# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.140 0.223 0.210 0.181 0.136 0.088 0.021 2 W 0.045 0.049 0.093 0.177 0.267 0.284 0.085 3 L 0.037 0.042 0.054 0.094 0.173 0.392 0.208 4 T 0.023 0.056 0.100 0.195 0.254 0.262 0.110 5 K 0.014 0.058 0.129 0.209 0.242 0.240 0.109 6 L 0.004 0.007 0.013 0.045 0.191 0.504 0.237 7 V 0.010 0.054 0.136 0.242 0.269 0.237 0.052 8 L 0.008 0.018 0.039 0.113 0.322 0.409 0.092 9 N 0.046 0.173 0.272 0.286 0.152 0.061 0.010 10 P 0.213 0.308 0.217 0.157 0.075 0.026 0.003 11 A 0.316 0.270 0.196 0.134 0.057 0.021 0.006 12 S 0.453 0.233 0.124 0.101 0.059 0.026 0.004 13 R 0.320 0.319 0.212 0.100 0.036 0.011 0.002 14 A 0.352 0.319 0.167 0.099 0.044 0.017 0.003 15 A 0.131 0.126 0.160 0.213 0.208 0.134 0.027 16 R 0.183 0.228 0.223 0.198 0.109 0.051 0.008 17 R 0.241 0.250 0.208 0.166 0.094 0.037 0.005 18 D 0.251 0.226 0.186 0.164 0.111 0.052 0.010 19 L 0.114 0.093 0.121 0.182 0.223 0.211 0.056 20 A 0.170 0.158 0.163 0.207 0.178 0.105 0.020 21 N 0.226 0.258 0.215 0.159 0.089 0.040 0.014 22 P 0.265 0.275 0.179 0.139 0.085 0.042 0.015 23 Y 0.049 0.082 0.151 0.236 0.260 0.176 0.045 24 E 0.057 0.129 0.182 0.209 0.193 0.158 0.072 25 M 0.015 0.030 0.063 0.127 0.216 0.324 0.225 26 H 0.005 0.009 0.013 0.039 0.127 0.428 0.379 27 R 0.008 0.041 0.106 0.212 0.233 0.248 0.151 28 T 0.007 0.025 0.062 0.132 0.207 0.343 0.224 29 L 0.003 0.006 0.013 0.036 0.115 0.428 0.399 30 S 0.009 0.024 0.058 0.147 0.266 0.372 0.123 31 K 0.020 0.104 0.202 0.272 0.241 0.133 0.028 32 A 0.009 0.023 0.058 0.155 0.335 0.370 0.049 33 V 0.010 0.023 0.061 0.179 0.377 0.324 0.025 34 S 0.056 0.160 0.264 0.290 0.183 0.044 0.002 35 R 0.301 0.358 0.216 0.094 0.026 0.004 0.001 36 A 0.373 0.320 0.175 0.095 0.029 0.007 0.001 37 L 0.334 0.266 0.189 0.141 0.056 0.014 0.001 38 E 0.722 0.181 0.055 0.028 0.011 0.003 0.001 39 E 0.676 0.219 0.071 0.025 0.007 0.001 0.001 40 G 0.369 0.343 0.181 0.086 0.018 0.002 0.001 41 R 0.151 0.319 0.302 0.165 0.054 0.009 0.001 42 E 0.099 0.315 0.338 0.178 0.060 0.011 0.001 43 R 0.003 0.014 0.092 0.327 0.419 0.141 0.005 44 L 0.001 0.004 0.008 0.029 0.159 0.647 0.153 45 L 0.001 0.002 0.008 0.047 0.211 0.541 0.190 46 W 0.001 0.001 0.005 0.022 0.104 0.504 0.364 47 R 0.001 0.005 0.023 0.107 0.308 0.456 0.100 48 L 0.003 0.032 0.110 0.233 0.322 0.258 0.041 49 E 0.059 0.207 0.252 0.242 0.165 0.067 0.008 50 P 0.298 0.282 0.182 0.133 0.073 0.030 0.003 51 A 0.220 0.213 0.229 0.200 0.102 0.033 0.003 52 R 0.368 0.295 0.179 0.105 0.040 0.012 0.001 53 G 0.396 0.303 0.164 0.089 0.035 0.011 0.001 54 L 0.124 0.154 