# TARGET T0272 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.010 0.002 0.004 0.027 0.125 0.832 2 T 0.037 0.023 0.017 0.089 0.214 0.620 3 G 0.046 0.010 0.021 0.125 0.296 0.502 4 K 0.068 0.009 0.021 0.174 0.228 0.501 5 R 0.100 0.031 0.017 0.222 0.175 0.455 6 V 0.093 0.025 0.021 0.247 0.184 0.429 7 A 0.077 0.009 0.040 0.387 0.169 0.318 8 L 0.082 0.009 0.055 0.450 0.160 0.243 9 K 0.066 0.009 0.057 0.511 0.141 0.215 10 T 0.043 0.006 0.034 0.558 0.117 0.241 11 P 0.009 0.001 0.015 0.883 0.039 0.053 12 A 0.006 0.001 0.011 0.925 0.032 0.025 13 E 0.003 0.001 0.009 0.933 0.027 0.028 14 K 0.003 0.001 0.004 0.929 0.021 0.042 15 V 0.001 0.001 0.002 0.954 0.015 0.028 16 A 0.001 0.001 0.003 0.948 0.020 0.028 17 W 0.001 0.001 0.004 0.966 0.014 0.016 18 L 0.001 0.001 0.006 0.961 0.018 0.015 19 E 0.001 0.001 0.007 0.950 0.029 0.014 20 R 0.001 0.001 0.004 0.937 0.036 0.023 21 R 0.001 0.001 0.006 0.932 0.038 0.022 22 L 0.001 0.002 0.033 0.889 0.060 0.015 23 E 0.002 0.001 0.064 0.845 0.069 0.019 24 E 0.004 0.001 0.049 0.839 0.067 0.040 25 G 0.008 0.001 0.019 0.745 0.067 0.160 26 G 0.016 0.001 0.001 0.019 0.060 0.903 27 F 0.164 0.007 0.001 0.011 0.051 0.766 28 R 0.624 0.014 0.002 0.015 0.051 0.293 29 L 0.719 0.023 0.005 0.026 0.046 0.180 30 L 0.483 0.008 0.032 0.051 0.127 0.299 31 E 0.294 0.009 0.086 0.058 0.242 0.310 32 G 0.137 0.008 0.074 0.069 0.338 0.374 33 E 0.089 0.019 0.033 0.050 0.336 0.474 34 R 0.055 0.030 0.022 0.098 0.288 0.507 35 G 0.030 0.007 0.014 0.076 0.262 0.611 36 P 0.031 0.004 0.085 0.451 0.255 0.173 37 W 0.041 0.010 0.081 0.508 0.239 0.122 38 V 0.038 0.005 0.088 0.567 0.202 0.101 39 Q 0.039 0.008 0.046 0.628 0.147 0.133 40 I 0.030 0.006 0.036 0.706 0.125 0.098 41 L 0.024 0.004 0.032 0.742 0.109 0.089 42 Q 0.025 0.003 0.028 0.651 0.137 0.157 43 D 0.036 0.006 0.030 0.611 0.153 0.163 44 T 0.041 0.009 0.025 0.660 0.116 0.149 45 F 0.048 0.008 0.023 0.628 0.123 0.169 46 L 0.049 0.005 0.036 0.634 0.125 0.151 47 E 0.069 0.006 0.045 0.645 0.114 0.120 48 V 0.081 0.005 0.048 0.628 0.114 0.125 49 R 0.113 0.007 0.054 0.607 0.105 0.113 50 R 0.171 0.006 0.060 0.444 0.152 0.167 51 K 0.240 0.006 0.052 0.319 0.173 0.210 52 K 0.323 0.019 0.036 0.223 0.164 0.235 53 D 0.391 0.029 0.029 0.137 0.171 0.242 54 G 0.299 0.015 0.057 0.109 0.300 0.220 55 E 0.121 0.010 0.084 0.096 0.476 0.213 56 E 0.055 0.006 0.122 0.069 0.626 0.121 57 A 0.040 0.005 0.116 0.044 0.666 0.129 58 G 0.121 0.009 0.033 0.014 0.529 0.295 59 K 0.462 0.023 0.008 0.004 0.186 0.316 60 L 0.719 0.008 0.002 0.002 0.056 0.214 61 L 0.894 0.005 0.001 0.001 0.026 0.074 62 Q 0.945 0.005 0.001 0.001 0.013 0.035 63 V 0.932 0.002 0.001 0.001 0.017 0.048 64 Q 0.888 0.001 0.001 0.001 0.036 0.073 65 A 0.923 0.002 0.001 0.001 0.024 0.050 66 V 0.914 0.003 0.001 0.001 0.027 0.055 67 L 0.908 0.003 0.001 0.001 0.032 0.055 68 F 0.890 0.005 0.002 0.001 0.040 0.062 69 E 0.751 0.002 0.003 0.001 0.101 0.141 70 G 0.828 0.003 0.002 0.001 0.071 0.095 71 R 0.923 0.004 0.001 0.001 0.028 0.044 72 L 0.953 0.005 0.001 0.001 0.013 0.028 73 E 0.952 0.003 0.001 0.001 0.013 0.031 74 V 0.904 0.004 0.002 0.001 0.037 0.052 75 V 0.564 0.021 0.004 0.005 0.117 0.290 76 D 0.194 0.024 0.002 0.012 0.165 0.602 77 P 0.001 0.001 0.015 0.942 0.033 0.009 78 E 0.001 0.001 0.005 0.979 0.013 0.002 79 R 0.001 0.001 0.006 0.987 0.007 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 81 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.005 0.001 83 T 0.001 0.001 0.005 0.986 0.007 0.001 84 L 0.001 0.001 0.007 0.985 0.006 0.001 85 R 0.001 0.001 0.013 0.970 0.012 0.005 86 R 0.001 0.001 0.012 0.833 0.065 0.089 87 G 0.008 0.001 0.009 0.248 0.172 0.561 88 V 0.031 0.018 0.005 0.143 0.204 0.599 89 G 0.076 0.033 0.012 0.199 0.315 0.365 90 P 0.023 0.004 0.185 0.491 0.213 0.084 91 G 0.032 0.001 0.356 0.368 0.177 0.067 92 K 0.062 0.003 0.461 0.260 0.162 0.052 93 A 0.134 0.027 0.243 0.224 0.239 0.132 94 L 0.091 0.013 0.092 0.159 0.379 0.267 95 G 0.076 0.002 0.035 0.012 0.378 0.496 96 L 0.148 0.005 0.037 0.012 0.416 0.382 97 G 0.304 0.018 0.037 0.012 0.366 0.263 98 L 0.596 0.019 0.044 0.019 0.196 0.126 99 L 0.753 0.006 0.026 0.010 0.099 0.105 100 S 0.711 0.011 0.024 0.015 0.103 0.136 101 V 0.408 0.017 0.018 0.014 0.122 0.421 102 A 0.163 0.009 0.008 0.008 0.125 0.687 103 P 0.006 0.004 0.002 0.002 0.043 0.943