# TARGET T0272 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.314 0.221 0.167 0.144 0.100 0.047 0.007 2 W 0.050 0.106 0.152 0.253 0.265 0.153 0.020 3 L 0.020 0.025 0.047 0.129 0.281 0.395 0.105 4 T 0.023 0.047 0.068 0.149 0.225 0.342 0.146 5 K 0.014 0.030 0.083 0.153 0.233 0.343 0.145 6 L 0.002 0.002 0.008 0.028 0.103 0.446 0.410 7 V 0.013 0.035 0.080 0.179 0.311 0.329 0.053 8 L 0.006 0.011 0.030 0.101 0.314 0.477 0.062 9 N 0.033 0.162 0.273 0.318 0.168 0.043 0.002 10 P 0.151 0.281 0.281 0.198 0.073 0.015 0.001 11 A 0.685 0.216 0.064 0.025 0.008 0.002 0.001 12 S 0.725 0.176 0.062 0.026 0.009 0.002 0.001 13 R 0.555 0.210 0.128 0.074 0.027 0.006 0.001 14 A 0.567 0.276 0.104 0.041 0.010 0.002 0.001 15 A 0.372 0.234 0.171 0.138 0.065 0.017 0.002 16 R 0.407 0.304 0.153 0.089 0.036 0.009 0.001 17 R 0.306 0.279 0.193 0.138 0.061 0.020 0.003 18 D 0.264 0.247 0.199 0.164 0.088 0.033 0.005 19 L 0.200 0.178 0.172 0.206 0.160 0.074 0.011 20 A 0.313 0.271 0.183 0.131 0.070 0.026 0.005 21 N 0.354 0.279 0.177 0.116 0.054 0.018 0.003 22 P 0.150 0.150 0.144 0.204 0.190 0.132 0.030 23 Y 0.076 0.117 0.161 0.212 0.241 0.159 0.033 24 E 0.104 0.171 0.186 0.215 0.183 0.114 0.027 25 M 0.030 0.053 0.082 0.163 0.241 0.325 0.106 26 H 0.012 0.023 0.042 0.105 0.251 0.397 0.170 27 R 0.031 0.093 0.170 0.236 0.239 0.180 0.051 28 T 0.012 0.040 0.095 0.221 0.276 0.275 0.083 29 L 0.004 0.005 0.009 0.033 0.141 0.495 0.314 30 S 0.008 0.021 0.054 0.154 0.282 0.355 0.126 31 K 0.027 0.116 0.232 0.252 0.207 0.141 0.025 32 A 0.005 0.015 0.055 0.177 0.375 0.339 0.034 33 V 0.011 0.039 0.100 0.262 0.387 0.190 0.011 34 S 0.146 0.264 0.301 0.203 0.074 0.011 0.001 35 R 0.440 0.354 0.146 0.049 0.010 0.001 0.001 36 A 0.650 0.246 0.074 0.025 0.004 0.001 0.001 37 L 0.762 0.170 0.050 0.015 0.003 0.001 0.001 38 E 0.734 0.177 0.060 0.024 0.005 0.001 0.001 39 E 0.665 0.209 0.081 0.034 0.009 0.001 0.001 40 G 0.673 0.236 0.064 0.021 0.005 0.001 0.001 41 R 0.289 0.341 0.230 0.108 0.026 0.004 0.001 42 E 0.060 0.174 0.223 0.292 0.194 0.051 0.004 43 R 0.018 0.125 0.249 0.337 0.203 0.063 0.005 44 L 0.006 0.020 0.055 0.157 0.295 0.401 0.065 45 L 0.002 0.004 0.012 0.047 0.148 0.520 0.267 46 W 0.001 0.002 0.006 0.026 0.105 0.423 0.438 47 R 0.005 0.017 0.049 0.115 0.224 0.356 0.234 48 L 0.009 0.042 0.102 0.204 0.302 0.267 0.074 49 E 0.013 0.056 0.115 0.238 0.295 0.223 0.059 50 P 0.086 0.213 0.232 0.232 0.159 0.070 0.009 51 A 0.143 0.215 0.210 0.220 0.138 0.063 0.010 52 R 0.471 0.292 0.129 0.067 0.027 0.011 0.002 53 G 0.506 0.244 0.119 0.078 