# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.202 0.062 0.049 0.060 0.056 0.069 0.108 0.106 0.116 0.099 0.072 2 T 0.193 0.305 0.103 0.193 0.100 0.045 0.032 0.014 0.009 0.004 0.002 3 G 0.240 0.108 0.044 0.096 0.114 0.108 0.107 0.080 0.057 0.032 0.014 4 K 0.279 0.211 0.097 0.179 0.103 0.057 0.038 0.016 0.010 0.005 0.003 5 R 0.075 0.080 0.108 0.162 0.140 0.113 0.143 0.075 0.058 0.031 0.015 6 V 0.073 0.055 0.045 0.103 0.102 0.105 0.179 0.131 0.110 0.066 0.033 7 A 0.143 0.155 0.159 0.182 0.120 0.083 0.081 0.037 0.023 0.012 0.004 8 L 0.100 0.056 0.104 0.103 0.086 0.094 0.157 0.107 0.099 0.063 0.030 9 K 0.106 0.139 0.129 0.164 0.129 0.104 0.112 0.056 0.034 0.019 0.009 10 T 0.094 0.276 0.128 0.151 0.101 0.088 0.074 0.039 0.027 0.016 0.007 11 P 0.390 0.212 0.129 0.129 0.066 0.039 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 12 A 0.653 0.121 0.124 0.066 0.021 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.171 0.087 0.303 0.183 0.090 0.064 0.068 0.021 0.009 0.003 0.001 14 K 0.012 0.014 0.144 0.094 0.076 0.150 0.265 0.133 0.069 0.033 0.010 15 V 0.003 0.012 0.458 0.130 0.115 0.130 0.107 0.030 0.011 0.003 0.001 16 A 0.010 0.024 0.789 0.112 0.038 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 17 W 0.006 0.016 0.196 0.118 0.137 0.170 0.199 0.078 0.047 0.026 0.007 18 L 0.002 0.005 0.140 0.021 0.025 0.045 0.195 0.166 0.193 0.142 0.067 19 E 0.002 0.010 0.465 0.199 0.166 0.083 0.052 0.014 0.006 0.002 0.001 20 R 0.008 0.029 0.719 0.098 0.070 0.040 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 21 R 0.012 0.029 0.170 0.092 0.105 0.125 0.212 0.110 0.083 0.043 0.019 22 L 0.022 0.022 0.109 0.041 0.051 0.073 0.214 0.151 0.154 0.110 0.054 23 E 0.045 0.073 0.382 0.196 0.133 0.074 0.057 0.021 0.010 0.005 0.003 24 E 0.113 0.148 0.329 0.197 0.104 0.055 0.033 0.012 0.006 0.003 0.001 25 G 0.083 0.070 0.041 0.079 0.090 0.116 0.178 0.124 0.103 0.078 0.038 26 G 0.166 0.129 0.070 0.174 0.140 0.114 0.096 0.044 0.033 0.020 0.013 27 F 0.004 0.005 0.005 0.010 0.015 0.029 0.092 0.142 0.260 0.246 0.191 28 R 0.027 0.111 0.116 0.301 0.212 0.113 0.072 0.025 0.013 0.006 0.004 29 L 0.003 0.004 0.004 0.009 0.010 0.015 0.054 0.112 0.200 0.262 0.326 30 L 0.023 0.041 0.043 0.138 0.172 0.183 0.181 0.095 0.071 0.033 0.020 31 E 0.097 0.107 0.088 0.174 0.120 0.100 0.119 0.075 0.061 0.039 0.020 32 G 0.081 0.061 0.043 0.115 0.097 0.106 0.159 0.108 0.095 0.080 0.055 33 E 0.156 0.094 0.062 0.112 0.090 0.087 0.120 0.087 0.080 0.065 0.046 34 R 0.108 0.111 0.041 0.105 0.096 