0.218 0.265 0.187 0.049 0.003 55 E 0.217 0.339 0.240 0.135 0.054 0.013 0.002 56 P 0.100 0.260 0.253 0.224 0.118 0.039 0.007 57 P 0.004 0.026 0.091 0.261 0.379 0.217 0.023 58 V 0.001 0.004 0.024 0.110 0.332 0.436 0.094 59 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.062 0.446 0.481 60 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.241 0.737 61 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.210 0.761 62 Q 0.001 0.001 0.004 0.021 0.099 0.374 0.501 63 T 0.001 0.002 0.009 0.052 0.207 0.452 0.279 64 L 0.005 0.042 0.115 0.225 0.289 0.244 0.081 65 T 0.059 0.224 0.232 0.213 0.153 0.098 0.020 66 E 0.066 0.193 0.262 0.243 0.153 0.072 0.011 67 P 0.121 0.144 0.181 0.213 0.196 0.120 0.026 68 D 0.409 0.279 0.143 0.081 0.047 0.030 0.010 69 W 0.126 0.150 0.202 0.246 0.170 0.087 0.017 70 S 0.426 0.258 0.134 0.091 0.051 0.030 0.009 71 V 0.302 0.243 0.184 0.145 0.084 0.036 0.008 72 L 0.265 0.161 0.148 0.175 0.147 0.083 0.020 73 D 0.308 0.228 0.187 0.147 0.079 0.038 0.012 74 E 0.306 0.249 0.171 0.125 0.080 0.053 0.016 75 G 0.182 0.152 0.150 0.184 0.178 0.120 0.033 76 Y 0.117 0.140 0.164 0.205 0.190 0.142 0.042 77 A 0.089 0.119 0.151 0.186 0.198 0.184 0.072 78 Q 0.095 0.186 0.220 0.237 0.167 0.079 0.017 79 V 0.087 0.120 0.171 0.229 0.235 0.132 0.027 80 F 0.087 0.112 0.176 0.257 0.242 0.110 0.016 81 P 0.395 0.341 0.167 0.066 0.022 0.007 0.002 82 P 0.286 0.277 0.209 0.140 0.063 0.022 0.004 83 K 0.238 0.253 0.197 0.160 0.098 0.048 0.006 84 P 0.151 0.186 0.188 0.201 0.163 0.091 0.019 85 F 0.065 0.111 0.184 0.278 0.239 0.111 0.011 86 H 0.141 0.227 0.263 0.211 0.116 0.038 0.004 87 P 0.408 0.321 0.164 0.078 0.024 0.005 0.001 88 A 0.334 0.415 0.186 0.054 0.010 0.001 0.001 89 L 0.047 0.092 0.236 0.397 0.205 0.024 0.001 90 K 0.545 0.326 0.098 0.025 0.004 0.001 0.001 91 P 0.732 0.211 0.047 0.009 0.001 0.001 0.001 92 G 0.590 0.271 0.096 0.034 0.007 0.001 0.001 93 Q 0.133 0.286 0.310 0.199 0.063 0.009 0.001 94 R 0.069 0.316 0.346 0.197 0.061 0.011 0.001 95 L 0.010 0.030 0.069 0.192 0.380 0.292 0.027 96 R 0.011 0.098 0.238 0.319 0.225 0.092 0.018 97 F 0.002 0.008 0.024 0.108 0.279 0.460 0.119 98 R 0.007 0.073 0.221 0.331 0.229 0.106 0.032 99 L 0.003 0.009 0.022 0.078 0.216 0.497 0.176 100 R 0.007 0.050 0.159 0.283 0.248 0.186 0.066 101 A 0.015 0.035 0.065 0.133 0.235 0.394 0.123 102 N 0.023 0.083 0.166 0.268 0.250 0.165 0.044 103 P 0.023 0.033 0.059 0.139 0.283 0.383 0.080 104 A 0.044 0.093 0.135 0.224 0.279 0.195 0.029 105 K 0.108 0.218 0.258 0.245 0.132 0.036 0.002 106 R 0.137 0.291 0.281 0.191 0.082 0.017 