# TARGET T0272 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.063 0.099 0.070 0.034 0.105 0.037 0.078 0.243 0.108 0.127 0.036 2 T 0.048 0.179 0.087 0.049 0.099 0.040 0.072 0.185 0.100 0.113 0.029 3 G 0.053 0.134 0.114 0.068 0.090 0.032 0.032 0.140 0.105 0.173 0.059 4 K 0.064 0.189 0.078 0.020 0.140 0.021 0.036 0.229 0.112 0.075 0.035 5 R 0.138 0.103 0.042 0.011 0.147 0.012 0.036 0.194 0.100 0.141 0.076 6 V 0.053 0.336 0.147 0.026 0.141 0.009 0.010 0.148 0.057 0.052 0.022 7 A 0.054 0.186 0.063 0.017 0.120 0.016 0.021 0.381 0.088 0.033 0.021 8 L 0.039 0.092 0.038 0.010 0.071 0.013 0.027 0.567 0.090 0.034 0.019 9 K 0.024 0.038 0.018 0.010 0.029 0.018 0.028 0.675 0.079 0.059 0.021 10 T 0.027 0.133 0.051 0.011 0.040 0.007 0.007 0.616 0.059 0.034 0.015 11 P 0.005 0.017 0.010 0.005 0.007 0.007 0.003 0.859 0.066 0.017 0.005 12 A 0.002 0.008 0.005 0.003 0.004 0.004 0.004 0.913 0.046 0.008 0.003 13 E 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.923 0.047 0.010 0.002 14 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.933 0.053 0.008 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.936 0.050 0.003 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.945 0.041 0.003 0.001 17 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.031 0.003 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.920 0.064 0.010 0.001 19 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.919 0.058 0.005 0.001 20 R 0.001 0.009 0.004 0.001 0.004 0.001 0.017 0.912 0.039 0.011 0.001 21 R 0.002 0.007 0.003 0.001 0.007 0.002 0.011 0.880 0.076 0.009 0.001 22 L 0.005 0.003 0.002 0.001 0.005 0.002 0.012 0.841 0.106 0.018 0.006 23 E 0.002 0.004 0.005 0.002 0.002 0.006 0.043 0.725 0.192 0.017 0.002 24 E 0.002 0.023 0.008 0.006 0.006 0.019 0.143 0.694 0.078 0.020 0.001 25 G 0.004 0.646 0.271 0.006 0.046 0.001 0.001 0.004 0.003 0.015 0.003 26 G 0.078 0.014 0.015 0.046 0.028 0.012 0.008 0.016 0.015 0.445 0.324 27 F 0.159 0.319 0.036 0.003 0.419 0.002 0.003 0.012 0.007 0.015 0.025 28 R 0.048 0.454 0.066 0.004 0.405 0.001 0.002 0.006 0.002 0.003 0.008 29 L 0.512 0.060 0.014 0.002 0.325 0.002 0.002 0.016 0.007 0.006 0.053 30 L 0.047 0.140 0.077 0.096 0.153 0.162 0.160 0.096 0.031 0.020 0.017 31 E 0.164 0.183 0.095 0.013 0.284 0.004 0.009 0.061 0.050 0.066 0.070 32 G 0.063 0.194 0.113 0.034 0.166 0.039 0.049 0.132 0.099 0.081 0.030 33 E 0.129 0.300 0.092 0.009 0.292 0.005 0.016 0.058 0.023 0.039 0.036 34 R 0.058 0.290 0.098 0.025 0.121 0.039 0.058 0.127 0.064 0.084 0.037 35 G 0.110 0.296 0.149 0.017 0.277 0.004 0.005 0.056 0.027 0.024 0.035 36 P 0.021 0.027 0.011 0.008 0.037 0.011 0.020 0.495 0.312 0.045 0.014 37 W 0.015 0.026 0.016 0.007 0.031 0.010 0.037 0.618 0.167 0.064 0.010 38 V 0.022 0.033 0.014 0.007 0.033 0.007 0.021 0.538 0.150 0.152 0.023 39 Q 0.030 0.123 0.048 0.008 0.067 0.009 0.025 0.529 0.100 0.046 0.016 40 I 0.053 0.097 0.042 0.012 0.077 0.010 0.028 0.489 0.096 0.068 0.028 41 L 0.017 0.171 0.088 0.025 0.065 0.040 0.093 0.375 0.084 0.035 0.007 42 Q 0.071 0.087 0.047 0.029 0.069 0.014 0.018 0.240 0.096 0.225 0.104 43 D 0.103 0.113 0.041 0.012 0.174 0.015 0.032 0.296 0.087 0.078 0.049 44 T 0.085 0.095 0.035 0.013 0.125 0.015 0.028 0.373 0.107 0.087 0.039 45 F 0.067 0.144 0.053 0.014 0.133 0.010 0.017 0.365 0.108 0.065 0.024 46 L 0.035 0.092 0.030 0.015 0.066 0.013 0.031 0.496 0.156 0.051 0.015 47 E 0.045 0.060 0.037 0.017 0.083 0.015 0.040 0.460 0.143 0.076 0.025 48 V 0.068 0.050 0.023 0.013 0.101 0.017 0.051 0.463 0.125 0.063 0.026 49 R 0.081 0.068 0.032 0.022 0.115 0.029 0.056 0.323 0.122 0.121 0.031 50 R 0.066 0.181 0.085 0.046 0.157 0.036 0.034 0.191 0.093 0.079 0.031 51 K 0.120 0.143 0.072 0.019 0.198 0.013 0.024 0.184 0.095 0.082 0.049 52 K 0.135 0.131 0.048 