# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.002 0.001 0.004 0.008 0.004 0.911 2 W 0.584 0.042 0.006 0.010 0.020 0.020 0.318 3 L 0.720 0.014 0.009 0.005 0.023 0.013 0.216 4 T 0.827 0.002 0.010 0.004 0.029 0.011 0.116 5 K 0.897 0.003 0.008 0.006 0.013 0.011 0.061 6 L 0.927 0.003 0.002 0.005 0.005 0.005 0.053 7 V 0.868 0.011 0.001 0.003 0.008 0.003 0.105 8 L 0.625 0.045 0.002 0.004 0.034 0.006 0.285 9 N 0.127 0.007 0.002 0.001 0.071 0.007 0.784 10 P 0.008 0.003 0.152 0.176 0.067 0.529 0.065 11 A 0.002 0.004 0.136 0.280 0.063 0.446 0.069 12 S 0.002 0.006 0.214 0.367 0.047 0.093 0.271 13 R 0.002 0.001 0.056 0.831 0.014 0.055 0.041 14 A 0.003 0.001 0.058 0.870 0.009 0.041 0.018 15 A 0.003 0.003 0.054 0.875 0.008 0.041 0.016 16 R 0.003 0.003 0.031 0.905 0.006 0.033 0.020 17 R 0.005 0.003 0.079 0.827 0.018 0.045 0.022 18 D 0.005 0.001 0.092 0.726 0.014 0.138 0.024 19 L 0.006 0.005 0.072 0.552 0.064 0.223 0.079 20 A 0.007 0.011 0.022 0.250 0.323 0.215 0.172 21 N 0.006 0.013 0.007 0.038 0.357 0.043 0.537 22 P 0.001 0.003 0.058 0.561 0.048 0.243 0.087 23 Y 0.001 0.002 0.034 0.825 0.026 0.084 0.029 24 E 0.001 0.001 0.033 0.938 0.004 0.012 0.011 25 M 0.001 0.001 0.010 0.977 0.001 0.008 0.004 26 H 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.006 0.002 27 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 28 T 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.005 0.001 29 L 0.001 0.001 0.008 0.982 0.001 0.009 0.001 30 S 0.001 0.001 0.013 0.978 0.001 0.008 0.001 31 K 0.001 0.001 0.011 0.944 0.001 0.044 0.001 32 A 0.001 0.001 0.018 0.912 0.003 0.059 0.007 33 V 0.002 0.002 0.027 0.694 0.102 0.095 0.079 34 S 0.004 0.007 0.092 0.482 0.065 0.165 0.185 35 R 0.005 0.007 0.109 0.439 0.147 0.183 0.110 36 A 0.008 0.007 0.149 0.322 0.124 0.104 0.286 37 L 0.003 0.002 0.242 0.496 0.036 0.168 0.052 38 E 0.003 0.002 0.210 0.405 0.031 0.309 0.040 39 E 0.002 0.002 0.157 0.239 0.056 0.514 0.030 40 G 0.008 0.007 0.070 0.141 0.087 0.534 0.153 41 R 0.038 0.018 0.071 0.060 0.138 0.063 0.612 42 E 0.084 0.014 0.172 0.105 0.174 0.200 0.252 43 R 0.310 0.012 0.132 0.067 0.135 0.188 0.157 44 L 0.741 0.020 0.054 0.044 0.021 0.027 0.093 45 L 0.866 0.014 0.014 0.038 0.011 0.011 0.047 46 W 0.854 0.005 0.024 0.025 0.013 0.017 0.061 47 R 0.674 0.014 0.022 0.019 0.050 0.023 0.198 48 L 0.438 0.033 0.035 0.033 0.117 0.029 0.315 49 E 0.128 0.018 0.023 0.013 0.262 0.012 0.543 50 P 0.053 0.013 0.195 0.043 0.102 0.149 0.446 51 A 0.011 0.010 0.308 0.040 0.099 0.364 0.167 52 R 0.005 0.006 0.259 0.026 0.096 0.525 0.083 53 G 0.008 0.005 0.096 0.011 0.248 0.437 0.197 54 L 0.032 0.014 0.029 0.007 