# TARGET T0272 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.987 2 W 0.456 0.036 0.007 0.031 0.007 0.021 0.442 3 L 0.624 0.024 0.021 0.029 0.046 0.025 0.230 4 T 0.678 0.012 0.027 0.022 0.038 0.019 0.204 5 K 0.710 0.005 0.019 0.017 0.066 0.016 0.168 6 L 0.831 0.006 0.009 0.010 0.031 0.010 0.103 7 V 0.810 0.023 0.004 0.006 0.026 0.007 0.124 8 L 0.605 0.039 0.002 0.005 0.058 0.007 0.283 9 N 0.102 0.014 0.002 0.003 0.069 0.015 0.796 10 P 0.006 0.004 0.153 0.117 0.159 0.486 0.075 11 A 0.003 0.002 0.222 0.117 0.133 0.467 0.056 12 S 0.006 0.005 0.282 0.153 0.172 0.216 0.167 13 R 0.015 0.016 0.108 0.298 0.171 0.120 0.271 14 A 0.024 0.027 0.078 0.297 0.097 0.095 0.382 15 A 0.012 0.007 0.191 0.562 0.043 0.092 0.094 16 R 0.016 0.003 0.219 0.581 0.038 0.076 0.066 17 R 0.023 0.006 0.278 0.512 0.046 0.072 0.063 18 D 0.038 0.013 0.169 0.535 0.041 0.117 0.088 19 L 0.031 0.016 0.094 0.344 0.087 0.287 0.142 20 A 0.025 0.011 0.026 0.190 0.307 0.265 0.176 21 N 0.009 0.006 0.006 0.066 0.246 0.056 0.611 22 P 0.001 0.001 0.049 0.793 0.045 0.059 0.052 23 Y 0.001 0.001 0.035 0.877 0.020 0.044 0.022 24 E 0.001 0.001 0.033 0.924 0.007 0.026 0.008 25 M 0.002 0.001 0.021 0.943 0.004 0.021 0.009 26 H 0.004 0.002 0.012 0.947 0.006 0.019 0.009 27 R 0.009 0.001 0.014 0.953 0.006 0.010 0.008 28 T 0.004 0.001 0.019 0.956 0.004 0.011 0.006 29 L 0.002 0.001 0.029 0.948 0.003 0.013 0.005 30 S 0.001 0.001 0.081 0.879 0.003 0.030 0.006 31 K 0.001 0.001 0.081 0.710 0.009 0.194 0.004 32 A 0.002 0.001 0.080 0.608 0.037 0.246 0.026 33 V 0.006 0.031 0.027 0.115 0.377 0.065 0.379 34 S 0.011 0.013 0.040 0.055 0.196 0.279 0.406 35 R 0.011 0.010 0.054 0.025 0.132 0.238 0.530 36 A 0.010 0.015 0.193 0.069 0.131 0.102 0.481 37 L 0.015 0.006 0.297 0.155 0.109 0.225 0.194 38 E 0.011 0.004 0.344 0.160 0.096 0.221 0.164 39 E 0.017 0.015 0.270 0.139 0.146 0.143 0.269 40 G 0.026 0.009 0.164 0.152 0.122 0.250 0.277 41 R 0.039 0.008 0.171 0.101 0.167 0.289 0.226 42 E 0.081 0.014 0.119 0.073 0.176 0.198 0.339 43 R 0.206 0.011 0.046 0.042 0.144 0.121 0.429 44 L 0.580 0.025 0.023 0.037 0.053 0.039 0.244 45 L 0.781 0.014 0.009 0.027 0.027 0.017 0.125 46 W 0.857 0.012 0.007 0.024 0.014 0.008 0.078 47 R 0.813 0.008 0.005 0.020 0.015 0.007 0.132 48 L 0.612 0.018 0.029 0.043 0.033 0.029 0.235 49 E 0.468 0.016 0.054 0.051 0.109 0.067 0.235 50 P 0.302 0.016 0.091 0.056 0.124 0.115 0.297 51 A 0.128 0.020 0.116 0.059 0.182 0.137 0.358 52 R 0.067 0.011 0.117 0.046 0.212 0.309 0.238 53 G 0.038 0.013 0.130 0.045 0.230 0.269 0.277 54 L 0.050 0.016 0.065 0.037 0.283 0.177 0.372 55 E 0.086 0.017 