# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.394 0.013 0.006 0.005 0.136 0.447 2 W 0.815 0.013 0.002 0.003 0.034 0.134 3 L 0.867 0.005 0.002 0.002 0.031 0.093 4 T 0.876 0.004 0.003 0.002 0.026 0.089 5 K 0.901 0.003 0.005 0.002 0.026 0.063 6 L 0.836 0.004 0.006 0.002 0.031 0.121 7 V 0.683 0.012 0.008 0.003 0.065 0.228 8 L 0.266 0.056 0.004 0.003 0.081 0.589 9 N 0.039 0.010 0.001 0.004 0.188 0.757 10 P 0.008 0.003 0.079 0.466 0.271 0.173 11 A 0.003 0.001 0.079 0.757 0.134 0.026 12 S 0.004 0.003 0.073 0.778 0.123 0.019 13 R 0.004 0.003 0.036 0.882 0.048 0.028 14 A 0.005 0.004 0.044 0.880 0.044 0.023 15 A 0.006 0.002 0.056 0.842 0.063 0.030 16 R 0.018 0.005 0.064 0.702 0.110 0.101 17 R 0.019 0.012 0.072 0.721 0.095 0.082 18 D 0.018 0.006 0.078 0.625 0.173 0.099 19 L 0.007 0.007 0.081 0.481 0.262 0.161 20 A 0.006 0.015 0.023 0.330 0.300 0.326 21 N 0.003 0.005 0.005 0.094 0.321 0.572 22 P 0.001 0.001 0.020 0.868 0.063 0.048 23 Y 0.001 0.001 0.016 0.959 0.019 0.005 24 E 0.001 0.001 0.020 0.960 0.014 0.003 25 M 0.001 0.001 0.006 0.981 0.006 0.005 26 H 0.002 0.001 0.004 0.979 0.006 0.008 27 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 28 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.003 29 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 30 S 0.001 0.001 0.010 0.984 0.004 0.001 31 K 0.001 0.001 0.021 0.971 0.005 0.002 32 A 0.001 0.001 0.039 0.925 0.015 0.019 33 V 0.004 0.003 0.047 0.767 0.063 0.117 34 S 0.006 0.005 0.069 0.555 0.131 0.234 35 R 0.006 0.005 0.099 0.444 0.234 0.212 36 A 0.005 0.005 0.173 0.383 0.317 0.117 37 L 0.002 0.003 0.315 0.394 0.214 0.071 38 E 0.005 0.005 0.307 0.354 0.264 0.065 39 E 0.008 0.005 0.235 0.293 0.354 0.105 40 G 0.017 0.012 0.137 0.171 0.398 0.265 41 R 0.033 0.012 0.177 0.175 0.376 0.226 42 E 0.091 0.008 0.148 0.149 0.372 0.233 43 R 0.297 0.012 0.096 0.189 0.220 0.186 44 L 0.563 0.014 0.041 0.154 0.093 0.135 45 L 0.670 0.008 0.029 0.162 0.045 0.086 46 W 0.670 0.008 0.030 0.166 0.045 0.081 47 R 0.668 0.011 0.023 0.103 0.075 0.120 48 L 0.496 0.025 0.023 0.087 0.138 0.231 49 E 0.212 0.026 0.042 0.050 0.318 0.351 50 P 0.072 0.021 0.102 0.050 0.465 0.290 51 A 0.021 0.015 0.223 0.040 0.550 0.151 52 R 0.011 0.008 0.198 0.034 0.590 0.158 53 G 0.009 0.006 0.075 0.010 0.543 0.358 54 L 0.025 0.014 0.032 0.008 0.420 0.502 55 E 0.054 0.022 0.007 0.002 0.249 0.667 56 P 0.124 0.010 0.003 0.001 0.267 0.595 57 P 0.451 0.005 0.001 0.001 0.123 0.419 58 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 59 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 62 Q 0.920 0.001 0.001 0.001 0.013 0.066 63 T 0.495 0.006 0.001 0.002 0.156 0.339 64 L 0.108 0.015 0.011 0.004 0.453 0.409 65 T 0.079 0.025 0.019 0.007 0.536 0.334 66 E 0.036 0.010 0.020 0.008 0.640 0.286 67 P 0.018 0.010 0.054 0.028 0.575 0.315 68 D 0.026 0.026 0.075 0.053 0.503 0.316 69 W 0.019 0.012 0.354 0.163 0.351 0.100 70 S 0.035 0.008 0.242 0.286 0.302 0.127 71 V 0.069 0.012 0.213 0.301 0.288 0.117 72 L 0.117 0.041 