# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.406 0.152 0.210 0.095 0.039 0.027 0.031 0.014 0.018 0.007 0.001 2 T 0.189 0.157 0.262 0.309 0.013 0.016 0.029 0.002 0.019 0.002 0.001 3 G 0.029 0.009 0.053 0.017 0.057 0.002 0.110 0.533 0.002 0.188 0.001 4 K 0.172 0.229 0.455 0.058 0.023 0.036 0.012 0.001 0.011 0.001 0.001 5 R 0.081 0.310 0.524 0.014 0.007 0.045 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 6 V 0.101 0.561 0.230 0.011 0.016 0.025 0.002 0.001 0.053 0.001 0.001 7 A 0.172 0.114 0.644 0.006 0.005 0.044 0.002 0.001 0.010 0.001 0.002 8 L 0.346 0.195 0.319 0.037 0.022 0.059 0.006 0.001 0.014 0.001 0.002 9 K 0.358 0.124 0.200 0.229 0.030 0.035 0.009 0.003 0.009 0.001 0.001 10 T 0.023 0.299 0.375 0.005 0.062 0.022 0.003 0.001 0.207 0.004 0.001 11 P 0.919 0.001 0.064 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 12 A 0.986 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 K 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 W 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 R 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 R 0.969 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.970 0.001 0.003 0.019 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.953 0.005 0.008 0.027 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.662 0.021 0.031 0.261 0.011 0.004 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 25 G 0.121 0.027 0.051 0.537 0.044 0.002 0.101 0.102 0.007 0.008 0.001 26 G 0.036 0.007 0.036 0.021 0.057 0.005 0.229 0.281 0.002 0.326 0.001 27 F 0.012 0.586 0.258 0.010 0.107 0.015 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 28 R 0.011 0.546 0.264 0.007 0.016 0.105 0.004 0.001 0.047 0.001 0.001 29 L 0.027 0.422 0.441 0.004 0.011 0.076 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 30 L 0.196 0.465 0.129 0.075 0.026 0.056 0.003 0.001 0.049 0.001 0.001 31 E 0.087 0.264 0.399 0.048 0.126 0.024 0.027 0.004 0.016 0.003 0.002 32 G 0.093 0.070 0.182 0.042 0.280 0.007 0.030 0.156 0.008 0.131 0.001 33 E 0.160 0.230 0.388 0.064 0.069 0.039 0.013 0.003 0.024 0.009 0.003 34 R 0.186 0.165 0.354 0.214 0.023 0.033 0.008 0.002 0.013 0.001 0.002 35 G 0.065 0.030 0.191 0.004 0.181 0.002 0.015 0.042 0.013 0.457 0.001 36 P 0.666 0.007 0.167 0.047 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 37 W 0.518 0.127 0.115 0.154 0.032 0.020 0.012 0.008 0.012 0.002 0.001 38 V 0.489 0.170 0.155 0.114 0.023 0.021 0.006 0.002 0.019 0.001 0.001 39 Q 0.516 0.170 0.178 0.033 0.023 0.033 0.011 0.002 0.031 0.002 0.001 40 I 0.618 0.098 0.178 0.055 0.007 0.028 0.003 0.001 0.011 0.001 0.002 41 L 0.536 0.111 0.209 0.085 0.012 0.024 0.008 0.001 0.011 0.002 0.001 42 Q 0.583 0.041 0.077 0.092 0.040 0.017 0.072 0.046 0.014 0.018 0.001 43 D 0.503 0.078 0.160 0.116 0.021 0.052 0.045 0.007 0.015 0.002 0.001 44 T 0.645 0.148 0.072 0.087 0.018 0.012 0.006 0.002 0.009 0.001 0.001 45 F 0.622 0.119 0.114 0.072 0.020 0.020 0.013 0.003 0.013 0.003 0.001 46 L 0.742 0.073 0.103 0.037 0.009 0.015 0.011 0.001 0.008 0.001 0.001 47 E 0.757 0.064 0.077 0.057 0.014 0.012 0.008 0.003 0.007 0.001 0.001 48 V 0.645 0.111 0.133 0.068 0.010 0.016 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 49 R 0.469 0.227 0.116 0.099 0.022 0.021 0.015 0.002 0.026 0.001 0.001 50 R 0.450 0.136 0.205 0.084 0.027 0.031 0.031 0.004 0.026 0.004 0.001 51 K 0.408 0.117 0.329 0.060 0.018 0.039 0.009 0.002 0.014 0.002 0.002 52 K 0.529 0.129 0.163 0.101 0.014 0.033 0.009 0.002 0.017 0.002 0.001 53 D 0.189 0.102 0.223 0.362 0.018 0.034 0.033 0.003 0.035 0.001 0.001 54 G 0.109 0.019 0.157 0.029 0.065 0.007 0.040 0.287 0.005 0.283 0.001 55 E 0.610 0.040 