0.012 0.217 0.017 0.043 0.193 0.080 0.078 0.045 53 D 0.136 0.174 0.051 0.021 0.235 0.022 0.035 0.114 0.052 0.106 0.055 54 G 0.081 0.280 0.143 0.052 0.215 0.021 0.017 0.075 0.038 0.049 0.029 55 E 0.062 0.090 0.090 0.060 0.070 0.054 0.082 0.293 0.120 0.051 0.028 56 E 0.023 0.066 0.123 0.170 0.036 0.100 0.090 0.180 0.095 0.092 0.025 57 A 0.032 0.231 0.099 0.154 0.087 0.053 0.062 0.092 0.060 0.098 0.032 58 G 0.052 0.034 0.022 0.048 0.048 0.042 0.039 0.046 0.079 0.475 0.116 59 K 0.056 0.431 0.144 0.015 0.299 0.004 0.006 0.010 0.008 0.014 0.013 60 L 0.361 0.091 0.010 0.002 0.469 0.002 0.003 0.003 0.003 0.006 0.052 61 L 0.182 0.182 0.021 0.005 0.574 0.004 0.004 0.003 0.002 0.005 0.020 62 Q 0.379 0.077 0.014 0.003 0.446 0.005 0.008 0.003 0.002 0.009 0.054 63 V 0.347 0.104 0.018 0.040 0.352 0.015 0.005 0.005 0.006 0.014 0.095 64 Q 0.130 0.169 0.037 0.048 0.335 0.046 0.064 0.040 0.022 0.059 0.050 65 A 0.317 0.059 0.005 0.001 0.549 0.001 0.002 0.004 0.004 0.016 0.042 66 V 0.254 0.141 0.011 0.004 0.557 0.004 0.002 0.003 0.002 0.002 0.022 67 L 0.350 0.086 0.023 0.005 0.350 0.007 0.005 0.004 0.006 0.027 0.139 68 F 0.274 0.124 0.034 0.025 0.234 0.014 0.015 0.030 0.052 0.061 0.136 69 E 0.030 0.033 0.026 0.096 0.035 0.202 0.260 0.065 0.091 0.136 0.026 70 G 0.034 0.201 0.199 0.268 0.107 0.024 0.005 0.013 0.026 0.080 0.042 71 R 0.226 0.122 0.028 0.006 0.485 0.002 0.006 0.018 0.025 0.033 0.048 72 L 0.137 0.183 0.024 0.004 0.551 0.008 0.015 0.017 0.020 0.017 0.023 73 E 0.195 0.094 0.011 0.001 0.614 0.001 0.002 0.004 0.005 0.022 0.052 74 V 0.224 0.113 0.025 0.004 0.455 0.006 0.022 0.047 0.030 0.026 0.047 75 V 0.014 0.316 0.103 0.031 0.114 0.129 0.103 0.054 0.032 0.077 0.026 76 D 0.345 0.019 0.003 0.001 0.608 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 77 P 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.372 0.569 0.043 0.002 78 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.851 0.096 0.013 0.001 79 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.870 0.098 0.021 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.911 0.067 0.016 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.906 0.082 0.004 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.918 0.070 0.002 0.001 83 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.903 0.061 0.011 0.001 84 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.772 0.168 0.036 0.002 85 R 0.003 0.008 0.002 0.002 0.005 0.007 0.059 0.707 0.171 0.034 0.003 86 R 0.008 0.124 0.110 0.058 0.031 0.034 0.133 0.332 0.061 0.101 0.010 87 G 0.030 0.045 0.049 0.047 0.038 0.042 0.100 0.239 0.073 0.280 0.057 88 V 0.047 0.126 0.060 0.046 0.073 0.052 0.110 0.253 0.101 0.092 0.040 89 G 0.019 0.117 0.169 0.183 0.054 0.091 0.043 0.180 0.050 0.079 0.015 90 P 0.102 0.069 0.035 0.017 0.119 0.016 0.038 0.339 0.134 0.074 0.057 91 G 0.068 0.086 0.044 0.028 0.112 0.021 0.034 0.370 0.158 0.052 0.026 92 K 0.057 0.074 0.040 0.015 0.123 0.012 0.041 0.407 0.142 0.067 0.023 93 A 0.099 0.054 0.017 0.011 0.116 0.026 0.081 0.388 0.132 0.057 0.018 94 L 0.063 0.062 0.041 0.085 0.062 0.054 0.095 0.332 0.093 0.080 0.032 95 G 0.045 0.059 0.078 0.103 0.082 0.067 0.048 0.227 0.086 0.152 0.053 96 L 0.081 0.088 0.042 0.061 0.078 0.034 0.049 0.244 0.164 0.110 0.050 97 G 0.032 0.097 0.116 0.083 0.078 0.041 0.058 0.228 0.099 0.134 0.034 98 L 0.108 0.072 0.017 0.013 0.136 0.015 0.048 0.303 0.194 0.066 0.029 99 L 0.101 0.117 0.039 0.020 0.200 0.025 0.069 0.213 0.123 0.064 0.029 100 S 0.141 0.109 0.032 0.016 0.227 0.014 0.042 0.151 0.075 0.133 0.060 101 V 0.109 0.188 0.081 0.024 0.213 0.013 0.025 0.080 0.065 0.148 0.053 102 A 0.044 0.298 0.260 0.053 0.149 0.026 0.040 0.066 0.025 0.022 0.018 103 P 0.077 0.271 0.145 0.022 0.193 0.017 0.030 0.087 0.048 0.062 0.049