0.048 0.274 0.239 0.281 73 D 0.121 0.015 0.030 0.216 0.314 0.304 74 E 0.077 0.008 0.037 0.315 0.352 0.211 75 G 0.127 0.015 0.062 0.210 0.353 0.232 76 Y 0.326 0.023 0.092 0.190 0.217 0.153 77 A 0.441 0.013 0.089 0.206 0.130 0.123 78 Q 0.525 0.013 0.052 0.190 0.107 0.114 79 V 0.555 0.020 0.027 0.134 0.112 0.152 80 F 0.325 0.024 0.016 0.044 0.248 0.344 81 P 0.143 0.013 0.015 0.021 0.327 0.482 82 P 0.091 0.028 0.021 0.013 0.334 0.512 83 K 0.064 0.034 0.020 0.008 0.406 0.469 84 P 0.051 0.020 0.052 0.013 0.389 0.474 85 F 0.054 0.033 0.061 0.017 0.349 0.486 86 H 0.032 0.029 0.071 0.014 0.494 0.361 87 P 0.011 0.007 0.262 0.035 0.470 0.215 88 A 0.022 0.014 0.252 0.026 0.476 0.210 89 L 0.050 0.152 0.073 0.014 0.461 0.250 90 K 0.016 0.011 0.012 0.004 0.941 0.016 91 P 0.007 0.002 0.010 0.004 0.963 0.015 92 G 0.005 0.001 0.011 0.002 0.966 0.015 93 Q 0.491 0.056 0.004 0.001 0.423 0.024 94 R 0.875 0.015 0.001 0.001 0.019 0.090 95 L 0.957 0.005 0.001 0.001 0.011 0.026 96 R 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 97 F 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 98 R 0.961 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 99 L 0.952 0.001 0.001 0.001 0.008 0.038 100 R 0.877 0.004 0.001 0.002 0.028 0.088 101 A 0.606 0.014 0.001 0.005 0.082 0.293 102 N 0.229 0.005 0.004 0.004 0.238 0.520 103 P 0.249 0.005 0.018 0.027 0.357 0.343 104 A 0.337 0.013 0.036 0.056 0.276 0.283 105 K 0.601 0.013 0.030 0.058 0.155 0.143 106 R 0.667 0.011 0.017 0.036 0.111 0.158 107 L 0.490 0.050 0.018 0.044 0.126 0.273 108 A 0.240 0.030 0.026 0.034 0.608 0.062 109 A 0.049 0.004 0.068 0.034 0.794 0.051 110 T 0.017 0.002 0.044 0.037 0.855 0.045 111 G 0.116 0.011 0.012 0.006 0.763 0.092 112 K 0.381 0.015 0.002 0.003 0.100 0.499 113 R 0.853 0.022 0.001 0.002 0.022 0.100 114 V 0.879 0.006 0.003 0.003 0.024 0.085 115 A 0.821 0.007 0.006 0.003 0.041 0.122 116 L 0.648 0.006 0.011 0.005 0.093 0.237 117 K 0.387 0.012 0.010 0.009 0.140 0.442 118 T 0.161 0.015 0.006 0.008 0.260 0.551 119 P 0.033 0.009 0.022 0.025 0.332 0.579 120 A 0.021 0.006 0.095 0.311 0.317 0.250 121 E 0.030 0.008 0.106 0.493 0.249 0.114 122 K 0.042 0.009 0.076 0.567 0.166 0.139 123 V 0.086 0.008 0.038 0.613 0.092 0.162 124 A 0.086 0.004 0.028 0.745 0.061 0.076 125 W 0.121 0.003 0.022 0.763 0.041 0.050 126 L 0.134 0.004 0.016 0.755 0.036 0.054 127 E 0.138 0.004 0.019 0.762 0.040 0.038 128 R 0.147 0.003 0.023 0.740 0.047 0.040 129 R 0.121 0.007 0.029 0.644 0.087 0.111 130 L 0.070 0.013 0.042 0.538 0.138 0.199 131 E 0.067 0.010 0.069 0.501 0.162 0.192 132 E 0.042 0.007 0.099 0.495 0.236 0.120 133 G 0.027 0.004 0.087 0.388 0.330 0.164 134 G 0.048 0.006 0.067 0.168 0.393 0.317 135 F 0.216 0.025 0.062 0.194 0.204 0.299 136 R 0.381 0.016 0.074 0.225 0.115 0.189 137 L 0.423 0.030 0.083 0.207 0.093 0.164 138 L 0.319 0.035 0.091 0.216 0.158 0.181 139 E 0.147 0.012 0.156 0.248 0.266 0.170 140 G 0.056 0.006 0.202 0.174 0.409 0.152 141 E 0.049 0.013 0.136 0.157 0.449 0.195 142 R 0.042 