0.344 0.120 0.454 55 E 0.043 0.020 0.006 0.002 0.402 0.025 0.502 56 P 0.086 0.011 0.010 0.003 0.097 0.025 0.769 57 P 0.247 0.004 0.008 0.002 0.187 0.021 0.530 58 V 0.911 0.003 0.003 0.001 0.028 0.005 0.048 59 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 60 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 61 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 62 Q 0.917 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.070 63 T 0.480 0.009 0.002 0.001 0.052 0.007 0.449 64 L 0.099 0.010 0.009 0.001 0.340 0.051 0.490 65 T 0.062 0.022 0.017 0.005 0.403 0.071 0.421 66 E 0.017 0.011 0.009 0.002 0.269 0.014 0.678 67 P 0.011 0.014 0.043 0.016 0.138 0.147 0.630 68 D 0.018 0.021 0.091 0.041 0.175 0.235 0.419 69 W 0.014 0.007 0.300 0.153 0.123 0.166 0.237 70 S 0.021 0.008 0.238 0.266 0.089 0.190 0.188 71 V 0.046 0.027 0.258 0.279 0.082 0.145 0.162 72 L 0.073 0.020 0.097 0.302 0.135 0.093 0.279 73 D 0.055 0.013 0.083 0.377 0.091 0.108 0.274 74 E 0.037 0.007 0.123 0.331 0.145 0.224 0.134 75 G 0.074 0.011 0.120 0.247 0.115 0.255 0.176 76 Y 0.164 0.022 0.150 0.243 0.087 0.163 0.170 77 A 0.284 0.018 0.099 0.227 0.061 0.120 0.191 78 Q 0.335 0.017 0.073 0.192 0.066 0.095 0.223 79 V 0.416 0.070 0.033 0.086 0.094 0.065 0.236 80 F 0.189 0.037 0.004 0.008 0.190 0.023 0.548 81 P 0.055 0.007 0.002 0.002 0.083 0.019 0.831 82 P 0.040 0.021 0.006 0.004 0.102 0.030 0.797 83 K 0.053 0.019 0.015 0.004 0.217 0.022 0.669 84 P 0.040 0.024 0.083 0.019 0.155 0.098 0.579 85 F 0.044 0.057 0.120 0.044 0.251 0.131 0.354 86 H 0.016 0.013 0.080 0.018 0.187 0.016 0.670 87 P 0.003 0.001 0.427 0.045 0.037 0.368 0.119 88 A 0.015 0.019 0.303 0.047 0.041 0.438 0.137 89 L 0.018 0.030 0.038 0.021 0.188 0.042 0.663 90 K 0.024 0.005 0.005 0.004 0.058 0.015 0.889 91 P 0.005 0.002 0.028 0.010 0.104 0.839 0.013 92 G 0.016 0.001 0.020 0.001 0.070 0.869 0.023 93 Q 0.226 0.011 0.006 0.001 0.056 0.006 0.694 94 R 0.745 0.009 0.001 0.001 0.016 0.002 0.226 95 L 0.922 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.069 96 R 0.961 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.031 97 F 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 98 R 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 99 L 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 100 R 0.915 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.073 101 A 0.761 0.008 0.001 0.001 0.043 0.009 0.176 102 N 0.508 0.006 0.001 0.001 0.125 0.026 0.333 103 P 0.294 0.005 0.012 0.006 0.235 0.086 0.362 104 A 0.571 0.006 0.019 0.010 0.117 0.052 0.226 105 K 0.816 0.014 0.013 0.017 0.025 0.006 0.108 106 R 0.948 0.006 0.002 0.006 0.007 