0.099 0.129 0.096 0.091 0.073 0.050 35 G 0.202 0.163 0.064 0.126 0.095 0.078 0.079 0.062 0.062 0.043 0.026 36 P 0.320 0.109 0.047 0.114 0.096 0.080 0.088 0.051 0.046 0.032 0.018 37 W 0.110 0.069 0.041 0.108 0.098 0.100 0.143 0.105 0.109 0.074 0.044 38 V 0.042 0.030 0.034 0.078 0.077 0.110 0.155 0.142 0.160 0.112 0.061 39 Q 0.059 0.065 0.107 0.150 0.121 0.119 0.146 0.096 0.076 0.042 0.021 40 I 0.034 0.037 0.085 0.072 0.073 0.097 0.162 0.146 0.136 0.101 0.059 41 L 0.037 0.047 0.053 0.091 0.099 0.119 0.171 0.132 0.118 0.090 0.042 42 Q 0.106 0.115 0.143 0.207 0.145 0.097 0.087 0.044 0.032 0.016 0.007 43 D 0.095 0.085 0.166 0.134 0.110 0.102 0.128 0.073 0.057 0.033 0.016 44 T 0.152 0.158 0.153 0.192 0.113 0.077 0.074 0.035 0.025 0.014 0.007 45 F 0.037 0.035 0.037 0.065 0.077 0.119 0.206 0.157 0.134 0.090 0.042 46 L 0.125 0.103 0.146 0.156 0.119 0.109 0.113 0.056 0.042 0.021 0.010 47 E 0.156 0.146 0.242 0.217 0.108 0.061 0.041 0.015 0.009 0.004 0.002 48 V 0.048 0.032 0.058 0.072 0.073 0.107 0.193 0.146 0.135 0.092 0.045 49 R 0.061 0.072 0.126 0.150 0.134 0.126 0.147 0.082 0.057 0.032 0.014 50 R 0.022 0.048 0.156 0.123 0.126 0.133 0.176 0.097 0.068 0.036 0.015 51 K 0.076 0.107 0.233 0.230 0.146 0.091 0.068 0.027 0.015 0.006 0.002 52 K 0.227 0.099 0.131 0.122 0.111 0.095 0.105 0.049 0.036 0.017 0.007 53 D 0.160 0.177 0.084 0.152 0.111 0.090 0.105 0.056 0.037 0.020 0.007 54 G 0.254 0.131 0.062 0.083 0.072 0.080 0.106 0.073 0.066 0.047 0.025 55 E 0.277 0.182 0.102 0.168 0.108 0.071 0.054 0.021 0.011 0.005 0.002 56 E 0.286 0.251 0.152 0.130 0.076 0.047 0.032 0.012 0.008 0.004 0.002 57 A 0.177 0.108 0.076 0.197 0.147 0.102 0.097 0.048 0.029 0.014 0.006 58 G 0.464 0.156 0.078 0.125 0.085 0.048 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 59 K 0.021 0.076 0.111 0.210 0.184 0.160 0.138 0.058 0.026 0.011 0.004 60 L 0.039 0.076 0.067 0.253 0.220 0.167 0.109 0.040 0.018 0.008 0.004 61 L 0.006 0.005 0.008 0.011 0.019 0.035 0.135 0.168 0.241 0.213 0.159 62 Q 0.030 0.129 0.152 0.397 0.188 0.062 0.031 0.007 0.003 0.001 0.001 63 V 0.006 0.008 0.008 0.021 0.030 0.047 0.118 0.155 0.229 0.217 0.163 64 Q 0.085 0.121 0.122 0.294 0.180 0.104 0.061 0.019 0.008 0.003 0.002 65 A 0.044 0.073 0.067 0.138 0.128 0.136 0.202 0.100 0.065 0.035 0.013 66 V 0.032 0.031 0.040 0.071 0.058 0.062 0.122 0.136 0.169 0.153 0.126 67 L 0.039 0.145 0.123 0.298 0.204 0.106 0.052 0.017 0.010 0.004 0.002 68 F 0.028 0.022 0.031 0.044 0.041 0.048 0.115 0.144 0.200 0.181 0.146 69 E 0.092 0.170 0.132 0.318 