0.001 107 L 0.290 0.312 0.226 0.128 0.039 0.005 0.001 108 A 0.736 0.193 0.051 0.015 0.004 0.001 0.001 109 A 0.855 0.111 0.025 0.008 0.001 0.001 0.001 110 T 0.835 0.116 0.033 0.013 0.003 0.001 0.001 111 G 0.749 0.178 0.054 0.016 0.003 0.001 0.001 112 K 0.297 0.337 0.236 0.102 0.025 0.003 0.001 113 R 0.217 0.296 0.257 0.160 0.060 0.010 0.001 114 V 0.096 0.111 0.186 0.278 0.257 0.067 0.004 115 A 0.203 0.310 0.253 0.155 0.060 0.016 0.002 116 L 0.081 0.135 0.221 0.331 0.189 0.042 0.002 117 K 0.311 0.368 0.209 0.088 0.020 0.004 0.001 118 T 0.439 0.340 0.143 0.061 0.015 0.002 0.001 119 P 0.722 0.190 0.061 0.020 0.006 0.001 0.001 120 A 0.758 0.174 0.049 0.015 0.004 0.001 0.001 121 E 0.674 0.232 0.069 0.020 0.004 0.001 0.001 122 K 0.431 0.312 0.161 0.076 0.018 0.002 0.001 123 V 0.153 0.236 0.294 0.225 0.079 0.012 0.001 124 A 0.255 0.326 0.219 0.131 0.053 0.014 0.001 125 W 0.096 0.155 0.220 0.259 0.186 0.076 0.007 126 L 0.044 0.054 0.116 0.258 0.350 0.167 0.011 127 E 0.224 0.327 0.263 0.134 0.042 0.009 0.001 128 R 0.332 0.417 0.170 0.061 0.016 0.004 0.001 129 R 0.216 0.298 0.237 0.158 0.069 0.020 0.001 130 L 0.119 0.165 0.223 0.272 0.177 0.042 0.002 131 E 0.551 0.279 0.117 0.041 0.010 0.002 0.001 132 E 0.685 0.221 0.064 0.022 0.006 0.002 0.001 133 G 0.290 0.237 0.206 0.167 0.077 0.022 0.001 134 G 0.245 0.280 0.217 0.154 0.076 0.026 0.002 135 F 0.080 0.087 0.161 0.292 0.272 0.101 0.008 136 R 0.161 0.310 0.266 0.164 0.072 0.025 0.003 137 L 0.080 0.141 0.199 0.270 0.214 0.089 0.007 138 L 0.061 0.091 0.157 0.279 0.291 0.115 0.007 139 E 0.364 0.379 0.177 0.063 0.014 0.002 0.001 140 G 0.578 0.285 0.093 0.034 0.008 0.002 0.001 141 E 0.323 0.293 0.191 0.121 0.054 0.017 0.002 142 R 0.197 0.229 0.225 0.199 0.106 0.039 0.004 143 G 0.239 0.240 0.210 0.182 0.093 0.031 0.004 144 P 0.306 0.298 0.191 0.113 0.057 0.030 0.006 145 W 0.086 0.107 0.150 0.239 0.234 0.159 0.025 146 V 0.063 0.108 0.170 0.239 0.231 0.159 0.030 147 Q 0.148 0.202 0.212 0.208 0.143 0.074 0.013 148 I 0.101 0.117 0.156 0.218 0.231 0.151 0.025 149 L 0.098 0.110 0.151 0.219 0.239 0.161 0.021 150 Q 0.231 0.231 0.199 0.169 0.107 0.053 0.010 151 D 0.264 0.293 0.215 0.136 0.062 0.024 0.006 152 T 0.165 0.237 0.198 0.177 0.124 0.080 0.018 153 F 0.033 0.062 0.108 0.219 0.279 0.246 0.054 154 L 0.086 0.135 0.198 0.236 0.203 0.119 0.023 155 E 0.159 0.286 0.259 0.172 0.084 0.034 0.007 156 V 0.036 0.068 0.140 0.262 0.304 0.166 0.023 157 R 0.087 0.148 0.220 0.249 0.200 0.087 0.009 158 R 0.242 0.255 0.239 0.178 0.072 0.014 0.001 159 K 0.568 0.270 0.104 0.043 0.013 0.002 0.001 