0.024 0.019 0.362 0.122 0.370 56 P 0.129 0.010 0.008 0.004 0.277 0.050 0.522 57 P 0.325 0.005 0.002 0.001 0.095 0.009 0.564 58 V 0.925 0.002 0.001 0.001 0.027 0.001 0.043 59 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 60 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 61 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 62 Q 0.872 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.111 63 T 0.288 0.006 0.002 0.001 0.054 0.009 0.640 64 L 0.072 0.004 0.013 0.003 0.270 0.327 0.310 65 T 0.030 0.017 0.018 0.006 0.407 0.319 0.204 66 E 0.039 0.012 0.005 0.008 0.464 0.023 0.449 67 P 0.065 0.026 0.013 0.033 0.117 0.051 0.695 68 D 0.175 0.081 0.028 0.051 0.098 0.061 0.505 69 W 0.179 0.037 0.071 0.102 0.121 0.062 0.427 70 S 0.156 0.017 0.090 0.118 0.105 0.127 0.387 71 V 0.103 0.012 0.124 0.115 0.149 0.225 0.271 72 L 0.094 0.010 0.146 0.096 0.166 0.206 0.282 73 D 0.087 0.008 0.118 0.071 0.164 0.359 0.194 74 E 0.095 0.007 0.080 0.055 0.195 0.380 0.188 75 G 0.230 0.017 0.024 0.029 0.255 0.054 0.390 76 Y 0.411 0.019 0.013 0.016 0.091 0.036 0.414 77 A 0.728 0.012 0.009 0.009 0.037 0.019 0.185 78 Q 0.839 0.009 0.006 0.008 0.023 0.007 0.109 79 V 0.838 0.008 0.006 0.008 0.014 0.005 0.122 80 F 0.756 0.006 0.007 0.010 0.024 0.008 0.190 81 P 0.610 0.009 0.014 0.015 0.053 0.021 0.279 82 P 0.459 0.019 0.019 0.025 0.083 0.021 0.373 83 K 0.337 0.015 0.014 0.021 0.096 0.017 0.501 84 P 0.217 0.022 0.038 0.038 0.117 0.082 0.486 85 F 0.157 0.041 0.063 0.057 0.126 0.080 0.476 86 H 0.079 0.011 0.224 0.066 0.084 0.081 0.455 87 P 0.072 0.002 0.313 0.089 0.066 0.201 0.257 88 A 0.078 0.016 0.347 0.083 0.078 0.221 0.177 89 L 0.099 0.036 0.090 0.059 0.234 0.066 0.416 90 K 0.068 0.016 0.061 0.026 0.111 0.060 0.659 91 P 0.010 0.002 0.051 0.014 0.135 0.743 0.045 92 G 0.012 0.001 0.024 0.002 0.063 0.862 0.036 93 Q 0.205 0.011 0.005 0.001 0.086 0.013 0.677 94 R 0.744 0.010 0.001 0.001 0.044 0.007 0.194 95 L 0.923 0.005 0.001 0.001 0.010 0.002 0.058 96 R 0.964 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 97 F 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 98 R 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 99 L 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 100 R 0.924 0.003 0.001 0.001 0.013 0.003 0.056 101 A 0.834 0.016 0.001 0.001 0.037 0.005 0.107 102 N 0.375 0.004 0.003 0.001 0.127 0.019 0.471 103 P 0.240 0.004 0.019 0.004 0.208 0.182 0.343 104 A 0.536 0.020 0.023 0.008 0.093 0.106 0.214 105 K 0.717 0.035 0.012 0.009 0.047 0.015 0.164 106 R 0.693 0.018 0.012 0.012 0.029 0.014 0.222 107 L 0.508 0.039 0.022 0.019 