0.038 0.013 0.002 54 L 0.257 0.243 0.224 0.172 0.081 0.021 0.002 55 E 0.402 0.349 0.155 0.069 0.020 0.004 0.001 56 P 0.087 0.297 0.316 0.215 0.069 0.015 0.001 57 P 0.009 0.039 0.093 0.258 0.386 0.196 0.020 58 V 0.003 0.024 0.084 0.221 0.332 0.277 0.059 59 V 0.001 0.001 0.005 0.021 0.085 0.405 0.483 60 L 0.001 0.002 0.007 0.024 0.084 0.382 0.502 61 V 0.001 0.001 0.004 0.013 0.055 0.346 0.581 62 Q 0.002 0.010 0.044 0.128 0.226 0.363 0.228 63 T 0.005 0.021 0.046 0.112 0.272 0.407 0.138 64 L 0.013 0.075 0.206 0.320 0.223 0.129 0.034 65 T 0.044 0.099 0.126 0.220 0.293 0.189 0.029 66 E 0.068 0.180 0.257 0.238 0.163 0.084 0.010 67 P 0.125 0.153 0.156 0.234 0.200 0.117 0.015 68 D 0.251 0.237 0.188 0.145 0.109 0.062 0.009 69 W 0.264 0.186 0.173 0.179 0.130 0.061 0.008 70 S 0.522 0.229 0.115 0.069 0.039 0.021 0.005 71 V 0.367 0.217 0.168 0.133 0.074 0.034 0.007 72 L 0.344 0.217 0.174 0.139 0.083 0.035 0.007 73 D 0.533 0.222 0.115 0.073 0.035 0.017 0.005 74 E 0.535 0.237 0.112 0.065 0.031 0.015 0.004 75 G 0.399 0.243 0.163 0.112 0.058 0.021 0.004 76 Y 0.359 0.270 0.173 0.120 0.057 0.018 0.004 77 A 0.298 0.171 0.148 0.166 0.127 0.072 0.018 78 Q 0.252 0.191 0.168 0.179 0.133 0.067 0.011 79 V 0.208 0.198 0.190 0.180 0.131 0.076 0.017 80 F 0.189 0.151 0.147 0.196 0.177 0.110 0.030 81 P 0.207 0.191 0.167 0.160 0.131 0.106 0.037 82 P 0.117 0.144 0.152 0.193 0.190 0.160 0.044 83 K 0.149 0.230 0.218 0.188 0.127 0.073 0.015 84 P 0.174 0.191 0.173 0.186 0.162 0.096 0.018 85 F 0.091 0.118 0.150 0.231 0.250 0.143 0.017 86 H 0.132 0.222 0.253 0.235 0.118 0.036 0.003 87 P 0.345 0.347 0.165 0.095 0.036 0.011 0.001 88 A 0.276 0.380 0.211 0.097 0.030 0.007 0.001 89 L 0.040 0.072 0.165 0.386 0.284 0.050 0.001 90 K 0.378 0.410 0.151 0.050 0.009 0.001 0.001 91 P 0.625 0.290 0.067 0.016 0.002 0.001 0.001 92 G 0.336 0.404 0.167 0.073 0.017 0.003 0.001 93 Q 0.108 0.302 0.278 0.210 0.089 0.012 0.001 94 R 0.056 0.299 0.319 0.229 0.080 0.015 0.001 95 L 0.005 0.018 0.047 0.147 0.373 0.386 0.025 96 R 0.006 0.057 0.208 0.399 0.258 0.068 0.004 97 F 0.006 0.024 0.042 0.103 0.295 0.454 0.075 98 R 0.004 0.049 0.213 0.405 0.231 0.083 0.014 99 L 0.004 0.019 0.038 0.120 0.312 0.418 0.088 100 R 0.014 0.105 0.205 0.275 0.234 0.140 0.027 101 A 0.023 0.059 0.098 0.194 0.261 0.306 0.059 102 N 0.043 0.130 0.203 0.247 0.215 0.140 0.021 103 P 0.081 0.142 0.199 0.247 0.207 0.111 0.013 104 A 0.087 0.132 0.179 0.253 0.243 0.099 0.007 105 K 0.067 0.172 0.265 0.273 0.169 0.049 0.004 106 R 0.099 0.178 0.241 0.264 0.173 0.043 0.002 107 L 0.276 