0.021 0.052 0.198 0.366 0.321 143 G 0.018 0.005 0.010 0.045 0.407 0.515 144 P 0.013 0.003 0.061 0.225 0.375 0.322 145 W 0.079 0.013 0.084 0.384 0.258 0.183 146 V 0.212 0.012 0.110 0.431 0.138 0.097 147 Q 0.273 0.014 0.061 0.399 0.103 0.151 148 I 0.294 0.024 0.038 0.279 0.150 0.216 149 L 0.168 0.013 0.036 0.363 0.213 0.208 150 Q 0.109 0.007 0.048 0.333 0.255 0.248 151 D 0.094 0.005 0.063 0.361 0.271 0.206 152 T 0.180 0.009 0.068 0.474 0.152 0.118 153 F 0.236 0.010 0.041 0.544 0.085 0.084 154 L 0.209 0.003 0.039 0.623 0.059 0.067 155 E 0.208 0.003 0.033 0.642 0.053 0.063 156 V 0.243 0.006 0.026 0.601 0.052 0.072 157 R 0.249 0.009 0.021 0.513 0.075 0.134 158 R 0.257 0.011 0.025 0.406 0.130 0.171 159 K 0.222 0.017 0.027 0.301 0.278 0.155 160 K 0.149 0.022 0.028 0.182 0.406 0.213 161 D 0.065 0.011 0.019 0.054 0.579 0.272 162 G 0.058 0.010 0.060 0.040 0.573 0.259 163 E 0.121 0.029 0.172 0.078 0.459 0.142 164 E 0.103 0.016 0.249 0.084 0.470 0.079 165 A 0.094 0.011 0.116 0.070 0.544 0.164 166 G 0.196 0.009 0.022 0.012 0.476 0.284 167 K 0.495 0.004 0.004 0.002 0.138 0.357 168 L 0.916 0.006 0.001 0.001 0.013 0.064 169 L 0.959 0.004 0.001 0.001 0.006 0.031 170 Q 0.964 0.002 0.001 0.001 0.005 0.029 171 V 0.914 0.001 0.002 0.001 0.017 0.066 172 Q 0.851 0.001 0.005 0.001 0.038 0.105 173 A 0.960 0.001 0.003 0.001 0.013 0.023 174 V 0.965 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 175 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 176 F 0.938 0.002 0.001 0.001 0.012 0.047 177 E 0.842 0.002 0.001 0.001 0.036 0.119 178 G 0.748 0.003 0.001 0.001 0.059 0.188 179 R 0.779 0.003 0.001 0.001 0.066 0.149 180 L 0.922 0.002 0.001 0.002 0.024 0.048 181 E 0.959 0.003 0.001 0.003 0.015 0.019 182 V 0.921 0.004 0.001 0.003 0.026 0.045 183 V 0.625 0.010 0.002 0.007 0.116 0.240 184 D 0.075 0.004 0.002 0.017 0.187 0.715 185 P 0.001 0.001 0.052 0.898 0.035 0.013 186 E 0.001 0.001 0.064 0.909 0.021 0.004 187 R 0.001 0.001 0.062 0.918 0.016 0.003 188 A 0.001 0.001 0.011 0.975 0.006 0.006 189 L 0.001 0.001 0.006 0.986 0.004 0.003 190 A 0.001 0.001 0.006 0.983 0.007 0.002 191 T 0.001 0.001 0.005 0.974 0.013 0.006 192 L 0.001 0.001 0.007 0.965 0.018 0.008 193 R 0.002 0.001 0.014 0.921 0.044 0.018 194 R 0.002 0.001 0.014 0.859 0.055 0.070 195 G 0.005 0.004 0.019 0.318 0.153 0.501 196 V 0.019 0.025 0.019 0.183 0.197 0.557 197 G 0.054 0.018 0.025 0.144 0.307 0.452 198 P 0.047 0.010 0.063 0.432 0.249 0.200 199 G 0.067 0.020 0.140 0.365 0.234 0.174 200 K 0.090 0.022 0.270 0.277 0.245 0.096 201 A 0.152 0.028 0.203 0.194 0.294 0.129 202 L 0.170 0.017 0.170 0.138 0.357 0.148 203 G 0.254 0.020 0.069 0.058 0.341 0.258 204 L 0.274 0.014 0.058 0.035 0.362 0.256 205 G 0.405 0.013 0.049 0.020 0.246 0.266 206 L 0.632 0.032 0.040 0.040 0.114 0.143 207 L 0.624 0.019 0.033 0.036 0.109 0.179 208 S 0.579 0.016 0.018 0.020 0.102 0.264 209 V 0.312 0.026 0.008 0.013 0.098 0.542 210 A 0.116 0.014 0.004 0.005 0.121 0.741 211 P 0.050 0.007 0.003 0.003 0.132 0.804