# TARGET T0272 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.001 0.005 0.805 0.001 0.017 0.082 0.001 0.001 0.002 0.042 0.024 0.008 0.014 2 T 0.001 0.040 0.586 0.002 0.033 0.178 0.001 0.001 0.005 0.047 0.078 0.005 0.026 3 G 0.001 0.010 0.377 0.002 0.030 0.214 0.001 0.001 0.004 0.236 0.097 0.020 0.008 4 K 0.001 0.004 0.610 0.003 0.020 0.149 0.001 0.001 0.004 0.126 0.064 0.006 0.014 5 R 0.002 0.028 0.554 0.001 0.019 0.225 0.001 0.001 0.013 0.070 0.041 0.009 0.036 6 V 0.001 0.009 0.425 0.001 0.013 0.380 0.001 0.001 0.013 0.095 0.019 0.031 0.013 7 A 0.001 0.005 0.414 0.001 0.018 0.460 0.001 0.001 0.016 0.037 0.027 0.003 0.017 8 L 0.001 0.007 0.152 0.001 0.030 0.707 0.001 0.001 0.011 0.033 0.048 0.004 0.006 9 K 0.001 0.005 0.121 0.001 0.020 0.744 0.001 0.001 0.008 0.040 0.055 0.002 0.003 10 T 0.001 0.002 0.129 0.001 0.011 0.781 0.001 0.001 0.005 0.033 0.036 0.001 0.002 11 P 0.001 0.001 0.026 0.001 0.004 0.943 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.001 0.001 12 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 14 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 17 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 20 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.943 0.001 0.001 0.001 0.007 0.038 0.001 0.001 21 R 0.001 0.001 0.027 0.001 0.006 0.921 0.001 0.001 0.001 0.011 0.034 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.022 0.001 0.017 0.902 0.001 0.001 0.001 0.016 0.039 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.037 0.854 0.001 0.001 0.001 0.010 0.077 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.029 0.001 0.081 0.570 0.001 0.001 0.002 0.040 0.273 0.001 0.002 25 G 0.001 0.001 0.058 0.002 0.036 0.149 0.001 0.001 0.005 0.064 0.683 0.001 0.001 26 G 0.001 0.001 0.138 0.016 0.013 0.014 0.001 0.001 0.018 0.144 0.649 0.002 0.004 27 F 0.003 0.013 0.542 0.001 0.002 0.009 0.013 0.012 0.247 0.067 0.007 0.021 0.064 28 R 0.004 0.013 0.121 0.003 0.001 0.002 0.015 0.022 0.648 0.015 0.001 0.121 0.034 29 L 0.004 0.015 0.102 0.006 0.001 0.004 0.028 0.076 0.559 0.004 0.001 0.007 0.194 30 L 0.005 0.010 0.101 0.510 0.001 0.003 0.022 0.048 0.218 0.012 0.003 0.056 0.013 31 E 0.007 0.011 0.284 0.037 0.012 0.012 0.022 0.027 0.209 0.180 0.020 0.048 0.129 32 G 0.003 0.008 0.478 0.010 0.060 0.030 0.009 0.013 0.091 0.171 0.047 0.023 0.057 33 E 0.002 0.016 0.603 0.005 0.049 0.034 0.003 0.002 0.032 0.148 0.053 0.023 0.031 34 R 0.002 0.036 0.505 0.004 0.040 0.086 0.001 0.001 0.009 0.188 0.074 0.011 0.043 35 G 0.002 0.023 0.596 0.005 0.030 0.108 0.001 0.001 0.004 0.144 0.055 0.015 0.016 36 P 0.003 0.007 0.120 0.005 0.198 0.343 0.001 0.001 