0.332 0.237 0.121 0.030 0.004 0.001 108 A 0.573 0.253 0.113 0.048 0.011 0.002 0.001 109 A 0.786 0.144 0.048 0.017 0.004 0.001 0.001 110 T 0.870 0.096 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 111 G 0.836 0.116 0.034 0.011 0.002 0.001 0.001 112 K 0.762 0.168 0.048 0.017 0.004 0.001 0.001 113 R 0.431 0.298 0.157 0.086 0.024 0.003 0.001 114 V 0.229 0.231 0.246 0.203 0.079 0.012 0.001 115 A 0.321 0.350 0.195 0.102 0.028 0.004 0.001 116 L 0.344 0.279 0.194 0.130 0.045 0.007 0.001 117 K 0.405 0.278 0.157 0.106 0.044 0.009 0.001 118 T 0.575 0.251 0.106 0.050 0.015 0.003 0.001 119 P 0.613 0.230 0.088 0.049 0.016 0.003 0.001 120 A 0.620 0.250 0.087 0.032 0.009 0.002 0.001 121 E 0.402 0.316 0.168 0.081 0.027 0.007 0.001 122 K 0.195 0.223 0.199 0.208 0.126 0.045 0.004 123 V 0.202 0.234 0.244 0.190 0.097 0.030 0.003 124 A 0.299 0.327 0.199 0.112 0.046 0.016 0.002 125 W 0.129 0.140 0.173 0.239 0.216 0.095 0.008 126 L 0.123 0.124 0.175 0.241 0.213 0.113 0.012 127 E 0.263 0.228 0.179 0.171 0.112 0.042 0.004 128 R 0.244 0.235 0.190 0.170 0.112 0.044 0.006 129 R 0.253 0.192 0.165 0.180 0.132 0.068 0.010 130 L 0.289 0.250 0.174 0.148 0.093 0.039 0.007 131 E 0.388 0.249 0.163 0.112 0.059 0.025 0.005 132 E 0.499 0.248 0.130 0.075 0.033 0.013 0.002 133 G 0.335 0.253 0.180 0.127 0.072 0.030 0.004 134 G 0.200 0.201 0.175 0.189 0.150 0.076 0.009 135 F 0.142 0.141 0.181 0.231 0.190 0.103 0.013 136 R 0.152 0.241 0.246 0.204 0.109 0.045 0.004 137 L 0.055 0.072 0.114 0.220 0.295 0.220 0.024 138 L 0.050 0.085 0.148 0.279 0.292 0.134 0.011 139 E 0.178 0.301 0.247 0.167 0.076 0.028 0.004 140 G 0.228 0.276 0.218 0.168 0.080 0.025 0.005 141 E 0.358 0.279 0.176 0.104 0.054 0.024 0.005 142 R 0.170 0.195 0.211 0.214 0.140 0.061 0.009 143 G 0.294 0.253 0.181 0.138 0.086 0.041 0.007 144 P 0.258 0.250 0.186 0.144 0.094 0.056 0.012 145 W 0.098 0.102 0.139 0.212 0.244 0.175 0.030 146 V 0.158 0.188 0.176 0.185 0.159 0.110 0.023 147 Q 0.142 0.181 0.185 0.204 0.160 0.103 0.024 148 I 0.122 0.137 0.154 0.201 0.211 0.149 0.027 149 L 0.221 0.217 0.192 0.179 0.117 0.063 0.012 150 Q 0.341 0.239 0.160 0.126 0.082 0.044 0.009 151 D 0.349 0.240 0.168 0.123 0.075 0.038 0.007 152 T 0.301 0.209 0.158 0.150 0.110 0.062 0.010 153 F 0.258 0.209 0.176 0.164 0.117 0.066 0.010 154 L 0.367 0.229 0.159 0.132 0.076 0.034 0.004 155 E 0.469 0.243 0.130 0.087 0.047 0.021 0.004 156 V 0.363 0.188 0.159 0.149 0.096 0.039 0.005 157 R 0.496 0.233 0.126 0.085 0.043 0.015 0.002 158 R 0.382 0.250 0.162 0.117 0.064 0.024 0.003 159 K 0.266 0.245 