160 K 0.631 0.200 0.094 0.050 0.020 0.004 0.001 161 D 0.679 0.218 0.072 0.024 0.006 0.001 0.001 162 G 0.836 0.129 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 163 E 0.885 0.089 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 164 E 0.846 0.118 0.026 0.008 0.001 0.001 0.001 165 A 0.764 0.168 0.050 0.016 0.002 0.001 0.001 166 G 0.464 0.297 0.158 0.066 0.014 0.001 0.001 167 K 0.324 0.402 0.198 0.063 0.011 0.001 0.001 168 L 0.071 0.184 0.264 0.293 0.156 0.030 0.002 169 L 0.010 0.027 0.080 0.220 0.382 0.251 0.029 170 Q 0.024 0.122 0.232 0.315 0.201 0.091 0.015 171 V 0.012 0.022 0.043 0.113 0.266 0.415 0.129 172 Q 0.020 0.070 0.135 0.263 0.258 0.198 0.056 173 A 0.017 0.041 0.087 0.153 0.230 0.323 0.150 174 V 0.019 0.036 0.049 0.107 0.190 0.388 0.212 175 L 0.041 0.069 0.110 0.191 0.233 0.244 0.113 176 F 0.036 0.070 0.094 0.153 0.208 0.308 0.130 177 E 0.064 0.188 0.243 0.243 0.153 0.081 0.027 178 G 0.033 0.085 0.124 0.206 0.270 0.231 0.050 179 R 0.038 0.159 0.242 0.257 0.188 0.095 0.022 180 L 0.012 0.037 0.085 0.185 0.336 0.314 0.031 181 E 0.023 0.176 0.353 0.302 0.116 0.026 0.003 182 V 0.013 0.030 0.075 0.255 0.416 0.203 0.009 183 V 0.123 0.369 0.305 0.141 0.048 0.012 0.002 184 D 0.100 0.281 0.259 0.236 0.099 0.024 0.001 185 P 0.084 0.255 0.331 0.232 0.082 0.015 0.001 186 E 0.563 0.305 0.088 0.032 0.010 0.002 0.001 187 R 0.100 0.363 0.359 0.139 0.033 0.006 0.001 188 A 0.016 0.018 0.044 0.213 0.456 0.241 0.013 189 L 0.032 0.156 0.289 0.327 0.151 0.042 0.004 190 A 0.117 0.493 0.254 0.098 0.029 0.008 0.001 191 T 0.032 0.071 0.206 0.379 0.254 0.054 0.004 192 L 0.049 0.043 0.075 0.181 0.321 0.283 0.048 193 R 0.103 0.249 0.276 0.228 0.105 0.035 0.004 194 R 0.252 0.347 0.211 0.119 0.051 0.017 0.003 195 G 0.129 0.140 0.180 0.216 0.201 0.114 0.020 196 V 0.127 0.120 0.152 0.197 0.190 0.160 0.054 197 G 0.181 0.140 0.145 0.174 0.176 0.130 0.056 198 P 0.252 0.204 0.168 0.151 0.112 0.074 0.040 199 G 0.171 0.112 0.097 0.152 0.182 0.179 0.107 200 K 0.198 0.199 0.188 0.154 0.103 0.086 0.072 201 A 0.163 0.107 0.097 0.121 0.130 0.195 0.187 202 L 0.110 0.087 0.096 0.128 0.144 0.211 0.224 203 G 0.144 0.121 0.088 0.102 0.117 0.211 0.216 204 L 0.106 0.085 0.085 0.130 0.152 0.214 0.227 205 G 0.072 0.086 0.098 0.141 0.184 0.260 0.159 206 L 0.060 0.059 0.088 0.151 0.230 0.274 0.138 207 L 0.048 0.054 0.075 0.127 0.217 0.344 0.137 208 S 0.083 0.098 0.151 0.226 0.241 0.167 0.034 209 V 0.120 0.138 0.143 0.198 0.220 0.155 0.026 210 A 0.242 0.238 0.208 0.183 0.096 0.028 0.005 211 P 0.523 0.273 0.118 0.058 0.021 0.007 0.001