0.100 0.097 0.214 108 A 0.272 0.019 0.033 0.020 0.149 0.194 0.313 109 A 0.120 0.007 0.024 0.015 0.253 0.324 0.257 110 T 0.076 0.009 0.021 0.018 0.277 0.405 0.193 111 G 0.134 0.007 0.011 0.018 0.389 0.135 0.306 112 K 0.208 0.017 0.009 0.021 0.171 0.048 0.527 113 R 0.522 0.083 0.007 0.021 0.054 0.016 0.297 114 V 0.420 0.037 0.013 0.037 0.071 0.017 0.405 115 A 0.262 0.021 0.029 0.064 0.087 0.046 0.491 116 L 0.136 0.018 0.058 0.177 0.126 0.118 0.367 117 K 0.057 0.012 0.058 0.213 0.171 0.117 0.373 118 T 0.035 0.007 0.031 0.292 0.202 0.082 0.351 119 P 0.012 0.003 0.036 0.635 0.109 0.065 0.140 120 A 0.010 0.003 0.032 0.777 0.048 0.045 0.084 121 E 0.006 0.002 0.027 0.832 0.021 0.051 0.061 122 K 0.008 0.002 0.013 0.869 0.020 0.042 0.046 123 V 0.009 0.002 0.009 0.884 0.018 0.038 0.041 124 A 0.008 0.002 0.007 0.902 0.014 0.034 0.033 125 W 0.006 0.002 0.005 0.920 0.012 0.023 0.032 126 L 0.003 0.001 0.004 0.944 0.011 0.018 0.018 127 E 0.003 0.001 0.004 0.952 0.007 0.022 0.013 128 R 0.002 0.001 0.003 0.949 0.011 0.018 0.017 129 R 0.002 0.001 0.003 0.946 0.012 0.021 0.016 130 L 0.003 0.001 0.005 0.910 0.018 0.043 0.020 131 E 0.003 0.001 0.010 0.862 0.020 0.076 0.028 132 E 0.003 0.002 0.012 0.792 0.028 0.117 0.046 133 G 0.004 0.002 0.010 0.460 0.049 0.414 0.060 134 G 0.016 0.004 0.011 0.190 0.107 0.451 0.221 135 F 0.081 0.015 0.017 0.138 0.115 0.044 0.589 136 R 0.309 0.034 0.041 0.201 0.067 0.028 0.320 137 L 0.353 0.024 0.094 0.226 0.048 0.052 0.202 138 L 0.337 0.021 0.112 0.207 0.052 0.060 0.210 139 E 0.231 0.011 0.123 0.245 0.094 0.082 0.214 140 G 0.109 0.009 0.112 0.273 0.163 0.107 0.228 141 E 0.077 0.010 0.078 0.261 0.148 0.101 0.324 142 R 0.052 0.010 0.089 0.322 0.106 0.137 0.284 143 G 0.044 0.008 0.085 0.346 0.112 0.209 0.197 144 P 0.034 0.007 0.100 0.434 0.119 0.142 0.165 145 W 0.042 0.009 0.087 0.559 0.075 0.091 0.138 146 V 0.088 0.009 0.077 0.554 0.045 0.102 0.125 147 Q 0.109 0.011 0.062 0.550 0.049 0.091 0.127 148 I 0.117 0.015 0.037 0.541 0.060 0.073 0.158 149 L 0.087 0.008 0.024 0.590 0.053 0.060 0.178 150 Q 0.054 0.005 0.023 0.616 0.055 0.064 0.182 151 D 0.040 0.005 0.032 0.644 0.053 0.085 0.141 152 T 0.041 0.005 0.037 0.682 0.055 0.082 0.098 153 F 0.042 0.006 0.030 0.694 0.062 0.072 0.095 154 L 0.051 0.004 0.027 0.676 0.057 0.090 0.094 155 E 0.088 0.005 0.029 0.622 0.054 0.089 0.113 156 V 0.137 0.009 0.026 0.544 0.077 0.060 0.147 157 R 0.231 0.009 0.032 0.412 0.064 0.098 0.154 158 R 0.261 0.009 0.034 0.310 0.080 0.106 0.201 159 K 0.241 0.016 0.049 0.296 0.071 0.112 0.215 160 K 0.275 0.011 0.040 0.204 0.077 0.102 0.292 161 D 0.292 