 0.028 0.060 0.258 0.612 69 W 0.026 0.008 0.127 0.235 0.365 0.239 70 S 0.025 0.006 0.128 0.304 0.298 0.240 71 V 0.023 0.007 0.176 0.377 0.282 0.135 72 L 0.025 0.004 0.179 0.323 0.339 0.130 73 D 0.030 0.006 0.158 0.228 0.408 0.170 74 E 0.045 0.013 0.105 0.155 0.424 0.257 75 G 0.081 0.009 0.068 0.064 0.394 0.384 76 Y 0.186 0.009 0.055 0.049 0.305 0.395 77 A 0.473 0.017 0.051 0.050 0.178 0.231 78 Q 0.624 0.012 0.028 0.037 0.124 0.175 79 V 0.670 0.008 0.020 0.037 0.096 0.168 80 F 0.575 0.017 0.020 0.031 0.134 0.222 81 P 0.376 0.007 0.014 0.028 0.170 0.405 82 P 0.253 0.006 0.012 0.042 0.165 0.521 83 K 0.329 0.028 0.008 0.031 0.150 0.456 84 P 0.283 0.028 0.017 0.065 0.188 0.419 85 F 0.131 0.007 0.043 0.109 0.242 0.468 86 H 0.078 0.015 0.288 0.170 0.248 0.201 87 P 0.042 0.007 0.356 0.182 0.254 0.159 88 A 0.036 0.006 0.287 0.123 0.320 0.227 89 L 0.059 0.067 0.093 0.154 0.325 0.302 90 K 0.034 0.027 0.018 0.031 0.839 0.051 91 P 0.017 0.006 0.018 0.018 0.894 0.046 92 G 0.009 0.001 0.003 0.001 0.913 0.074 93 Q 0.287 0.008 0.002 0.001 0.593 0.109 94 R 0.791 0.008 0.001 0.001 0.035 0.166 95 L 0.948 0.008 0.001 0.001 0.010 0.034 96 R 0.965 0.002 0.001 0.001 0.008 0.025 97 F 0.959 0.002 0.001 0.001 0.006 0.033 98 R 0.959 0.002 0.001 0.001 0.008 0.031 99 L 0.934 0.005 0.001 0.001 0.011 0.049 100 R 0.856 0.010 0.001 0.001 0.058 0.075 101 A 0.661 0.032 0.002 0.001 0.144 0.159 102 N 0.201 0.009 0.003 0.002 0.542 0.243 103 P 0.195 0.007 0.010 0.008 0.561 0.220 104 A 0.515 0.050 0.012 0.011 0.271 0.140 105 K 0.533 0.077 0.013 0.013 0.221 0.142 106 R 0.390 0.042 0.014 0.016 0.310 0.227 107 L 0.295 0.077 0.030 0.020 0.363 0.214 108 A 0.116 0.014 0.040 0.024 0.641 0.165 109 A 0.070 0.012 0.069 0.035 0.699 0.113 110 T 0.064 0.014 0.065 0.046 0.659 0.153 111 G 0.048 0.013 0.049 0.048 0.668 0.175 112 K 0.084 0.014 0.014 0.040 0.418 0.430 113 R 0.171 0.053 0.012 0.039 0.237 0.488 114 V 0.196 0.046 0.014 0.041 0.234 0.470 115 A 0.158 0.012 0.037 0.073 0.276 0.444 116 L 0.143 0.021 0.060 0.128 0.291 0.357 117 K 0.088 0.013 0.060 0.233 0.268 0.338 118 T 0.074 0.011 0.030 0.287 0.225 0.372 119 P 0.010 0.001 0.027 0.839 0.068 0.054 120 A 0.008 0.001 0.018 0.888 0.051 0.033 121 E 0.004 0.001 0.017 0.901 0.046 0.030 122 K 0.005 0.001 0.009 0.894 0.038 0.052 123 V 0.004 0.001 0.006 0.890 0.041 0.058 124 A 0.003 0.001 0.007 0.863 0.048 0.078 125 W 0.004 0.001 0.009 0.878 0.038 0.070 126 L 0.004 0.002 0.010 0.896 0.039 0.050 127 E 0.003 0.001 0.014 0.883 0.052 0.046 128 R 0.002 0.001 0.007 0.884 0.048 0.058 129 R 0.002 0.001 0.007 0.911 0.042 0.038 130 L 0.002 0.001 0.012 0.900 0.054 0.031 131 E 0.001 0.001 0.012 0.893 0.059 0.034 132 E 0.002 0.001 0.011 0.912 0.043 0.033 133 G 0.003 0.001 0.009 0.844 0.061 0.082 134 G 0.013 0.002 0.005 0.362 0.143 0.476 135 F 0.087 0.008 0.011 0.226 0.151 0.517 136 R 0.267 0.027 0.021 0.282 0.144 0.259 137 L 0.246 0.014 0.045 0.356 0.137 0.203 138 L 0.177 0.008 0.068 0.367 0.152 0.228 139 E 0.155 0.006 0.076 0.341 0.187 0.235 140 G 0.083 0.006 0.072 0.298 0.239 0.302 