0.001 0.085 0.223 0.003 0.013 37 W 0.008 0.005 0.073 0.001 0.216 0.396 0.001 0.001 0.001 0.052 0.232 0.008 0.006 38 V 0.008 0.009 0.088 0.001 0.221 0.491 0.001 0.001 0.003 0.052 0.099 0.005 0.022 39 Q 0.013 0.010 0.127 0.001 0.057 0.632 0.002 0.001 0.006 0.057 0.066 0.013 0.014 40 I 0.010 0.009 0.104 0.002 0.046 0.646 0.001 0.001 0.004 0.035 0.115 0.007 0.021 41 L 0.006 0.006 0.068 0.002 0.035 0.662 0.001 0.001 0.003 0.049 0.156 0.005 0.006 42 Q 0.004 0.003 0.085 0.002 0.036 0.592 0.001 0.001 0.003 0.078 0.180 0.007 0.009 43 D 0.005 0.008 0.197 0.001 0.034 0.554 0.001 0.001 0.005 0.072 0.097 0.009 0.016 44 T 0.009 0.010 0.174 0.001 0.028 0.589 0.001 0.001 0.007 0.048 0.089 0.016 0.027 45 F 0.007 0.007 0.156 0.003 0.034 0.622 0.002 0.001 0.005 0.054 0.076 0.013 0.020 46 L 0.011 0.006 0.122 0.004 0.043 0.644 0.002 0.001 0.003 0.044 0.091 0.012 0.018 47 E 0.018 0.006 0.089 0.002 0.048 0.663 0.002 0.001 0.003 0.044 0.088 0.015 0.020 48 V 0.026 0.008 0.115 0.003 0.042 0.615 0.002 0.001 0.005 0.042 0.087 0.016 0.037 49 R 0.020 0.012 0.160 0.012 0.037 0.518 0.002 0.002 0.005 0.064 0.102 0.029 0.035 50 R 0.012 0.007 0.190 0.012 0.032 0.428 0.001 0.001 0.003 0.138 0.104 0.035 0.037 51 K 0.012 0.011 0.285 0.006 0.035 0.380 0.001 0.001 0.004 0.100 0.071 0.025 0.070 52 K 0.017 0.022 0.344 0.005 0.034 0.325 0.003 0.002 0.010 0.063 0.062 0.047 0.067 53 D 0.017 0.032 0.368 0.010 0.034 0.270 0.004 0.003 0.009 0.063 0.067 0.042 0.082 54 G 0.010 0.026 0.384 0.006 0.048 0.205 0.002 0.001 0.008 0.118 0.095 0.035 0.062 55 E 0.005 0.011 0.208 0.004 0.048 0.145 0.001 0.001 0.001 0.181 0.357 0.015 0.024 56 E 0.002 0.010 0.203 0.005 0.044 0.059 0.001 0.001 0.001 0.194 0.454 0.008 0.018 57 A 0.001 0.007 0.203 0.011 0.030 0.027 0.001 0.001 0.001 0.294 0.397 0.015 0.012 58 G 0.004 0.004 0.302 0.017 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.334 0.274 0.007 0.035 59 K 0.026 0.009 0.415 0.002 0.003 0.005 0.003 0.001 0.013 0.178 0.023 0.265 0.055 60 L 0.065 0.018 0.228 0.007 0.001 0.004 0.022 0.005 0.040 0.025 0.003 0.015 0.566 61 L 0.174 0.005 0.069 0.011 0.001 0.002 0.045 0.010 0.063 0.006 0.001 0.582 0.032 62 Q 0.196 0.005 0.040 0.007 0.001 0.001 0.060 0.013 0.101 0.005 0.001 0.027 0.545 63 V 0.216 0.003 0.088 0.097 0.002 0.001 0.033 0.008 0.063 0.012 0.002 0.367 0.106 64 Q 0.182 0.002 0.073 0.171 0.003 0.001 0.020 0.003 0.044 0.034 0.004 0.128 0.335 65 A 0.186 0.005 0.085 0.034 0.007 0.001 0.019 0.003 0.042 0.017 0.005 0.203 0.395 66 V 0.281 0.003 0.055 0.019 0.002 0.001 0.030 0.003 0.014 0.011 0.001 0.187 0.394 67 L 0.147 0.005 0.076 0.029 0.002 0.001 0.013 0.001 0.016 0.015 0.003 0.363 