0.027 0.043 0.178 0.068 0.103 0.288 162 G 0.263 0.033 0.050 0.111 0.094 0.104 0.344 163 E 0.152 0.012 0.052 0.064 0.145 0.373 0.201 164 E 0.090 0.009 0.040 0.033 0.204 0.474 0.151 165 A 0.076 0.008 0.023 0.010 0.304 0.405 0.174 166 G 0.107 0.006 0.008 0.002 0.315 0.177 0.385 167 K 0.418 0.018 0.002 0.001 0.286 0.011 0.264 168 L 0.792 0.017 0.001 0.001 0.019 0.003 0.169 169 L 0.924 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.064 170 Q 0.946 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.042 171 V 0.871 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.115 172 Q 0.867 0.001 0.002 0.001 0.068 0.007 0.055 173 A 0.948 0.003 0.001 0.001 0.010 0.002 0.035 174 V 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.039 175 L 0.972 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.020 176 F 0.970 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 177 E 0.937 0.003 0.001 0.001 0.013 0.010 0.036 178 G 0.907 0.003 0.002 0.001 0.027 0.009 0.052 179 R 0.888 0.002 0.001 0.001 0.023 0.004 0.081 180 L 0.940 0.007 0.001 0.001 0.011 0.003 0.039 181 E 0.928 0.008 0.001 0.001 0.012 0.003 0.048 182 V 0.585 0.051 0.001 0.001 0.031 0.011 0.319 183 V 0.217 0.049 0.002 0.002 0.371 0.039 0.320 184 D 0.037 0.012 0.001 0.005 0.581 0.021 0.342 185 P 0.001 0.002 0.070 0.785 0.025 0.079 0.039 186 E 0.001 0.001 0.043 0.914 0.009 0.031 0.003 187 R 0.001 0.001 0.042 0.939 0.003 0.014 0.002 188 A 0.001 0.001 0.009 0.979 0.001 0.008 0.002 189 L 0.001 0.001 0.007 0.975 0.002 0.014 0.002 190 A 0.003 0.001 0.014 0.954 0.004 0.022 0.003 191 T 0.002 0.001 0.023 0.940 0.005 0.025 0.006 192 L 0.005 0.004 0.035 0.902 0.008 0.036 0.010 193 R 0.007 0.001 0.043 0.736 0.031 0.162 0.020 194 R 0.006 0.001 0.029 0.405 0.038 0.503 0.020 195 G 0.012 0.007 0.019 0.211 0.232 0.272 0.248 196 V 0.028 0.042 0.014 0.136 0.227 0.115 0.438 197 G 0.031 0.011 0.031 0.109 0.329 0.085 0.404 198 P 0.018 0.008 0.139 0.132 0.180 0.311 0.212 199 G 0.069 0.007 0.148 0.151 0.099 0.390 0.137 200 K 0.185 0.032 0.120 0.157 0.092 0.259 0.155 201 A 0.253 0.041 0.064 0.103 0.088 0.208 0.242 202 L 0.179 0.025 0.043 0.064 0.180 0.263 0.245 203 G 0.172 0.031 0.057 0.063 0.223 0.180 0.274 204 L 0.207 0.020 0.074 0.130 0.137 0.134 0.298 205 G 0.191 0.015 0.128 0.231 0.087 0.086 0.263 206 L 0.133 0.009 0.175 0.446 0.046 0.107 0.084 207 L 0.180 0.007 0.130 0.451 0.045 0.109 0.077 208 S 0.172 0.011 0.081 0.406 0.113 0.100 0.117 209 V 0.197 0.021 0.016 0.117 0.242 0.068 0.339 210 A 0.082 0.022 0.004 0.012 0.007 0.051 0.821 211 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999