0.172 0.069 0.031 0.010 0.004 0.002 0.001 70 G 0.047 0.038 0.022 0.069 0.076 0.107 0.238 0.165 0.128 0.076 0.034 71 R 0.034 0.087 0.098 0.299 0.233 0.143 0.067 0.021 0.010 0.005 0.002 72 L 0.002 0.002 0.004 0.006 0.008 0.013 0.058 0.103 0.236 0.284 0.282 73 E 0.018 0.090 0.072 0.338 0.268 0.118 0.066 0.019 0.008 0.003 0.001 74 V 0.005 0.006 0.005 0.010 0.012 0.021 0.092 0.140 0.276 0.244 0.187 75 V 0.103 0.175 0.110 0.286 0.194 0.077 0.036 0.011 0.004 0.001 0.001 76 D 0.014 0.267 0.044 0.138 0.111 0.107 0.136 0.077 0.054 0.035 0.016 77 P 0.015 0.028 0.014 0.089 0.197 0.216 0.199 0.110 0.076 0.036 0.020 78 E 0.797 0.132 0.028 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.034 0.075 0.053 0.336 0.239 0.135 0.090 0.026 0.008 0.003 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.046 0.109 0.238 0.291 0.298 81 L 0.001 0.002 0.018 0.061 0.128 0.284 0.309 0.107 0.055 0.023 0.012 82 A 0.009 0.027 0.735 0.166 0.043 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 83 T 0.001 0.001 0.007 0.017 0.044 0.144 0.401 0.205 0.100 0.054 0.026 84 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.026 0.084 0.218 0.325 0.334 85 R 0.002 0.011 0.124 0.175 0.268 0.226 0.125 0.040 0.018 0.008 0.004 86 R 0.024 0.066 0.453 0.199 0.115 0.085 0.040 0.010 0.005 0.002 0.001 87 G 0.022 0.020 0.014 0.033 0.054 0.098 0.260 0.185 0.142 0.110 0.062 88 V 0.046 0.050 0.018 0.045 0.040 0.054 0.133 0.126 0.152 0.153 0.184 89 G 0.156 0.136 0.076 0.106 0.120 0.101 0.097 0.061 0.058 0.047 0.042 90 P 0.252 0.161 0.053 0.158 0.112 0.087 0.080 0.039 0.028 0.018 0.013 91 G 0.187 0.062 0.026 0.059 0.071 0.081 0.121 0.102 0.111 0.098 0.083 92 K 0.086 0.088 0.053 0.169 0.144 0.131 0.125 0.072 0.061 0.039 0.032 93 A 0.039 0.031 0.028 0.051 0.047 0.066 0.118 0.124 0.154 0.164 0.180 94 L 0.032 0.035 0.044 0.081 0.085 0.097 0.173 0.146 0.134 0.101 0.074 95 G 0.077 0.060 0.054 0.108 0.100 0.104 0.143 0.104 0.101 0.080 0.069 96 L 0.021 0.025 0.030 0.057 0.054 0.060 0.101 0.118 0.170 0.185 0.179 97 G 0.042 0.048 0.049 0.089 0.096 0.104 0.177 0.134 0.120 0.079 0.063 98 L 0.027 0.025 0.029 0.039 0.032 0.040 0.099 0.123 0.179 0.202 0.206 99 L 0.011 0.015 0.021 0.040 0.051 0.068 0.146 0.148 0.183 0.174 0.143 100 S 0.041 0.087 0.083 0.124 0.106 0.094 0.136 0.103 0.100 0.071 0.055 101 V 0.030 0.020 0.022 0.035 0.035 0.049 0.104 0.121 0.187 0.212 0.184 102 A 0.090 0.138 0.076 0.183 0.161 0.126 0.105 0.053 0.037 0.020 0.012 103 P 0.176 0.138 0.040 0.108 0.106 0.086 0.106 0.081 0.069 0.052 0.036