0.330 68 F 0.155 0.010 0.089 0.022 0.008 0.002 0.020 0.002 0.010 0.049 0.024 0.167 0.443 69 E 0.150 0.005 0.116 0.152 0.007 0.002 0.015 0.001 0.008 0.068 0.074 0.246 0.158 70 G 0.244 0.005 0.124 0.019 0.005 0.001 0.023 0.001 0.024 0.086 0.047 0.227 0.194 71 R 0.457 0.010 0.088 0.009 0.004 0.002 0.054 0.004 0.028 0.021 0.011 0.091 0.222 72 L 0.614 0.008 0.059 0.011 0.004 0.001 0.065 0.005 0.026 0.013 0.005 0.093 0.095 73 E 0.630 0.009 0.058 0.001 0.002 0.001 0.049 0.008 0.028 0.010 0.003 0.081 0.120 74 V 0.270 0.034 0.189 0.006 0.003 0.004 0.024 0.002 0.043 0.038 0.017 0.074 0.296 75 V 0.011 0.022 0.355 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.449 0.054 0.065 0.024 76 D 0.001 0.025 0.542 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.377 0.013 0.001 0.030 77 P 0.001 0.001 0.034 0.001 0.034 0.827 0.001 0.001 0.001 0.027 0.075 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.951 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 83 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 85 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.916 0.001 0.001 0.001 0.004 0.065 0.001 0.001 86 R 0.001 0.001 0.013 0.001 0.010 0.689 0.001 0.001 0.001 0.026 0.260 0.001 0.001 87 G 0.001 0.002 0.168 0.001 0.016 0.444 0.001 0.001 0.001 0.108 0.256 0.001 0.002 88 V 0.001 0.038 0.319 0.001 0.026 0.296 0.001 0.001 0.004 0.150 0.148 0.002 0.015 89 G 0.001 0.010 0.488 0.002 0.028 0.165 0.001 0.001 0.002 0.214 0.074 0.011 0.006 90 P 0.001 0.011 0.264 0.005 0.108 0.269 0.001 0.001 0.003 0.181 0.139 0.004 0.016 91 G 0.005 0.009 0.108 0.005 0.214 0.373 0.001 0.002 0.006 0.080 0.171 0.010 0.017 92 K 0.023 0.013 0.111 0.008 0.183 0.361 0.006 0.010 0.015 0.085 0.139 0.019 0.028 93 A 0.044 0.020 0.120 0.010 0.104 0.348 0.014 0.023 0.029 0.076 0.135 0.025 0.052 94 L 0.030 0.017 0.165 0.017 0.062 0.261 0.009 0.033 0.033 0.127 0.164 0.025 0.058 95 G 0.024 0.019 0.240 0.011 0.043 0.170 0.005 0.007 0.017 0.160 0.197 0.069 0.038 96 L 0.020 0.020 0.294 0.015 0.047 0.198 0.001 0.002 0.010 0.143 0.135 0.013 0.102 97 G 0.021 0.030 0.297 0.032 0.055 0.158 0.001 0.001 0.004 0.205 0.107 0.046 0.043 98 L 0.053 0.021 0.170 0.015 0.163 0.165 0.005 0.001 0.004 0.091 0.170 0.027 0.115 99 L 0.151 0.011 0.135 0.008 0.156 0.102 0.009 0.001 0.007 0.111 0.123 0.095 0.091 100 S 0.157 0.024 0.177 0.007 0.055 0.079 0.019 0.001 0.016 0.081 0.066 0.097 0.220 101 V 0.081 0.032 0.350 0.003 0.010 0.033 0.013 0.001 0.023 0.092 0.030 0.169 0.165 102 A 0.008 0.022 0.726 0.001 0.003 0.009 0.002 0.001 0.010 0.027 0.016 0.044 0.131 103 P 0.001 0.003 0.971 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018