0.002 0.029 107 L 0.842 0.040 0.004 0.006 0.015 0.009 0.083 108 A 0.310 0.007 0.007 0.003 0.048 0.031 0.594 109 A 0.071 0.006 0.028 0.003 0.112 0.678 0.102 110 T 0.006 0.001 0.010 0.001 0.080 0.876 0.026 111 G 0.049 0.001 0.011 0.001 0.502 0.291 0.144 112 K 0.363 0.046 0.002 0.001 0.049 0.008 0.530 113 R 0.790 0.082 0.002 0.001 0.010 0.001 0.114 114 V 0.736 0.016 0.003 0.002 0.020 0.003 0.220 115 A 0.609 0.008 0.008 0.005 0.028 0.020 0.322 116 L 0.400 0.009 0.023 0.014 0.076 0.045 0.432 117 K 0.265 0.027 0.022 0.027 0.150 0.044 0.464 118 T 0.120 0.011 0.006 0.015 0.250 0.009 0.590 119 P 0.092 0.014 0.044 0.143 0.075 0.085 0.547 120 A 0.019 0.005 0.112 0.576 0.045 0.172 0.072 121 E 0.023 0.005 0.144 0.539 0.031 0.122 0.136 122 K 0.036 0.007 0.048 0.697 0.028 0.034 0.150 123 V 0.039 0.004 0.016 0.794 0.019 0.019 0.109 124 A 0.042 0.003 0.012 0.849 0.019 0.021 0.054 125 W 0.056 0.003 0.010 0.868 0.011 0.023 0.030 126 L 0.093 0.005 0.010 0.834 0.010 0.020 0.027 127 E 0.062 0.002 0.012 0.875 0.010 0.019 0.020 128 R 0.054 0.002 0.017 0.830 0.021 0.050 0.026 129 R 0.071 0.007 0.018 0.713 0.027 0.099 0.065 130 L 0.094 0.016 0.030 0.503 0.069 0.073 0.217 131 E 0.088 0.008 0.060 0.398 0.075 0.106 0.265 132 E 0.030 0.004 0.092 0.408 0.069 0.332 0.065 133 G 0.036 0.004 0.057 0.197 0.094 0.541 0.073 134 G 0.100 0.013 0.031 0.131 0.172 0.304 0.248 135 F 0.325 0.025 0.014 0.136 0.064 0.043 0.394 136 R 0.580 0.031 0.017 0.143 0.042 0.014 0.172 137 L 0.537 0.020 0.048 0.223 0.028 0.021 0.124 138 L 0.390 0.023 0.082 0.246 0.053 0.053 0.152 139 E 0.194 0.013 0.122 0.238 0.069 0.205 0.158 140 G 0.032 0.003 0.158 0.134 0.086 0.415 0.173 141 E 0.034 0.012 0.105 0.148 0.127 0.291 0.282 142 R 0.038 0.023 0.052 0.146 0.284 0.198 0.259 143 G 0.024 0.006 0.016 0.098 0.432 0.074 0.349 144 P 0.042 0.009 0.034 0.308 0.123 0.155 0.329 145 W 0.060 0.020 0.033 0.669 0.028 0.073 0.118 146 V 0.094 0.011 0.027 0.713 0.025 0.043 0.086 147 Q 0.132 0.008 0.024 0.713 0.028 0.023 0.072 148 I 0.184 0.016 0.036 0.622 0.032 0.026 0.084 149 L 0.136 0.010 0.039 0.637 0.027 0.066 0.085 150 Q 0.078 0.005 0.041 0.629 0.058 0.113 0.075 151 D 0.054 0.002 0.045 0.578 0.105 0.103 0.112 152 T 0.076 0.010 0.037 0.594 0.066 0.098 0.120 153 F 0.071 0.007 0.029 0.742 0.015 0.084 0.051 154 L 0.204 0.006 0.030 0.620 0.023 0.040 0.076 155 E 0.228 0.005 0.023 0.641 0.021 0.020 0.062 156 V 0.238 0.006 0.026 0.620 0.018 0.023 0.068 157 R 0.328 0.011 0.019 0.525 0.019 0.034 0.063 158 R 0.300 0.008 0.024 0.511 0.023 0.054 0.079 159 K 0.160 0.004 0.022 0.450 0.054 0.146 0.165 160 K 0.118 0.015 0.017 0.229 0.117 0.251 0.253 161 D 