0.192 0.110 0.012 0.012 0.007 0.005 0.003 0.008 0.001 56 E 0.533 0.076 0.098 0.200 0.013 0.015 0.034 0.008 0.019 0.003 0.001 57 A 0.252 0.039 0.247 0.353 0.014 0.009 0.068 0.006 0.005 0.006 0.001 58 G 0.034 0.008 0.033 0.063 0.022 0.003 0.259 0.545 0.003 0.029 0.001 59 K 0.016 0.439 0.452 0.010 0.028 0.024 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 60 L 0.012 0.224 0.700 0.004 0.002 0.050 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 61 L 0.005 0.777 0.123 0.005 0.069 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 62 Q 0.003 0.769 0.161 0.002 0.042 0.016 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 63 V 0.004 0.782 0.137 0.001 0.039 0.021 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 64 Q 0.220 0.393 0.131 0.147 0.059 0.030 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 65 A 0.003 0.657 0.045 0.003 0.281 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 66 V 0.003 0.871 0.055 0.002 0.036 0.012 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 67 L 0.004 0.786 0.154 0.003 0.026 0.014 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 68 F 0.011 0.685 0.090 0.012 0.125 0.034 0.004 0.001 0.035 0.002 0.001 69 E 0.014 0.548 0.302 0.040 0.036 0.021 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 70 G 0.005 0.032 0.043 0.006 0.546 0.001 0.063 0.096 0.002 0.207 0.001 71 R 0.013 0.613 0.274 0.013 0.050 0.022 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 72 L 0.006 0.596 0.260 0.003 0.044 0.034 0.004 0.001 0.052 0.001 0.001 73 E 0.008 0.713 0.203 0.003 0.012 0.042 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 74 V 0.009 0.413 0.453 0.002 0.006 0.096 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 75 V 0.176 0.433 0.124 0.134 0.062 0.045 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 76 D 0.003 0.156 0.365 0.002 0.259 0.108 0.002 0.001 0.102 0.003 0.001 77 P 0.969 0.001 0.006 0.015 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 78 E 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.973 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 T 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 R 0.982 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 R 0.316 0.004 0.007 0.667 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 G 0.108 0.008 0.086 0.065 0.028 0.018 0.251 0.353 0.008 0.075 0.001 88 V 0.491 0.083 0.146 0.242 0.007 0.018 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 89 G 0.418 0.021 0.127 0.007 0.056 0.006 0.013 0.036 0.007 0.307 0.001 90 P 0.945 0.001 0.028 0.015 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 91 G 0.971 0.002 0.006 0.010 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 92 K 0.968 0.004 0.004 0.016 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 A 0.943 0.010 0.006 0.030 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 94 L 0.573 0.037 0.020 0.351 0.010 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 95 G 0.539 0.019 0.024 0.041 0.026 0.011 0.165 0.147 0.013 0.015 0.001 96 L 0.458 0.059 0.056 0.388 0.016 0.007 0.008 0.002 0.004 0.002 0.001 97 G 0.362 0.010 0.028 0.055 0.046 0.004 0.157 0.293 0.002 0.044 0.001 98 L 0.537 0.146 0.128 0.137 0.019 0.018 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 99 L 0.242 0.391 0.188 0.090 0.047 0.016 0.011 0.002 0.011 0.002 0.001 100 S 0.162 0.431 0.232 0.059 0.059 0.031 0.007 0.002 0.014 0.002 0.001 101 V 0.048 0.593 0.240 0.035 0.022 0.022 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 102 A 0.014 0.220 0.560 0.001 0.021 0.028 0.009 0.001 0.144 0.003 0.001 103 P 0.255 0.003 0.620 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085