141 E 0.059 0.008 0.041 0.222 0.287 0.383 142 R 0.051 0.007 0.070 0.279 0.345 0.247 143 G 0.042 0.007 0.056 0.296 0.349 0.251 144 P 0.049 0.005 0.072 0.353 0.277 0.243 145 W 0.101 0.011 0.064 0.477 0.176 0.170 146 V 0.149 0.012 0.063 0.486 0.131 0.159 147 Q 0.164 0.010 0.057 0.493 0.113 0.163 148 I 0.180 0.012 0.036 0.474 0.101 0.199 149 L 0.169 0.009 0.029 0.457 0.120 0.216 150 Q 0.112 0.004 0.027 0.489 0.146 0.222 151 D 0.104 0.007 0.030 0.429 0.201 0.229 152 T 0.105 0.008 0.042 0.453 0.219 0.172 153 F 0.107 0.007 0.052 0.471 0.215 0.148 154 L 0.093 0.008 0.064 0.501 0.188 0.146 155 E 0.108 0.008 0.053 0.469 0.185 0.178 156 V 0.146 0.011 0.048 0.462 0.161 0.172 157 R 0.223 0.011 0.054 0.338 0.175 0.201 158 R 0.272 0.008 0.064 0.298 0.168 0.190 159 K 0.348 0.007 0.048 0.218 0.164 0.214 160 K 0.415 0.009 0.024 0.159 0.150 0.243 161 D 0.550 0.019 0.018 0.107 0.119 0.187 162 G 0.530 0.020 0.031 0.085 0.171 0.164 163 E 0.296 0.012 0.068 0.096 0.357 0.171 164 E 0.094 0.008 0.115 0.107 0.570 0.105 165 A 0.041 0.005 0.115 0.060 0.683 0.097 166 G 0.076 0.005 0.027 0.013 0.640 0.239 167 K 0.395 0.016 0.007 0.004 0.210 0.370 168 L 0.764 0.010 0.001 0.001 0.050 0.174 169 L 0.896 0.006 0.001 0.001 0.024 0.073 170 Q 0.934 0.009 0.001 0.001 0.015 0.042 171 V 0.885 0.003 0.001 0.001 0.032 0.079 172 Q 0.778 0.001 0.002 0.001 0.077 0.142 173 A 0.876 0.003 0.001 0.001 0.041 0.079 174 V 0.923 0.002 0.001 0.001 0.022 0.051 175 L 0.951 0.002 0.001 0.001 0.013 0.034 176 F 0.956 0.003 0.001 0.001 0.012 0.028 177 E 0.851 0.001 0.001 0.001 0.048 0.098 178 G 0.868 0.002 0.001 0.001 0.045 0.084 179 R 0.940 0.003 0.001 0.001 0.022 0.034 180 L 0.960 0.005 0.001 0.001 0.011 0.024 181 E 0.960 0.002 0.001 0.001 0.011 0.027 182 V 0.928 0.003 0.001 0.001 0.027 0.040 183 V 0.652 0.018 0.003 0.003 0.091 0.234 184 D 0.236 0.024 0.002 0.010 0.155 0.573 185 P 0.001 0.001 0.015 0.936 0.037 0.010 186 E 0.001 0.001 0.006 0.979 0.013 0.002 187 R 0.001 0.001 0.006 0.986 0.007 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 189 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 190 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 191 T 0.001 0.001 0.006 0.986 0.006 0.001 192 L 0.001 0.001 0.008 0.985 0.005 0.001 193 R 0.001 0.001 0.013 0.971 0.012 0.004 194 R 0.001 0.001 0.012 0.821 0.069 0.097 195 G 0.008 0.001 0.009 0.220 0.172 0.590 196 V 0.034 0.019 0.005 0.137 0.210 0.596 197 G 0.077 0.033 0.012 0.177 0.320 0.381 198 P 0.027 0.004 0.181 0.467 0.224 0.096 199 G 0.040 0.002 0.355 0.353 0.177 0.074 200 K 0.076 0.003 0.465 0.240 0.162 0.054 201 A 0.165 0.029 0.252 0.201 0.231 0.124 202 L 0.113 0.014 0.110 0.164 0.371 0.228 203 G 0.100 0.002 0.041 0.016 0.391 0.450 204 L 0.163 0.005 0.039 0.015 0.409 0.368 205 G 0.309 0.019 0.036 0.014 0.363 0.259 206 L 0.584 0.019 0.045 0.021 0.204 0.128 207 L 0.740 0.006 0.028 0.011 0.106 0.109 208 S 0.694 0.011 0.026 0.016 0.110 0.143 209 V 0.395 0.018 0.019 0.015 0.128 0.425 210 A 0.156 0.009 0.008 0.008 0.128 0.691 211 P 0.006 0.004 0.002 0.002 0.043 0.944