0.100 0.017 0.017 0.073 0.171 0.264 0.358 162 G 0.102 0.020 0.062 0.044 0.201 0.203 0.368 163 E 0.068 0.006 0.231 0.071 0.101 0.328 0.195 164 E 0.096 0.018 0.310 0.049 0.088 0.342 0.097 165 A 0.065 0.013 0.128 0.013 0.099 0.583 0.099 166 G 0.095 0.003 0.032 0.002 0.223 0.465 0.180 167 K 0.496 0.021 0.005 0.001 0.111 0.016 0.349 168 L 0.874 0.014 0.001 0.001 0.009 0.002 0.101 169 L 0.926 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.066 170 Q 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 171 V 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.041 172 Q 0.906 0.001 0.001 0.001 0.035 0.002 0.057 173 A 0.957 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.033 174 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 175 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 176 F 0.948 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.042 177 E 0.682 0.002 0.002 0.001 0.060 0.142 0.112 178 G 0.534 0.001 0.002 0.001 0.130 0.286 0.047 179 R 0.872 0.006 0.002 0.001 0.024 0.023 0.073 180 L 0.943 0.005 0.001 0.001 0.010 0.004 0.035 181 E 0.937 0.002 0.003 0.001 0.008 0.004 0.045 182 V 0.820 0.007 0.002 0.002 0.013 0.007 0.150 183 V 0.376 0.023 0.002 0.005 0.232 0.016 0.346 184 D 0.036 0.012 0.001 0.002 0.355 0.001 0.593 185 P 0.001 0.001 0.023 0.907 0.003 0.058 0.009 186 E 0.001 0.001 0.015 0.962 0.001 0.021 0.001 187 R 0.001 0.001 0.025 0.965 0.001 0.006 0.003 188 A 0.001 0.001 0.007 0.981 0.001 0.008 0.003 189 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.011 0.001 190 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.011 0.001 191 T 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.001 192 L 0.001 0.001 0.010 0.967 0.003 0.016 0.003 193 R 0.001 0.002 0.025 0.883 0.009 0.077 0.004 194 R 0.001 0.001 0.014 0.379 0.006 0.598 0.002 195 G 0.002 0.004 0.012 0.232 0.066 0.578 0.106 196 V 0.003 0.012 0.011 0.087 0.247 0.041 0.599 197 G 0.004 0.015 0.018 0.161 0.312 0.088 0.402 198 P 0.001 0.002 0.042 0.422 0.022 0.484 0.029 199 G 0.011 0.011 0.115 0.463 0.040 0.289 0.072 200 K 0.047 0.029 0.134 0.345 0.083 0.152 0.210 201 A 0.130 0.057 0.139 0.213 0.095 0.226 0.139 202 L 0.112 0.026 0.130 0.133 0.094 0.374 0.130 203 G 0.136 0.023 0.085 0.054 0.157 0.318 0.226 204 L 0.227 0.019 0.096 0.026 0.140 0.138 0.353 205 G 0.452 0.026 0.081 0.013 0.145 0.110 0.174 206 L 0.573 0.018 0.051 0.015 0.050 0.044 0.249 207 L 0.757 0.014 0.014 0.007 0.022 0.020 0.167 208 S 0.749 0.019 0.010 0.005 0.034 0.011 0.172 209 V 0.601 0.030 0.004 0.003 0.047 0.005 0.310 210 A 0.160 0.010 0.001 0.001 0.037 0.003 0.788 211 P 0.047 0.010 0.024 0.009 0.037 0.022 0.851