# TARGET T0272 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 T 0.021 0.018 0.006 0.040 0.005 0.031 0.879 3 G 0.014 0.005 0.015 0.080 0.337 0.092 0.457 4 K 0.034 0.005 0.031 0.181 0.181 0.157 0.410 5 R 0.067 0.027 0.033 0.232 0.139 0.068 0.434 6 V 0.054 0.025 0.033 0.240 0.089 0.033 0.526 7 A 0.043 0.009 0.047 0.345 0.055 0.067 0.433 8 L 0.028 0.005 0.066 0.525 0.066 0.112 0.197 9 K 0.015 0.008 0.061 0.579 0.069 0.082 0.185 10 T 0.008 0.003 0.021 0.653 0.069 0.057 0.189 11 P 0.004 0.002 0.009 0.819 0.046 0.046 0.075 12 A 0.003 0.001 0.004 0.866 0.032 0.031 0.064 13 E 0.001 0.001 0.002 0.933 0.010 0.024 0.029 14 K 0.001 0.001 0.001 0.951 0.013 0.013 0.020 15 V 0.001 0.001 0.001 0.975 0.007 0.008 0.009 16 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.008 0.007 17 W 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.009 0.005 18 L 0.001 0.001 0.001 0.980 0.003 0.012 0.003 19 E 0.001 0.001 0.001 0.956 0.003 0.036 0.003 20 R 0.001 0.001 0.001 0.938 0.006 0.041 0.013 21 R 0.001 0.001 0.004 0.899 0.017 0.036 0.043 22 L 0.004 0.001 0.017 0.846 0.028 0.068 0.035 23 E 0.007 0.003 0.041 0.745 0.027 0.143 0.034 24 E 0.008 0.004 0.033 0.619 0.066 0.215 0.055 25 G 0.002 0.001 0.010 0.190 0.066 0.701 0.030 26 G 0.007 0.001 0.004 0.015 0.073 0.755 0.145 27 F 0.100 0.012 0.002 0.010 0.031 0.007 0.839 28 R 0.582 0.034 0.002 0.011 0.012 0.003 0.356 29 L 0.546 0.025 0.020 0.032 0.026 0.011 0.339 30 L 0.509 0.018 0.048 0.035 0.047 0.028 0.315 31 E 0.306 0.010 0.209 0.058 0.085 0.075 0.258 32 G 0.200 0.009 0.186 0.066 0.159 0.092 0.288 33 E 0.196 0.027 0.108 0.074 0.144 0.086 0.365 34 R 0.104 0.018 0.034 0.063 0.148 0.033 0.600 35 G 0.065 0.012 0.025 0.077 0.091 0.040 0.691 36 P 0.022 0.005 0.168 0.495 0.064 0.135 0.110 37 W 0.027 0.004 0.171 0.500 0.052 0.164 0.081 38 V 0.043 0.009 0.146 0.532 0.072 0.079 0.119 39 Q 0.045 0.010 0.055 0.586 0.076 0.067 0.161 40 I 0.052 0.011 0.042 0.580 0.053 0.103 0.160 41 L 0.035 0.005 0.038 0.598 0.050 0.153 0.121 42 Q 0.034 0.005 0.034 0.531 0.075 0.185 0.136 43 D 0.051 0.007 0.035 0.488 0.098 0.094 0.226 44 T 0.062 0.014 0.027 0.579 0.084 0.065 0.168 45 F 0.056 0.008 0.022 0.615 0.060 0.071 0.168 46 L 0.056 0.006 0.032 0.607 0.054 0.114 0.129 47 E 0.089 0.008 0.042 0.541 0.076 0.095 0.149 48 V 0.128 0.012 0.048 0.514 0.068 0.078 0.152 49 R 0.213 0.012 0.044 0.398 0.068 0.109 0.156 50 R 0.255 0.009 0.044 0.309 0.084 0.118 0.180 51 K 0.248 0.011 0.048 0.266 0.099 0.105 0.223 52 K 0.308 0.017 0.047 0.205 0.094 0.093 0.236 53 D 0.298 0.028 0.045 0.179 0.081 0.094 0.273 54 G 0.210 0.023 0.067 0.122 0.094 0.144 0.340 55 E 0.080 0.007 0.062 0.069 0.143 0.472 0.167 56 E 0.050 0.007 0.055 0.032 0.215 0.510 0.131 57 A 0.066 0.008 0.032 0.012 0.308 0.391 0.183 58 G 0.142 0.007 0.013 0.003 0.260 0.199 0.376 59 K 0.462 0.017 0.004 0.001 0.197 0.013 0.307 60 L 0.799 0.014 0.001 0.001 0.021 0.004 0.161 61 L 0.932 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.057 62 Q 0.960 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.032 63 V 0.923 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.071 64 Q 0.943 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.031 65 A 0.962 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.026 66 V 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.042 67 L 0.954 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.034 68 F 0.959 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.029 69 E 0.922 0.004 0.002 0.001 0.018 0.012 0.042 70 G 0.894 0.004 0.003 0.001 0.031 0.010 0.059 71 R 0.883 0.003 0.001 0.001 0.024 0.005 0.084 72 L 0.939 0.008 0.001 0.001 0.012 0.003 0.037 73 E 0.919 0.009 0.001 0.001 0.012 0.004 0.055 74 V 0.547 0.051 0.002 0.001 0.035 0.012 0.352 75 V 0.174 0.052 0.002 0.002 0.389 0.040 0.340 76 D 0.031 0.012 0.001 0.006 0.578 0.023 0.348 77 P 0.001 0.002 0.058 0.805 0.022 0.077 0.035 78 E 0.001 0.001 0.033 0.927 0.008 0.029 0.002 79 R 0.001 0.001 0.031 0.953 0.002 0.011 0.002 80 A 0.001 0.001 0.007 0.983 0.001 0.007 0.002 81 L 0.001 0.001 0.005 0.979 0.002 0.012 0.001 82 A 0.002 0.001 0.012 0.960 0.003 0.020 0.003 83 T 0.002 0.001 0.018 0.947 0.005 0.024 0.005 84 L 0.005 0.003 0.030 0.911 0.007 0.035 0.009 85 R 0.007 0.001 0.039 0.757 0.030 0.146 0.020 86 R 0.006 0.001 0.027 0.428 0.039 0.481 0.019 87 G 0.012 0.007 0.019 0.220 0.226 0.268 0.249 88 V 0.028 0.041 0.014 0.134 0.223 0.110 0.450 89 G 0.032 0.011 0.028 0.097 0.324 0.082 0.426 90 P 0.019 0.008 0.125 0.112 0.188 0.318 0.229 91 G 0.074 0.008 0.139 0.127 0.109 0.389 0.155 92 K 0.194 0.034 0.117 0.129 0.103 0.250 0.172 93 A 0.260 0.042 0.063 0.082 0.093 0.200 0.260 94 L 0.183 0.026 0.042 0.052 0.186 0.252 0.258 95 G 0.180 0.032 0.054 0.052 0.223 0.170 0.289 96 L 0.224 0.020 0.071 0.107 0.138 0.128 0.312 97 G 0.219 0.016 0.117 0.180 0.089 0.081 0.299 98 L 0.164 0.011 0.175 0.384 0.053 0.112 0.101 99 L 0.224 0.009 0.127 0.389 0.050 0.111 0.090 100 S 0.205 0.012 0.076 0.348 0.127 0.096 0.134 101 V 0.211 0.022 0.013 0.097 0.249 0.058 0.350 102 A 0.088 0.022 0.003 0.011 0.007 0.045 0.824 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999