0.206 0.166 0.087 0.028 0.002 160 K 0.277 0.277 0.201 0.142 0.075 0.025 0.002 161 D 0.238 0.248 0.218 0.184 0.088 0.022 0.001 162 G 0.298 0.264 0.202 0.159 0.064 0.012 0.001 163 E 0.533 0.290 0.114 0.049 0.013 0.002 0.001 164 E 0.558 0.270 0.105 0.051 0.013 0.002 0.001 165 A 0.604 0.251 0.092 0.042 0.010 0.001 0.001 166 G 0.489 0.337 0.120 0.044 0.009 0.001 0.001 167 K 0.304 0.391 0.183 0.091 0.026 0.004 0.001 168 L 0.123 0.368 0.299 0.162 0.042 0.006 0.001 169 L 0.020 0.053 0.118 0.301 0.366 0.136 0.005 170 Q 0.096 0.347 0.327 0.182 0.044 0.005 0.001 171 V 0.054 0.133 0.190 0.323 0.233 0.063 0.003 172 Q 0.179 0.437 0.229 0.111 0.035 0.008 0.001 173 A 0.067 0.282 0.263 0.247 0.107 0.032 0.002 174 V 0.015 0.075 0.137 0.259 0.351 0.151 0.011 175 L 0.022 0.173 0.312 0.299 0.142 0.048 0.004 176 F 0.004 0.018 0.052 0.173 0.378 0.331 0.044 177 E 0.024 0.197 0.332 0.316 0.105 0.023 0.003 178 G 0.013 0.071 0.107 0.196 0.324 0.253 0.036 179 R 0.011 0.115 0.307 0.350 0.163 0.050 0.004 180 L 0.001 0.008 0.023 0.114 0.354 0.467 0.033 181 E 0.009 0.132 0.319 0.358 0.149 0.032 0.001 182 V 0.008 0.037 0.088 0.247 0.381 0.227 0.012 183 V 0.094 0.391 0.328 0.148 0.034 0.006 0.001 184 D 0.056 0.284 0.250 0.268 0.121 0.022 0.001 185 P 0.023 0.117 0.214 0.311 0.254 0.077 0.003 186 E 0.139 0.442 0.276 0.111 0.028 0.003 0.001 187 R 0.028 0.222 0.408 0.262 0.070 0.010 0.001 188 A 0.005 0.013 0.029 0.127 0.408 0.398 0.020 189 L 0.005 0.061 0.174 0.361 0.307 0.089 0.004 190 A 0.055 0.424 0.327 0.147 0.039 0.009 0.001 191 T 0.010 0.044 0.165 0.388 0.315 0.073 0.004 192 L 0.007 0.014 0.025 0.081 0.281 0.515 0.076 193 R 0.039 0.169 0.254 0.305 0.169 0.054 0.010 194 R 0.109 0.368 0.289 0.161 0.056 0.016 0.002 195 G 0.022 0.069 0.155 0.304 0.292 0.137 0.021 196 V 0.047 0.087 0.111 0.175 0.275 0.249 0.056 197 G 0.091 0.156 0.172 0.248 0.202 0.106 0.025 198 P 0.057 0.169 0.215 0.254 0.176 0.094 0.035 199 G 0.036 0.051 0.070 0.153 0.279 0.278 0.132 200 K 0.052 0.118 0.138 0.177 0.208 0.186 0.121 201 A 0.087 0.074 0.080 0.126 0.167 0.254 0.212 202 L 0.120 0.159 0.140 0.166 0.151 0.160 0.104 203 G 0.151 0.141 0.147 0.159 0.138 0.174 0.090 204 L 0.094 0.074 0.086 0.152 0.201 0.246 0.146 205 G 0.089 0.088 0.115 0.167 0.214 0.212 0.116 206 L 0.138 0.092 0.112 0.144 0.174 0.220 0.120 207 L 0.112 0.071 0.085 0.152 0.206 0.269 0.105 208 S 0.149 0.143 0.141 0.201 0.197 0.144 0.025 209 V 0.179 0.131 0.144 0.187 0.196 0.138 0.025 210 A 0.332 0.223 0.175 0.157 0.078 0.031 0.005 211 P 0.510 0.222 0.119 0.077 0.048 0.022 0.003